高通量空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)數(shù)據(jù)的處理和分析需要新穎的方法和工具支撐,，尤其是在預(yù)處理,、scRNA-seq 數(shù)據(jù)的空間重構(gòu),、基于微陣列數(shù)據(jù)的細胞類型去卷積,、空間高變基因的識別,、細胞間相互作用的推導(dǎo)等,。scRNA-seq 技術(shù)的進步啟發(fā)了利用高分辨率轉(zhuǎn)錄組定量分析與空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)數(shù)據(jù)的互補性質(zhì)的新方法,。對于未進行轉(zhuǎn)錄組測序的 smFISH 和 ISS 數(shù)據(jù),，可通過 scRNA-seq 數(shù)據(jù)估算空間數(shù)據(jù)中未分析的基因的表達模式,。此外,，“空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)”這一術(shù)語的變體，也用于描述將轉(zhuǎn)錄本定位到細胞器的技術(shù)（例如 APEX-seq）,，盡管該技術(shù)沒有記錄任何空間坐標,。細胞通訊是單細胞研究中一個模擬與理解復(fù)雜組織生態(tài)系統(tǒng)動力學(xué)的適用方法。四川什么是空間轉(zhuǎn)錄組

本文利用空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究了在AD小鼠模型中,，淀粉樣斑塊周圍直徑為100mm的組織域中發(fā)生的轉(zhuǎn)錄變化,。發(fā)現(xiàn)了富含髓鞘和少突膠質(zhì)細胞基因（OLIGs）的基因共表達網(wǎng)絡(luò)的早期改變，而斑塊誘導(dǎo)的基因（PIGs）的多細胞基因共表達網(wǎng)絡(luò)涉及補體系統(tǒng),、氧化應(yīng)激,、溶酶體和炎癥，在疾病的后期非常突出,。此外作者通過對小鼠和人腦切片進行原位測序（ISS）,，證實了大多數(shù)觀察到的細胞水平的變化?？臻g轉(zhuǎn)錄組學(xué)分析為探究AD和其他腦部疾病致病特征附近失調(diào)的細胞網(wǎng)絡(luò)提供了可能,。黑龍江歐易生物空間轉(zhuǎn)錄組質(zhì)量10x? Genomics空間轉(zhuǎn)錄組用于文庫構(gòu)建的每張載玻片上有四個捕獲區(qū)域，每個捕獲區(qū)域的大小為6.5x6.5mm,。

空間轉(zhuǎn)錄組的一般流程2,。這使得在后續(xù)步驟中覆蓋細胞組織圖像和基因表達數(shù)據(jù)成為可能。用我們的滲透試劑對組織進行滲透,，這意味著在細胞膜上形成小孔,。RNA分子可以通過這些通道離開細胞，并與芯片上相鄰的捕獲探針結(jié)合,。因此,，基因表達信息被捕獲在芯片上。需要通過以下步驟將捕獲的RNA分子中存儲的信息轉(zhuǎn)換為數(shù)據(jù),。cDNA合成是為了創(chuàng)造穩(wěn)定的雙鏈DNA分子。這是必要的,，因為cdna - rna -雜交體的降解速度很快,。此外,，這是構(gòu)建可測序文庫之前的必要步驟。所有之前收集的信息都被匯集起來,，可以在線訪問,。這意味著在實踐中，您可以查看組織切片的圖像并選擇組織中的不同區(qū)域,。然后你可以確定哪些基因在這些區(qū)域中以什么數(shù)量表達,。因此，你可以在一個單一的實驗中進行新分析,。

1. 10x Genomics公司提供的Visium空間基因表達解決方案是目前可選的一個高通量空間轉(zhuǎn)錄組的商業(yè)化解決方案,。該解決方案可以輕松地將空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)應(yīng)用到組織切片和染色的標準方法中，從而研究空間分辨率下整個轉(zhuǎn)錄組mRNA的表達情況,，同時在同一組織切片中獲得組織學(xué)相關(guān)信息,。空間轉(zhuǎn)錄組是一項前沿技術(shù),，涉及到很多細節(jié)方面的準備工作,，例如組織類型的選擇、前期預(yù)實驗的設(shè)計,、病理區(qū)域的確認等一系列內(nèi)容,。而且實驗中存在很多不確定性因素，處理不慎容易導(dǎo)致整個項目失敗,?？臻g轉(zhuǎn)錄組是一種用于從空間層面上解析RNA-seq數(shù)據(jù)的技術(shù)，從而解析單個組織切片中的所有mRNA,。

空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析的是根據(jù)每個芯片上每個 spot 的基因表達信息進行聚類,，然后將 spot 根據(jù)坐標位置序列放回到組織的圖像上，同時可以對每個 gene 在組織上表達的空間位置進行定位,。獲得測序數(shù)據(jù)后,，首先利用 Space Ranger  軟件可以自動化的對圖像進行處理、數(shù)據(jù)比對和 Barcode 處理,。另外一個軟件 Loupe Cell Browser 是一個適用于 Windows 和 MacOS 的桌面應(yīng)用程序,，它可以快速、輕松地可視化和分析10X Visium 數(shù)據(jù),。歐易生物具有上百例空間轉(zhuǎn)錄組項目執(zhí)行經(jīng)驗,，致力通過質(zhì)量的服務(wù)，助力各位科研工作者取得新的突破,。過真實研究案例聚焦包括單細胞轉(zhuǎn)錄組,、單細胞基因組、單細胞代謝組,、空間轉(zhuǎn)錄組,。四川什么是空間轉(zhuǎn)錄組

空間轉(zhuǎn)錄組測序結(jié)果為未來人類心臟發(fā)育的研究提供重要的借鑒意義,。四川什么是空間轉(zhuǎn)錄組

盡管前傳時代的空間技術(shù)被迅速棄用，但其思想和方法是當今時代空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)發(fā)展的基礎(chǔ),。在過去的 5 年中,，隨著眾多新技術(shù)的出現(xiàn)和 10x 公司 Visium 技術(shù)解決方案的商業(yè)化普及，該領(lǐng)域得到了快速的發(fā)展,。一,、實驗技術(shù)有待改進。我們可以做更多的事情來改善實驗技術(shù),。例如 組織切片技術(shù)的發(fā)展,、 smFISH 和 ISS 技術(shù)的實驗技術(shù)優(yōu)化、高效率的計算工具實現(xiàn)真正的 3D 空間轉(zhuǎn)錄組或者空間時序轉(zhuǎn)錄組等,。二,，數(shù)據(jù)庫的建立。盡管當前空間轉(zhuǎn)錄組的數(shù)據(jù)在快速地增長,，但尚未有對應(yīng)的數(shù)據(jù)庫來對這些數(shù)據(jù)進行匯總集成,。四川什么是空間轉(zhuǎn)錄組

上海歐易生物醫(yī)學(xué)科技有限公司專注技術(shù)創(chuàng)新和產(chǎn)品研發(fā)，發(fā)展規(guī)模團隊不斷壯大,。公司目前擁有專業(yè)的技術(shù)員工,，為員工提供廣闊的發(fā)展平臺與成長空間，為客戶提供高質(zhì)的產(chǎn)品服務(wù),，深受員工與客戶好評,。誠實、守信是對企業(yè)的經(jīng)營要求,，也是我們做人的基本準則,。公司致力于打造***的科研服務(wù)，科研檢測,，學(xué)術(shù)研究,，技術(shù)咨詢。公司力求給客戶提供全數(shù)良好服務(wù),，我們相信誠實正直,、開拓進取地為公司發(fā)展做正確的事情，將為公司和個人帶來共同的利益和進步,。經(jīng)過幾年的發(fā)展,，已成為科研服務(wù)，科研檢測,，學(xué)術(shù)研究,，技術(shù)咨詢行業(yè)出名企業(yè)。