高通量空間轉(zhuǎn)錄組學數(shù)據(jù)的處理和分析需要新穎的方法和工具支撐,，尤其是在預處理、scRNA-seq 數(shù)據(jù)的空間重構,、基于微陣列數(shù)據(jù)的細胞類型去卷積,、空間高變基因的識別,、細胞間相互作用的推導等。scRNA-seq 技術的進步啟發(fā)了利用高分辨率轉(zhuǎn)錄組定量分析與空間轉(zhuǎn)錄組學數(shù)據(jù)的互補性質(zhì)的新方法,。對于未進行轉(zhuǎn)錄組測序的 smFISH 和 ISS 數(shù)據(jù),，可通過 scRNA-seq 數(shù)據(jù)估算空間數(shù)據(jù)中未分析的基因的表達模式。此外,，“空間轉(zhuǎn)錄組學”這一術語的變體,，也用于描述將轉(zhuǎn)錄本定位到細胞器的技術（例如 APEX-seq），盡管該技術沒有記錄任何空間坐標,?？臻g轉(zhuǎn)錄組的條形碼逆轉(zhuǎn)錄oligo(dT)引物在顯微鏡載玻片表面的有序附著。黑龍江歐易生物空間轉(zhuǎn)錄組做什么

當前的技術主要有四種策略：1,、基于組學實驗結合空間重建的計算策略,。這種計算方法可以充分利用內(nèi)在基因表達模式或共表達的趨勢，從單個細胞的大量轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)中重構細胞間的環(huán)境,。然而,，這些推論方法在某些情況下*呈現(xiàn)空間趨勢或特定組織的總體布局。2,、激光切割與NGS測序結合的策略,。基于LCM的轉(zhuǎn)錄組學或基因組學成功地獲得了單個細胞的空間轉(zhuǎn)錄組,，盡管其通量很低,，但是在可以標記成千上萬個單個細胞位置的多路復用條形碼策略可行之前，將少量細胞的數(shù)據(jù)粗略地整合到構成***的巨大背景中,，可能具有一定價值,。3、基于熒光物質(zhì)原位的轉(zhuǎn)錄組學,?；趫D像的原位轉(zhuǎn)錄組學在很大程度上增加了可檢測區(qū)域，但也存在一些問題,，例如幾種smFISH方法很難從包括信號干擾,、轉(zhuǎn)錄本積累等復雜背景中提取單個細胞。4,、基于寡核苷酸的空間條碼加上NGS測序,。費用較高且無法在單個細胞中獲得轉(zhuǎn)錄組。四川歐易生物空間轉(zhuǎn)錄組領域轉(zhuǎn)錄本的空間位置信息可以通過在原位陣列上捕獲的組織切片中的轉(zhuǎn)錄本來獲取,，?如空間轉(zhuǎn)錄組技術,。

和單細胞轉(zhuǎn)錄組一樣，空間轉(zhuǎn)錄組也可以進行細胞間通訊分析，區(qū)別在于空間位置信息可以同時用于識別潛在的細胞間相互作用,。通常通過了解配體受體（LR）對并測試 LR 對是否更有可能在鄰近細胞或 spot 中表達來完成,。還有很多其他類型的分析可用于空間轉(zhuǎn)錄組學數(shù)據(jù)，包括基因模式的識別,，空間區(qū)域的轉(zhuǎn)錄組定義,， 基因間的相互作用推斷，轉(zhuǎn)錄本的亞細胞定位以及基于H＆E圖像的基因表達估算等,。1. 歐易生物具有上百例空間轉(zhuǎn)錄組項目執(zhí)行經(jīng)驗,，致力通過質(zhì)量的服務，助力各位科研工作者取得新的突破,。

Visium空間轉(zhuǎn)錄組能夠做何種組織類型以及推薦切片厚度是什么,？10X Genomics測試過很多組織類型，絕大多數(shù)都可以用于空間轉(zhuǎn)錄組的分析,。下圖是他們官網(wǎng)上測試過的組織類型的列表,，測試過的組織都可以運用在空間轉(zhuǎn)錄組的分析上面。但建議用戶用基因表達玻片做正式實驗前,，務必用組織優(yōu)化的玻片測試一下,，看組織能否用于空間轉(zhuǎn)錄組的實驗，同時也找到比較好的組織通透時間,。切片厚度基本上以10μm為主,，但也有少量組織例外。歐易生物具有上百例空間轉(zhuǎn)錄組項目執(zhí)行經(jīng)驗,，致力通過質(zhì)量的服務,，助力各位科研工作者取得新的突破。盡管前傳時代的空間技術被迅速棄用,，但其思想和方法是當今時代空間轉(zhuǎn)錄組學發(fā)展的基礎,。

空間轉(zhuǎn)錄組是在組織原位檢測基因表達的一種技術，與bulk RNA-seq或單細胞轉(zhuǎn)錄組測序相比,，空間轉(zhuǎn)錄組避免了組織中細胞位置信息的丟失,，使得我們在檢測基因表達的同時獲得基因在組織內(nèi)部的空間位置信息。正是由于空間轉(zhuǎn)錄組可以從多維度解析生物學過程的特點,，近年來關于空間轉(zhuǎn)錄組無論是在技術開發(fā),，還是大規(guī)模應用或商業(yè)化，都得到蓬勃發(fā)展,。例如2019年4月,，Science發(fā)文通過空間轉(zhuǎn)錄組揭示ALS（肌萎縮側索硬化癥,，又稱漸凍癥）分子病理的時空動態(tài),；2019年8月，Nature在線發(fā)表了景乃禾團隊解析小鼠早期胚胎細胞的時空表達數(shù)據(jù)；2020年9月,，Cell上發(fā)表了一篇利用空間轉(zhuǎn)錄組解析人鱗狀細胞*的文章,；2021年1月，Science發(fā)表了將組織擴展和原位RNA測序結合起來的新型空間轉(zhuǎn)錄組技術ExSeq,；2021年4月,，10x Genomics公司宣布了新一代FFPE空間轉(zhuǎn)錄組商業(yè)化解決方案?？臻g轉(zhuǎn)錄組使得我們在檢測基因表達的同時獲得基因在組織內(nèi)部的空間位置信息,。四川歐易生物空間轉(zhuǎn)錄組領域

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1. 空間轉(zhuǎn)錄組實驗步驟A,。切片制備和優(yōu)化：取新鮮組織、冷凍,、切片,，并進行HE染色成像，優(yōu)化確定切片是否覆蓋靶向區(qū)域,?？臻g轉(zhuǎn)錄組實驗步驟B。切片固定和透化：將組織切片放置在含有與RNA結合捕獲探針的載玻片上,，并進行固定和透化,，使細胞中的 mRNA 得到釋放，并結合到相應的捕獲探針上,，從而獲取基因表達信息,。空間轉(zhuǎn)錄組實驗步驟c,。逆轉(zhuǎn)和文庫構建：以捕獲的 RNA 為模板,，進行 cDNA 合成，和測序文庫制備,?？臻g轉(zhuǎn)錄組實驗步驟d。高通量上機測序：對制備好的測序文庫,，進行二代高通量短讀長測序,。空間轉(zhuǎn)錄組實驗步驟e,。數(shù)據(jù)可視化分析：結合HE結果,，確定哪些基因有表達，表達量高低,，以及這些基因的空間位置信息,。黑龍江歐易生物空間轉(zhuǎn)錄組做什么

上海歐易生物醫(yī)學科技有限公司主營品牌有歐易生物,，發(fā)展規(guī)模團隊不斷壯大，該公司服務型的公司,。歐易生物是一家私營合伙企業(yè)企業(yè),，一直“以人為本，服務于社會”的經(jīng)營理念;“誠守信譽,，持續(xù)發(fā)展”的質(zhì)量方針,。公司擁有專業(yè)的技術團隊，具有科研服務,，科研檢測,，學術研究，技術咨詢等多項業(yè)務,。歐易生物將以真誠的服務,、創(chuàng)新的理念、***的產(chǎn)品,，為彼此贏得全新的未來,！