某些差異基因可能參與了特定的信號(hào)通路,，其表達(dá)變化會(huì)影響整個(gè)通路的活性,；或者它們可能編碼關(guān)鍵的蛋白質(zhì),，直接決定了細(xì)胞的功能和表型。此外,，差異基因還可以成為我們研究的靶點(diǎn),，為藥物研發(fā)和策略的制定提供重要依據(jù)。我們可以針對這些差異基因設(shè)計(jì)特異性的藥物或手段,，以達(dá)到干預(yù)疾病進(jìn)程,、恢復(fù)正常生理功能的目的。然而,，盡管RNA-seq技術(shù)在不斷發(fā)展和進(jìn)步,，DGE分析卻似乎在某種程度上從未發(fā)生實(shí)質(zhì)性的改變,。它的基本原理和流程在多年來一直保持相對穩(wěn)定。這并不意味著它已經(jīng)過時(shí)或不再重要,，相反,，這恰恰體現(xiàn)了其可靠性和基礎(chǔ)性。真核無參轉(zhuǎn)錄組測序的具體步驟可能因?qū)嶒?yàn)?zāi)康?、樣本類型和研究需求而有所不同,。dna通常是以核苷酸單鏈組成

Illumina優(yōu)勢與局限優(yōu)勢：高通量：Illumina平臺(tái)可以在單次測序中產(chǎn)生數(shù)十億個(gè)讀長短的測序數(shù)據(jù)，提高了測序效率,。高精度：Illumina采用的測序化學(xué)和光學(xué)檢測技術(shù),，可以實(shí)現(xiàn)較高的堿基測序準(zhǔn)確率，通常堿基錯(cuò)誤率低于1%,。成本低廉：隨著技術(shù)的進(jìn)步,，Illumina測序的成本已大幅下降，使得大規(guī)模測序項(xiàng)目更加經(jīng)濟(jì)可行,。廣泛應(yīng)用：Illumina平臺(tái)廣泛應(yīng)用于基因組測序、轉(zhuǎn)錄組測序,、表觀遺傳學(xué)等多個(gè)領(lǐng)域,。局限：讀長較短：Illumina測序的讀長一般在50-300bp之間，相對較短,，在比如可變剪接中可能存在局限性,。人基因組測序在實(shí)際應(yīng)用中，真核無參轉(zhuǎn)錄組測序已經(jīng)在多個(gè)領(lǐng)域展露頭角,。

在同步測序過程中,，Illumina平臺(tái)同時(shí)進(jìn)行多個(gè)DNA片段的測序操作，實(shí)現(xiàn)了高通量測序的能力,。同步測序的原理主要包括以下幾個(gè)步驟：引物結(jié)合：在每個(gè)DNA橋結(jié)構(gòu)上,，會(huì)引入含有固定質(zhì)子的引物，引物與DNA結(jié)合后可發(fā)出光信號(hào),。堿基延伸：引物結(jié)合后的DNA片段上會(huì)加入熒光標(biāo)記的堿基,，使其對應(yīng)堿基與DNA模板上的堿基匹配。拍照讀?。涸诿總€(gè)周期的堿基延伸后,，平臺(tái)會(huì)進(jìn)行熒光成像，并通過熒光信號(hào)讀取已加入的堿基,。洗脫步驟：每一個(gè)堿基加入和讀取周期結(jié)束后,，需要對DNA分子進(jìn)行化學(xué)處理，將已加入的堿基去除,。循環(huán)進(jìn)行上述步驟,，直到DNA序列的測序完成,。同步測序使得Illumina測序技術(shù)可以同時(shí)對多個(gè)DNA片段進(jìn)行測序，提高了測序速度和效率,。

通過二代測序平臺(tái),，快速獲得動(dòng)植物特定細(xì)胞或組織的轉(zhuǎn)錄本及基因表達(dá)信息，可進(jìn)行基因表達(dá)水平,、基因功能,、可變剪切、SNP以及新轉(zhuǎn)錄本發(fā)現(xiàn)等方面的研究,。與傳統(tǒng)的芯片檢測技術(shù)相比,，RNA-seq技術(shù)具有更高的靈敏度和動(dòng)態(tài)范圍，可以檢測到低表達(dá)基因并能夠識(shí)別出多個(gè)同一基因的不同剪切形式,。在RNA-seq實(shí)驗(yàn)中,，首先需要從樣品中提取RNA并進(jìn)行建庫，然后將建庫后的RNA樣本通過測序儀進(jìn)行高通量測序,，得到原始測序數(shù)據(jù),。接下來，利用生物信息學(xué)分析軟件對原始測序數(shù)據(jù)進(jìn)行質(zhì)控,、比對,、拼接和定量分析，終獲得基因表達(dá)水平,、可變剪切,、SNP等信息。通過對轉(zhuǎn)錄出的 RNA 進(jìn)行建庫測序,，我們能夠獲取大量關(guān)于基因表達(dá)水平以及基因功能等方面的寶貴信息,。

長讀長 RNA-seq 在研究基因融合等基因組異常方面也表現(xiàn)出了的性能?；蛉诤鲜窃S多疾病,，發(fā)生的重要機(jī)制之一。通過長讀長測序,，我們可以更準(zhǔn)確地檢測到這些融合事件,，為疾病的診斷和提供更精確的依據(jù)。當(dāng)然,，長讀長RNA-seq也并非完美無缺,。它在技術(shù)上仍然面臨著一些挑戰(zhàn)，例如測序成本較高,、數(shù)據(jù)準(zhǔn)確性有待進(jìn)一步提高等,。但不可否認(rèn)的是，它的出現(xiàn)為基因研究帶來了新的突破和機(jī)遇,。在實(shí)際應(yīng)用中,，Illumina 短讀長測序平臺(tái)和長讀長 RNA-seq 可以相互補(bǔ)充,，共同推動(dòng)基因研究的發(fā)展。短讀長測序可以繼續(xù)發(fā)揮其在大規(guī)?；虮磉_(dá)分析,、差異表達(dá)基因篩選等方面的優(yōu)勢，而長讀長 RNA-seq 則可以專注于解決那些需要更精細(xì)基因結(jié)構(gòu)解析的問題,。鏈特異性轉(zhuǎn)錄組幫助我們追蹤基因在胚胎發(fā)育過程中的動(dòng)態(tài)表達(dá),。人基因組測序

鏈特異性轉(zhuǎn)錄組學(xué)能夠更準(zhǔn)確地統(tǒng)計(jì)轉(zhuǎn)錄本數(shù)量、確定基因結(jié)構(gòu),。dna通常是以核苷酸單鏈組成

長讀長RNA-seq的原理是基于高通量測序平臺(tái),，將RNA逆轉(zhuǎn)錄成cDNA后進(jìn)行測序。與短讀長RNA-seq不同,，長讀長RNA-seq可以讀取更長的cDNA片段,，從而能夠更準(zhǔn)確地檢測基因的結(jié)構(gòu)和變異。在長讀長RNA-seq中,，通常使用單分子實(shí)時(shí)測序（SMRT）技術(shù)或納米孔測序技術(shù),。這些技術(shù)可以直接讀取RNA分子，而不需要將其打斷成短片段,，因此可以避免短讀長RNA-seq中由于片段化和拼接而引入的誤差,。通過長讀長RNA-seq，可以獲得更完整的轉(zhuǎn)錄本信息,，包括基因的全長序列、可變剪接形式,、轉(zhuǎn)錄起始和終止位點(diǎn)等,。這對于研究基因的功能、調(diào)控機(jī)制以及疾病的發(fā)展具有重要意義,。dna通常是以核苷酸單鏈組成