歐易生物高級技術(shù)支持陳老師首先給大家介紹了空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)的發(fā)展歷程、測序流程及原理,。緊接著,，歐易生物技術(shù)支持姚老師針對目前空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)發(fā)表的一系列高分文章進(jìn)行了方案設(shè)計(jì)的解析,。姜老師給大家詳細(xì)介紹了空間轉(zhuǎn)錄組項(xiàng)目樣本準(zhǔn)備、切片,、貼片等實(shí)驗(yàn)過程及注意事項(xiàng),，并帶領(lǐng)大家到實(shí)驗(yàn)室實(shí)地觀摩了整個實(shí)驗(yàn)過程，并就其中細(xì)節(jié)進(jìn)行了講解,。董老師針對空間轉(zhuǎn)錄組10x Space Ranger的分析原理及結(jié)果進(jìn)行了詳細(xì)解析,，并介紹了使用Seurat包進(jìn)行數(shù)據(jù)挖掘的標(biāo)準(zhǔn)分析流程?？臻g轉(zhuǎn)錄組可以進(jìn)行細(xì)胞間通訊分析,，區(qū)別在于空間位置信息可以同時用于識別潛在的細(xì)胞間相互作用。山西技術(shù)空間轉(zhuǎn)錄組

如果只是通過空間轉(zhuǎn)錄組或者單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組,，研究人員在兩個樣本中均可以發(fā)現(xiàn)淋巴細(xì)胞相關(guān)基因或者淋巴細(xì)胞群,，無法解釋兩個樣本預(yù)后之間的差異。但是通過空間轉(zhuǎn)錄組,，就能很清晰看到兩個樣本之間的差異。作者借助空間轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)探究人類心臟在發(fā)育過程中的基因表達(dá)特征和細(xì)胞圖譜變化,，發(fā)現(xiàn)對于每個發(fā)育階段的不同解剖區(qū)域,，都有獨(dú)特的基因表達(dá)特征。結(jié)合單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù),，作者進(jìn)一步確定和豐富了胚胎心臟基因表達(dá)的空間注釋信息,。 江蘇生物技術(shù)空間轉(zhuǎn)錄組本次培訓(xùn)班旨在跟廣大科研工作者介紹空間轉(zhuǎn)錄組的研究熱點(diǎn)和方案設(shè)計(jì)。

空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)包含兩種芯片,，分別為組織優(yōu)化芯片（Tissue Optimization）和基因表達(dá)芯片（Library Preparation）,。組織優(yōu)化芯片用來摸索組織透化的比較好時間，基因表達(dá)芯片用來進(jìn)行正式樣本的空間轉(zhuǎn)錄組實(shí)驗(yàn),。其中基因表達(dá)芯片上有 4 個捕獲區(qū)域,，每個區(qū)域大小為 6.5mm×6.5mm，每個捕獲區(qū)域中有 5000 個帶有特異地址序列的探針簇,，稱為 barcoded spots,，每個 spot 直徑為 55um，包含數(shù)百萬個用于捕獲的 oligo 探針序列,，相鄰兩個 spot 的中心距離為 100um,。探針序列的結(jié)構(gòu)為：測序引物結(jié)合序列，16nt 的位置序列,，12nt 的 UMI 序列以及 30nt 的 oligo-dT 序列,。

單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)的如火如荼，伴隨著空間轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)的蓬勃發(fā)展,，可以看到,，在現(xiàn)有的高通量檢測技術(shù)領(lǐng)域,，這兩種技術(shù)已為科學(xué)研究的發(fā)展提供了前所未有的技術(shù)支撐。從2019年單細(xì)胞多組學(xué)被評為《Nature Methods》年度技術(shù)進(jìn)展,，到2020年空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)也被評為年度技術(shù)進(jìn)展,，相信在接下來的時間里，單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組和空間轉(zhuǎn)錄組將為生命科學(xué)的發(fā)展做出極其重要的貢獻(xiàn),。單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)的特點(diǎn)在于提供詳實(shí)的每個細(xì)胞的轉(zhuǎn)錄表達(dá)信息,，但是缺失了來源組織的空間組成信息。現(xiàn)有商用空間轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)的特點(diǎn)在于提供了完整的組織空間位置信息,，但是每個捕獲spot的信息無法達(dá)到單細(xì)胞分辨率（10個左右細(xì)胞）,。因此，這兩個技術(shù)的存在是天然互補(bǔ)的,，而將兩者的結(jié)合也是水到渠成,，完美結(jié)合。10X Genomics 繼單細(xì)胞測序后也推出了空間轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù),。

10x Genomics空間轉(zhuǎn)錄組的實(shí)現(xiàn)原理是什么,？10x Genomics空間轉(zhuǎn)錄組用于文庫構(gòu)建的每張載玻片上有四個捕獲區(qū)域，每個捕獲區(qū)域的大小為6.5x6.5mm,，包含5000個被條形碼標(biāo)記的點(diǎn)（barcoded spots）,，每個點(diǎn)的直徑為55 μm，點(diǎn)和點(diǎn)之間中心的距離為100 μm,，并且每個點(diǎn)都有一個barcode序列,。組織切片的細(xì)胞中會釋放出mRNA，遷移到每個spot的mRNA會被標(biāo)記上相應(yīng)的barcode序列,，然后進(jìn)行文庫構(gòu)建并進(jìn)行測序,。根據(jù)數(shù)據(jù)的條形碼信息對數(shù)據(jù)進(jìn)行分析，以確定哪些數(shù)據(jù)來自哪個位置,，從而實(shí)現(xiàn)空間基因表達(dá)的可視化,。 作者通過對三個人類腦皮層組織的空間轉(zhuǎn)錄組測序，可評估不同腦皮層區(qū)域中基因表達(dá)特征和細(xì)胞類型定位情況,。山西技術(shù)空間轉(zhuǎn)錄組

如何通過“HE染色”判斷空間轉(zhuǎn)錄組項(xiàng)目樣本是否為“好的樣本”呢,？山西技術(shù)空間轉(zhuǎn)錄組

BayesSpace是一種基于空間轉(zhuǎn)錄組模型的聚類方法，通過對基因表達(dá)矩陣的低維表示進(jìn)行建模并通過空間先驗(yàn)鼓勵相鄰點(diǎn)屬于同一簇來實(shí)現(xiàn)空間聚類,。與以前的方法相比,，BayesSpace允許對聚類結(jié)構(gòu)和錯誤項(xiàng)進(jìn)行更靈活的規(guī)范。BayeSpace通過***使用的Bioconductor SingleCellExperiment數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)將預(yù)處理數(shù)據(jù)作為輸入,，無縫集成到空間轉(zhuǎn)錄組分析工作流中,，輸出同樣存儲在SingleCellExperiment對象中，該對象可用于下游分析,。BayesSpace增強(qiáng)的空間聚類提供了一個更高分辨率的組織類型圖,。值得注意的是,，增強(qiáng)后的空間聚類識別了沿**邊界的淋巴組織區(qū)域和可能的免疫浸潤到**中的區(qū)域，這些區(qū)域在原來的分辨率下是無法辨別的,。山西技術(shù)空間轉(zhuǎn)錄組

上海歐易生物醫(yī)學(xué)科技有限公司致力于醫(yī)藥健康,，以科技創(chuàng)新實(shí)現(xiàn)***管理的追求。歐易生物作為檢驗(yàn)檢測服務(wù),。（依法須經(jīng)批準(zhǔn)的項(xiàng)目,，經(jīng)相關(guān)部門批準(zhǔn)后方可開展經(jīng)營活動，具體經(jīng)營項(xiàng)目以相關(guān)部門批準(zhǔn)文件或許可證件為準(zhǔn)）一般項(xiàng)目：生物醫(yī)藥產(chǎn)品,、生化產(chǎn)品的研發(fā),，醫(yī)藥中間體、化工原料及產(chǎn)品（除危險(xiǎn)品化學(xué)品,、監(jiān)控化學(xué)品,、易制毒化學(xué)品）的研發(fā)、銷售,，儀器儀表的銷售,，并提供相關(guān)技術(shù)咨詢、技術(shù)服務(wù),，會務(wù)服務(wù),，企業(yè)管理咨詢。的企業(yè)之一,，為客戶提供良好的科研服務(wù),，科研檢測,，學(xué)術(shù)研究,，技術(shù)咨詢。歐易生物繼續(xù)堅(jiān)定不移地走高質(zhì)量發(fā)展道路,，既要實(shí)現(xiàn)基本面穩(wěn)定增長,，又要聚焦關(guān)鍵領(lǐng)域，實(shí)現(xiàn)轉(zhuǎn)型再突破,。歐易生物始終關(guān)注醫(yī)藥健康市場,，以敏銳的市場洞察力，實(shí)現(xiàn)與客戶的成長共贏,。