全轉(zhuǎn)錄組測序為什么需要構(gòu)建兩個文庫？全轉(zhuǎn)錄組測序需要構(gòu)建2個測序文庫,，一個小RNA文庫和一個去除核糖體RNA的鏈特異性文庫,，然后分別上機測序,。小RNA長度較短，一般小于50nt,，采用測序策略為50SE,。其他三類RNA序列一般大于200，通常在1000以上,，可達幾萬,，通過片段化構(gòu)建150PE測序文庫。然后小RNA文庫可以獲得miRNA序列信息,，去核糖體的鏈特異性文庫可以獲得mRNA,、lncRNA和circRNA的序列信息。轉(zhuǎn)錄組學即特定細胞在某一功能狀態(tài)下轉(zhuǎn)錄出來的所有RNA的總和,，包括mRNA和非編碼RNA,。轉(zhuǎn)錄組學可以準確地識別可變剪切和融合基因。北京mRNA-seq轉(zhuǎn)錄組學鑒定

轉(zhuǎn)錄組學測序流程：1,、樣品RNA準備,。2、測序文庫構(gòu)建,。3,、DNA成簇(Cluster)擴增。4,、高通量測序(Illumina),。5、數(shù)據(jù)分析,。轉(zhuǎn)錄組的分析大致有以下幾種情況：1,、同一物種在發(fā)育過程中的各時間節(jié)點的基因表達特點及存在的差異；2,、不同品系之間存在的差異表達基因,；3,、不同的外界條件處理，如細菌,、病毒,、光照、紫外,、干旱,、高溫、高鹽脅迫,，對基因表達的影響,；4、同一個體,，不同組織之間的基因表達差異,。簡而言之，轉(zhuǎn)錄組學是從RNA水平研究基因表達的情況,。浙江轉(zhuǎn)錄組學研究方法轉(zhuǎn)錄組學可以直接測定每個轉(zhuǎn)錄本片段序列,。

轉(zhuǎn)錄組學應用于胃腸瘤轉(zhuǎn)移機制研究：circRNA是一種非編碼RNA，可以多種方式參與生物學功能,，如細胞增殖,、細胞周期、侵襲和轉(zhuǎn)移等,。近年來研究發(fā)現(xiàn),，環(huán)狀RNA可以通過海綿吸附微小RNA和RNA結(jié)合蛋白參與轉(zhuǎn)錄后調(diào)控，從而影響瘤耐藥過程中的DNA修復,、凋亡,、增殖、細胞轉(zhuǎn)運,，以及介導瘤耐藥的細胞內(nèi)酶,，進而在瘤耐藥中發(fā)揮重要調(diào)節(jié)作用。有研究證實通過干擾環(huán)狀RNA的表達,，可以提高瘤對藥物的敏感性,，提示環(huán)狀RNA可能為抗瘤藥物耐藥性的研究提供新的靶點。

RNA-Seq轉(zhuǎn)錄組學的應用：RNA-Seq即對轉(zhuǎn)錄組進行測序和分析,。一般來說在研究所會委托公司測序得到數(shù)據(jù)自己進行后續(xù)的生信分析（質(zhì)控,，mapping，差異基因表達分析,，SNV分析等）,。RNA-Seq有著巨大的應用前景。在不同背景下比較mRNA水平同一物種,，不同組織：研究基因在不同部分的表達情況,。同一物種，同一組織：研究基因在不同處理下,，不同條件下的表達變化,。同一組織，不同物種：研究基因的進化關系,。時間序列實驗：基因在不同時期的表達情況與發(fā)育的關系,。基因分類：找到細胞特異,，疾病相關,，處理相關的基因表達模式，用于診斷疾病和預測等,?；蚓W(wǎng)絡和通路：基因在細胞活動中的功能，基因間的相互作用,。轉(zhuǎn)錄組學檢測范圍廣,，高于6個數(shù)量級的動態(tài)檢測范圍。

全長轉(zhuǎn)錄組學測序：由于在轉(zhuǎn)錄組研究中通常所使用的第二代測序技術(shù)具有測序讀長的限制,，因此在進行測序之前,，需要先將樣本的mRNA打碎為小片段，之后再通過與參考基因組比對或拼接的方式識別轉(zhuǎn)錄本,，這就會造成一定的錯誤比例,，同時在也很難區(qū)分單堿基水平的差異。全長轉(zhuǎn)錄組測序的優(yōu)勢：1,、全方面鑒定可變剪切,；2、發(fā)現(xiàn)更多新基因,；3,、有效改善基因組注釋；4,、鑒定更多的LncRNA,；5、準確定位融合基因,。研究思路：由于全長轉(zhuǎn)錄組測序是基于第三代測序技術(shù),，因而其成本依然較高，如果全部研究項目均基于全長轉(zhuǎn)錄組,，通常來說很難承擔,，因此，全長轉(zhuǎn)錄組測序一般與普通轉(zhuǎn)錄組測序相結(jié)合。轉(zhuǎn)錄組學是一門在整體水平上研究細胞中基因轉(zhuǎn)錄的情況及轉(zhuǎn)錄調(diào)控規(guī)律的學科,。哈爾濱全長轉(zhuǎn)錄學組技術(shù)

轉(zhuǎn)錄組學靈敏度高,，可以檢測細胞中少至幾個拷貝的稀有轉(zhuǎn)錄本。北京mRNA-seq轉(zhuǎn)錄組學鑒定

宏轉(zhuǎn)錄組學也稱為環(huán)境轉(zhuǎn)錄組學,，指從整體水平上研究某一特定環(huán)境,、特定時期菌群群體全部基因轉(zhuǎn)錄情況以及轉(zhuǎn)錄調(diào)控規(guī)律，以揭示微生物在不同環(huán)境壓力下的適應機制,，探索環(huán)境與微生物之間的相互作用機理,。其適用范圍包括人體微生態(tài)、環(huán)境,、工業(yè),、農(nóng)業(yè)等領域。宏轉(zhuǎn)錄組學以生態(tài)環(huán)境中的全部RNA為研究對象,，避開了微生物分離培養(yǎng)困難的問題,，能有效的擴展微生物資源的利用空間。應用領域：包括腸道微生物,、口腔微生物,、糞便微生物、人體組織微生物,。北京mRNA-seq轉(zhuǎn)錄組學鑒定

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