空間轉錄組的一般流程。將準備好的新鮮冷凍組織切片放置于空間轉錄組芯片上,。每個細胞中的RNA分子都包含著基因表達的信息,。組織切片成像,，以檢索組織學信息。這樣就可以看到一個細胞或一組細胞在組織中的位置,?？臻g轉錄組芯片上含有上千個捕獲的spot，這些捕獲探針的 Poly-T 尾可以結合RNA分子的 Poly-A 尾,。這些陣列的排列順序就像一個棋盤，帶有相同身份條形碼（barcode）的探測位于同一個正方形中,。這樣就可以確定每個捕獲探針及其結合RNA的來源,。組織切片固定。該芯片包含一個與組織切片一起成像的視覺可檢測框架,。10x Genomics公司宣布了新一代FFPE空間轉錄組商業(yè)化解決方案,。宣傳空間轉錄組質量

10x Genomics空間轉錄組技術的準確性高嗎？下圖是一個將10x Genomics空間轉錄組技術應用于小鼠海馬體研究的案例,。A圖為腦組織切片的HE染色結果,，從10x Genomics空間轉錄組分析結果中，可以清晰看到Tmsb4x（B圖）和Selenow（C圖）在海馬體區(qū)域高表達,，和已知的研究結果一致性較高,。開展10x Genomics空間轉錄組需要做哪些準備？空間轉錄組是一項十分前沿的技術,，涉及到很多細節(jié)方面的準備工作,，例如組織類型的選擇、前期預實驗的設計,、病理區(qū)域的確認等一系列內容,。而且實驗中存在很多不確定性因素，處理不慎容易導致整個項目失敗,。重慶空間轉錄組多少錢空間轉錄組是在組織原位檢測基因表達的一種技術,。

美國腦計劃啟動的 BICCN 項目，該項目將整合不同類型細胞的分子,、解剖學和生理學特性,，創(chuàng)建小鼠腦細胞 3D 參考圖譜，同時也將基于人類和非人類靈長類腦組織樣本,，繪制腦細胞參考圖譜 ,，其涉及空間轉錄組學技術主要包括 MERFISH 和 seqFISH。一些實現(xiàn)空間轉錄組學的重要技術,，可以追溯到二十世紀七十年代,，長期以來，各種形式的原位雜交技術（ISH）已用于可視化空間中的基因表達,。從技術原理中不難看出,，空間轉錄組技術重要為特殊的載玻片,。

1. 空間轉錄組實驗步驟A。切片制備和優(yōu)化：取新鮮組織,、冷凍,、切片，并進行HE染色成像,，優(yōu)化確定切片是否覆蓋靶向區(qū)域,。空間轉錄組實驗步驟B,。切片固定和透化：將組織切片放置在含有與RNA結合捕獲探針的載玻片上,，并進行固定和透化，使細胞中的 mRNA 得到釋放,，并結合到相應的捕獲探針上,，從而獲取基因表達信息?？臻g轉錄組實驗步驟c,。逆轉和文庫構建：以捕獲的 RNA 為模板，進行 cDNA 合成,，和測序文庫制備,。空間轉錄組實驗步驟d,。高通量上機測序：對制備好的測序文庫,，進行二代高通量短讀長測序?？臻g轉錄組實驗步驟e,。數據可視化分析：結合HE結果，確定哪些基因有表達,，表達量高低,，以及這些基因的空間位置信息。本次培訓班旨在跟廣大科研工作者介紹空間轉錄組的研究熱點和方案設計,。

空間轉錄組的應用有哪些,？一、發(fā)現(xiàn)疾病的空間異質性：同時了解患病組織中的細胞類型及其定位有助于解決空間分辨的轉錄組學問題,。在不同的環(huán)境下,，明智地選擇這些方法在生物學研究中也是至關重要的，例如在神經科學中,，基于FISH的方法很普遍,；基于LCM的方法適用于小樣本（例如臨床樣本）以及整個轉錄組或基因組分析。二,、構建空間轉錄組圖譜：借助于空間分辨的單細胞轉錄組學,，建立圖譜可能是在分子水平上研究生物體結構的重要步驟,。目前的多項研究通過單細胞轉錄組技術結合空間轉錄技術，得到多個***的時空轉錄組圖譜（相關研究后續(xù)會在如下專輯更新）,。盡管前傳時代的空間技術被迅速棄用,，但其思想和方法是當今時代空間轉錄組學發(fā)展的基礎。上?？臻g轉錄組多少錢

空間轉錄組學技術主要包括 MERFISH 和 seqFISH,。宣傳空間轉錄組質量

高通量空間轉錄組學數據的處理和分析需要新穎的方法和工具支撐，尤其是在預處理,、scRNA-seq 數據的空間重構,、基于微陣列數據的細胞類型去卷積、空間高變基因的識別,、細胞間相互作用的推導等。scRNA-seq 技術的進步啟發(fā)了利用高分辨率轉錄組定量分析與空間轉錄組學數據的互補性質的新方法,。對于未進行轉錄組測序的 smFISH 和 ISS 數據,，可通過 scRNA-seq 數據估算空間數據中未分析的基因的表達模式。此外,，“空間轉錄組學”這一術語的變體,，也用于描述將轉錄本定位到細胞器的技術（例如 APEX-seq），盡管該技術沒有記錄任何空間坐標,。宣傳空間轉錄組質量

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