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南昌單細胞測序數(shù)據(jù)分析可視化

來源: 發(fā)布時間:2022-08-02

烈冰與國內(nèi)高校,、研究所,、醫(yī)院和藥企單位開展深度合作,服務(wù)于600+臨床與研究機構(gòu),,1000+客戶和5000+重要科研項目,,助力并聯(lián)合發(fā)表300+篇CNS等國際學術(shù)期刊(不完全統(tǒng)計),在單細胞領(lǐng)域,,烈冰助力用戶發(fā)表單細胞文獻30+篇,,總IF>300+,IF>10+以上文章占比65%以上,,包含Immunity,、NatureCellBiology、NaturePlants、AdvancedScience等生物領(lǐng)域國際主流學術(shù)期刊,,已發(fā)表文章研究領(lǐng)域涵蓋包括COVID-19研究、疾病發(fā)生轉(zhuǎn)移機制,,免疫研究,、腦神經(jīng)、白血病,、胚胎發(fā)育,、糖尿病、退行性疾病和植物領(lǐng)域研究等,。單細胞測序平臺,,烈冰提供高性價比服務(wù)方案。南昌單細胞測序數(shù)據(jù)分析可視化

科研的魅力之處,,在于無窮盡的探尋生命的本底,,通過單細胞測序,我們對組織的分子基礎(chǔ)的研究也從初級到深層,,并在單細胞層面逐漸達成一致,,那么不禁要問一句,組織的空間位置到底重不重要,?空間異質(zhì)性是功能的關(guān)鍵特征,,細胞的位置信息更能反應(yīng)細胞命運調(diào)控機制和細胞譜系發(fā)生過程。因此時間和空間即像組織的AB面,,而不可否認的是,,此時空間坐標的記錄,像一個還未長大的娃娃,,雖未觸及分子基礎(chǔ)研究的深層,,但仍在努力攀登探尋生命本底的下一個高峰。上海二代測序單細胞測序技術(shù)支持烈冰生物全轉(zhuǎn)錄組測序通過雙文庫構(gòu)建,,實現(xiàn)多種RNA的一網(wǎng)打盡,。

對于單細胞測序而言,常常需要先構(gòu)建細胞圖譜,,在此基礎(chǔ)上再開展后續(xù)各項分析,,并且數(shù)據(jù)分析時以細胞聚類(cellcluster)為討論對象,而不是像常規(guī)Bulk測序一樣以組別為分析對象,,因此單細胞測序項目對樣本入組要求沒有Bulk測序那樣嚴格,,但是單細胞測序,特別是目的為圖譜研究時,,需要通過提高樣本復(fù)雜度(增加樣本數(shù)),,盡可能的構(gòu)建某一疾病類型、群體細胞圖譜信息。因此,,單細胞測序?qū)嶒炘O(shè)計時首先需要保證生物學重復(fù),,不同樣本來源的樣本建議單獨進行細胞解離和捕獲、建庫,、測序,,以保證捕獲到足夠的細胞數(shù),單個樣本分別捕獲細胞時,,后續(xù)分析除了整體分析以外,,還可以做單樣本分析,保證分析的完備準確性,。

單細胞測序龐大的數(shù)據(jù)烈冰生信團隊傾情研發(fā)的NovelBrain®生信大數(shù)據(jù)分析平臺,,可實現(xiàn)零代碼操作、簡單方便:單細胞瀏覽器的操作簡單,,不需要命令行操作,。簡單拖拽、設(shè)置參數(shù)即可運行,,即使生信0基礎(chǔ)用戶也可以運用自如,;可視化展示海量結(jié)果文件:可視化展示Cluster的基因數(shù),UMI數(shù)量,、線粒體RNA占比信息,;以及不同Cluster對應(yīng)的細胞數(shù)量、基因表達量,、RNA表達量,、樣本細胞分布、線粒體RNA表達量等,;3D立體展示,,文章動圖先人一步:單細胞瀏覽器針對t-SNE圖、UMAP圖和pseudotime結(jié)果進行三維立體展示,,更加直觀立體的觀察細胞分布和聚類情況,。單細胞測序數(shù)據(jù)分析,認準烈冰NovelBrain生物信息數(shù)據(jù)分析平臺,。

關(guān)于單細胞測序?qū)嶒灅颖局苽?,這與流式細胞術(shù)用戶熟悉的步驟完全一致,也就是通過酶促或機械消化,、細胞分選或其他細胞分離技術(shù)從整個樣本中制備生成活的單細胞懸液,。隨后是細胞計數(shù)和質(zhì)量控制步驟,以確保您的樣本有適當濃度的活細胞,,并且不含細胞團塊和死細胞碎片,。如有必要,,您還可以使用抗體對樣本進行染色,標記細胞表面蛋白或其他生物分析物,,或者通過FACS來富集感興趣的細胞類型,。解離樣本時采取的具體步驟將根據(jù)您的起始材料和實驗?zāi)繕硕āR苍S需要額外的制備步驟,,具體取決于組織質(zhì)量,、樣本豐度、細胞大小,,以及是否需要提取出細胞核進行染色質(zhì)可接近性分析。無論具體的考慮因素如何,,所有樣本類型都遵循同一個基本原則,,那就是生成高質(zhì)量的單細胞懸液。烈冰全線實驗平臺滿足超深度,、大規(guī)模發(fā)現(xiàn)和復(fù)雜疾病研究的測序,。吉林10X Chromium X單細胞測序數(shù)據(jù)分析

烈冰一站式單細胞測序服務(wù):立足科學研究,解碼生命本質(zhì),。南昌單細胞測序數(shù)據(jù)分析可視化

樣本制備后的保存為了盡可能地減少轉(zhuǎn)錄組的變化,,在對細胞進行清洗和計數(shù)后,單細胞懸液應(yīng)當保存于冰上,,直至用于后續(xù)的上機和文庫制備步驟,。在理想狀況下,一旦制備好樣本,,應(yīng)當在3min鐘內(nèi)將其用于下游步驟,。然而,您還有必要了解各類細胞的不同性質(zhì),,因為這可能會影響細胞應(yīng)在冰上保存的時間,,以及它們在制備后多久便應(yīng)當被盡快使用。例如,,有些細胞(如PBMC)如果在冰上放置一段時間,,它們就開始形成團塊。這些團塊很難解離,,增加了堵塞的風險,,而且每個團塊被當成單細胞計數(shù),又降低了細胞計數(shù)的準確性,。此外,,有些細胞更加粘稠,形成團塊的速度更快,。對于這些細胞,,必須盡量減少制備和使用之間的時間差南昌單細胞測序數(shù)據(jù)分析可視化

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