10× Genomics單細(xì)胞方案要求使用具有較高活性的單細(xì)胞懸液,。在實際實驗中,我們發(fā)現(xiàn)因為樣本類型和制備單細(xì)胞懸液方法的不同,,容易出現(xiàn)單細(xì)胞懸液中死亡細(xì)胞的比例較高的情況,。去除單細(xì)胞懸液中的死細(xì)胞和其他污染物對獲得高質(zhì)量數(shù)據(jù)是至關(guān)重要的。這是因為,,死亡的細(xì)胞易裂解導(dǎo)致其中的RNA釋放出來,。這種cell-free RNA會導(dǎo)致檢測的背景噪聲,并會影響單細(xì)胞數(shù)據(jù)的質(zhì)量,。因此當(dāng)樣本活性較差時,,對細(xì)胞懸液中細(xì)胞活性檢測后,需要進(jìn)行一般死細(xì)胞去除的工作(一般懸液活性小于70%時考慮此操作),,以保證較高的上機捕獲細(xì)胞的質(zhì)量,。全線搭建10x Genomics單細(xì)胞測序平臺。長沙高通量測序單細(xì)胞測序服務(wù)機構(gòu)
細(xì)胞中基因的表達(dá)是嚴(yán)格按照時間和空間順序發(fā)生,,因此細(xì)胞類型和基因表達(dá)具有時間特異性和空間特異性,。時間特異性可以通過收集不同時間點的樣本進(jìn)行單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序來分析。但是單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序(scRNA-Seq)在單細(xì)胞懸液制備的過程中破壞了細(xì)胞的空間結(jié)構(gòu),,無法給出固態(tài)異質(zhì)化組織中細(xì)胞空間排布信息,。而空間轉(zhuǎn)錄組可以解決這個問題,其以點陣形式記錄組織切片細(xì)胞的空間信息,,在保留組織形態(tài)結(jié)構(gòu)的基礎(chǔ)上,,獲得細(xì)胞/基因的空間表達(dá)特異性。陜西10X Chromium X單細(xì)胞測序數(shù)據(jù)分析可視化單細(xì)胞測序數(shù)據(jù)分析,,認(rèn)準(zhǔn)烈冰NovelBrain生物信息數(shù)據(jù)分析平臺,。
從單細(xì)胞測序描述性分析轉(zhuǎn)向復(fù)雜樣本中不同細(xì)胞類型的功能解析,越來越需要一種多組學(xué)的細(xì)胞生物學(xué)視角,。通過單細(xì)胞多組學(xué)——即對不同組學(xué)的數(shù)據(jù)集進(jìn)行分析和整合——科學(xué)家能夠從同一個單細(xì)胞來源中檢測多種細(xì)胞特征,。這些特征包括全轉(zhuǎn)錄組基因表達(dá)、細(xì)胞表面蛋白表達(dá),、免疫組庫序列(包括T細(xì)胞和B細(xì)胞受體)以及用于了解表觀基因組調(diào)控的開放染色質(zhì)區(qū)域,。隨著單個實驗可提供更多信息豐富的數(shù)據(jù),研究人員的獲益更多,,包括保留珍貴樣本,、提高生產(chǎn)力、減少因批次效應(yīng)引起的錯誤,,并節(jié)省更多的高科技資源(從資助基金到人員時間),。
針對單細(xì)胞測序的細(xì)胞上樣數(shù),,為什么不建議捕獲到的細(xì)胞數(shù)量越高越好,?一味地追求高數(shù)量的細(xì)胞捕獲可能會存在一些問題,。例如在上機細(xì)胞懸液濃度固定時,如果目標(biāo)細(xì)胞捕獲數(shù)增加到8000甚至10000,,上樣細(xì)胞懸液體積勢必增加,,在細(xì)胞懸液質(zhì)量不是很理想(細(xì)胞活性<90%、碎片率>5%,、結(jié)團率均>5%)的情況下,,引入的背景信號會增加,分析結(jié)果不理想的直接體現(xiàn)包括:cell,、non-cell無法有效區(qū)分和Fraction reads in cells偏低,。當(dāng)cell和non-cell無法有效區(qū)分時,會使得數(shù)據(jù)出現(xiàn)假陽性和假陰性結(jié)果,!當(dāng)目標(biāo)細(xì)胞捕獲數(shù)很大時,,多細(xì)胞率會增加,數(shù)據(jù)分析時,,此部分“cell”表現(xiàn)為基因檢測數(shù)和UMI檢測數(shù)是正常cell的N倍(N是一個GEM包裹的細(xì)胞數(shù)),,導(dǎo)致所有細(xì)胞的統(tǒng)計數(shù)據(jù)(單個細(xì)胞基因檢測中位數(shù)、單個細(xì)胞UMI檢測中位數(shù))虛高,。此部分“cell”雖然可以通過設(shè)置數(shù)據(jù)分析閾值進(jìn)行過濾,,但是容易會有此類數(shù)據(jù)的殘留和正常高基因檢測細(xì)胞的人為去除,!單細(xì)胞測序是高通量測序下的又一重大技術(shù)突破,。
機體為響應(yīng)各種應(yīng)激,其細(xì)胞會從一種功能“狀態(tài)”轉(zhuǎn)變?yōu)榱硪环N功能“狀態(tài)”;當(dāng)細(xì)胞在不同狀態(tài)之間轉(zhuǎn)變時,往往會經(jīng)歷轉(zhuǎn)錄重組,,導(dǎo)致一些基因被沉默,,一些基因被重新“喚醒”,但純化這些瞬態(tài)細(xì)胞進(jìn)行研究是很困難或不可能的,;scRNA-seq擬時序分析可以讓我們在不需要純化的情況下查看這些細(xì)胞狀態(tài)。擬時序分析,,即根據(jù)不同細(xì)胞亞群基因表達(dá)量隨時間的變化情況,,構(gòu)建細(xì)胞譜系發(fā)育,,但這里的時間并不是真時間,,而是一個虛擬的時間,,是指的細(xì)胞與細(xì)胞之間的轉(zhuǎn)化和演替的順序和軌跡,。即使在同一個樣本中,,也會存在多種不同的細(xì)胞形態(tài),。因此,,不論測定了多少樣本,,我們都可以采用擬時序分析對樣本中的細(xì)胞轉(zhuǎn)化和變化進(jìn)行描述,。單細(xì)胞測序技術(shù)遍地開花,,烈冰服務(wù)讓您的醫(yī)學(xué)研究如虎添翼,。沈陽10X Genomics單細(xì)胞測序
單細(xì)胞多組學(xué)測序可識別重要的轉(zhuǎn)錄因子,,進(jìn)行譜系和發(fā)育追蹤,。長沙高通量測序單細(xì)胞測序服務(wù)機構(gòu)
單細(xì)胞測序技術(shù)(Single Cell Sequencing)從一種新興的研究角度,,借助已有的高通量測序手段,,幫助研究者在樣本中細(xì)胞的異質(zhì)性、免疫微環(huán)境,、發(fā)育學(xué),、免疫學(xué)以及其他領(lǐng)域中進(jìn)行單細(xì)胞層面的數(shù)據(jù)解析,,解決了Bulk Population Sequencing所無法解決的問題,。這樣一個新的研究領(lǐng)域必然也需要足夠可靠的實驗手段來支撐,。BD Rhapsody單細(xì)胞分選系統(tǒng)為此提供了完善的硬件設(shè)備,,保證了從單細(xì)胞懸液質(zhì)量評估到單細(xì)胞分選標(biāo)記過程中每一個實驗步驟的準(zhǔn)確質(zhì)控,。NovelBio單細(xì)胞實驗團隊借助BD Rhapsody單細(xì)胞分選系統(tǒng),,在實驗實施層面對單細(xì)胞測序結(jié)果的可靠性提供了強有力的保證,。繼單細(xì)胞懸液制備之后,,又在另一道關(guān)鍵關(guān)卡提供了可靠的支持,,幫助研究者在單細(xì)胞測序領(lǐng)域收獲更多的成果。長沙高通量測序單細(xì)胞測序服務(wù)機構(gòu)
上海烈冰生物醫(yī)藥科技有限公司是一家生物科技,、醫(yī)藥科技、信息科技,、計算機科技領(lǐng)域內(nèi)的技術(shù)開發(fā),、技術(shù)服務(wù),、技術(shù)轉(zhuǎn)讓,、技術(shù)咨詢,市場營銷策劃,,市場信息咨詢與調(diào)查(不得從事社會調(diào)查、社會調(diào)研,、民意調(diào)查,、民意測驗),,從事貨物及技術(shù)的進(jìn)出口業(yè)務(wù),,計算機,、軟件及耗材(除專控),,軟件開發(fā)【依法須經(jīng)批準(zhǔn)的項目,,經(jīng)相關(guān)部門批準(zhǔn)后方可開展經(jīng)營活動】的公司,是一家集研發(fā),、設(shè)計,、生產(chǎn)和銷售為一體的專業(yè)化公司。烈冰生物作為生物科技,、醫(yī)藥科技,、信息科技、計算機科技領(lǐng)域內(nèi)的技術(shù)開發(fā),、技術(shù)服務(wù),、技術(shù)轉(zhuǎn)讓,、技術(shù)咨詢,市場營銷策劃,,市場信息咨詢與調(diào)查(不得從事社會調(diào)查,、社會調(diào)研、民意調(diào)查,、民意測驗),,從事貨物及技術(shù)的進(jìn)出口業(yè)務(wù),計算機,、軟件及耗材(除??兀浖_發(fā)【依法須經(jīng)批準(zhǔn)的項目,,經(jīng)相關(guān)部門批準(zhǔn)后方可開展經(jīng)營活動】的企業(yè)之一,,為客戶提供良好的單細(xì)胞測序,生物大數(shù)據(jù)云分析平臺,,空間轉(zhuǎn)錄組測序,,單細(xì)胞多組學(xué)測序。烈冰生物繼續(xù)堅定不移地走高質(zhì)量發(fā)展道路,,既要實現(xiàn)基本面穩(wěn)定增長,,又要聚焦關(guān)鍵領(lǐng)域,實現(xiàn)轉(zhuǎn)型再突破,。烈冰生物始終關(guān)注醫(yī)藥健康行業(yè)。滿足市場需求,,提高產(chǎn)品價值,,是我們前行的力量。