空間轉(zhuǎn)錄組的一般流程。將準(zhǔn)備好的新鮮冷凍組織切片放置于空間轉(zhuǎn)錄組芯片上,。每個(gè)細(xì)胞中的RNA分子都包含著基因表達(dá)的信息,。組織切片成像,，以檢索組織學(xué)信息。這樣就可以看到一個(gè)細(xì)胞或一組細(xì)胞在組織中的位置,?？臻g轉(zhuǎn)錄組芯片上含有上千個(gè)捕獲的spot，這些捕獲探針的 Poly-T 尾可以結(jié)合RNA分子的 Poly-A 尾,。這些陣列的排列順序就像一個(gè)棋盤,，帶有相同身份條形碼（barcode）的探測(cè)位于同一個(gè)正方形中。這樣就可以確定每個(gè)捕獲探針及其結(jié)合RNA的來(lái)源,。組織切片固定,。該芯片包含一個(gè)與組織切片一起成像的視覺可檢測(cè)框架。10x Genomics公司宣布了新一代FFPE空間轉(zhuǎn)錄組商業(yè)化解決方案,。宣傳空間轉(zhuǎn)錄組質(zhì)量

10x Genomics空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)的準(zhǔn)確性高嗎,？下圖是一個(gè)將10x Genomics空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)應(yīng)用于小鼠海馬體研究的案例。A圖為腦組織切片的HE染色結(jié)果,，從10x Genomics空間轉(zhuǎn)錄組分析結(jié)果中,，可以清晰看到Tmsb4x（B圖）和Selenow（C圖）在海馬體區(qū)域高表達(dá)，和已知的研究結(jié)果一致性較高,。開展10x Genomics空間轉(zhuǎn)錄組需要做哪些準(zhǔn)備,？空間轉(zhuǎn)錄組是一項(xiàng)十分前沿的技術(shù)，涉及到很多細(xì)節(jié)方面的準(zhǔn)備工作,，例如組織類型的選擇,、前期預(yù)實(shí)驗(yàn)的設(shè)計(jì)、病理區(qū)域的確認(rèn)等一系列內(nèi)容,。而且實(shí)驗(yàn)中存在很多不確定性因素,，處理不慎容易導(dǎo)致整個(gè)項(xiàng)目失敗。重慶空間轉(zhuǎn)錄組多少錢空間轉(zhuǎn)錄組是在組織原位檢測(cè)基因表達(dá)的一種技術(shù),。

美國(guó)腦計(jì)劃啟動(dòng)的 BICCN 項(xiàng)目,，該項(xiàng)目將整合不同類型細(xì)胞的分子、解剖學(xué)和生理學(xué)特性,，創(chuàng)建小鼠腦細(xì)胞 3D 參考圖譜,，同時(shí)也將基于人類和非人類靈長(zhǎng)類腦組織樣本，繪制腦細(xì)胞參考圖譜 ,，其涉及空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)主要包括 MERFISH 和 seqFISH,。一些實(shí)現(xiàn)空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)的重要技術(shù)，可以追溯到二十世紀(jì)七十年代,，長(zhǎng)期以來(lái),，各種形式的原位雜交技術(shù)（ISH）已用于可視化空間中的基因表達(dá)。從技術(shù)原理中不難看出,，空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)重要為特殊的載玻片,。

1. 空間轉(zhuǎn)錄組實(shí)驗(yàn)步驟A,。切片制備和優(yōu)化：取新鮮組織、冷凍,、切片,，并進(jìn)行HE染色成像，優(yōu)化確定切片是否覆蓋靶向區(qū)域,?？臻g轉(zhuǎn)錄組實(shí)驗(yàn)步驟B。切片固定和透化：將組織切片放置在含有與RNA結(jié)合捕獲探針的載玻片上,，并進(jìn)行固定和透化,，使細(xì)胞中的 mRNA 得到釋放，并結(jié)合到相應(yīng)的捕獲探針上,，從而獲取基因表達(dá)信息,。空間轉(zhuǎn)錄組實(shí)驗(yàn)步驟c,。逆轉(zhuǎn)和文庫(kù)構(gòu)建：以捕獲的 RNA 為模板,，進(jìn)行 cDNA 合成，和測(cè)序文庫(kù)制備,?？臻g轉(zhuǎn)錄組實(shí)驗(yàn)步驟d。高通量上機(jī)測(cè)序：對(duì)制備好的測(cè)序文庫(kù),，進(jìn)行二代高通量短讀長(zhǎng)測(cè)序,。空間轉(zhuǎn)錄組實(shí)驗(yàn)步驟e,。數(shù)據(jù)可視化分析：結(jié)合HE結(jié)果,，確定哪些基因有表達(dá)，表達(dá)量高低,，以及這些基因的空間位置信息。本次培訓(xùn)班旨在跟廣大科研工作者介紹空間轉(zhuǎn)錄組的研究熱點(diǎn)和方案設(shè)計(jì),。

空間轉(zhuǎn)錄組的應(yīng)用有哪些,？一、發(fā)現(xiàn)疾病的空間異質(zhì)性：同時(shí)了解患病組織中的細(xì)胞類型及其定位有助于解決空間分辨的轉(zhuǎn)錄組學(xué)問(wèn)題,。在不同的環(huán)境下,，明智地選擇這些方法在生物學(xué)研究中也是至關(guān)重要的，例如在神經(jīng)科學(xué)中,，基于FISH的方法很普遍,；基于LCM的方法適用于小樣本（例如臨床樣本）以及整個(gè)轉(zhuǎn)錄組或基因組分析。二,、構(gòu)建空間轉(zhuǎn)錄組圖譜：借助于空間分辨的單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組學(xué),，建立圖譜可能是在分子水平上研究生物體結(jié)構(gòu)的重要步驟,。目前的多項(xiàng)研究通過(guò)單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組技術(shù)結(jié)合空間轉(zhuǎn)錄技術(shù)，得到多個(gè)***的時(shí)空轉(zhuǎn)錄組圖譜（相關(guān)研究后續(xù)會(huì)在如下專輯更新）,。盡管前傳時(shí)代的空間技術(shù)被迅速棄用,，但其思想和方法是當(dāng)今時(shí)代空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)發(fā)展的基礎(chǔ)。上?？臻g轉(zhuǎn)錄組多少錢

空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)主要包括 MERFISH 和 seqFISH,。宣傳空間轉(zhuǎn)錄組質(zhì)量

高通量空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)數(shù)據(jù)的處理和分析需要新穎的方法和工具支撐，尤其是在預(yù)處理,、scRNA-seq 數(shù)據(jù)的空間重構(gòu),、基于微陣列數(shù)據(jù)的細(xì)胞類型去卷積、空間高變基因的識(shí)別,、細(xì)胞間相互作用的推導(dǎo)等,。scRNA-seq 技術(shù)的進(jìn)步啟發(fā)了利用高分辨率轉(zhuǎn)錄組定量分析與空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)數(shù)據(jù)的互補(bǔ)性質(zhì)的新方法。對(duì)于未進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測(cè)序的 smFISH 和 ISS 數(shù)據(jù),，可通過(guò) scRNA-seq 數(shù)據(jù)估算空間數(shù)據(jù)中未分析的基因的表達(dá)模式,。此外，“空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)”這一術(shù)語(yǔ)的變體,，也用于描述將轉(zhuǎn)錄本定位到細(xì)胞器的技術(shù)（例如 APEX-seq）,，盡管該技術(shù)沒(méi)有記錄任何空間坐標(biāo)。宣傳空間轉(zhuǎn)錄組質(zhì)量

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