單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)的如火如荼,，伴隨著空間轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)的蓬勃發(fā)展,，可以看到，在現(xiàn)有的高通量檢測技術(shù)領(lǐng)域,，這兩種技術(shù)已為科學(xué)研究的發(fā)展提供了前所未有的技術(shù)支撐。從2019年單細(xì)胞多組學(xué)被評為《Nature Methods》年度技術(shù)進(jìn)展，到2020年空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)也被評為年度技術(shù)進(jìn)展,，相信在接下來的時間里，單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組和空間轉(zhuǎn)錄組將為生命科學(xué)的發(fā)展做出極其重要的貢獻(xiàn),。單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)的特點在于提供詳實的每個細(xì)胞的轉(zhuǎn)錄表達(dá)信息,，但是缺失了來源組織的空間組成信息。現(xiàn)有商用空間轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)的特點在于提供了完整的組織空間位置信息,，但是每個捕獲spot的信息無法達(dá)到單細(xì)胞分辨率（10個左右細(xì)胞）,。因此，這兩個技術(shù)的存在是天然互補的,，而將兩者的結(jié)合也是水到渠成,，完美結(jié)合。scRNA-seq 技術(shù)的進(jìn)步啟發(fā)了利用高分辨率轉(zhuǎn)錄組定量分析與空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)數(shù)據(jù)的互補性質(zhì)的新方法,。湖北歐易生物空間轉(zhuǎn)錄組

如果只是通過空間轉(zhuǎn)錄組或者單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組,，研究人員在兩個樣本中均可以發(fā)現(xiàn)淋巴細(xì)胞相關(guān)基因或者淋巴細(xì)胞群，無法解釋兩個樣本預(yù)后之間的差異,。但是通過空間轉(zhuǎn)錄組,，就能很清晰看到兩個樣本之間的差異。作者借助空間轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)探究人類心臟在發(fā)育過程中的基因表達(dá)特征和細(xì)胞圖譜變化,，發(fā)現(xiàn)對于每個發(fā)育階段的不同解剖區(qū)域,，都有獨特的基因表達(dá)特征。結(jié)合單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù),，作者進(jìn)一步確定和豐富了胚胎心臟基因表達(dá)的空間注釋信息,。 山東空間轉(zhuǎn)錄組使用該類工具的開發(fā)將簡化不同類型空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)數(shù)據(jù)的整合和分析。

廣義上來說,，目前一共有4種解析“空間性轉(zhuǎn)錄組”的策略：2.第一種是利用計算機(jī)算法,，根據(jù)單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)來模擬重構(gòu)組織的空間形態(tài),。例如Seurat，這是一個在單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析中***用到的R包,，我們可以利用scRNA-seq數(shù)據(jù),，加上對markegene進(jìn)行原位測序的結(jié)果來重構(gòu)組織的空間信息。3.第二種,，激光顯微切割+二代測序（LCM+NGS）,。這種技術(shù)對儀器和實驗人員的操作要求較高，而且獲取的通量也比較低,，如果組織非常珍貴或者研究的內(nèi)容十分精細(xì),，可以考慮這個。但是這種策略比較難被官方干運用,。4.第三種策略,，就是基于高分辨圖像的原位測序。**經(jīng)典的是smFISH當(dāng)然,，這種方法的通量比較低,。當(dāng)然隨著技術(shù)的發(fā)現(xiàn)，剛發(fā)布的FISH-seq技術(shù)通過多輪雜交的方式,，已經(jīng)把測序通量提高到了10000+個轉(zhuǎn)錄本,。5.***就是“基于空間條形碼（spatialbarcodes）的空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)。本文主要討論的也就是這種技術(shù),。后面主要討論的都是基于這種策略,。

10x Genomics空間轉(zhuǎn)錄組的實現(xiàn)原理是什么？10x Genomics空間轉(zhuǎn)錄組用于文庫構(gòu)建的每張載玻片上有四個捕獲區(qū)域,，每個捕獲區(qū)域的大小為6.5x6.5mm,，包含5000個被條形碼標(biāo)記的點（barcoded spots），每個點的直徑為55 μm,，點和點之間中心的距離為100 μm,，并且每個點都有一個barcode序列。組織切片的細(xì)胞中會釋放出mRNA,，遷移到每個spot的mRNA會被標(biāo)記上相應(yīng)的barcode序列,，然后進(jìn)行文庫構(gòu)建并進(jìn)行測序。根據(jù)數(shù)據(jù)的條形碼信息對數(shù)據(jù)進(jìn)行分析,，以確定哪些數(shù)據(jù)來自哪個位置,，從而實現(xiàn)空間基因表達(dá)的可視化。 盡管當(dāng)前空間轉(zhuǎn)錄組的數(shù)據(jù)在快速地增長,，但尚未有對應(yīng)的數(shù)據(jù)庫來對這些數(shù)據(jù)進(jìn)行匯總集成,。

空間轉(zhuǎn)錄組研究的的必要性。研究單細(xì)胞我們想要探究細(xì)胞間的異質(zhì)性,，但是常規(guī)的單細(xì)胞是將細(xì)胞解離成單細(xì)胞懸液,，然后利用單細(xì)胞分離技術(shù)（微孔,，微板，液滴）等方法實現(xiàn)單細(xì)胞建庫,，這里比較大的問題是是細(xì)胞失去了原本在組織的空間信息,。然而這個空間信息在實際研究中有很重要。特別是在研究細(xì)胞命運機(jī)制及細(xì)胞譜系發(fā)生空間位置的信息顯得尤為重要,，因此發(fā)展空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)實現(xiàn)細(xì)胞的位置信息的保留，對研究此類細(xì)胞狀態(tài)尤為必要,?？臻g轉(zhuǎn)錄組組織學(xué)板塊包括樣品的包埋、切片,、固定,、染色及成像，記錄切片的形態(tài)學(xué)信息,。北京生物技術(shù)空間轉(zhuǎn)錄組

盡管前傳時代的空間技術(shù)被迅速棄用,，但其思想和方法是當(dāng)今時代空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)發(fā)展的基礎(chǔ)。湖北歐易生物空間轉(zhuǎn)錄組

發(fā)達(dá)地區(qū)已經(jīng)形成較均衡的產(chǎn)業(yè)細(xì)分,，而我國銷售產(chǎn)業(yè)細(xì)分面臨失衡,，除醫(yī)藥及醫(yī)藥用品外其他細(xì)分產(chǎn)業(yè)均尚處開發(fā)初期。而我國銷售產(chǎn)業(yè)占國民生產(chǎn)總值的4%—5%,，潛力巨大,，市場有待挖掘。如行家預(yù)判,，服務(wù)型發(fā)展即將步入黃金時代,，眾多企業(yè)圍繞醫(yī)藥產(chǎn)業(yè)、商業(yè)領(lǐng)域及新興的互聯(lián)網(wǎng)醫(yī)藥等領(lǐng)域正在進(jìn)行廝殺,。在我國政策的支持下,，在社會資本的推動下以及技術(shù)升級的帶動下，互聯(lián)網(wǎng)巨頭,、科技巨頭,、地產(chǎn)巨頭等企業(yè)紛紛跨界進(jìn)入服務(wù)型。監(jiān)管體系缺失,，山東的疫苗事件中,，體現(xiàn)出銷往24個省市的疫苗各方面監(jiān)管力度小。制藥企業(yè)和各大醫(yī)藥機(jī)構(gòu)由不同部門管理,，這種分段監(jiān)管方式存在很大的醫(yī)藥健康漏洞,。在未來兩三年內(nèi)，主要科研服務(wù),，科研檢測,，學(xué)術(shù)研究,，技術(shù)咨詢公司和醫(yī)藥服務(wù)提供公司總收入中的2%至3％將來自“服務(wù)+”模式。隨著業(yè)務(wù)模式向“平臺即服務(wù)”和“數(shù)據(jù)即服務(wù)”的轉(zhuǎn)變,， “讓數(shù)據(jù)說話”將成為創(chuàng)新的新源泉,。湖北歐易生物空間轉(zhuǎn)錄組

上海歐易生物醫(yī)學(xué)科技有限公司致力于醫(yī)藥健康，是一家服務(wù)型的公司,。公司業(yè)務(wù)涵蓋科研服務(wù),，科研檢測，學(xué)術(shù)研究,，技術(shù)咨詢等,，價格合理，品質(zhì)有保證,。公司將不斷增強(qiáng)企業(yè)重點競爭力,，努力學(xué)習(xí)行業(yè)知識，遵守行業(yè)規(guī)范,，植根于醫(yī)藥健康行業(yè)的發(fā)展,。歐易生物立足于全國市場，依托強(qiáng)大的研發(fā)實力,，融合前沿的技術(shù)理念,，飛快響應(yīng)客戶的變化需求。