基因和基因產(chǎn)物并不是單獨(dú)運(yùn)作的,,而是參與了相互關(guān)聯(lián)的復(fù)雜通路,、網(wǎng)絡(luò)和分子系統(tǒng),,這些合在一起實(shí)現(xiàn)了細(xì)胞、組織和生物體的運(yùn)作,。定義這些系統(tǒng)并確定它們的特征和相互作用,,對(duì)于了解生物系統(tǒng)如何運(yùn)作至關(guān)重要?!睘榱送苿?dòng)科學(xué)發(fā)現(xiàn),,科學(xué)家們需要各種能夠幫助多方位了解其樣本的潛在生物復(fù)雜性的研究工具,。對(duì)于越來(lái)越多的研究人員來(lái)說(shuō),,單細(xì)胞RNA測(cè)序和單細(xì)胞多組學(xué)——即在單細(xì)胞分辨率下對(duì)基因表達(dá)及其他基于DNA、RNA或蛋白質(zhì)的分析物進(jìn)行定量分析的基因組方法——在幫助解決他們面臨的生物學(xué)問(wèn)題上已證實(shí)是行之有效的,。十二年測(cè)序經(jīng)驗(yàn),,累計(jì)服務(wù)與5000余項(xiàng)重要科研項(xiàng)目。上海10X Genomics單細(xì)胞測(cè)序數(shù)據(jù)分析培訓(xùn)班
單細(xì)胞多組學(xué)帶來(lái)的突破 單細(xì)胞測(cè)序方法不但改進(jìn)了實(shí)驗(yàn)過(guò)程,,還幫助科學(xué)家在健康和疾病研究的關(guān)鍵領(lǐng)域取得新進(jìn)展,。那些過(guò)去從轉(zhuǎn)錄平均值或單項(xiàng)參數(shù)讀取中無(wú)法獲得的新發(fā)現(xiàn)正在改變我們對(duì)傳染病、神經(jīng)退行性疾病等疾病的認(rèn)識(shí),。從鑒定新的細(xì)胞類(lèi)型和狀態(tài),,到揭開(kāi)疾病用藥應(yīng)答和耐藥的潛在機(jī)制,,單細(xì)胞測(cè)序正在推動(dòng)突破性的研究,有望改變生物學(xué)和醫(yī)療,。無(wú)論是無(wú)法解釋的疾病,,還是人體或自然界中尚未探索的系統(tǒng),曾經(jīng)模糊的東西正變得越來(lái)越清晰,。隨著我們邁向科學(xué)的未來(lái),,我們手頭的工具就像伽利略的望遠(yuǎn)鏡一樣能夠提高焦距和放大倍數(shù),而定義科學(xué)未來(lái)的知識(shí)新深度是十年前的人們所無(wú)法想象的,。西安高通量測(cè)序單細(xì)胞測(cè)序商業(yè)化服務(wù)烈冰對(duì)于一個(gè)細(xì)胞群體中的每個(gè)細(xì)胞單獨(dú)進(jìn)行建庫(kù)測(cè)序分析,。
RNA測(cè)序(RNA-seq)或芯片分析等大量樣本的轉(zhuǎn)錄組學(xué)方法作為一類(lèi)強(qiáng)大的工具,可提供混合樣本的基因表達(dá)平均數(shù)據(jù),,幫助科學(xué)家開(kāi)始揭示這種異質(zhì)性,。隨后,技術(shù)創(chuàng)新的飛躍在單細(xì)胞技術(shù)上達(dá)到新高度——使得科學(xué)家能夠定義細(xì)胞類(lèi)型特異的基因表達(dá),,從過(guò)去的平均數(shù)據(jù)中分辨出真正驅(qū)動(dòng)其表達(dá)模式的細(xì)胞異質(zhì)性,。這讓研究人員能夠更詳細(xì)地表征組織異質(zhì)性,鑒定稀有細(xì)胞類(lèi)型,,并逐個(gè)細(xì)胞地仔細(xì)分析其分子機(jī)制,。當(dāng)獲得了對(duì)其研究的生物系統(tǒng)更為真實(shí)的圖譜后,研究人員就有了更為堅(jiān)實(shí)可靠的知識(shí)基礎(chǔ),,并能在這個(gè)基礎(chǔ)上規(guī)劃下一步實(shí)驗(yàn),,以獲取更深入的可行動(dòng)見(jiàn)解。
從單細(xì)胞測(cè)序描述性分析轉(zhuǎn)向復(fù)雜樣本中不同細(xì)胞類(lèi)型的功能解析,,越來(lái)越需要一種多組學(xué)的細(xì)胞生物學(xué)視角,。通過(guò)單細(xì)胞多組學(xué)——即對(duì)不同組學(xué)的數(shù)據(jù)集進(jìn)行分析和整合——科學(xué)家能夠從同一個(gè)單細(xì)胞來(lái)源中檢測(cè)多種細(xì)胞特征。這些特征包括全轉(zhuǎn)錄組基因表達(dá),、細(xì)胞表面蛋白表達(dá),、免疫組庫(kù)序列(包括T細(xì)胞和B細(xì)胞受體)以及用于了解表觀基因組調(diào)控的開(kāi)放染色質(zhì)區(qū)域。隨著單個(gè)實(shí)驗(yàn)可提供更多信息豐富的數(shù)據(jù),,研究人員的獲益更多,,包括保留珍貴樣本、提高生產(chǎn)力,、減少因批次效應(yīng)引起的錯(cuò)誤,,并節(jié)省更多的高科技資源(從資助基金到人員時(shí)間)。高通量測(cè)序技術(shù)是對(duì)傳統(tǒng)測(cè)序一次突破性的改變,,一次對(duì)幾十萬(wàn)到幾百萬(wàn)條核酸序列進(jìn)行測(cè)定。
針對(duì)單細(xì)胞測(cè)序數(shù)據(jù)分析時(shí)的reads數(shù),、基因表達(dá)量及細(xì)胞數(shù)量判定過(guò)程中:以捕獲5000個(gè)細(xì)胞,、100G的測(cè)序量為標(biāo)準(zhǔn),每個(gè)細(xì)胞的reads數(shù)大約在50k左右,;每個(gè)細(xì)胞的基因中位數(shù)取決于樣本的細(xì)胞類(lèi)型,例如成熟的B,,T,,粒細(xì)胞數(shù)量較多的組織中,由于該類(lèi)型細(xì)胞表達(dá)的基因數(shù)普遍較少,,導(dǎo)致基因中位數(shù)下降,。而某些疾病組織,、或者體外培養(yǎng)的如干細(xì)胞等,他們的基因表達(dá)數(shù)較高,,甚至可以超過(guò)1W,這就導(dǎo)致該類(lèi)樣本基因中位數(shù)非常高,。因此,,我們對(duì)細(xì)胞數(shù)量以及基因中位數(shù)確認(rèn)時(shí),需要考察實(shí)際組織的細(xì)胞組成,。烈冰全線實(shí)驗(yàn)平臺(tái)滿足超深度,、大規(guī)模發(fā)現(xiàn)和復(fù)雜疾病研究的測(cè)序。南昌單細(xì)胞測(cè)序
從樣本處理到終端數(shù)據(jù)分析,,只要您需要,烈冰提供全流程的無(wú)憂服務(wù),。上海10X Genomics單細(xì)胞測(cè)序數(shù)據(jù)分析培訓(xùn)班
一味的追求高細(xì)胞數(shù)量的捕獲,,小心得不償失,原因在這:?jiǎn)渭?xì)胞測(cè)序所有的分析都是基于細(xì)胞聚類(lèi)進(jìn)行,,而細(xì)胞聚類(lèi)是在區(qū)分cell和non-cell后,,獲得細(xì)胞基因表達(dá)譜,,通過(guò)降維(pca),無(wú)監(jiān)督聚類(lèi)以及可視化(t-SNE)得到的,。進(jìn)行細(xì)胞聚類(lèi)時(shí)需要考慮到每個(gè)細(xì)胞的基因表達(dá)模式,因此即使是相同的數(shù)據(jù),,在剔除幾個(gè)細(xì)胞的情況下,,前后獲得的聚類(lèi)圖也會(huì)出現(xiàn)明顯不同,。而當(dāng)細(xì)胞捕獲數(shù)過(guò)多時(shí),,無(wú)論是假陰性和假陽(yáng)性數(shù)據(jù)還是多細(xì)胞數(shù)據(jù),都會(huì)對(duì)正常細(xì)胞聚類(lèi)產(chǎn)生影響,,造成聚類(lèi)結(jié)果失真。這也是很多文章,,特別是很多高分文章,為什么單個(gè)樣本捕獲細(xì)胞數(shù)在2000-3000的原因了,。烈冰建議單個(gè)樣本捕獲細(xì)胞數(shù)在3000-5000個(gè)時(shí),數(shù)據(jù)量在100G左右時(shí),,可以滿足分析和文章發(fā)表的多重需求,。上海10X Genomics單細(xì)胞測(cè)序數(shù)據(jù)分析培訓(xùn)班
上海烈冰生物醫(yī)藥科技有限公司是一家生物科技,、醫(yī)藥科技、信息科技,、計(jì)算機(jī)科技領(lǐng)域內(nèi)的技術(shù)開(kāi)發(fā)、技術(shù)服務(wù),、技術(shù)轉(zhuǎn)讓,、技術(shù)咨詢,,市場(chǎng)營(yíng)銷(xiāo)策劃,市場(chǎng)信息咨詢與調(diào)查(不得從事社會(huì)調(diào)查,、社會(huì)調(diào)研,、民意調(diào)查、民意測(cè)驗(yàn)),,從事貨物及技術(shù)的進(jìn)出口業(yè)務(wù),,計(jì)算機(jī),、軟件及耗材(除專控),,軟件開(kāi)發(fā)【依法須經(jīng)批準(zhǔn)的項(xiàng)目,,經(jīng)相關(guān)部門(mén)批準(zhǔn)后方可開(kāi)展經(jīng)營(yíng)活動(dòng)】的公司,是一家集研發(fā),、設(shè)計(jì)、生產(chǎn)和銷(xiāo)售為一體的專業(yè)化公司,。烈冰生物擁有一支經(jīng)驗(yàn)豐富,、技術(shù)創(chuàng)新的專業(yè)研發(fā)團(tuán)隊(duì),,以高度的專注和執(zhí)著為客戶提供單細(xì)胞測(cè)序,生物大數(shù)據(jù)云分析平臺(tái),,空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序,單細(xì)胞多組學(xué)測(cè)序。烈冰生物始終以本分踏實(shí)的精神和必勝的信念,,影響并帶動(dòng)團(tuán)隊(duì)取得成功,。烈冰生物始終關(guān)注醫(yī)藥健康市場(chǎng),,以敏銳的市場(chǎng)洞察力,,實(shí)現(xiàn)與客戶的成長(zhǎng)共贏,。