代謝組學什么類型的樣本更適合,樣本采集需要注意什么?絕大多數(shù)可以可靠收集的生物樣本都適用于代謝組學研究,。常見的樣本主要有:臨床和動物的血清,、血漿、尿液、糞便、各類組織、體液,;細胞和微生物、培養(yǎng)液和發(fā)酵液,;植物的根,、莖、葉,、花等,。代謝每時每刻都在發(fā)生變化,我們需要研究的是某個或多個瞬時狀態(tài),,因此樣本采集一般需要保證“快速,、一致,、簡單”的,采集后通過低溫淬滅(如液氮淬滅或低溫凍存等)的方法阻止離體后的樣本的代謝活動,。另外,,不同的檢測要求也需要配合不同的收集方法,具體步驟請參照譜領生物樣本收集步驟文件,。代謝組學技術可應用于藥物毒理學,。脂質代謝組學多質譜鑒定
代謝組學研究方法: 對于代謝產物來說,不只只有質譜峰這個特征,。更進一步說,,質譜(MS)并不能檢測出所有的代謝產物,并不是因為質譜的靈敏度不夠,,而是由于質譜只能檢測離子化的物質,,但有些代謝產物在質譜儀中不能被離子化。采用核磁共振(NMR)的方法,,可以彌補色譜的不足,。過去,只有毒理學方面的研究使用核磁共振,,而質譜只在植物代謝研究中采用。如今,,這兩種方法在代謝組學研究中已經普遍使用,。為在不同樣品間進行有意義的比較,研究人員必須結合使用這兩種方法獲得的大量數(shù)據進行分析,。此外,,還需要結合基因組學研究獲得的數(shù)據。哈爾濱脂質代謝組學多分析代謝組學的研究方法與蛋白質組學的方法類似,。
代謝組學應用方向:腸道菌群代謝組學,,運用代謝組學檢測腸菌代謝物的動態(tài)變化,了解腸道菌群在宿主中的代謝狀態(tài),,直觀的研究腸道菌群與疾病發(fā)生的發(fā)展的關系,,為疾病的預防,調高宿主的健康水平提供新的思路,。經典脂質組學:對生物體,、組織或細胞中的脂質以及與其相互作用的分子進行全方面系統(tǒng)的鑒定分析。了解脂質的結構和功能,,揭示脂質代謝與細胞乃至機體的生理,、病理過程之間的關系,普遍運用于分子生理學,、功能基因組學以及環(huán)境與健康等重要領域,。
代謝組學可以檢測的樣品種類有哪些,?代謝組學主要研究的是作為各種代謝路徑的底物和產物的小分子代謝物(分子量<1000)。其樣品主要是血漿或血清,,尿液,,唾液,以及細胞和組織的提取液,。我們也和一些公司或單位(如茶葉公司,、制酒公司、酸奶公司,、醫(yī)院等)合作,,做過植物,微生物提取物,,腦脊液,,昆蟲血淋巴,羊水,,卵泡液,,膝蓋滑液,眼淚,,胎盤,,糞便及腸道內容物提取液等。一般代謝組學能檢測出多少物質,?同的質譜平臺靈敏度及偏向性都不一樣,,而且不同平臺之間具有互補性。一般來說GC/MS檢測血清樣品能準確定性的物質約200個左右,,檢測尿液樣品定性的物質約200個左右,,其他樣品(如肝臟,糞便,,腸道內容物)也在幾百這個數(shù)量級,。如果采用全二維GC/MS,物質的數(shù)量要更多,,可達1千以上,。LC/MS檢測物質的數(shù)量要遠比GC/MS多,但能準確定性和定量的不多,,視不同的平臺(TQ,、QTOF等)能達到幾十至2-3百個物質。選擇代謝組學作為科研技術手段的優(yōu)勢有哪些,?
代謝組學概念:代謝組學主要研究的是作為各種代謝路徑的底物和產物的小分子代謝物(MW<1000),。 在食品安全領域,利用代謝組學工具發(fā)現(xiàn)農獸藥等在動植物體內的相關生物標志物也是一個熱點領域,。其樣品主要是動植物的細胞和組織的提取液,。主要技術手段是核磁共振(NMR),,質譜(MS),色譜(HPLC,,GC),,其中以NMR為主。通過檢測一系列樣品的NMR 譜圖,,再結合模式識別方法,,可以判斷出生物體的病理生理狀態(tài),并有可能找出與之相關的生物標志物(biomarker),。代謝組學的發(fā)展很迅速,。四川非靶向代謝組學質譜分析
相比于其他組學,代謝組學有哪些特殊的優(yōu)勢,?脂質代謝組學多質譜鑒定
如何獲得高質量GC/MS代謝組學數(shù)據,?實驗設計先不談,在儀器分析階段,,若想獲得高質量數(shù)據,,有以下幾個方面需要注意。1)前處理方法的一致性,。不同實驗人員操作方式不盡相同,。因此,一個項目應當只由一個人負責前處理,。推薦使用自動衍生設備,,以減少人為的誤差。2)檢測之前需確保儀器處于比較好工作狀態(tài),。儀器的控制軟件都有系統(tǒng)自檢功能,可以快速便捷地核查質譜儀器的狀態(tài),。但更重要的是氣相色譜狀態(tài),,推薦使用一組混標作為儀器質控。在每一個項目開始之前,,先進行質控樣檢測,,確認氣相色譜的分離度和質譜的整體響應。3)后期數(shù)據矯正,,特別是對于大樣本項目,。我們可以在檢測序列中加入隨行質控樣本(每個樣品取少量后混合),在后期數(shù)據處理時,,使用質控樣本結合如LOESS之類的算法對整體數(shù)據進行矯正,。脂質代謝組學多質譜鑒定
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