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南通單細(xì)胞測(cè)序服務(wù)公司

來(lái)源: 發(fā)布時(shí)間:2022-07-27

二代測(cè)序技術(shù)在測(cè)序方法上取得了重大突破,基于“邊合成邊測(cè)序”(sequencing by synthesis)和大規(guī)模平行測(cè)序技術(shù)(massive parallel analysis,MPS),,使測(cè)序通量和讀取速度得到極大提升,,例如Illumina Solexa測(cè)序儀。Illumina的測(cè)序原理可以簡(jiǎn)化為四步:樣品文庫(kù)構(gòu)建,、簇生成,、測(cè)序和數(shù)據(jù)分析。由于讀長(zhǎng)限制,,樣品DNA或由RNA逆轉(zhuǎn)錄得到的cDNA需要被打斷成300-500bp的片段,,并在3'和5'端接上3種序列:1)Index,用于區(qū)分樣品來(lái)源,;2)Adapter,,用于結(jié)合測(cè)序通道上的位點(diǎn);3)Primer binding site,,用于結(jié)合PCR引物啟動(dòng)擴(kuò)增反應(yīng),。單細(xì)胞測(cè)序是高通量測(cè)序下的又一重大技術(shù)突破。南通單細(xì)胞測(cè)序服務(wù)公司

高通量測(cè)序技術(shù)(High-throughput sequencing)又稱“下一代”測(cè)序技術(shù)(“Next-generation” sequencing),,以能一次并行對(duì)幾十萬(wàn)到幾百萬(wàn)條DNA分子進(jìn)行序列測(cè)定和一般讀長(zhǎng)較短等為標(biāo)志,。高通量測(cè)序技術(shù)是對(duì)傳統(tǒng)測(cè)序一次顛覆性的改變,一次對(duì)幾十萬(wàn)到幾百萬(wàn)條DNA分子進(jìn)行序列測(cè)定,,因此在有些文獻(xiàn)中稱其為下一代測(cè)序技術(shù)(next generation sequencing)足見其劃時(shí)代的改變,,同時(shí)高通量測(cè)序使得對(duì)一個(gè)物種的轉(zhuǎn)錄組和基因組進(jìn)行細(xì)致全貌的 分析成為可能,所以又被稱為深度測(cè)序(deep sequencing),。而烈冰科技具有專業(yè)生物背景和十二年科研服務(wù)經(jīng)驗(yàn),,已助力Nature,immunity等在內(nèi)的300+篇CNS文章發(fā)表,。福州單細(xì)胞測(cè)序服務(wù)烈冰單細(xì)胞測(cè)序,,助力您的深入科學(xué)探究。

烈冰科技自主研發(fā)的單細(xì)胞云平臺(tái)致力于幫助每一位客戶定制化分析數(shù)據(jù),,深度解讀數(shù)據(jù)分析結(jié)果,,深入挖掘其背后的生物學(xué)意義;從操作便捷、結(jié)果可視化,、分析可追溯,、系統(tǒng)穩(wěn)定等方面助力單細(xì)胞研究,加速科研進(jìn)程,!此外,,烈冰生信團(tuán)隊(duì)根據(jù)豐富的實(shí)戰(zhàn)經(jīng)驗(yàn)為用戶量身打造了一款單細(xì)胞測(cè)序結(jié)果解讀的神兵利器——單細(xì)胞瀏覽器(SingleCellBrowser),不但可以將海量復(fù)雜的結(jié)果文件可視化,,還是可以實(shí)現(xiàn)三維立體化展示的軟件,。專業(yè)的生信代碼交給專業(yè)的烈冰,專業(yè)的生物學(xué)意義交給專業(yè)的您,!

對(duì)于單細(xì)胞測(cè)序而言,,常常需要先構(gòu)建細(xì)胞圖譜,在此基礎(chǔ)上再開展后續(xù)各項(xiàng)分析,,并且數(shù)據(jù)分析時(shí)以細(xì)胞聚類(cellcluster)為討論對(duì)象,而不是像常規(guī)Bulk測(cè)序一樣以組別為分析對(duì)象,,因此單細(xì)胞測(cè)序項(xiàng)目對(duì)樣本入組要求沒(méi)有Bulk測(cè)序那樣嚴(yán)格,,但是單細(xì)胞測(cè)序,特別是目的為圖譜研究時(shí),,需要通過(guò)提高樣本復(fù)雜度(增加樣本數(shù)),,盡可能的構(gòu)建某一疾病類型、群體細(xì)胞圖譜信息,。因此,,單細(xì)胞測(cè)序?qū)嶒?yàn)設(shè)計(jì)時(shí)首先需要保證生物學(xué)重復(fù),不同樣本來(lái)源的樣本建議單獨(dú)進(jìn)行細(xì)胞解離和捕獲,、建庫(kù),、測(cè)序,以保證捕獲到足夠的細(xì)胞數(shù),,單個(gè)樣本分別捕獲細(xì)胞時(shí),,后續(xù)分析除了整體分析以外,還可以做單樣本分析,,保證分析的完備準(zhǔn)確性,。測(cè)序的革新讓科學(xué)研究從個(gè)體基因差異逐漸轉(zhuǎn)為個(gè)體細(xì)胞的基因差異。

單細(xì)胞測(cè)序是指針對(duì)單個(gè)細(xì)胞進(jìn)行全轉(zhuǎn)錄組測(cè)序分析,,可精確地描述每一個(gè)細(xì)胞的狀態(tài),,在異質(zhì)性發(fā)育過(guò)程中具有特殊的應(yīng)用價(jià)值。然而,,單細(xì)胞測(cè)序無(wú)法給出固態(tài)異質(zhì)化組織中細(xì)胞空間排布信息,,對(duì)于揭示發(fā)育過(guò)程、病理微環(huán)境都存在很大的局限性??臻g轉(zhuǎn)錄組測(cè)序以點(diǎn)陣形式記錄病理切片細(xì)胞的空間信息并進(jìn)行測(cè)序,,可以精確指示點(diǎn)陣內(nèi)的全部基因表達(dá)情況??臻g轉(zhuǎn)錄組測(cè)序的加入,,無(wú)疑讓單細(xì)胞測(cè)序如虎添翼,更精確地勾勒了組織水平的異質(zhì)性,。烈冰斥巨資引進(jìn)Novaseq6000,,開啟更大通量測(cè)序新紀(jì)元。陜西10X Genomics單細(xì)胞測(cè)序數(shù)據(jù)分析

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一味的追求高細(xì)胞數(shù)量的捕獲,,小心得不償失,,原因在這:?jiǎn)渭?xì)胞測(cè)序所有的分析都是基于細(xì)胞聚類進(jìn)行,而細(xì)胞聚類是在區(qū)分cell和non-cell后,,獲得細(xì)胞基因表達(dá)譜,,通過(guò)降維(pca),無(wú)監(jiān)督聚類以及可視化(t-SNE)得到的,。進(jìn)行細(xì)胞聚類時(shí)需要考慮到每個(gè)細(xì)胞的基因表達(dá)模式,,因此即使是相同的數(shù)據(jù),在剔除幾個(gè)細(xì)胞的情況下,,前后獲得的聚類圖也會(huì)出現(xiàn)明顯不同,。而當(dāng)細(xì)胞捕獲數(shù)過(guò)多時(shí),無(wú)論是假陰性和假陽(yáng)性數(shù)據(jù)還是多細(xì)胞數(shù)據(jù),,都會(huì)對(duì)正常細(xì)胞聚類產(chǎn)生影響,,造成聚類結(jié)果失真。這也是很多文章,,特別是很多高分文章,,為什么單個(gè)樣本捕獲細(xì)胞數(shù)在2000-3000的原因了。烈冰建議單個(gè)樣本捕獲細(xì)胞數(shù)在3000-5000個(gè)時(shí),,數(shù)據(jù)量在100G左右時(shí),,可以滿足分析和文章發(fā)表的多重需求。南通單細(xì)胞測(cè)序服務(wù)公司

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