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吉林單細(xì)胞測序服務(wù)

來源: 發(fā)布時(shí)間:2022-06-12

機(jī)體為響應(yīng)各種應(yīng)激,其細(xì)胞會從一種功能“狀態(tài)”轉(zhuǎn)變?yōu)榱硪环N功能“狀態(tài)”,;當(dāng)細(xì)胞在不同狀態(tài)之間轉(zhuǎn)變時(shí),,往往會經(jīng)歷轉(zhuǎn)錄重組,導(dǎo)致一些基因被沉默,,一些基因被重新“喚醒”,,但純化這些瞬態(tài)細(xì)胞進(jìn)行研究是很困難或不可能的;scRNA-seq擬時(shí)序分析可以讓我們在不需要純化的情況下查看這些細(xì)胞狀態(tài),。擬時(shí)序分析,,即根據(jù)不同細(xì)胞亞群基因表達(dá)量隨時(shí)間的變化情況,構(gòu)建細(xì)胞譜系發(fā)育,,但這里的時(shí)間并不是真時(shí)間,,而是一個(gè)虛擬的時(shí)間,是指的細(xì)胞與細(xì)胞之間的轉(zhuǎn)化和演替的順序和軌跡,。即使在同一個(gè)樣本中,,也會存在多種不同的細(xì)胞形態(tài)。因此,,不論測定了多少樣本,,我們都可以采用擬時(shí)序分析對樣本中的細(xì)胞轉(zhuǎn)化和變化進(jìn)行描述。單細(xì)胞測序技術(shù)提供了單個(gè)細(xì)胞水平下的科學(xué)研究視角,。吉林單細(xì)胞測序服務(wù)

單細(xì)胞RNA-seq,、RNA-seq和逆轉(zhuǎn)錄qPCR(RT-qPCR)都采用一個(gè)共同過程,即分離RNA并將其轉(zhuǎn)化為cDNA進(jìn)行分析,。不過,,每種分析在開展方式和獲得的數(shù)據(jù)上有所不同。RNA-seq和RT-qPCR都是先從大量細(xì)胞中分離RNA,,然后將其轉(zhuǎn)化為cDNA,。RNA-seq是使用cDNA來構(gòu)建新一代測序文庫,從而測定整個(gè)轉(zhuǎn)錄組的基因表達(dá),。RT-qPCR則是從cDNA中擴(kuò)增特定靶點(diǎn),,并通過熒光測定表達(dá)水平。RT-qPCR限于已知靶點(diǎn),,而RNA-seq可實(shí)現(xiàn)無偏倚的全轉(zhuǎn)錄組基因表達(dá)分析,。然而,這兩者只能提供細(xì)胞群體內(nèi)基因表達(dá)的平均情況,。單細(xì)胞RNA-seq則在分離RNA之前將單細(xì)胞分離到微孔或單個(gè)微反應(yīng)容器中,。然后用細(xì)胞特異性的條形碼標(biāo)記RNA,確保來自每個(gè)細(xì)胞的cDNA可以追溯到起源細(xì)胞。與RNA-seq相似,,帶有條形碼的cDNA也被用于構(gòu)建新一代測序文庫,,從而能夠?qū)γ總€(gè)細(xì)胞的整個(gè)轉(zhuǎn)錄組進(jìn)行基因表達(dá)測定。蘇州二代測序單細(xì)胞測序商業(yè)化服務(wù)烈冰一站式單細(xì)胞測序服務(wù):立足科學(xué)研究,,解碼生命本質(zhì),。

細(xì)胞計(jì)數(shù)和活力評估在評估樣本質(zhì)量時(shí),需要在細(xì)胞清洗和過濾之后測定細(xì)胞活力,,這一點(diǎn)至關(guān)重要,。測定細(xì)胞活力有許多種方法,烈冰多年單細(xì)胞測序經(jīng)驗(yàn)發(fā)現(xiàn)臺盼藍(lán)法在鑒定活細(xì)胞與死細(xì)胞的比例時(shí)效果很好,。細(xì)胞計(jì)數(shù)的準(zhǔn)確性以及目標(biāo)回收量和實(shí)際回收量之間的一致性,,取決于我們了解樣本中有多少個(gè)細(xì)胞。一旦過濾和清洗完成,,可采用細(xì)胞計(jì)數(shù)設(shè)備(如血球計(jì)數(shù)器或自動細(xì)胞計(jì)數(shù)儀)進(jìn)行定量,。這些設(shè)備不但能提供準(zhǔn)確的細(xì)胞計(jì)數(shù),還能計(jì)算出向微流體芯片上樣適量細(xì)胞所需的細(xì)胞懸液體積,。

RNA測序(RNA-seq)或芯片分析等大量樣本的轉(zhuǎn)錄組學(xué)方法作為一類強(qiáng)大的工具,,可提供混合樣本的基因表達(dá)平均數(shù)據(jù),幫助科學(xué)家開始揭示這種異質(zhì)性,。隨后,,技術(shù)創(chuàng)新的飛躍在單細(xì)胞技術(shù)上達(dá)到新高度——使得科學(xué)家能夠定義細(xì)胞類型特異的基因表達(dá),從過去的平均數(shù)據(jù)中分辨出真正驅(qū)動其表達(dá)模式的細(xì)胞異質(zhì)性,。這讓研究人員能夠更詳細(xì)地表征組織異質(zhì)性,,鑒定稀有細(xì)胞類型,并逐個(gè)細(xì)胞地仔細(xì)分析其分子機(jī)制,。當(dāng)獲得了對其研究的生物系統(tǒng)更為真實(shí)的圖譜后,,研究人員就有了更為堅(jiān)實(shí)可靠的知識基礎(chǔ),并能在這個(gè)基礎(chǔ)上規(guī)劃下一步實(shí)驗(yàn),,以獲取更深入的可行動見解,。ATCG堿基的排列組合構(gòu)成了測序的龐大世界。

現(xiàn)有的單細(xì)胞測序技術(shù)陣營在幾個(gè)主要領(lǐng)域存在差別,。一個(gè)是分隔單個(gè)細(xì)胞以在其中進(jìn)行微反應(yīng)的物理平臺,。在這個(gè)空間,單個(gè)細(xì)胞的內(nèi)容物釋放,,轉(zhuǎn)錄本或其他生物分析物被標(biāo)記或添加索引,,以便下游識別。現(xiàn)有技術(shù)的另一個(gè)主要區(qū)別是如何添加索引,,就像生成測序文庫所涉及的流程步驟一樣,。10X Genomics單細(xì)胞測序平臺采用動態(tài)微流控技(Drop-Seq具有類似的技術(shù)原理),。從橫向孔道中逐一輸入凝膠微珠,其中一列縱向孔道輸入細(xì)胞,,凝膠微珠與細(xì)胞碰撞后會吸附在凝膠微珠上,,并通過微流控技術(shù),將之輸入到第二縱向孔道,,即油相孔道中,。這時(shí)候,就形成了一個(gè)個(gè)油滴并輸出并收集在EP管中,。每一個(gè)油滴中會落入一個(gè)細(xì)胞以及一個(gè)凝膠微珠,那么在每一個(gè)凝膠微珠中上長滿了不同的Cell Barcode和UMI Barcode連接形成的序列,,再加上一端PolyT的抓手,,構(gòu)成我們的捕獲凝膠微珠。而這個(gè)凝膠微珠抓手就會使用oligo dT抓住mRNA構(gòu)建文庫,。烈冰測序服務(wù)已助力300余篇國際期刊研究文章發(fā)表,。重慶10X單細(xì)胞測序數(shù)據(jù)分析培訓(xùn)班

搭建多種測序數(shù)據(jù)的生物信息分析平臺,5000+項(xiàng)目檢驗(yàn),,真實(shí)可信賴,。吉林單細(xì)胞測序服務(wù)

樣本制備后的保存 為了盡可能地減少轉(zhuǎn)錄組的變化,在對細(xì)胞進(jìn)行清洗和計(jì)數(shù)后,,單細(xì)胞懸液應(yīng)當(dāng)保存于冰上,,直至用于后續(xù)的上機(jī)和文庫制備步驟。在理想狀況下,,一旦制備好樣本,,應(yīng)當(dāng)在3min鐘內(nèi)將其用于下游步驟。然而,,您還有必要了解各類細(xì)胞的不同性質(zhì),,因?yàn)檫@可能會影響細(xì)胞應(yīng)在冰上保存的時(shí)間,以及它們在制備后多久便應(yīng)當(dāng)被盡快使用,。例如,,有些細(xì)胞(如PBMC)如果在冰上放置一段時(shí)間,它們就開始形成團(tuán)塊,。這些團(tuán)塊很難解離,,增加了堵塞的風(fēng)險(xiǎn),而且每個(gè)團(tuán)塊被當(dāng)成單細(xì)胞計(jì)數(shù),,又降低了細(xì)胞計(jì)數(shù)的準(zhǔn)確性,。此外,有些細(xì)胞更加粘稠,,形成團(tuán)塊的速度更快,。對于這些細(xì)胞,,必須盡量減少制備和使用之間的時(shí)間差。吉林單細(xì)胞測序服務(wù)

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