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烈冰科技單細(xì)胞測序數(shù)據(jù)分析可視化

來源: 發(fā)布時(shí)間:2022-06-27

10X Genomics和Drop-Seq具有類似的技術(shù)原理,。從橫向孔道中逐一輸入凝膠微珠,,一列縱向孔道輸入細(xì)胞,凝膠微珠與細(xì)胞碰撞后會吸附在凝膠微珠上,,并通過微流控技術(shù),,將之輸入到第二縱向孔道,即油相孔道中,。這時(shí)候,,就形成了一個(gè)個(gè)油滴并輸出并收集在EP管中。每一個(gè)油滴中會落入一個(gè)細(xì)胞以及一個(gè)凝膠微珠,,那么在每一個(gè)凝膠微珠中上長滿了不同的Cell Barcode和UMI Barcode連接形成的序列,,再加上一端PolyT的抓手,構(gòu)成我們的捕獲凝膠微珠,。而這個(gè)凝膠微珠抓手就會使用oligo dT抓住mRNA構(gòu)建文庫,。截至2021年10月,烈冰助力發(fā)表單細(xì)胞測序文章近20篇,。烈冰科技單細(xì)胞測序數(shù)據(jù)分析可視化

機(jī)體為響應(yīng)各種應(yīng)激,,其細(xì)胞會從一種功能“狀態(tài)”轉(zhuǎn)變?yōu)榱硪环N功能“狀態(tài)”;當(dāng)細(xì)胞在不同狀態(tài)之間轉(zhuǎn)變時(shí),,往往會經(jīng)歷轉(zhuǎn)錄重組,,導(dǎo)致一些基因被沉默,一些基因被重新“喚醒”,,但純化這些瞬態(tài)細(xì)胞進(jìn)行研究是很困難或不可能的,;scRNA-seq擬時(shí)序分析可以讓我們在不需要純化的情況下查看這些細(xì)胞狀態(tài)。擬時(shí)序分析,,即根據(jù)不同細(xì)胞亞群基因表達(dá)量隨時(shí)間的變化情況,構(gòu)建細(xì)胞譜系發(fā)育,,但這里的時(shí)間并不是真時(shí)間,,而是一個(gè)虛擬的時(shí)間,是指的細(xì)胞與細(xì)胞之間的轉(zhuǎn)化和演替的順序和軌跡,。即使在同一個(gè)樣本中,,也會存在多種不同的細(xì)胞形態(tài)。因此,,不論測定了多少樣本,,我們都可以采用擬時(shí)序分析對樣本中的細(xì)胞轉(zhuǎn)化和變化進(jìn)行描述。上海10X Genomics單細(xì)胞測序服務(wù)公司測序的革新讓科學(xué)研究從個(gè)體基因差異逐漸轉(zhuǎn)為個(gè)體細(xì)胞的基因差異,。

單細(xì)胞多組學(xué)提升見解 基于測序的數(shù)據(jù)能夠?qū)⒄蔑@其強(qiáng)大之處,,因?yàn)樗軌蛄私馔粏渭?xì)胞的多種生物分析指標(biāo)。如果說單細(xì)胞基因表達(dá)提供了一種顏色的詳細(xì)信息,,那么單細(xì)胞多組學(xué)提供了同一細(xì)節(jié)的全彩色圖譜,,為您帶來樣本的真實(shí)視圖,。烈冰2021年強(qiáng)勢引進(jìn)的10x Genomics Chromium單細(xì)胞平臺能夠從同一單細(xì)胞中讀取細(xì)胞復(fù)雜性的多組學(xué)特征。與傳統(tǒng)方法不同,,單細(xì)胞多組學(xué)簡化了您需要開展的實(shí)驗(yàn),,也節(jié)省了您需要分析的樣本,而能獲得相同的結(jié)果,。這不但節(jié)省了寶貴的樣本,,還保證了更高的生物學(xué)準(zhǔn)確性,因?yàn)槟恍枰ヅ洳鸱謽颖镜臄?shù)據(jù)集并通過計(jì)算來推斷各個(gè)組學(xué)之間的關(guān)系,。

細(xì)胞中基因的表達(dá)是嚴(yán)格按照時(shí)間和空間順序發(fā)生,,因此細(xì)胞類型和基因表達(dá)具有時(shí)間特異性和空間特異性。時(shí)間特異性可以通過收集不同時(shí)間點(diǎn)的樣本進(jìn)行單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序來分析,。但是單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序(scRNA-Seq)在單細(xì)胞懸液制備的過程中破壞了細(xì)胞的空間結(jié)構(gòu),,無法給出固態(tài)異質(zhì)化組織中細(xì)胞空間排布信息。而空間轉(zhuǎn)錄組可以解決這個(gè)問題,,其以點(diǎn)陣形式記錄組織切片細(xì)胞的空間信息,,在保留組織形態(tài)結(jié)構(gòu)的基礎(chǔ)上,獲得細(xì)胞/基因的空間表達(dá)特異性,。烈冰測序數(shù)據(jù)分析平臺,,不依賴已有物種信息,可研究非模式物種,,針對不同平臺的數(shù)據(jù),,制定多套流程;

作為單細(xì)胞測序的一個(gè)重要里程碑,,10x genomic公司于2016年2月推出10x Chromium Single Cell Gene Expression Solution,,此平臺整合了儀器、試劑盒和信息學(xué)軟件,,能精確對接illumina測序儀,,因此可實(shí)現(xiàn)大量大細(xì)胞的快速高效標(biāo)記、測序和分析,,獲得單細(xì)胞水平的基因表達(dá)譜和差異情況,,并通過對復(fù)雜細(xì)胞群體進(jìn)行深入細(xì)致分析,繪制大規(guī)模單細(xì)胞表達(dá)圖譜,。 以量化細(xì)胞內(nèi)的群體異質(zhì)性,,并逐個(gè)鑒定細(xì)胞類型、細(xì)胞狀態(tài)和動(dòng)態(tài)細(xì)胞躍遷,。除了有望鑒定新的細(xì)胞亞型和稀有細(xì)胞群體,,單細(xì)胞技術(shù)還能更好地了解轉(zhuǎn)錄動(dòng)態(tài)和基因調(diào)控關(guān)系。高通量測序技術(shù)是對傳統(tǒng)測序一次顛覆性的改變,,一次對幾十萬到幾百萬條核酸序列進(jìn)行測定,。濟(jì)南烈冰科技單細(xì)胞測序

豐富的測序和數(shù)據(jù)分析經(jīng)驗(yàn),,烈冰配套全程個(gè)性化、定制化地?cái)?shù)據(jù)分析服務(wù),。烈冰科技單細(xì)胞測序數(shù)據(jù)分析可視化

關(guān)于單細(xì)胞測序?qū)嶒?yàn)樣本制備,,這與流式細(xì)胞術(shù)用戶熟悉的步驟完全一致,也就是通過酶促或機(jī)械消化,、細(xì)胞分選或其他細(xì)胞分離技術(shù)從整個(gè)樣本中制備生成活的單細(xì)胞懸液,。隨后是細(xì)胞計(jì)數(shù)和質(zhì)量控制步驟,以確保您的樣本有適當(dāng)濃度的活細(xì)胞,,并且不含細(xì)胞團(tuán)塊和死細(xì)胞碎片,。如有必要,您還可以使用抗體對樣本進(jìn)行染色,,標(biāo)記細(xì)胞表面蛋白或其他生物分析物,,或者通過FACS來富集感興趣的細(xì)胞類型。解離樣本時(shí)采取的具體步驟將根據(jù)您的起始材料和實(shí)驗(yàn)?zāi)繕?biāo)而定,。也許需要額外的制備步驟,,具體取決于組織質(zhì)量、樣本豐度,、細(xì)胞大小,,以及是否需要提取出細(xì)胞核進(jìn)行染色質(zhì)可接近性分析。無論具體的考慮因素如何,,所有樣本類型都遵循同一個(gè)基本原則,,那就是生成高質(zhì)量的單細(xì)胞懸液。烈冰科技單細(xì)胞測序數(shù)據(jù)分析可視化

上海烈冰生物醫(yī)藥科技有限公司一直專注于生物科技,、醫(yī)藥科技,、信息科技、計(jì)算機(jī)科技領(lǐng)域內(nèi)的技術(shù)開發(fā),、技術(shù)服務(wù),、技術(shù)轉(zhuǎn)讓、技術(shù)咨詢,,市場營銷策劃,市場信息咨詢與調(diào)查(不得從事社會調(diào)查,、社會調(diào)研,、民意調(diào)查、民意測驗(yàn)),,從事貨物及技術(shù)的進(jìn)出口業(yè)務(wù),,計(jì)算機(jī)、軟件及耗材(除??兀?,軟件開發(fā)【依法須經(jīng)批準(zhǔn)的項(xiàng)目,,經(jīng)相關(guān)部門批準(zhǔn)后方可開展經(jīng)營活動(dòng)】,是一家醫(yī)藥健康的企業(yè),,擁有自己**的技術(shù)體系,。公司目前擁有較多的高技術(shù)人才,以不斷增強(qiáng)企業(yè)重點(diǎn)競爭力,,加快企業(yè)技術(shù)創(chuàng)新,,實(shí)現(xiàn)穩(wěn)健生產(chǎn)經(jīng)營。公司業(yè)務(wù)范圍主要包括:單細(xì)胞測序,,生物大數(shù)據(jù)云分析平臺,,空間轉(zhuǎn)錄組測序,單細(xì)胞多組學(xué)測序等,。公司奉行顧客至上,、質(zhì)量為本的經(jīng)營宗旨,深受客戶好評,。公司力求給客戶提供全數(shù)良好服務(wù),,我們相信誠實(shí)正直、開拓進(jìn)取地為公司發(fā)展做正確的事情,,將為公司和個(gè)人帶來共同的利益和進(jìn)步,。經(jīng)過幾年的發(fā)展,已成為單細(xì)胞測序,,生物大數(shù)據(jù)云分析平臺,,空間轉(zhuǎn)錄組測序,單細(xì)胞多組學(xué)測序行業(yè)出名企業(yè),。