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重慶高通量測序單細(xì)胞測序平臺

來源: 發(fā)布時間:2022-06-21

單細(xì)胞測序?qū)嶒?yàn)再樣本細(xì)胞上機(jī)分選簽,需要對細(xì)胞數(shù)量,、細(xì)胞活性進(jìn)準(zhǔn)判斷,,這對Single Cell分選標(biāo)記、建庫,、下機(jī)數(shù)據(jù)的質(zhì)量都具有著決定性的作用,。如若細(xì)胞計(jì)數(shù)偏高,將會影響建庫的成功率,;計(jì)數(shù)偏低,,則會提高雙細(xì)胞的比例;而細(xì)胞活率過低,,就會使測序數(shù)據(jù)的利用率大打折扣,,因此把好單細(xì)胞懸液質(zhì)量這一關(guān)尤為重要。而在鋪板過程中,,由于不同操作人員手法具有不可避免的差異,,不同的液體流速將直接影響單細(xì)胞的入孔效果。因此烈冰生物BD Rhapsody單細(xì)胞分選平臺配套了專門定制的電動移液器,,其具有Prime Treat,、Cell Load、Bead Load,、Wash,、Lysis、Retrieval多種操作模式,,來對應(yīng)各種不同的操作,。通過已經(jīng)設(shè)定的程序來控制液體的流速,大幅度降低人為操作習(xí)慣帶來的差異,,保證實(shí)驗(yàn)操作的一致性,。單細(xì)胞測序因其強(qiáng)大的探究疾病--細(xì)胞--基因的關(guān)系,一度成為高通量測序技術(shù)的“天花板”,。重慶高通量測序單細(xì)胞測序平臺

一味的追求高細(xì)胞數(shù)量的捕獲,,小心得不償失,原因在這:單細(xì)胞測序所有的分析都是基于細(xì)胞聚類進(jìn)行,,而細(xì)胞聚類是在區(qū)分cell和non-cell后,,獲得細(xì)胞基因表達(dá)譜,通過降維(pca),,無監(jiān)督聚類以及可視化(t-SNE)得到的,。進(jìn)行細(xì)胞聚類時需要考慮到每個細(xì)胞的基因表達(dá)模式,因此即使是相同的數(shù)據(jù),,在剔除幾個細(xì)胞的情況下,,前后獲得的聚類圖也會出現(xiàn)明顯不同。而當(dāng)細(xì)胞捕獲數(shù)過多時,,無論是假陰性和假陽性數(shù)據(jù)還是多細(xì)胞數(shù)據(jù),,都會對正常細(xì)胞聚類產(chǎn)生影響,造成聚類結(jié)果失真,。這也是很多文章,,特別是很多高分文章,為什么單個樣本捕獲細(xì)胞數(shù)在2000-3000的原因了,。烈冰建議單個樣本捕獲細(xì)胞數(shù)在3000-5000個時,,數(shù)據(jù)量在100G左右時,可以滿足分析和文章發(fā)表的多重需求,。上海10X Genomics單細(xì)胞測序服務(wù)公司單細(xì)胞測序是高通量測序下的又一重大技術(shù)突破,。

基于10X Next GEM技術(shù),單細(xì)胞測序一次實(shí)驗(yàn)可以同時檢測近萬個細(xì)胞,,可在一個樣本中同時獲3'端mRNA表達(dá)譜,、如需和免疫組庫(TCR和BCR)的數(shù)據(jù)進(jìn)行聯(lián)合時,即某些研究還需結(jié)合基因的表達(dá)譜和V(D)J數(shù)據(jù)進(jìn)行復(fù)雜組織樣本的是影響免疫應(yīng)答分析,,監(jiān)測免疫療法的效果,,研究疾病發(fā)生、發(fā)展的分子機(jī)制,,可進(jìn)行單細(xì)胞免疫組庫測序: 烈冰單細(xì)胞免疫組庫平臺具備:1000+項(xiàng)目經(jīng)驗(yàn),,一次實(shí)驗(yàn)可同時獲取1000-20000個細(xì)胞的文庫構(gòu)建,獲得轉(zhuǎn)錄組和免疫組數(shù)據(jù),; 具備完善的免疫組庫測序和實(shí)驗(yàn)質(zhì)控流程,,獲取V(D)J全長序列的配對信息;豐富的免疫組庫測序和數(shù)據(jù)分析經(jīng)驗(yàn),,實(shí)現(xiàn)專屬個性化數(shù)據(jù)分析服務(wù),,搭配單細(xì)胞分析云平臺,一鍵導(dǎo)出交互性的動態(tài)結(jié)果報(bào)告,。

現(xiàn)有的單細(xì)胞測序技術(shù)陣營在幾個主要領(lǐng)域存在差別,。一個是分隔單個細(xì)胞以在其中進(jìn)行微反應(yīng)的物理平臺。在這個空間,,單個細(xì)胞的內(nèi)容物釋放,,轉(zhuǎn)錄本或其他生物分析物被標(biāo)記或添加索引,以便下游識別?,F(xiàn)有技術(shù)的另一個主要區(qū)別是如何添加索引,,就像生成測序文庫所涉及的流程步驟一樣。10X Genomics單細(xì)胞測序平臺采用動態(tài)微流控技(Drop-Seq具有類似的技術(shù)原理),。從橫向孔道中逐一輸入凝膠微珠,,其中一列縱向孔道輸入細(xì)胞,,凝膠微珠與細(xì)胞碰撞后會吸附在凝膠微珠上,并通過微流控技術(shù),,將之輸入到第二縱向孔道,,即油相孔道中。這時候,,就形成了一個個油滴并輸出并收集在EP管中,。每一個油滴中會落入一個細(xì)胞以及一個凝膠微珠,那么在每一個凝膠微珠中上長滿了不同的Cell Barcode和UMI Barcode連接形成的序列,,再加上一端PolyT的抓手,,構(gòu)成我們的捕獲凝膠微珠。而這個凝膠微珠抓手就會使用oligo dT抓住mRNA構(gòu)建文庫,。烈冰測序數(shù)據(jù)分析平臺,,不依賴已有物種信息,可研究非模式物種,,針對不同平臺的數(shù)據(jù),,制定多套流程;

針對單細(xì)胞測序的細(xì)胞數(shù)量判斷環(huán)節(jié):主要是對細(xì)胞數(shù)量,、基因表達(dá)量,、測序質(zhì)量進(jìn)行整體描述。過濾標(biāo)準(zhǔn):由于細(xì)胞破碎后游離RNA會釋放到環(huán)境或孔中,,并且測序中也會存在一些死細(xì)胞,,導(dǎo)致數(shù)據(jù)存在background值。因此,,我們需要設(shè)定一定的標(biāo)準(zhǔn)來過濾掉假細(xì)胞或死細(xì)胞,。以10× Genomics為例,細(xì)胞數(shù)量判斷主要通過分析UMI Counts-Barcode曲線斜率拐點(diǎn),,當(dāng)存在多個斜率拐點(diǎn)的時候,,結(jié)合預(yù)期UMI=500時的細(xì)胞數(shù)量進(jìn)行過濾。當(dāng)斜率拐點(diǎn)低于UMI=500的時候,,選擇UMI=500作為細(xì)胞的判斷的標(biāo)準(zhǔn),;否則,選擇和預(yù)期細(xì)胞數(shù)量接近的拐點(diǎn)作為細(xì)胞判斷的位置,。這樣我們能夠有效獲得真實(shí)的并且在基因數(shù)量上可以分析的數(shù)據(jù),。單細(xì)胞測序平臺,烈冰提供高性價比服務(wù)方案,。吉林單細(xì)胞測序多組學(xué)測序

測序可準(zhǔn)確地分析基因表達(dá)差異,、基因結(jié)構(gòu)變異、篩選分子標(biāo)記(SNPs或SSR)等生命科學(xué)重要問題,。重慶高通量測序單細(xì)胞測序平臺

烈冰生物成立于2010年,,與時俱進(jìn),,堅(jiān)持為科研學(xué)者提供國際前沿的高通量測序?qū)嶒?yàn)和深度的生物信息數(shù)據(jù)分析服務(wù),已逐步發(fā)展為單細(xì)胞多組學(xué)檢測服務(wù)****,。專注于“單細(xì)胞測序系列技術(shù)服務(wù)”的專精領(lǐng)域,,在上海、北京,、廣州,、西安和江西等地?fù)碛袛?shù)千平辦公場所,,并布局多中心產(chǎn)品研發(fā)生產(chǎn)基地和營銷,、運(yùn)營中心。2016年起連續(xù)被評為上海市****,,60+項(xiàng)自主知識產(chǎn)權(quán),,轉(zhuǎn)化率近80%。產(chǎn)品覆蓋從單細(xì)胞測序,,核測序,,單細(xì)胞多組學(xué),空間轉(zhuǎn)錄組測序等多組學(xué)聯(lián)合的實(shí)驗(yàn)+數(shù)據(jù)分析全流程服務(wù)平臺,。為600+國內(nèi)高校和醫(yī)院,、5000+深度合作學(xué)者用戶、10000+生命科學(xué)探索的重要科研項(xiàng)目在醫(yī)藥開發(fā),、科學(xué)研究,、醫(yī)學(xué)及臨床研究,疾病分子標(biāo)志物篩選,、生命和神經(jīng)發(fā)育研究等提供多層次,、多組學(xué)檢測服務(wù)和解決方案,助力300+CNS國際學(xué)術(shù)期刊文章發(fā)表,,30+篇單細(xì)胞技術(shù)聯(lián)合(助力)發(fā)文,,IF 10+文章占比>65%。重慶高通量測序單細(xì)胞測序平臺

上海烈冰生物醫(yī)藥科技有限公司是一家生物科技,、醫(yī)藥科技,、信息科技、計(jì)算機(jī)科技領(lǐng)域內(nèi)的技術(shù)開發(fā),、技術(shù)服務(wù),、技術(shù)轉(zhuǎn)讓、技術(shù)咨詢,,市場營銷策劃,,市場信息咨詢與調(diào)查(不得從事社會調(diào)查、社會調(diào)研,、民意調(diào)查,、民意測驗(yàn)),,從事貨物及技術(shù)的進(jìn)出口業(yè)務(wù),計(jì)算機(jī),、軟件及耗材(除??兀浖_發(fā)【依法須經(jīng)批準(zhǔn)的項(xiàng)目,,經(jīng)相關(guān)部門批準(zhǔn)后方可開展經(jīng)營活動】的公司,,致力于發(fā)展為創(chuàng)新務(wù)實(shí)、誠實(shí)可信的企業(yè),。烈冰生物作為生物科技,、醫(yī)藥科技、信息科技,、計(jì)算機(jī)科技領(lǐng)域內(nèi)的技術(shù)開發(fā),、技術(shù)服務(wù)、技術(shù)轉(zhuǎn)讓,、技術(shù)咨詢,,市場營銷策劃,市場信息咨詢與調(diào)查(不得從事社會調(diào)查,、社會調(diào)研,、民意調(diào)查、民意測驗(yàn)),,從事貨物及技術(shù)的進(jìn)出口業(yè)務(wù),,計(jì)算機(jī)、軟件及耗材(除??兀?,軟件開發(fā)【依法須經(jīng)批準(zhǔn)的項(xiàng)目,經(jīng)相關(guān)部門批準(zhǔn)后方可開展經(jīng)營活動】的企業(yè)之一,,為客戶提供良好的單細(xì)胞測序,,生物大數(shù)據(jù)云分析平臺,空間轉(zhuǎn)錄組測序,,單細(xì)胞多組學(xué)測序,。烈冰生物繼續(xù)堅(jiān)定不移地走高質(zhì)量發(fā)展道路,既要實(shí)現(xiàn)基本面穩(wěn)定增長,,又要聚焦關(guān)鍵領(lǐng)域,,實(shí)現(xiàn)轉(zhuǎn)型再突破。烈冰生物始終關(guān)注醫(yī)藥健康行業(yè),。滿足市場需求,,提高產(chǎn)品價值,是我們前行的力量。