空間轉(zhuǎn)錄組的一般流程2。這使得在后續(xù)步驟中覆蓋細(xì)胞組織圖像和基因表達(dá)數(shù)據(jù)成為可能,。用我們的滲透試劑對組織進(jìn)行滲透,，這意味著在細(xì)胞膜上形成小孔。RNA分子可以通過這些通道離開細(xì)胞,，并與芯片上相鄰的捕獲探針結(jié)合,。因此，基因表達(dá)信息被捕獲在芯片上,。需要通過以下步驟將捕獲的RNA分子中存儲(chǔ)的信息轉(zhuǎn)換為數(shù)據(jù),。cDNA合成是為了創(chuàng)造穩(wěn)定的雙鏈DNA分子。這是必要的,，因?yàn)閏dna - rna -雜交體的降解速度很快,。此外，這是構(gòu)建可測序文庫之前的必要步驟,。所有之前收集的信息都被匯集起來,，可以在線訪問。這意味著在實(shí)踐中,，您可以查看組織切片的圖像并選擇組織中的不同區(qū)域,。然后你可以確定哪些基因在這些區(qū)域中以什么數(shù)量表達(dá)。因此,，你可以在一個(gè)單一的實(shí)驗(yàn)中進(jìn)行新分析,。細(xì)胞通訊是單細(xì)胞研究中一個(gè)模擬與理解復(fù)雜組織生態(tài)系統(tǒng)動(dòng)力學(xué)的適用方法,。海南實(shí)力空間轉(zhuǎn)錄組

空間轉(zhuǎn)錄組的一般流程。將準(zhǔn)備好的新鮮冷凍組織切片放置于空間轉(zhuǎn)錄組芯片上,。每個(gè)細(xì)胞中的RNA分子都包含著基因表達(dá)的信息,。組織切片成像，以檢索組織學(xué)信息,。這樣就可以看到一個(gè)細(xì)胞或一組細(xì)胞在組織中的位置,。空間轉(zhuǎn)錄組芯片上含有上千個(gè)捕獲的spot,，這些捕獲探針的 Poly-T 尾可以結(jié)合RNA分子的 Poly-A 尾,。這些陣列的排列順序就像一個(gè)棋盤，帶有相同身份條形碼（barcode）的探測位于同一個(gè)正方形中,。這樣就可以確定每個(gè)捕獲探針及其結(jié)合RNA的來源,。組織切片固定。該芯片包含一個(gè)與組織切片一起成像的視覺可檢測框架,。江西空間轉(zhuǎn)錄組有什么用空間轉(zhuǎn)錄組避免了組織中細(xì)胞位置信息的丟失,。

10x Genomics空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)的準(zhǔn)確性高嗎？下圖是一個(gè)將10x Genomics空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)應(yīng)用于小鼠海馬體研究的案例,。A圖為腦組織切片的HE染色結(jié)果,，從10x Genomics空間轉(zhuǎn)錄組分析結(jié)果中，可以清晰看到Tmsb4x（B圖）和Selenow（C圖）在海馬體區(qū)域高表達(dá),，和已知的研究結(jié)果一致性較高,。開展10x Genomics空間轉(zhuǎn)錄組需要做哪些準(zhǔn)備？空間轉(zhuǎn)錄組是一項(xiàng)十分前沿的技術(shù),，涉及到很多細(xì)節(jié)方面的準(zhǔn)備工作,，例如組織類型的選擇,、前期預(yù)實(shí)驗(yàn)的設(shè)計(jì),、病理區(qū)域的確認(rèn)等一系列內(nèi)容。而且實(shí)驗(yàn)中存在很多不確定性因素,，處理不慎容易導(dǎo)致整個(gè)項(xiàng)目失敗,。

空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)包含兩種芯片，分別為組織優(yōu)化芯片（Tissue Optimization）和基因表達(dá)芯片（Library Preparation）,。組織優(yōu)化芯片用來摸索組織透化的比較好時(shí)間,，基因表達(dá)芯片用來進(jìn)行正式樣本的空間轉(zhuǎn)錄組實(shí)驗(yàn)。其中基因表達(dá)芯片上有 4 個(gè)捕獲區(qū)域,，每個(gè)區(qū)域大小為 6.5mm×6.5mm,，每個(gè)捕獲區(qū)域中有 5000 個(gè)帶有特異地址序列的探針簇，稱為 barcoded spots,，每個(gè) spot 直徑為 55um,，包含數(shù)百萬個(gè)用于捕獲的 oligo 探針序列,，相鄰兩個(gè) spot 的中心距離為 100um。探針序列的結(jié)構(gòu)為：測序引物結(jié)合序列,，16nt 的位置序列,，12nt 的 UMI 序列以及 30nt 的 oligo-dT 序列。有很多其他類型的分析可用于空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)數(shù)據(jù),，包括基因模式的識(shí)別,，空間區(qū)域的轉(zhuǎn)錄組定義等。

空間轉(zhuǎn)錄組的方法和技術(shù)有哪些,？廣義上講,，現(xiàn)有的生成空間分辨轉(zhuǎn)錄組學(xué)的方法可分為四類：用于空間重建的計(jì)算策略和組學(xué)實(shí)驗(yàn)的組合，使用激光捕獲顯微切割（LCM）結(jié)合高通量進(jìn)行直接測量,，使用熒光物質(zhì)的基于圖像的原位轉(zhuǎn)錄組學(xué) ,，以及基于寡核苷酸的空間條形碼再加上高通量。每種方法都有其優(yōu)點(diǎn)和缺點(diǎn),?？臻g重構(gòu)的計(jì)算策略：這種計(jì)算方法可以充分利用內(nèi)在基因表達(dá)模式或共表達(dá)的趨勢，從單個(gè)細(xì)胞的大量轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)中重構(gòu)細(xì)胞間的環(huán)境,。然而,，這些推論方法在某些情況下*呈現(xiàn)空間趨勢或特定組織的總體布局?；贚CM的方法：基于LCM的轉(zhuǎn)錄組學(xué)或基因組學(xué)成功地獲得了單個(gè)細(xì)胞的空間轉(zhuǎn)錄組,，盡管其通量很低，但是在可以標(biāo)記成千上萬個(gè)單個(gè)細(xì)胞位置的多路復(fù)用條形碼策略可行之前,，將少量細(xì)胞的數(shù)據(jù)粗略地整合到構(gòu)成***的巨大背景中,，可能具有一定價(jià)值?；趫D像的原位轉(zhuǎn)錄組學(xué)：基于圖像的原位轉(zhuǎn)錄組學(xué)在很大程度上增加了可檢測區(qū)域,，但也存在一些問題，例如幾種smFISH方法很難從包括信號干擾,、轉(zhuǎn)錄本積累等復(fù)雜背景中提取單個(gè)細(xì)胞,。空間條形碼加高通量：費(fèi)用較高且無法在單個(gè)細(xì)胞中獲得轉(zhuǎn)錄組,?？臻g轉(zhuǎn)錄組組織學(xué)板塊包括樣品的包埋、切片,、固定,、染色及成像，記錄切片的形態(tài)學(xué)信息。海南實(shí)力空間轉(zhuǎn)錄組

如何通過“HE染色”判斷空間轉(zhuǎn)錄組項(xiàng)目樣本是否為“好的樣本”呢,？海南實(shí)力空間轉(zhuǎn)錄組

1. 10x Genomics公司提供的Visium空間基因表達(dá)解決方案是目前可選的一個(gè)高通量空間轉(zhuǎn)錄組的商業(yè)化解決方案,。該解決方案可以輕松地將空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)應(yīng)用到組織切片和染色的標(biāo)準(zhǔn)方法中，從而研究空間分辨率下整個(gè)轉(zhuǎn)錄組mRNA的表達(dá)情況,，同時(shí)在同一組織切片中獲得組織學(xué)相關(guān)信息,。空間轉(zhuǎn)錄組是一項(xiàng)前沿技術(shù),，涉及到很多細(xì)節(jié)方面的準(zhǔn)備工作,，例如組織類型的選擇、前期預(yù)實(shí)驗(yàn)的設(shè)計(jì),、病理區(qū)域的確認(rèn)等一系列內(nèi)容,。而且實(shí)驗(yàn)中存在很多不確定性因素，處理不慎容易導(dǎo)致整個(gè)項(xiàng)目失敗,。海南實(shí)力空間轉(zhuǎn)錄組

上海歐易生物醫(yī)學(xué)科技有限公司發(fā)展規(guī)模團(tuán)隊(duì)不斷壯大,，現(xiàn)有一支專業(yè)技術(shù)團(tuán)隊(duì)，各種專業(yè)設(shè)備齊全,。致力于創(chuàng)造***的產(chǎn)品與服務(wù),，以誠信、敬業(yè),、進(jìn)取為宗旨,，以建歐易生物產(chǎn)品為目標(biāo)，努力打造成為同行業(yè)中具有影響力的企業(yè),。公司以用心服務(wù)為重點(diǎn)價(jià)值,，希望通過我們的專業(yè)水平和不懈努力，將檢驗(yàn)檢測服務(wù),。（依法須經(jīng)批準(zhǔn)的項(xiàng)目,，經(jīng)相關(guān)部門批準(zhǔn)后方可開展經(jīng)營活動(dòng)，具體經(jīng)營項(xiàng)目以相關(guān)部門批準(zhǔn)文件或許可證件為準(zhǔn)）一般項(xiàng)目：生物醫(yī)藥產(chǎn)品,、生化產(chǎn)品的研發(fā),，醫(yī)藥中間體、化工原料及產(chǎn)品（除危險(xiǎn)品化學(xué)品,、監(jiān)控化學(xué)品,、易制毒化學(xué)品）的研發(fā)、銷售,，儀器儀表的銷售，并提供相關(guān)技術(shù)咨詢,、技術(shù)服務(wù),，會(huì)務(wù)服務(wù)，企業(yè)管理咨詢。等業(yè)務(wù)進(jìn)行到底,。上海歐易生物醫(yī)學(xué)科技有限公司主營業(yè)務(wù)涵蓋科研服務(wù),，科研檢測，學(xué)術(shù)研究,，技術(shù)咨詢,，堅(jiān)持“質(zhì)量保證、良好服務(wù),、顧客滿意”的質(zhì)量方針,，贏得廣大客戶的支持和信賴。