相對(duì)于Smart-Seq技術(shù)在細(xì)胞數(shù)量上的問(wèn)題,,10X平臺(tái)普遍提供的細(xì)胞數(shù)量都在1000-20000不等的測(cè)序細(xì)胞量,,這個(gè)量級(jí)的測(cè)序細(xì)胞量已經(jīng)可以說(shuō)能夠完全覆蓋絕大部分組織的Single Cell群體類(lèi)型,。因此,,這兩種技術(shù)對(duì)于基于基因表達(dá)進(jìn)行準(zhǔn)確細(xì)胞分型上,,無(wú)論是從細(xì)胞數(shù)量上來(lái)說(shuō)還是表達(dá)檢測(cè)可靠性來(lái)說(shuō),都會(huì)更實(shí)用,。同時(shí)依托Random Cell Label技術(shù),,使得其對(duì)于NovaSeq、HiSeq X Ten,、Hiseq 4000等設(shè)備存在的Index hooping現(xiàn)象,,相對(duì)于Smart-Seq數(shù)據(jù)來(lái)說(shuō),影響幾乎可以忽略不計(jì)(10X Genomics官方網(wǎng)站曾給出hooping測(cè)試結(jié)果,,顯示無(wú)影響,。截至2021年10月,烈冰助力發(fā)表單細(xì)胞測(cè)序文章近20篇,。西安二代測(cè)序單細(xì)胞測(cè)序平臺(tái)
所謂的高通量測(cè)序技術(shù),,又名大規(guī)模平行測(cè)序,是將 DNA(或者 cDNA)隨機(jī)片段化,、加接頭,,制備測(cè)序文庫(kù),通過(guò)對(duì)文庫(kù)中數(shù)以萬(wàn)計(jì)的克隆(colony)進(jìn)行延伸反應(yīng),,檢測(cè)對(duì)應(yīng)的信號(hào),,獲取序列信息。與傳統(tǒng)測(cè)序法(Sanger法等)相比,,高通量測(cè)序技術(shù)在處理大規(guī)模樣品時(shí)具有明顯的優(yōu)勢(shì),,又快(兩天)又多(數(shù)百萬(wàn)克隆),,成為目前組學(xué)研究的主要技術(shù),。單細(xì)胞測(cè)序是一個(gè)系統(tǒng)的工程,開(kāi)展項(xiàng)目前您可能會(huì)先評(píng)估它提供的見(jiàn)解是否與您的研究問(wèn)題相匹配,,如果匹配,,實(shí)驗(yàn)過(guò)程如何規(guī)劃,實(shí)驗(yàn)平臺(tái)如何選擇,,樣本如何制備,,數(shù)據(jù)如何分析等等,而在這一切開(kāi)始之前,,我們的服務(wù)就已經(jīng)開(kāi)始了,,從銷(xiāo)售到實(shí)驗(yàn)到專(zhuān)業(yè)技術(shù)支持,,我們開(kāi)通全線對(duì)接渠道,幫助您快速定位項(xiàng)目訴求,,提供從實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)到文章發(fā)表的全流程,,我們始終是您貼心的科學(xué)合作伙伴。重慶10X Genomics單細(xì)胞測(cè)序數(shù)據(jù)分析可視化烈冰斥巨資引進(jìn)Novaseq6000,,開(kāi)啟更大通量測(cè)序新紀(jì)元,。
10X Genomics 是一種基于 drop 的微流控技術(shù),液體在配套芯片中的微管道中流動(dòng),,因此細(xì)胞直徑會(huì)受到芯片中微管道直徑的限制,,微流體通道的直徑約為 50 ~ 60 um,因此捕獲細(xì)胞的直徑不能超過(guò) 40um,。當(dāng)細(xì)胞直徑過(guò)大時(shí),,容易出現(xiàn)管道堵塞,造成GEM生成失敗,,對(duì)于神經(jīng)科學(xué)研究和心血管疾病研究的老師而言,,準(zhǔn)備采用單細(xì)胞技術(shù)用于課題研究的時(shí)候,往往會(huì)遇到一個(gè)尷尬的問(wèn)題,,就是目標(biāo)細(xì)胞,,例如神經(jīng)元細(xì)胞、成熟心肌細(xì)胞由于體積過(guò)大,,不適用于 10X 單細(xì)胞技術(shù),。其中神經(jīng)元細(xì)胞的直徑很大,直接超過(guò)了芯片中管道的直徑,,雖然心肌細(xì)胞直徑低于 50um,,但是成熟心肌細(xì)胞的長(zhǎng)度很長(zhǎng),有可能堵塞通道造成實(shí)驗(yàn)失敗,,這也是為什么現(xiàn)在很多已發(fā)表的心臟單細(xì)胞文章,,主要研究方向是心臟發(fā)育的原因了,主要還是因?yàn)槲窗l(fā)育成熟的心肌細(xì)胞比較小,,不會(huì)出現(xiàn)堵塞管道的風(fēng)險(xiǎn),。因此可以考慮組織解離后過(guò) 40um 濾網(wǎng),過(guò)濾掉大細(xì)胞,,避免出現(xiàn)管道堵塞,、實(shí)驗(yàn)失敗的風(fēng)險(xiǎn)。此種方案的缺點(diǎn)是大細(xì)胞被過(guò)濾掉,,丟失相關(guān)細(xì)胞數(shù)據(jù),;另外組織解離獲得高質(zhì)量細(xì)胞懸液以后,繼續(xù)做細(xì)胞裂解抽細(xì)胞核,,開(kāi)展細(xì)胞核測(cè)序,。具體可訪問(wèn)烈冰官網(wǎng)給我們留言,,烈小冰將安排專(zhuān)業(yè)技術(shù)為您詳細(xì)解答。
二代測(cè)序技術(shù)在測(cè)序方法上取得了重大突破,,基于“邊合成邊測(cè)序”(sequencing by synthesis)和大規(guī)模平行測(cè)序技術(shù)(massive parallel analysis,MPS),使測(cè)序通量和讀取速度得到極大提升,,例如Illumina Solexa測(cè)序儀,。Illumina的測(cè)序原理可以簡(jiǎn)化為四步:樣品文庫(kù)構(gòu)建、簇生成,、測(cè)序和數(shù)據(jù)分析,。由于讀長(zhǎng)限制,樣品DNA或由RNA逆轉(zhuǎn)錄得到的cDNA需要被打斷成300-500bp的片段,,并在3'和5'端接上3種序列:1)Index,,用于區(qū)分樣品來(lái)源;2)Adapter,,用于結(jié)合測(cè)序通道上的位點(diǎn),;3)Primer binding site,用于結(jié)合PCR引物啟動(dòng)擴(kuò)增反應(yīng),。附加流式分選細(xì)胞表面Marker,,對(duì)于較低分辨率的標(biāo)志物也能有效鑒定,助力高要求測(cè)序項(xiàng)目,。
烈冰科技自主研發(fā)的單細(xì)胞云平臺(tái)致力于幫助每一位客戶定制化分析數(shù)據(jù),,深度解讀數(shù)據(jù)分析結(jié)果,深入挖掘其背后的生物學(xué)意義,;從操作便捷,、結(jié)果可視化、分析可追溯,、系統(tǒng)穩(wěn)定等方面助力單細(xì)胞研究,,加速科研進(jìn)程!此外,,烈冰生信團(tuán)隊(duì)根據(jù)豐富的實(shí)戰(zhàn)經(jīng)驗(yàn)為用戶量身打造了一款單細(xì)胞測(cè)序結(jié)果解讀的神兵利器——單細(xì)胞瀏覽器(Single Cell Browser),,不但可以將海量復(fù)雜的結(jié)果文件可視化,還是可以實(shí)現(xiàn)三維立體化展示的軟件,。專(zhuān)業(yè)的生信代碼交給專(zhuān)業(yè)的烈冰,,專(zhuān)業(yè)的生物學(xué)意義交給專(zhuān)業(yè)的您!烈冰一站式單細(xì)胞測(cè)序服務(wù):立足科學(xué)研究,,解碼生命本質(zhì),。南京高通量測(cè)序單細(xì)胞測(cè)序技術(shù)支持
單細(xì)胞科聯(lián)合空間轉(zhuǎn)錄組,展示組織切片中不同區(qū)域的基因表達(dá)情況,,揭示精細(xì)病理區(qū)域中“喚醒”的信號(hào)通路,。西安二代測(cè)序單細(xì)胞測(cè)序平臺(tái)
單細(xì)胞測(cè)序結(jié)果動(dòng)輒上百G數(shù)據(jù)量,,龐大的數(shù)據(jù)對(duì)于分析平臺(tái)和分析能力有著很高的要求,首先針對(duì)下機(jī)數(shù)據(jù)的質(zhì)控環(huán)節(jié):?jiǎn)渭?xì)胞測(cè)序產(chǎn)生數(shù)億的結(jié)果序列,,不可避免的會(huì)出現(xiàn)低質(zhì)量的測(cè)序結(jié)果,,存在各種情況的序列污染。因此序列過(guò)濾及質(zhì)量評(píng)估就會(huì)變得極為重要,。序列質(zhì)量主要通過(guò)測(cè)序質(zhì)量值Q20/Q30的占比來(lái)表征,,即堿基測(cè)序結(jié)果的錯(cuò)誤率在1% / 0.1%以下的比例。理想的測(cè)序結(jié)果reads的堿基質(zhì)量均高于30,。保證數(shù)據(jù)獲得后的處理結(jié)果的準(zhǔn)確性,,為后續(xù)細(xì)胞類(lèi)型鑒定和功能分析打下堅(jiān)實(shí)基礎(chǔ)。西安二代測(cè)序單細(xì)胞測(cè)序平臺(tái)
上海烈冰生物醫(yī)藥科技有限公司發(fā)展規(guī)模團(tuán)隊(duì)不斷壯大,,現(xiàn)有一支專(zhuān)業(yè)技術(shù)團(tuán)隊(duì),,各種專(zhuān)業(yè)設(shè)備齊全。致力于創(chuàng)造***的產(chǎn)品與服務(wù),,以誠(chéng)信,、敬業(yè)、進(jìn)取為宗旨,,以建NovelBio,烈冰生物,NovelBrain,PanoCell,烈冰智造產(chǎn)品為目標(biāo),,努力打造成為同行業(yè)中具有影響力的企業(yè)。公司以用心服務(wù)為重點(diǎn)價(jià)值,,希望通過(guò)我們的專(zhuān)業(yè)水平和不懈努力,,將生物科技、醫(yī)藥科技,、信息科技,、計(jì)算機(jī)科技領(lǐng)域內(nèi)的技術(shù)開(kāi)發(fā)、技術(shù)服務(wù),、技術(shù)轉(zhuǎn)讓,、技術(shù)咨詢,市場(chǎng)營(yíng)銷(xiāo)策劃,,市場(chǎng)信息咨詢與調(diào)查(不得從事社會(huì)調(diào)查,、社會(huì)調(diào)研、民意調(diào)查,、民意測(cè)驗(yàn)),,從事貨物及技術(shù)的進(jìn)出口業(yè)務(wù),計(jì)算機(jī),、軟件及耗材(除專(zhuān)控),,軟件開(kāi)發(fā)【依法須經(jīng)批準(zhǔn)的項(xiàng)目,經(jīng)相關(guān)部門(mén)批準(zhǔn)后方可開(kāi)展經(jīng)營(yíng)活動(dòng)】等業(yè)務(wù)進(jìn)行到底,。上海烈冰生物醫(yī)藥科技有限公司主營(yíng)業(yè)務(wù)涵蓋單細(xì)胞測(cè)序,,生物大數(shù)據(jù)云分析平臺(tái),,空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序,單細(xì)胞多組學(xué)測(cè)序,,堅(jiān)持“質(zhì)量保證,、良好服務(wù)、顧客滿意”的質(zhì)量方針,,贏得廣大客戶的支持和信賴(lài),。