高通量空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)數(shù)據(jù)的處理和分析需要新穎的方法和工具支撐,，尤其是在預(yù)處理、scRNA-seq 數(shù)據(jù)的空間重構(gòu),、基于微陣列數(shù)據(jù)的細(xì)胞類型去卷積,、空間高變基因的識別,、細(xì)胞間相互作用的推導(dǎo)等。scRNA-seq 技術(shù)的進(jìn)步啟發(fā)了利用高分辨率轉(zhuǎn)錄組定量分析與空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)數(shù)據(jù)的互補性質(zhì)的新方法,。對于未進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測序的 smFISH 和 ISS 數(shù)據(jù),，可通過 scRNA-seq 數(shù)據(jù)估算空間數(shù)據(jù)中未分析的基因的表達(dá)模式。此外,，“空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)”這一術(shù)語的變體,，也用于描述將轉(zhuǎn)錄本定位到細(xì)胞器的技術(shù)（例如 APEX-seq），盡管該技術(shù)沒有記錄任何空間坐標(biāo),。了解空間轉(zhuǎn)錄組樣本準(zhǔn)備注意事項,。湖南空間轉(zhuǎn)錄組有什么用

空間轉(zhuǎn)錄組的一般流程。將準(zhǔn)備好的新鮮冷凍組織切片放置于空間轉(zhuǎn)錄組芯片上,。每個細(xì)胞中的RNA分子都包含著基因表達(dá)的信息,。組織切片成像，以檢索組織學(xué)信息,。這樣就可以看到一個細(xì)胞或一組細(xì)胞在組織中的位置,。空間轉(zhuǎn)錄組芯片上含有上千個捕獲的spot,，這些捕獲探針的 Poly-T 尾可以結(jié)合RNA分子的 Poly-A 尾,。這些陣列的排列順序就像一個棋盤，帶有相同身份條形碼（barcode）的探測位于同一個正方形中,。這樣就可以確定每個捕獲探針及其結(jié)合RNA的來源,。組織切片固定。該芯片包含一個與組織切片一起成像的視覺可檢測框架,。遼寧應(yīng)用空間轉(zhuǎn)錄組10X Visium空間轉(zhuǎn)錄組的實驗主要分為兩部分：組織學(xué)板塊和組學(xué)板塊,。

空間轉(zhuǎn)錄組的方法和技術(shù)有哪些？廣義上講,，現(xiàn)有的生成空間分辨轉(zhuǎn)錄組學(xué)的方法可分為四類：用于空間重建的計算策略和組學(xué)實驗的組合,，使用激光捕獲顯微切割（LCM）結(jié)合高通量進(jìn)行直接測量，使用熒光物質(zhì)的基于圖像的原位轉(zhuǎn)錄組學(xué) ,，以及基于寡核苷酸的空間條形碼再加上高通量,。每種方法都有其優(yōu)點和缺點,。空間重構(gòu)的計算策略：這種計算方法可以充分利用內(nèi)在基因表達(dá)模式或共表達(dá)的趨勢,，從單個細(xì)胞的大量轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)中重構(gòu)細(xì)胞間的環(huán)境,。然而，這些推論方法在某些情況下*呈現(xiàn)空間趨勢或特定組織的總體布局,?；贚CM的方法：基于LCM的轉(zhuǎn)錄組學(xué)或基因組學(xué)成功地獲得了單個細(xì)胞的空間轉(zhuǎn)錄組，盡管其通量很低,，但是在可以標(biāo)記成千上萬個單個細(xì)胞位置的多路復(fù)用條形碼策略可行之前,，將少量細(xì)胞的數(shù)據(jù)粗略地整合到構(gòu)成***的巨大背景中，可能具有一定價值,?；趫D像的原位轉(zhuǎn)錄組學(xué)：基于圖像的原位轉(zhuǎn)錄組學(xué)在很大程度上增加了可檢測區(qū)域，但也存在一些問題,，例如幾種smFISH方法很難從包括信號干擾,、轉(zhuǎn)錄本積累等復(fù)雜背景中提取單個細(xì)胞?？臻g條形碼加高通量：費用較高且無法在單個細(xì)胞中獲得轉(zhuǎn)錄組,。

如果只是通過空間轉(zhuǎn)錄組或者單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組，研究人員在兩個樣本中均可以發(fā)現(xiàn)淋巴細(xì)胞相關(guān)基因或者淋巴細(xì)胞群,，無法解釋兩個樣本預(yù)后之間的差異,。但是通過空間轉(zhuǎn)錄組，就能很清晰看到兩個樣本之間的差異,。作者借助空間轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)探究人類心臟在發(fā)育過程中的基因表達(dá)特征和細(xì)胞圖譜變化,，發(fā)現(xiàn)對于每個發(fā)育階段的不同解剖區(qū)域，都有獨特的基因表達(dá)特征,。結(jié)合單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù),，作者進(jìn)一步確定和豐富了胚胎心臟基因表達(dá)的空間注釋信息。 許多當(dāng)前時代空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)的基礎(chǔ)都是在自七十年代以來的幾十年間建立的,。

盡管前傳時代的空間技術(shù)被迅速棄用,，但其思想和方法是當(dāng)今時代空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)發(fā)展的基礎(chǔ)。在過去的 5 年中,，隨著眾多新技術(shù)的出現(xiàn)和 10x 公司 Visium 技術(shù)解決方案的商業(yè)化普及,，該領(lǐng)域得到了快速的發(fā)展。一,、實驗技術(shù)有待改進(jìn),。我們可以做更多的事情來改善實驗技術(shù)。例如 組織切片技術(shù)的發(fā)展,、 smFISH 和 ISS 技術(shù)的實驗技術(shù)優(yōu)化,、高效率的計算工具實現(xiàn)真正的 3D 空間轉(zhuǎn)錄組或者空間時序轉(zhuǎn)錄組等,。二，數(shù)據(jù)庫的建立,。盡管當(dāng)前空間轉(zhuǎn)錄組的數(shù)據(jù)在快速地增長,，但尚未有對應(yīng)的數(shù)據(jù)庫來對這些數(shù)據(jù)進(jìn)行匯總集成,。通過空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)可獲取組織中具體的位置轉(zhuǎn)錄信息,，為研究和診斷提供有效數(shù)據(jù)支撐。浙江歐易生物空間轉(zhuǎn)錄組應(yīng)用

除大腦以外的其他***的技術(shù)現(xiàn)代化,，將為開發(fā)有用的空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)地圖集提供廣闊的前景,。湖南空間轉(zhuǎn)錄組有什么用

空間轉(zhuǎn)錄組是在組織原位檢測基因表達(dá)的一種技術(shù)，與bulk RNA-seq或單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序相比,，空間轉(zhuǎn)錄組避免了組織中細(xì)胞位置信息的丟失,，使得我們在檢測基因表達(dá)的同時獲得基因在組織內(nèi)部的空間位置信息。正是由于空間轉(zhuǎn)錄組可以從多維度解析生物學(xué)過程的特點,，近年來關(guān)于空間轉(zhuǎn)錄組無論是在技術(shù)開發(fā),，還是大規(guī)模應(yīng)用或商業(yè)化，都得到蓬勃發(fā)展,。例如2019年4月,，Science發(fā)文通過空間轉(zhuǎn)錄組揭示ALS（肌萎縮側(cè)索硬化癥，又稱漸凍癥）分子病理的時空動態(tài),；2019年8月,，Nature在線發(fā)表了景乃禾團隊解析小鼠早期胚胎細(xì)胞的時空表達(dá)數(shù)據(jù)；2020年9月,，Cell上發(fā)表了一篇利用空間轉(zhuǎn)錄組解析人鱗狀細(xì)胞*的文章,；2021年1月，Science發(fā)表了將組織擴展和原位RNA測序結(jié)合起來的新型空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)ExSeq,；2021年4月,，10x Genomics公司宣布了新一代FFPE空間轉(zhuǎn)錄組商業(yè)化解決方案。湖南空間轉(zhuǎn)錄組有什么用

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