BayesSpace是一種基于空間轉(zhuǎn)錄組模型的聚類方法,，通過對基因表達(dá)矩陣的低維表示進(jìn)行建模并通過空間先驗鼓勵相鄰點屬于同一簇來實現(xiàn)空間聚類。與以前的方法相比，BayesSpace允許對聚類結(jié)構(gòu)和錯誤項進(jìn)行更靈活的規(guī)范,。BayeSpace通過***使用的Bioconductor SingleCellExperiment數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)將預(yù)處理數(shù)據(jù)作為輸入，無縫集成到空間轉(zhuǎn)錄組分析工作流中,，輸出同樣存儲在SingleCellExperiment對象中,，該對象可用于下游分析。BayesSpace增強的空間聚類提供了一個更高分辨率的組織類型圖,。值得注意的是,，增強后的空間聚類識別了沿**邊界的淋巴組織區(qū)域和可能的免疫浸潤到**中的區(qū)域，這些區(qū)域在原來的分辨率下是無法辨別的,。研究的***主要集中于人類和小鼠的大腦,，而其他***（例如肝臟）的空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究相對滯后。10x空間轉(zhuǎn)錄組質(zhì)量

空間轉(zhuǎn)錄組研究的的必要性,。研究單細(xì)胞我們想要探究細(xì)胞間的異質(zhì)性,，但是常規(guī)的單細(xì)胞是將細(xì)胞解離成單細(xì)胞懸液，然后利用單細(xì)胞分離技術(shù)（微孔,，微板,，液滴）等方法實現(xiàn)單細(xì)胞建庫，這里比較大的問題是是細(xì)胞失去了原本在組織的空間信息,。然而這個空間信息在實際研究中有很重要,。特別是在研究細(xì)胞命運機制及細(xì)胞譜系發(fā)生空間位置的信息顯得尤為重要，因此發(fā)展空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)實現(xiàn)細(xì)胞的位置信息的保留,，對研究此類細(xì)胞狀態(tài)尤為必要,。廣西歐易生物空間轉(zhuǎn)錄組是什么作者通過對三個人類腦皮層組織的空間轉(zhuǎn)錄組測序，可評估不同腦皮層區(qū)域中基因表達(dá)特征和細(xì)胞類型定位情況,。

10xVisium空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)原理為將新鮮冷凍的組織切片,，置于文庫制備載玻片上,，經(jīng)過固定、染色和透化后,，釋放出mRNA,，mRNA與空間條形碼捕獲探針相結(jié)合，從而捕獲基因表達(dá)信息,。然后將捕獲的mRNA合成cDNA并制備測序文庫進(jìn)行測序,，并對數(shù)據(jù)進(jìn)行可視化分析?？臻g轉(zhuǎn)錄組技術(shù)作為當(dāng)今**前沿的科研技術(shù),，相信很多老師都希望將其運用于自己的課題中，快速發(fā)表高分文章,。歐易生物具有上百例空間轉(zhuǎn)錄組項目執(zhí)行經(jīng)驗,，致力通過質(zhì)量的服務(wù)，助力各位科研工作者取得新的突破,。

空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析的是根據(jù)每個芯片上每個 spot 的基因表達(dá)信息進(jìn)行聚類,，然后將 spot 根據(jù)坐標(biāo)位置序列放回到組織的圖像上，同時可以對每個 gene 在組織上表達(dá)的空間位置進(jìn)行定位,。獲得測序數(shù)據(jù)后,，首先利用 Space Ranger  軟件可以自動化的對圖像進(jìn)行處理、數(shù)據(jù)比對和 Barcode 處理,。另外一個軟件 Loupe Cell Browser 是一個適用于 Windows 和 MacOS 的桌面應(yīng)用程序,，它可以快速、輕松地可視化和分析10X Visium 數(shù)據(jù),。歐易生物具有上百例空間轉(zhuǎn)錄組項目執(zhí)行經(jīng)驗,，致力通過質(zhì)量的服務(wù)，助力各位科研工作者取得新的突破,?？臻g轉(zhuǎn)錄組使得在mRNA樣品處理和后續(xù)測序過程中位置信息的編碼和獲取成為可能。

 空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)(ST)是一種方法,，允許在組織樣本中可視化和定量分析轉(zhuǎn)錄組與空間分辨率,。通過在載玻片上排列含有位置條形碼的寡核苷酸的組織切片，該方法聲稱可以生成具有精確位置信息的高質(zhì)量的RNA-seq cDNA文庫,。條形碼芯片有1007個帶有獨特條形碼序列的引物位點,。每個位置都有一個直徑100μm(對應(yīng)于一個組織域)中心到中心的距離是200μm。歐易生物具有上百例空間轉(zhuǎn)錄組項目執(zhí)行經(jīng)驗,，在空間轉(zhuǎn)錄組樣本處理,、實驗和數(shù)據(jù)挖掘上的成功經(jīng)驗，致力通過質(zhì)量的服務(wù),，助力各位科研工作者取得新的突破,。對于 EDA 以外的任務(wù)，用戶仍然經(jīng)常需要學(xué)習(xí)新的語法,，轉(zhuǎn)換對象類型,，空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)仍然面臨許多挑戰(zhàn)。應(yīng)用空間轉(zhuǎn)錄組是什么

許多當(dāng)前時代空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)的基礎(chǔ)都是在自七十年代以來的幾十年間建立的,。10x空間轉(zhuǎn)錄組質(zhì)量

空間轉(zhuǎn)錄組是在組織原位檢測基因表達(dá)的一種技術(shù),，與bulk RNA-seq或單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序相比，空間轉(zhuǎn)錄組避免了組織中細(xì)胞位置信息的丟失,，使得我們在檢測基因表達(dá)的同時獲得基因在組織內(nèi)部的空間位置信息,。正是由于空間轉(zhuǎn)錄組可以從多維度解析生物學(xué)過程的特點，近年來關(guān)于空間轉(zhuǎn)錄組無論是在技術(shù)開發(fā),，還是大規(guī)模應(yīng)用或商業(yè)化,，都得到蓬勃發(fā)展。例如2019年4月,，Science發(fā)文通過空間轉(zhuǎn)錄組揭示ALS（肌萎縮側(cè)索硬化癥,，又稱漸凍癥）分子病理的時空動態(tài)；2019年8月,，Nature在線發(fā)表了景乃禾團隊解析小鼠早期胚胎細(xì)胞的時空表達(dá)數(shù)據(jù),；2020年9月，Cell上發(fā)表了一篇利用空間轉(zhuǎn)錄組解析人鱗狀細(xì)胞*的文章,；2021年1月,，Science發(fā)表了將組織擴展和原位RNA測序結(jié)合起來的新型空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)ExSeq；2021年4月,，10x Genomics公司宣布了新一代FFPE空間轉(zhuǎn)錄組商業(yè)化解決方案,。10x空間轉(zhuǎn)錄組質(zhì)量

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