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北京二代測(cè)序單細(xì)胞測(cè)序數(shù)據(jù)分析培訓(xùn)班

來源: 發(fā)布時(shí)間:2022-06-10

單細(xì)胞測(cè)序技術(shù)(Single Cell Sequencing)從一種新興的研究角度,,借助已有的高通量測(cè)序手段,,幫助研究者在樣本中細(xì)胞的異質(zhì)性、免疫微環(huán)境,、發(fā)育學(xué),、免疫學(xué)以及其他領(lǐng)域中進(jìn)行單細(xì)胞層面的數(shù)據(jù)解析,解決了Bulk Population Sequencing所無法解決的問題,。這樣一個(gè)新的研究領(lǐng)域必然也需要足夠可靠的實(shí)驗(yàn)手段來支撐,。BD Rhapsody單細(xì)胞分選系統(tǒng)為此提供了完善的硬件設(shè)備,保證了從單細(xì)胞懸液質(zhì)量評(píng)估到單細(xì)胞分選標(biāo)記過程中每一個(gè)實(shí)驗(yàn)步驟的準(zhǔn)確質(zhì)控,。NovelBio單細(xì)胞實(shí)驗(yàn)團(tuán)隊(duì)借助BD Rhapsody單細(xì)胞分選系統(tǒng),,在實(shí)驗(yàn)實(shí)施層面對(duì)單細(xì)胞測(cè)序結(jié)果的可靠性提供了強(qiáng)有力的保證。繼單細(xì)胞懸液制備之后,,又在另一道關(guān)鍵關(guān)卡提供了可靠的支持,幫助研究者在單細(xì)胞測(cè)序領(lǐng)域收獲更多的成果,。全線搭建10X Genomics Chromium X單細(xì)胞實(shí)驗(yàn)測(cè)序平臺(tái),。北京二代測(cè)序單細(xì)胞測(cè)序數(shù)據(jù)分析培訓(xùn)班

單細(xì)胞測(cè)序龐大的數(shù)據(jù)烈冰生信團(tuán)隊(duì)傾情研發(fā)的NovelBrain?生信大數(shù)據(jù)分析平臺(tái),可實(shí)現(xiàn)零代碼操作,、簡(jiǎn)單方便:?jiǎn)渭?xì)胞瀏覽器的操作簡(jiǎn)單,,不需要命令行操作。簡(jiǎn)單拖拽,、設(shè)置參數(shù)即可運(yùn)行,,即使生信0基礎(chǔ)用戶也可以運(yùn)用自如;可視化展示海量結(jié)果文件:可視化展示Cluster的基因數(shù),,UMI數(shù)量,、線粒體RNA占比信息;以及不同Cluster對(duì)應(yīng)的細(xì)胞數(shù)量,、基因表達(dá)量,、RNA表達(dá)量、樣本細(xì)胞分布,、線粒體RNA表達(dá)量等,;3D立體展示,文章動(dòng)圖先人一步:?jiǎn)渭?xì)胞瀏覽器針對(duì)t-SNE圖,、UMAP圖和pseudotime結(jié)果進(jìn)行三維立體展示,,更加直觀立體的觀察細(xì)胞分布和聚類情況。長(zhǎng)沙10X Chromium X單細(xì)胞測(cè)序服務(wù)機(jī)構(gòu)烈冰一站式單細(xì)胞測(cè)序服務(wù):立足科學(xué)研究,,解碼生命本質(zhì),。

烈冰科技于2010年誕生之初便立足于高通量測(cè)序行業(yè),為科研學(xué)者提供專注的測(cè)序數(shù)據(jù)分析服務(wù),,先后經(jīng)歷基因芯片時(shí)代,、基因測(cè)序,、轉(zhuǎn)錄組測(cè)序時(shí)代...在科技日新月異的洪流中始終獨(dú)占鰲頭。2018年以來,,單細(xì)胞測(cè)序進(jìn)入發(fā)展的快車道,,烈冰作為國內(nèi)首批引進(jìn)單細(xì)胞實(shí)驗(yàn)雙平臺(tái)的公司,依托自主研發(fā)的NovelBrain?生物大數(shù)據(jù)分析平臺(tái),,為用戶提供一站式全流程的單細(xì)胞測(cè)序服務(wù)和解決方案,。4年的單細(xì)胞技術(shù)的積累,烈冰已具備大鼠,、小鼠,、斑馬魚、猴,、裸鼴鼠,、水稻、擬南芥等10+物種,,皮膚,、腦、脂肪,、心臟,、花序等50+組織類型,100+細(xì)胞類型,,1000+靶標(biāo)基因,,10000+樣本處理經(jīng)驗(yàn)。

10X Genomics 是一種基于 drop 的微流控技術(shù),,液體在配套芯片中的微管道中流動(dòng),,因此細(xì)胞直徑會(huì)受到芯片中微管道直徑的限制,微流體通道的直徑約為 50 ~ 60 um,,因此捕獲細(xì)胞的直徑不能超過 40um,。當(dāng)細(xì)胞直徑過大時(shí),容易出現(xiàn)管道堵塞,,造成GEM生成失敗,,對(duì)于神經(jīng)科學(xué)研究和心血管疾病研究的老師而言,準(zhǔn)備采用單細(xì)胞技術(shù)用于課題研究的時(shí)候,,往往會(huì)遇到一個(gè)尷尬的問題,,就是目標(biāo)細(xì)胞,例如神經(jīng)元細(xì)胞,、成熟心肌細(xì)胞由于體積過大,,不適用于 10X 單細(xì)胞技術(shù)。其中神經(jīng)元細(xì)胞的直徑很大,,直接超過了芯片中管道的直徑,,雖然心肌細(xì)胞直徑低于 50um,,但是成熟心肌細(xì)胞的長(zhǎng)度很長(zhǎng),有可能堵塞通道造成實(shí)驗(yàn)失敗,,這也是為什么現(xiàn)在很多已發(fā)表的心臟單細(xì)胞文章,,主要研究方向是心臟發(fā)育的原因了,主要還是因?yàn)槲窗l(fā)育成熟的心肌細(xì)胞比較小,,不會(huì)出現(xiàn)堵塞管道的風(fēng)險(xiǎn),。因此可以考慮組織解離后過 40um 濾網(wǎng),過濾掉大細(xì)胞,,避免出現(xiàn)管道堵塞,、實(shí)驗(yàn)失敗的風(fēng)險(xiǎn)。此種方案的缺點(diǎn)是大細(xì)胞被過濾掉,,丟失相關(guān)細(xì)胞數(shù)據(jù),;另外組織解離獲得高質(zhì)量細(xì)胞懸液以后,繼續(xù)做細(xì)胞裂解抽細(xì)胞核,,開展細(xì)胞核測(cè)序,。具體可訪問烈冰官網(wǎng)給我們留言,烈小冰將安排專業(yè)技術(shù)為您詳細(xì)解答,。烈冰測(cè)序數(shù)據(jù)分析平臺(tái),不依賴已有物種信息,,可研究非模式物種,,針對(duì)不同平臺(tái)的數(shù)據(jù),制定多套流程,;

單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序是在單細(xì)胞水平上高通量測(cè)序分析基因表達(dá)譜的技術(shù),,突破傳統(tǒng)高通量測(cè)序的局限性,組織解離后,,單個(gè)樣本一次上機(jī)能捕獲500-20000個(gè)細(xì)胞,, 基于每個(gè)細(xì)胞分別建庫測(cè)序,獲得單個(gè)細(xì)胞的基因結(jié)構(gòu)和基因表達(dá)狀態(tài),,并鑒定細(xì)胞的類型,,可以在不同樣本間從細(xì)胞類型的組成和豐度角度進(jìn)行比較,反映細(xì)胞間的異質(zhì)性,。而2021年橫空出世的10X Genomics Chromium X平臺(tái)實(shí)現(xiàn)了單塊chip上的百萬級(jí)別通量的細(xì)胞捕獲,,系統(tǒng)實(shí)現(xiàn)16個(gè)通道同時(shí)運(yùn)行,每個(gè)通道可捕獲2000-20000個(gè)細(xì)胞(不混樣),,并支持原Chromium Controller體統(tǒng)外的多種細(xì)胞捕獲百萬級(jí)別通量實(shí)驗(yàn),,可準(zhǔn)確鑒別稀有細(xì)胞類型和適配大規(guī)模單細(xì)胞研究。單細(xì)胞測(cè)序是高通量測(cè)序下的又一重大技術(shù)突破,。武漢二代測(cè)序單細(xì)胞測(cè)序數(shù)據(jù)分析可視化

烈冰開展了單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組,、單細(xì)胞多組學(xué)以及空間轉(zhuǎn)錄組等多種產(chǎn)品在內(nèi)的全套科研解決方案,。北京二代測(cè)序單細(xì)胞測(cè)序數(shù)據(jù)分析培訓(xùn)班

針對(duì)單細(xì)胞測(cè)序的細(xì)胞上樣數(shù),為什么不建議捕獲到的細(xì)胞數(shù)量越高越好,?一味地追求高數(shù)量的細(xì)胞捕獲可能會(huì)存在一些問題,。例如在上機(jī)細(xì)胞懸液濃度固定時(shí),如果目標(biāo)細(xì)胞捕獲數(shù)增加到8000甚至10000,,上樣細(xì)胞懸液體積勢(shì)必增加,,在細(xì)胞懸液質(zhì)量不是很理想(細(xì)胞活性<90%、碎片率>5%,、結(jié)團(tuán)率均>5%)的情況下,,引入的背景信號(hào)會(huì)增加,分析結(jié)果不理想的直接體現(xiàn)包括:cell,、non-cell無法有效區(qū)分和Fraction reads in cells偏低,。當(dāng)cell和non-cell無法有效區(qū)分時(shí),會(huì)使得數(shù)據(jù)出現(xiàn)假陽性和假陰性結(jié)果,!當(dāng)目標(biāo)細(xì)胞捕獲數(shù)很大時(shí),,多細(xì)胞率會(huì)增加,數(shù)據(jù)分析時(shí),,此部分“cell”表現(xiàn)為基因檢測(cè)數(shù)和UMI檢測(cè)數(shù)是正常cell的N倍(N是一個(gè)GEM包裹的細(xì)胞數(shù)),,導(dǎo)致所有細(xì)胞的統(tǒng)計(jì)數(shù)據(jù)(單個(gè)細(xì)胞基因檢測(cè)中位數(shù)、單個(gè)細(xì)胞UMI檢測(cè)中位數(shù))虛高,。此部分“cell”雖然可以通過設(shè)置數(shù)據(jù)分析閾值進(jìn)行過濾,,但是容易會(huì)有此類數(shù)據(jù)的殘留和正常高基因檢測(cè)細(xì)胞的人為去除!北京二代測(cè)序單細(xì)胞測(cè)序數(shù)據(jù)分析培訓(xùn)班

上海烈冰生物醫(yī)藥科技有限公司位于江月路999號(hào)奇亞特中心22幢,,擁有一支專業(yè)的技術(shù)團(tuán)隊(duì),。在烈冰生物近多年發(fā)展歷史,公司旗下現(xiàn)有品牌NovelBio,烈冰生物,NovelBrain,PanoCell,烈冰智造等,。公司堅(jiān)持以客戶為中心,、生物科技、醫(yī)藥科技,、信息科技,、計(jì)算機(jī)科技領(lǐng)域內(nèi)的技術(shù)開發(fā)、技術(shù)服務(wù),、技術(shù)轉(zhuǎn)讓,、技術(shù)咨詢,市場(chǎng)營(yíng)銷策劃,,市場(chǎng)信息咨詢與調(diào)查(不得從事社會(huì)調(diào)查,、社會(huì)調(diào)研、民意調(diào)查,、民意測(cè)驗(yàn)),,從事貨物及技術(shù)的進(jìn)出口業(yè)務(wù),,計(jì)算機(jī)、軟件及耗材(除??兀?,軟件開發(fā)【依法須經(jīng)批準(zhǔn)的項(xiàng)目,經(jīng)相關(guān)部門批準(zhǔn)后方可開展經(jīng)營(yíng)活動(dòng)】市場(chǎng)為導(dǎo)向,,重信譽(yù),,保質(zhì)量,想客戶之所想,,急用戶之所急,,全力以赴滿足客戶的一切需要。上海烈冰生物醫(yī)藥科技有限公司主營(yíng)業(yè)務(wù)涵蓋單細(xì)胞測(cè)序,,生物大數(shù)據(jù)云分析平臺(tái),,空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序,單細(xì)胞多組學(xué)測(cè)序,,堅(jiān)持“質(zhì)量保證,、良好服務(wù)、顧客滿意”的質(zhì)量方針,,贏得廣大客戶的支持和信賴,。