空間轉(zhuǎn)錄組的一般流程2,。這使得在后續(xù)步驟中覆蓋細胞組織圖像和基因表達數(shù)據(jù)成為可能。用我們的滲透試劑對組織進行滲透,，這意味著在細胞膜上形成小孔,。RNA分子可以通過這些通道離開細胞,，并與芯片上相鄰的捕獲探針結(jié)合。因此,，基因表達信息被捕獲在芯片上,。需要通過以下步驟將捕獲的RNA分子中存儲的信息轉(zhuǎn)換為數(shù)據(jù)。cDNA合成是為了創(chuàng)造穩(wěn)定的雙鏈DNA分子,。這是必要的,，因為cdna - rna -雜交體的降解速度很快。此外,，這是構(gòu)建可測序文庫之前的必要步驟,。所有之前收集的信息都被匯集起來，可以在線訪問,。這意味著在實踐中,，您可以查看組織切片的圖像并選擇組織中的不同區(qū)域。然后你可以確定哪些基因在這些區(qū)域中以什么數(shù)量表達,。因此,，你可以在一個單一的實驗中進行新分析。細胞通訊是單細胞研究中一個模擬與理解復(fù)雜組織生態(tài)系統(tǒng)動力學(xué)的適用方法,。海南實力空間轉(zhuǎn)錄組

空間轉(zhuǎn)錄組的一般流程,。將準備好的新鮮冷凍組織切片放置于空間轉(zhuǎn)錄組芯片上。每個細胞中的RNA分子都包含著基因表達的信息,。組織切片成像,，以檢索組織學(xué)信息。這樣就可以看到一個細胞或一組細胞在組織中的位置,?？臻g轉(zhuǎn)錄組芯片上含有上千個捕獲的spot，這些捕獲探針的 Poly-T 尾可以結(jié)合RNA分子的 Poly-A 尾,。這些陣列的排列順序就像一個棋盤,，帶有相同身份條形碼（barcode）的探測位于同一個正方形中。這樣就可以確定每個捕獲探針及其結(jié)合RNA的來源,。組織切片固定,。該芯片包含一個與組織切片一起成像的視覺可檢測框架。江西空間轉(zhuǎn)錄組有什么用空間轉(zhuǎn)錄組避免了組織中細胞位置信息的丟失,。

10x Genomics空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)的準確性高嗎,？下圖是一個將10x Genomics空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)應(yīng)用于小鼠海馬體研究的案例。A圖為腦組織切片的HE染色結(jié)果,，從10x Genomics空間轉(zhuǎn)錄組分析結(jié)果中,，可以清晰看到Tmsb4x（B圖）和Selenow（C圖）在海馬體區(qū)域高表達,，和已知的研究結(jié)果一致性較高。開展10x Genomics空間轉(zhuǎn)錄組需要做哪些準備,？空間轉(zhuǎn)錄組是一項十分前沿的技術(shù),，涉及到很多細節(jié)方面的準備工作，例如組織類型的選擇,、前期預(yù)實驗的設(shè)計,、病理區(qū)域的確認等一系列內(nèi)容。而且實驗中存在很多不確定性因素,，處理不慎容易導(dǎo)致整個項目失敗,。

空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)包含兩種芯片，分別為組織優(yōu)化芯片（Tissue Optimization）和基因表達芯片（Library Preparation）,。組織優(yōu)化芯片用來摸索組織透化的比較好時間,，基因表達芯片用來進行正式樣本的空間轉(zhuǎn)錄組實驗,。其中基因表達芯片上有 4 個捕獲區(qū)域,，每個區(qū)域大小為 6.5mm×6.5mm，每個捕獲區(qū)域中有 5000 個帶有特異地址序列的探針簇,，稱為 barcoded spots,，每個 spot 直徑為 55um，包含數(shù)百萬個用于捕獲的 oligo 探針序列,，相鄰兩個 spot 的中心距離為 100um,。探針序列的結(jié)構(gòu)為：測序引物結(jié)合序列，16nt 的位置序列,，12nt 的 UMI 序列以及 30nt 的 oligo-dT 序列,。有很多其他類型的分析可用于空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)數(shù)據(jù)，包括基因模式的識別,，空間區(qū)域的轉(zhuǎn)錄組定義等,。

空間轉(zhuǎn)錄組的方法和技術(shù)有哪些？廣義上講,，現(xiàn)有的生成空間分辨轉(zhuǎn)錄組學(xué)的方法可分為四類：用于空間重建的計算策略和組學(xué)實驗的組合,，使用激光捕獲顯微切割（LCM）結(jié)合高通量進行直接測量，使用熒光物質(zhì)的基于圖像的原位轉(zhuǎn)錄組學(xué) ,，以及基于寡核苷酸的空間條形碼再加上高通量,。每種方法都有其優(yōu)點和缺點?？臻g重構(gòu)的計算策略：這種計算方法可以充分利用內(nèi)在基因表達模式或共表達的趨勢,，從單個細胞的大量轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)中重構(gòu)細胞間的環(huán)境。然而,，這些推論方法在某些情況下*呈現(xiàn)空間趨勢或特定組織的總體布局,?；贚CM的方法：基于LCM的轉(zhuǎn)錄組學(xué)或基因組學(xué)成功地獲得了單個細胞的空間轉(zhuǎn)錄組，盡管其通量很低,，但是在可以標記成千上萬個單個細胞位置的多路復(fù)用條形碼策略可行之前,，將少量細胞的數(shù)據(jù)粗略地整合到構(gòu)成***的巨大背景中，可能具有一定價值,?；趫D像的原位轉(zhuǎn)錄組學(xué)：基于圖像的原位轉(zhuǎn)錄組學(xué)在很大程度上增加了可檢測區(qū)域，但也存在一些問題,，例如幾種smFISH方法很難從包括信號干擾,、轉(zhuǎn)錄本積累等復(fù)雜背景中提取單個細胞?？臻g條形碼加高通量：費用較高且無法在單個細胞中獲得轉(zhuǎn)錄組,。空間轉(zhuǎn)錄組組織學(xué)板塊包括樣品的包埋,、切片,、固定、染色及成像,，記錄切片的形態(tài)學(xué)信息,。海南實力空間轉(zhuǎn)錄組

如何通過“HE染色”判斷空間轉(zhuǎn)錄組項目樣本是否為“好的樣本”呢？海南實力空間轉(zhuǎn)錄組

1. 10x Genomics公司提供的Visium空間基因表達解決方案是目前可選的一個高通量空間轉(zhuǎn)錄組的商業(yè)化解決方案,。該解決方案可以輕松地將空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)應(yīng)用到組織切片和染色的標準方法中,，從而研究空間分辨率下整個轉(zhuǎn)錄組mRNA的表達情況，同時在同一組織切片中獲得組織學(xué)相關(guān)信息,?？臻g轉(zhuǎn)錄組是一項前沿技術(shù)，涉及到很多細節(jié)方面的準備工作,，例如組織類型的選擇,、前期預(yù)實驗的設(shè)計、病理區(qū)域的確認等一系列內(nèi)容,。而且實驗中存在很多不確定性因素,，處理不慎容易導(dǎo)致整個項目失敗。海南實力空間轉(zhuǎn)錄組

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