單細胞轉錄組學測試步驟：第1步就是把單個細胞分選出來。分選的方式也比較多,，物理切割,，酶消化，F(xiàn)ACS分選等,。假如已經(jīng)分到了一個單細胞,，跟常規(guī)的轉錄組步驟上是一樣的。下一步就是把單細胞里的RNA提取出來去建庫測序,。但是一個細胞里的RNA含量是比較少的,，難建庫成功。這個里面“量”的概念很有意思,。比如說單細胞量少,，需要特殊處理。因為單細胞里面RNA的量少,，所以說整個富集的過程中會出現(xiàn)一部分基因在一個細胞里能檢測到,，在另外一個細胞里面檢測不到，而每個細胞里面的檢測存在一個隨機性,，同時單細胞測序深度比較低,，所以說分析時相比于普通轉錄組有一些是需要特別注意，但整體的分析思路是類似的,。轉錄學組測序能夠提供更高的檢測通量,。北京全轉錄學組服務

轉錄組是干什么用的，和表達譜有什么區(qū)別,？轉錄組,，指細胞某一時期所有基因的轉錄水平。轉錄組學,，是一門在整體水平上研究細胞中基因轉錄的情況及轉錄調(diào)控規(guī)律的學科,。簡而言之，轉錄組學是從RNA水平研究基因表達的情況,。對RNA的分析,。分析應該是分幾個維度的DNA到RNA，RNA的剪切拼接,，RNA的翻譯,。表達譜有兩種,，分別是基因表達譜和蛋白質(zhì)表達譜,?；虮磉_譜是指細胞中所有基因表達的格局。通過比較分析基因表達譜,，可從整體水平研究代謝機制,，認識基因相互作用的網(wǎng)絡關系,，發(fā)現(xiàn)重要基因。廣東全長轉錄學組研究轉錄組學靈敏度高,，可以檢測細胞中少至幾個拷貝的稀有轉錄本,。

circRNA轉錄組學：是一類具有閉合環(huán)狀結構的非編碼RNA分子，沒有5′帽子結構和3′poly（A）結構,，主要位于細胞質(zhì)或儲存于外泌體中,，不受RNA外切酶影響，表達更穩(wěn)定且不易降解,，已被證明普遍存在于多種真核生物體內(nèi)[1],。大多數(shù)circRNA是由外顯子環(huán)化而成，也有部分circRNA是由內(nèi)含子環(huán)化而成的套索結構,。同時由于circRNA含有大量的miRNA應答原件（MREs）,，能與AGO蛋白形成RNA誘導沉默復合體（RISC）的催化關鍵，然后導致circRNA降解,。根據(jù)來源,，circRNA可大致分為四類：全外顯子型的circRNA，內(nèi)含子和外顯子組合的EIcircRNA,，內(nèi)含子組成的套索型ciRNA,，由病毒RNA基因組、tRNA,、rRNA,、snRNA等環(huán)化產(chǎn)生的circRNA,。

轉錄組學測序流程：1,、樣品RNA準備。2,、測序文庫構建,。3、DNA成簇(Cluster)擴增,。4,、高通量測序(Illumina)。5,、數(shù)據(jù)分析,。轉錄組的分析大致有以下幾種情況：1、同一物種在發(fā)育過程中的各時間節(jié)點的基因表達特點及存在的差異,；2,、不同品系之間存在的差異表達基因；3,、不同的外界條件處理,，如細菌,、病毒、光照,、紫外,、干旱、高溫,、高鹽脅迫,，對基因表達的影響；4,、同一個體,，不同組織之間的基因表達差異。簡而言之,，轉錄組學是從RNA水平研究基因表達的情況,。什么是轉錄組學測序？

單細胞轉錄組學技術：10×genomics技術：首先在凝膠微珠上種上特定的DNA的片段,，DNA的片段由三部分組成：Barcode,、UMI、PolyT組成,。Barcode是16個堿基的長度,。一共有400萬種Barcode，一個微珠是對應于一種Barcode,，通過這400萬種Barcode,，可以把凝膠微珠給區(qū)分開（通過barcode可以把cell分開）。UMI是一段隨機序列,，也就是說每一個DNA分子,，都有自己的UMI序列（一個微珠上有很多種UMI，通過UMI可以把RNA分子分開,，并可以標記RNA分子的數(shù)量）,。10個堿基長的UMI，有100萬種序列的變化（4^10=1,048,576）,，UMI的作用是為了區(qū)分哪些reads是來自于一個原始cDNA分子區(qū)分基因片段重復還是duplication及區(qū)分是真實的SNP位點還是PCR產(chǎn)生的突變,。通過10×genomics儀器將單個細胞與單個凝膠微珠通過油相混在一起，形成油包水的小微滴,。轉錄組學能準確地識別可變剪切位點及cSNP,，UTR區(qū)域。廣東全長轉錄學組研究

轉錄組學測序比其他研究方法有哪些優(yōu)勢?北京全轉錄學組服務

單細胞轉錄組關鍵步驟：單細胞的分離和捕獲：溫和分離,，稀有細胞,。轉錄本的捕獲和擴增：RNA測序需要0.1-1.0ugtotalRNA，捕獲效率10%（5-**NA測序需要1ngDNA,，極限稀釋加移液分離單細胞,；顯微操作分選單細胞,；流式分選帶有表面Marker的單細胞；激光切割實體組織,；微流控技術,；磁珠捕獲，主要用于CTC,。它的一個優(yōu)點是可以結合流式細胞熒光分選（FACS,fluorescentactivatedcellsorting）根據(jù)表面Marker分選細胞,。因此特別適合分選細胞子集用于測序。它的另一個優(yōu)點是可以獲得細胞形態(tài)全覽圖,，提供另外一個維度的信息,，可用于鑒定微孔中是否有損傷的細胞或雙份細胞，主要缺點是通量低且每個細胞所需的工作量相當大,。北京全轉錄學組服務

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