高通量空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)數(shù)據(jù)的處理和分析需要新穎的方法和工具支撐,，尤其是在預(yù)處理,、scRNA-seq 數(shù)據(jù)的空間重構(gòu),、基于微陣列數(shù)據(jù)的細(xì)胞類型去卷積,、空間高變基因的識(shí)別,、細(xì)胞間相互作用的推導(dǎo)等,。scRNA-seq 技術(shù)的進(jìn)步啟發(fā)了利用高分辨率轉(zhuǎn)錄組定量分析與空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)數(shù)據(jù)的互補(bǔ)性質(zhì)的新方法,。對(duì)于未進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測(cè)序的 smFISH 和 ISS 數(shù)據(jù)，可通過 scRNA-seq 數(shù)據(jù)估算空間數(shù)據(jù)中未分析的基因的表達(dá)模式,。此外,，“空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)”這一術(shù)語的變體，也用于描述將轉(zhuǎn)錄本定位到細(xì)胞器的技術(shù)（例如 APEX-seq）,，盡管該技術(shù)沒有記錄任何空間坐標(biāo),。空間轉(zhuǎn)錄組的條形碼逆轉(zhuǎn)錄oligo(dT)引物在顯微鏡載玻片表面的有序附著,。黑龍江歐易生物空間轉(zhuǎn)錄組做什么

當(dāng)前的技術(shù)主要有四種策略：1,、基于組學(xué)實(shí)驗(yàn)結(jié)合空間重建的計(jì)算策略。這種計(jì)算方法可以充分利用內(nèi)在基因表達(dá)模式或共表達(dá)的趨勢(shì)，從單個(gè)細(xì)胞的大量轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)中重構(gòu)細(xì)胞間的環(huán)境,。然而,，這些推論方法在某些情況下*呈現(xiàn)空間趨勢(shì)或特定組織的總體布局。2,、激光切割與NGS測(cè)序結(jié)合的策略,。基于LCM的轉(zhuǎn)錄組學(xué)或基因組學(xué)成功地獲得了單個(gè)細(xì)胞的空間轉(zhuǎn)錄組,，盡管其通量很低,，但是在可以標(biāo)記成千上萬個(gè)單個(gè)細(xì)胞位置的多路復(fù)用條形碼策略可行之前，將少量細(xì)胞的數(shù)據(jù)粗略地整合到構(gòu)成***的巨大背景中,，可能具有一定價(jià)值,。3、基于熒光物質(zhì)原位的轉(zhuǎn)錄組學(xué),?；趫D像的原位轉(zhuǎn)錄組學(xué)在很大程度上增加了可檢測(cè)區(qū)域，但也存在一些問題,，例如幾種smFISH方法很難從包括信號(hào)干擾,、轉(zhuǎn)錄本積累等復(fù)雜背景中提取單個(gè)細(xì)胞。4,、基于寡核苷酸的空間條碼加上NGS測(cè)序,。費(fèi)用較高且無法在單個(gè)細(xì)胞中獲得轉(zhuǎn)錄組。四川歐易生物空間轉(zhuǎn)錄組領(lǐng)域轉(zhuǎn)錄本的空間位置信息可以通過在原位陣列上捕獲的組織切片中的轉(zhuǎn)錄本來獲取,，?如空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù),。

和單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組一樣，空間轉(zhuǎn)錄組也可以進(jìn)行細(xì)胞間通訊分析,，區(qū)別在于空間位置信息可以同時(shí)用于識(shí)別潛在的細(xì)胞間相互作用,。通常通過了解配體受體（LR）對(duì)并測(cè)試 LR 對(duì)是否更有可能在鄰近細(xì)胞或 spot 中表達(dá)來完成。還有很多其他類型的分析可用于空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)數(shù)據(jù),，包括基因模式的識(shí)別,，空間區(qū)域的轉(zhuǎn)錄組定義， 基因間的相互作用推斷,，轉(zhuǎn)錄本的亞細(xì)胞定位以及基于H＆E圖像的基因表達(dá)估算等,。1. 歐易生物具有上百例空間轉(zhuǎn)錄組項(xiàng)目執(zhí)行經(jīng)驗(yàn)，致力通過質(zhì)量的服務(wù),，助力各位科研工作者取得新的突破,。

Visium空間轉(zhuǎn)錄組能夠做何種組織類型以及推薦切片厚度是什么？10X Genomics測(cè)試過很多組織類型,，絕大多數(shù)都可以用于空間轉(zhuǎn)錄組的分析,。下圖是他們官網(wǎng)上測(cè)試過的組織類型的列表,，測(cè)試過的組織都可以運(yùn)用在空間轉(zhuǎn)錄組的分析上面。但建議用戶用基因表達(dá)玻片做正式實(shí)驗(yàn)前,，務(wù)必用組織優(yōu)化的玻片測(cè)試一下,，看組織能否用于空間轉(zhuǎn)錄組的實(shí)驗(yàn)，同時(shí)也找到比較好的組織通透時(shí)間,。切片厚度基本上以10μm為主,，但也有少量組織例外。歐易生物具有上百例空間轉(zhuǎn)錄組項(xiàng)目執(zhí)行經(jīng)驗(yàn),，致力通過質(zhì)量的服務(wù),，助力各位科研工作者取得新的突破。盡管前傳時(shí)代的空間技術(shù)被迅速棄用,，但其思想和方法是當(dāng)今時(shí)代空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)發(fā)展的基礎(chǔ),。

空間轉(zhuǎn)錄組是在組織原位檢測(cè)基因表達(dá)的一種技術(shù),，與bulk RNA-seq或單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序相比,，空間轉(zhuǎn)錄組避免了組織中細(xì)胞位置信息的丟失，使得我們?cè)跈z測(cè)基因表達(dá)的同時(shí)獲得基因在組織內(nèi)部的空間位置信息,。正是由于空間轉(zhuǎn)錄組可以從多維度解析生物學(xué)過程的特點(diǎn),，近年來關(guān)于空間轉(zhuǎn)錄組無論是在技術(shù)開發(fā)，還是大規(guī)模應(yīng)用或商業(yè)化,，都得到蓬勃發(fā)展,。例如2019年4月，Science發(fā)文通過空間轉(zhuǎn)錄組揭示ALS（肌萎縮側(cè)索硬化癥,，又稱漸凍癥）分子病理的時(shí)空動(dòng)態(tài),；2019年8月，Nature在線發(fā)表了景乃禾團(tuán)隊(duì)解析小鼠早期胚胎細(xì)胞的時(shí)空表達(dá)數(shù)據(jù),；2020年9月,，Cell上發(fā)表了一篇利用空間轉(zhuǎn)錄組解析人鱗狀細(xì)胞*的文章；2021年1月,，Science發(fā)表了將組織擴(kuò)展和原位RNA測(cè)序結(jié)合起來的新型空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)ExSeq,；2021年4月，10x Genomics公司宣布了新一代FFPE空間轉(zhuǎn)錄組商業(yè)化解決方案,?？臻g轉(zhuǎn)錄組使得我們?cè)跈z測(cè)基因表達(dá)的同時(shí)獲得基因在組織內(nèi)部的空間位置信息。四川歐易生物空間轉(zhuǎn)錄組領(lǐng)域

了解R語言基礎(chǔ)語法及數(shù)據(jù)類型,，了解空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析整體流程,。黑龍江歐易生物空間轉(zhuǎn)錄組做什么

1. 空間轉(zhuǎn)錄組實(shí)驗(yàn)步驟A。切片制備和優(yōu)化：取新鮮組織,、冷凍,、切片,，并進(jìn)行HE染色成像，優(yōu)化確定切片是否覆蓋靶向區(qū)域,?？臻g轉(zhuǎn)錄組實(shí)驗(yàn)步驟B。切片固定和透化：將組織切片放置在含有與RNA結(jié)合捕獲探針的載玻片上,，并進(jìn)行固定和透化,，使細(xì)胞中的 mRNA 得到釋放，并結(jié)合到相應(yīng)的捕獲探針上,，從而獲取基因表達(dá)信息,。空間轉(zhuǎn)錄組實(shí)驗(yàn)步驟c,。逆轉(zhuǎn)和文庫構(gòu)建：以捕獲的 RNA 為模板,，進(jìn)行 cDNA 合成，和測(cè)序文庫制備,?？臻g轉(zhuǎn)錄組實(shí)驗(yàn)步驟d。高通量上機(jī)測(cè)序：對(duì)制備好的測(cè)序文庫,，進(jìn)行二代高通量短讀長測(cè)序,。空間轉(zhuǎn)錄組實(shí)驗(yàn)步驟e,。數(shù)據(jù)可視化分析：結(jié)合HE結(jié)果,，確定哪些基因有表達(dá)，表達(dá)量高低,，以及這些基因的空間位置信息,。黑龍江歐易生物空間轉(zhuǎn)錄組做什么

上海歐易生物醫(yī)學(xué)科技有限公司主營品牌有歐易生物，發(fā)展規(guī)模團(tuán)隊(duì)不斷壯大,，該公司服務(wù)型的公司,。歐易生物是一家私營合伙企業(yè)企業(yè)，一直“以人為本,，服務(wù)于社會(huì)”的經(jīng)營理念;“誠守信譽(yù),，持續(xù)發(fā)展”的質(zhì)量方針。公司擁有專業(yè)的技術(shù)團(tuán)隊(duì),，具有科研服務(wù),，科研檢測(cè)，學(xué)術(shù)研究,，技術(shù)咨詢等多項(xiàng)業(yè)務(wù),。歐易生物將以真誠的服務(wù)、創(chuàng)新的理念,、***的產(chǎn)品,，為彼此贏得全新的未來,！