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武漢10X Chromium X單細(xì)胞測(cè)序技術(shù)支持

來源: 發(fā)布時(shí)間:2022-07-30

烈冰科技作為國(guó)內(nèi)率先同時(shí)擁有10XGenomics和BDRhapsody雙分選平臺(tái)的測(cè)序服務(wù)商及云計(jì)算服務(wù)供應(yīng)商,經(jīng)過多年實(shí)戰(zhàn),,擁有豐富的單細(xì)胞懸液制備和分選經(jīng)驗(yàn),,實(shí)測(cè)BDRhapsody對(duì)能夠高效捕獲粒細(xì)胞。針對(duì)不同的分選平臺(tái),、建庫方法,,實(shí)戰(zhàn)總結(jié)搭建出不同的數(shù)據(jù)預(yù)處理工作流程;烈冰科技NovelBrain®生物大數(shù)據(jù)平臺(tái)能有效支撐生命科學(xué)研究,、醫(yī)療健康等領(lǐng)域?qū)Υ髷?shù)據(jù)分析的需求,。高通量測(cè)序?qū)嶒?yàn)平臺(tái),包括NovaSeq6000,、10XChromiumX,、BDFACSMelody、PANNORAMIC數(shù)字切片掃描儀等,,配合一支來自海內(nèi)外名校,、多學(xué)科交叉型的高素質(zhì)綜合團(tuán)隊(duì),為您的科學(xué)研究保駕護(hù)航,。烈冰測(cè)序數(shù)據(jù)分析平臺(tái),,不依賴已有物種信息,,可研究非模式物種,針對(duì)不同平臺(tái)的數(shù)據(jù),,制定多套流程,;武漢10X Chromium X單細(xì)胞測(cè)序技術(shù)支持

單細(xì)胞RNA-seq、RNA-seq和逆轉(zhuǎn)錄qPCR(RT-qPCR)都采用一個(gè)共同過程,,即分離RNA并將其轉(zhuǎn)化為cDNA進(jìn)行分析,。不過,每種分析在開展方式和獲得的數(shù)據(jù)上有所不同,。RNA-seq和RT-qPCR都是先從大量細(xì)胞中分離RNA,,然后將其轉(zhuǎn)化為cDNA。RNA-seq是使用cDNA來構(gòu)建新一代測(cè)序文庫,,從而測(cè)定整個(gè)轉(zhuǎn)錄組的基因表達(dá),。RT-qPCR則是從cDNA中擴(kuò)增特定靶點(diǎn),并通過熒光測(cè)定表達(dá)水平,。RT-qPCR限于已知靶點(diǎn),,而RNA-seq可實(shí)現(xiàn)無偏倚的全轉(zhuǎn)錄組基因表達(dá)分析。然而,,這兩者只能提供細(xì)胞群體內(nèi)基因表達(dá)的平均情況,。單細(xì)胞RNA-seq則在分離RNA之前將單細(xì)胞分離到微孔或單個(gè)微反應(yīng)容器中。然后用細(xì)胞特異性的條形碼標(biāo)記RNA,,確保來自每個(gè)細(xì)胞的cDNA可以追溯到起源細(xì)胞,。與RNA-seq相似,帶有條形碼的cDNA也被用于構(gòu)建新一代測(cè)序文庫,,從而能夠?qū)γ總€(gè)細(xì)胞的整個(gè)轉(zhuǎn)錄組進(jìn)行基因表達(dá)測(cè)定,。重慶二代測(cè)序單細(xì)胞測(cè)序平臺(tái)單細(xì)胞測(cè)序數(shù)據(jù)分析,認(rèn)準(zhǔn)烈冰NovelBrain生物信息數(shù)據(jù)分析平臺(tái),。

一味的追求高細(xì)胞數(shù)量的捕獲,,小心得不償失,原因在這:?jiǎn)渭?xì)胞測(cè)序所有的分析都是基于細(xì)胞聚類進(jìn)行,,而細(xì)胞聚類是在區(qū)分cell和non-cell后,,獲得細(xì)胞基因表達(dá)譜,通過降維(pca),,無監(jiān)督聚類以及可視化(t-SNE)得到的,。進(jìn)行細(xì)胞聚類時(shí)需要考慮到每個(gè)細(xì)胞的基因表達(dá)模式,因此即使是相同的數(shù)據(jù),,在剔除幾個(gè)細(xì)胞的情況下,,前后獲得的聚類圖也會(huì)出現(xiàn)明顯不同。而當(dāng)細(xì)胞捕獲數(shù)過多時(shí),,無論是假陰性和假陽性數(shù)據(jù)還是多細(xì)胞數(shù)據(jù),,都會(huì)對(duì)正常細(xì)胞聚類產(chǎn)生影響,,造成聚類結(jié)果失真。這也是很多文章,,特別是很多高分文章,,為什么單個(gè)樣本捕獲細(xì)胞數(shù)在2000-3000的原因了。烈冰建議單個(gè)樣本捕獲細(xì)胞數(shù)在3000-5000個(gè)時(shí),,數(shù)據(jù)量在100G左右時(shí),,可以滿足分析和文章發(fā)表的多重需求,。

烈冰科技專注為科研學(xué)者提供專注的測(cè)序數(shù)據(jù)分析服務(wù),,先后經(jīng)歷基因芯片時(shí)代、基因測(cè)序,、轉(zhuǎn)錄組測(cè)序時(shí)代...在科技日新月異的洪流中始終獨(dú)占鰲頭,。2018年以來,單細(xì)胞測(cè)序進(jìn)入發(fā)展的快車道,,烈冰作為國(guó)內(nèi)首批引進(jìn)單細(xì)胞實(shí)驗(yàn)雙平臺(tái)的公司,,依托自主研發(fā)的NovelBrain®生物大數(shù)據(jù)分析平臺(tái),為用戶提供一站式全流程的單細(xì)胞測(cè)序服務(wù)和解決方案,。4年的單細(xì)胞技術(shù)的積累,,烈冰已具備大鼠、小鼠,、斑馬魚,、猴、裸鼴鼠,、水稻,、擬南芥等10+物種,皮膚,、腦,、脂肪、心臟,、花序等50+組織類型,,100+細(xì)胞類型,1000+靶標(biāo)基因,,10000+樣本處理經(jīng)驗(yàn),。單細(xì)胞測(cè)序技術(shù)遍地開花,烈冰服務(wù)讓您的醫(yī)學(xué)研究如虎添翼,。

SingleCellSequencing技術(shù),,即利用優(yōu)化后的高通量測(cè)序技術(shù)(NGS,NextGenerationSequencing)分析每一個(gè)單個(gè)細(xì)胞的序列信息,,從而更高分辨率地揭示細(xì)胞間的細(xì)胞差異以及其在微環(huán)境中的功能情況,。那么問題來了,,如何獲得單個(gè)細(xì)胞?如果無法獲得單個(gè)細(xì)胞這一切都是不成立的,;如何獲得大批量的單個(gè)細(xì)胞,?單個(gè)組織細(xì)胞群體通常在百萬級(jí)別以上,如果被檢測(cè)的測(cè)序細(xì)胞數(shù)量過小精確度不足,;如何低成本地獲得大批量單個(gè)細(xì)胞,?單細(xì)胞測(cè)序成本非常高,尤其是需要測(cè)2000~3000個(gè)以上的細(xì)胞的時(shí)候,,如果單個(gè)細(xì)胞的分選成本也很高,,技術(shù)根本無法普及。所以,,正因?yàn)檫@些問題的存在使得高通量測(cè)序在單個(gè)細(xì)胞測(cè)序應(yīng)用中的普及度一直不足,,直到幾個(gè)突破性技術(shù)的誕生。單細(xì)胞測(cè)序是高通量測(cè)序下的又一重大技術(shù)突破,。武漢10X Genomics單細(xì)胞測(cè)序百萬通量平臺(tái)

測(cè)序的革新讓科學(xué)研究從個(gè)體基因差異逐漸轉(zhuǎn)為個(gè)體細(xì)胞的基因差異,。武漢10X Chromium X單細(xì)胞測(cè)序技術(shù)支持

相對(duì)于Smart-Seq技術(shù)在細(xì)胞數(shù)量上的問題,10X平臺(tái)普遍提供的細(xì)胞數(shù)量都在1000-20000不等的測(cè)序細(xì)胞量,,這個(gè)量級(jí)的測(cè)序細(xì)胞量已經(jīng)可以說能夠完全覆蓋絕大部分組織的SingleCell群體類型,。因此,這兩種技術(shù)對(duì)于基于基因表達(dá)進(jìn)行準(zhǔn)確細(xì)胞分型上,,無論是從細(xì)胞數(shù)量上來說還是表達(dá)檢測(cè)可靠性來說,,都會(huì)更實(shí)用。同時(shí)依托RandomCellLabel技術(shù),,使得其對(duì)于NovaSeq,、HiSeqXTen、Hiseq4000等設(shè)備存在的Indexhooping現(xiàn)象,,相對(duì)于Smart-Seq數(shù)據(jù)來說,,影響幾乎可以忽略不計(jì)(10XGenomics官方網(wǎng)站曾給出hooping測(cè)試結(jié)果,顯示無影響,。武漢10X Chromium X單細(xì)胞測(cè)序技術(shù)支持

上海烈冰生物醫(yī)藥科技有限公司總部位于江月路999號(hào)奇亞特中心22幢,,是一家生物科技、醫(yī)藥科技,、信息科技,、計(jì)算機(jī)科技領(lǐng)域內(nèi)的技術(shù)開發(fā)、技術(shù)服務(wù),、技術(shù)轉(zhuǎn)讓,、技術(shù)咨詢,市場(chǎng)營(yíng)銷策劃,,市場(chǎng)信息咨詢與調(diào)查(不得從事社會(huì)調(diào)查,、社會(huì)調(diào)研,、民意調(diào)查、民意測(cè)驗(yàn)),,從事貨物及技術(shù)的進(jìn)出口業(yè)務(wù),,計(jì)算機(jī)、軟件及耗材(除??兀?,軟件開發(fā)【依法須經(jīng)批準(zhǔn)的項(xiàng)目,經(jīng)相關(guān)部門批準(zhǔn)后方可開展經(jīng)營(yíng)活動(dòng)】的公司,。烈冰生物擁有一支經(jīng)驗(yàn)豐富,、技術(shù)創(chuàng)新的專業(yè)研發(fā)團(tuán)隊(duì),以高度的專注和執(zhí)著為客戶提供單細(xì)胞測(cè)序,,生物大數(shù)據(jù)云分析平臺(tái),,空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序,,單細(xì)胞多組學(xué)測(cè)序,。烈冰生物始終以本分踏實(shí)的精神和必勝的信念,影響并帶動(dòng)團(tuán)隊(duì)取得成功,。烈冰生物創(chuàng)始人陳岱,,始終關(guān)注客戶,創(chuàng)新科技,,竭誠(chéng)為客戶提供良好的服務(wù),。