Visium空間轉錄組能夠做何種組織類型以及推薦切片厚度是什么？10X Genomics測試過很多組織類型,，絕大多數(shù)都可以用于空間轉錄組的分析,。下圖是他們官網(wǎng)上測試過的組織類型的列表，測試過的組織都可以運用在空間轉錄組的分析上面,。但建議用戶用基因表達玻片做正式實驗前,，務必用組織優(yōu)化的玻片測試一下，看組織能否用于空間轉錄組的實驗,，同時也找到比較好的組織通透時間,。切片厚度基本上以10μm為主，但也有少量組織例外,。歐易生物具有上百例空間轉錄組項目執(zhí)行經(jīng)驗,，致力通過質量的服務，助力各位科研工作者取得新的突破,?？臻g轉錄組是在組織原位檢測基因表達的一種技術。山西歐易生物空間轉錄組領域

10x Genomics 公司提供的 Visium 空間基因表達解決方案是目前***一個高通量空間轉錄組的商業(yè)化解決方案,。該解決方案巧妙的將單細胞測序技術原理和組織切片染色結合在一起,，從而研究空間分辨率下整個轉錄組 mRNA 的表達情況，同時在同一組織切片中獲得組織學相關信息,?？臻g轉錄組相關的顯微解剖技術通常分為兩類：機械和光學。前者包括 Tomo-seq 等,，通過沿感興趣軸,，利用冷凍切片機進行組織切片，然后在每個切片上均進行 RNA 測序,。10x 提供的載玻片分為兩種：用于摸索組織比較好透化時間的組織優(yōu)化玻片和用于正式實驗的基因表達玻片,。湖北歐易生物空間轉錄組價格通過空間轉錄組技術可獲取組織中具體的位置轉錄信息，為研究和診斷提供有效數(shù)據(jù)支撐。

早期空間轉錄組學的另一條發(fā)展路線是基因捕獲和增強子捕獲篩選,，開發(fā)于二十世紀八十年代,，當時 DNA 測序通量正在增加，動物基因組是新開放的前沿領域,。果蠅和小鼠的篩選是在八十年代后期進行的,，目的是觀察未靶向且通常未知的基因表達情況。隨著通量的增加,，增強子和基因捕獲技術在九十年代成為空間轉錄組學的技術，直到 WMISH 在九十年代后期興起,。WMISH 技術的自動化程度較高,，避免了對轉基因品系的依賴，同時由于在二十一世紀初獲得物種的參考基因組信息變得越來越便利,，探針設計因此也更為方便,。

1. 空間轉錄組實驗步驟A。切片制備和優(yōu)化：取新鮮組織,、冷凍,、切片，并進行HE染色成像,，優(yōu)化確定切片是否覆蓋靶向區(qū)域,。空間轉錄組實驗步驟B,。切片固定和透化：將組織切片放置在含有與RNA結合捕獲探針的載玻片上,，并進行固定和透化，使細胞中的 mRNA 得到釋放,，并結合到相應的捕獲探針上,，從而獲取基因表達信息?？臻g轉錄組實驗步驟c,。逆轉和文庫構建：以捕獲的 RNA 為模板，進行 cDNA 合成,，和測序文庫制備,。空間轉錄組實驗步驟d,。高通量上機測序：對制備好的測序文庫,，進行二代高通量短讀長測序?？臻g轉錄組實驗步驟e,。數(shù)據(jù)可視化分析：結合HE結果，確定哪些基因有表達，表達量高低,，以及這些基因的空間位置信息,。空間轉錄組是一種用于從空間層面上解析RNA-seq數(shù)據(jù)的技術,，從而解析單個組織切片中的所有mRNA,。

廣義上來說，目前一共有4種解析“空間性轉錄組”的策略：2.第一種是利用計算機算法,，根據(jù)單細胞轉錄組數(shù)據(jù)來模擬重構組織的空間形態(tài),。例如Seurat，這是一個在單細胞數(shù)據(jù)分析中***用到的R包,，我們可以利用scRNA-seq數(shù)據(jù),，加上對markegene進行原位測序的結果來重構組織的空間信息。3.第二種,，激光顯微切割+二代測序（LCM+NGS）,。這種技術對儀器和實驗人員的操作要求較高，而且獲取的通量也比較低,，如果組織非常珍貴或者研究的內(nèi)容十分精細,，可以考慮這個。但是這種策略比較難被官方干運用,。4.第三種策略,，就是基于高分辨圖像的原位測序。**經(jīng)典的是smFISH當然,，這種方法的通量比較低,。當然隨著技術的發(fā)現(xiàn)，剛發(fā)布的FISH-seq技術通過多輪雜交的方式,，已經(jīng)把測序通量提高到了10000+個轉錄本,。5.***就是“基于空間條形碼（spatialbarcodes）的空間轉錄組技術。本文主要討論的也就是這種技術,。后面主要討論的都是基于這種策略,。 空間轉錄組學技術主要包括 MERFISH 和 seqFISH。河南什么是空間轉錄組

空間轉錄組是一項前沿技術,，涉及到很多細節(jié)方面的準備工作,。山西歐易生物空間轉錄組領域

空間轉錄組數(shù)據(jù)分析的是根據(jù)每個芯片上每個 spot 的基因表達信息進行聚類，然后將 spot 根據(jù)坐標位置序列放回到組織的圖像上,，同時可以對每個 gene 在組織上表達的空間位置進行定位,。獲得測序數(shù)據(jù)后，首先利用 Space Ranger  軟件可以自動化的對圖像進行處理,、數(shù)據(jù)比對和 Barcode 處理,。另外一個軟件 Loupe Cell Browser 是一個適用于 Windows 和 MacOS 的桌面應用程序,，它可以快速、輕松地可視化和分析10X Visium 數(shù)據(jù),。歐易生物具有上百例空間轉錄組項目執(zhí)行經(jīng)驗,，致力通過質量的服務，助力各位科研工作者取得新的突破,。山西歐易生物空間轉錄組領域

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