針對樣本活性的問題,，10×Genomics官方建議當單細胞懸液活性低于70%時應做去除死細胞操作，但也需要注意到,，去除死細胞的操作會損失一定的細胞數(shù)量,，10×Genomics和MiltenyiBiotec都沒有給出單細胞懸液含有多少細胞數(shù)量才建議做去除死細胞的操作,。基于烈冰多年單細胞測序?qū)嶒灲?jīng)驗,，建議當細胞懸液進行質(zhì)量和活性檢測后,，考慮對細胞活性在50%-70%的懸液進行去除死細胞的操作。而太低活性的懸液（小于30%）,，懸液中細胞大量死亡,，可能已經(jīng)丟失了原組織內(nèi)的細胞比例和狀態(tài)，失真嚴重,，建議重新收集樣本進行新的實驗,，保證數(shù)據(jù)的高質(zhì)量和實驗結(jié)果的準確性。單細胞測序技術(shù)的迅速發(fā)展和應用推廣,，為從多維度揭示疾病發(fā)展提供了強有力的工具,。武漢高通量測序單細胞測序多組學測序

作為單細胞測序的一個重要里程碑，10xgenomic公司于2016年2月推出10xChromiumSingleCellGeneExpressionSolution,，此平臺整合了儀器,、試劑盒和信息學軟件，能精確對接illumina測序儀,，因此可實現(xiàn)大量大細胞的快速高效標記,、測序和分析，獲得單細胞水平的基因表達譜和差異情況,，并通過對復雜細胞群體進行深入細致分析,，繪制大規(guī)模單細胞表達圖譜。以量化細胞內(nèi)的群體異質(zhì)性,，并逐個鑒定細胞類型,、細胞狀態(tài)和動態(tài)細胞躍遷。除了有望鑒定新的細胞亞型和稀有細胞群體,，單細胞技術(shù)還能更好地了解轉(zhuǎn)錄動態(tài)和基因調(diào)控關(guān)系,。濟南單細胞測序商業(yè)化服務經(jīng)驗豐富的實驗團隊，為獲得示組織內(nèi)真實表達水平的高質(zhì)量冷凍切片提供硬件和技術(shù)保障,。

烈冰科技自主研發(fā)的單細胞云平臺致力于幫助每一位客戶定制化分析數(shù)據(jù),，深度解讀數(shù)據(jù)分析結(jié)果，深入挖掘其背后的生物學意義,；從操作便捷,、結(jié)果可視化、分析可追溯,、系統(tǒng)穩(wěn)定等方面助力單細胞研究,，加速科研進程,！此外，烈冰生信團隊根據(jù)豐富的實戰(zhàn)經(jīng)驗為用戶量身打造了一款單細胞測序結(jié)果解讀的神兵利器——單細胞瀏覽器（SingleCellBrowser）,，不但可以將海量復雜的結(jié)果文件可視化,，還是可以實現(xiàn)三維立體化展示的軟件。專業(yè)的生信代碼交給專業(yè)的烈冰,，專業(yè)的生物學意義交給專業(yè)的您,，詳情請咨詢烈冰生物。

現(xiàn)有的單細胞測序技術(shù)陣營在幾個主要領(lǐng)域存在差別,。一個是分隔單個細胞以在其中進行微反應的物理平臺,。在這個空間，單個細胞的內(nèi)容物釋放,，轉(zhuǎn)錄本或其他生物分析物被標記或添加索引,，以便下游識別。現(xiàn)有技術(shù)的另一個主要區(qū)別是如何添加索引,，就像生成測序文庫所涉及的流程步驟一樣,。10XGenomics單細胞測序平臺采用動態(tài)微流控技（Drop-Seq具有類似的技術(shù)原理）。從橫向孔道中逐一輸入凝膠微珠,，其中一列縱向孔道輸入細胞,，凝膠微珠與細胞碰撞后會吸附在凝膠微珠上，并通過微流控技術(shù),，將之輸入到第二縱向孔道,，即油相孔道中。這時候,，就形成了一個個油滴并輸出并收集在EP管中,。每一個油滴中會落入一個細胞以及一個凝膠微珠，那么在每一個凝膠微珠中上長滿了不同的CellBarcode和UMIBarcode連接形成的序列,，再加上一端PolyT的抓手,，構(gòu)成我們的捕獲凝膠微珠。而這個凝膠微珠抓手就會使用oligodT抓住mRNA構(gòu)建文庫,。豐富的測序和數(shù)據(jù)分析經(jīng)驗,，烈冰配套全程個性化、定制化地數(shù)據(jù)分析服務,。

針對單細胞測序的細胞上樣數(shù),，為什么不建議捕獲到的細胞數(shù)量越高越好？一味地追求高數(shù)量的細胞捕獲可能會存在一些問題,。例如在上機細胞懸液濃度固定時,，如果目標細胞捕獲數(shù)增加到8000甚至10000,，上樣細胞懸液體積勢必增加,，在細胞懸液質(zhì)量不是很理想（細胞活性5%,、結(jié)團率均>5%）的情況下，引入的背景信號會增加,，分析結(jié)果不理想的直接體現(xiàn)包括：cell,、non-cell無法有效區(qū)分和Fractionreadsincells偏低。當cell和non-cell無法有效區(qū)分時,，會使得數(shù)據(jù)出現(xiàn)假陽性和假陰性結(jié)果,！當目標細胞捕獲數(shù)很大時，多細胞率會增加,，數(shù)據(jù)分析時,，此部分“cell”表現(xiàn)為基因檢測數(shù)和UMI檢測數(shù)是正常cell的N倍（N是一個GEM包裹的細胞數(shù)），導致所有細胞的統(tǒng)計數(shù)據(jù)（單個細胞基因檢測中位數(shù),、單個細胞UMI檢測中位數(shù)）虛高,。此部分“cell”雖然可以通過設(shè)置數(shù)據(jù)分析閾值進行過濾，但是容易會有此類數(shù)據(jù)的殘留和正常高基因檢測細胞的人為去除,！十二年測序經(jīng)驗,，累計服務與5000余項重要科研項目。蘇州10X Genomics單細胞測序平臺

單細胞測序數(shù)據(jù)分析,，認準烈冰NovelBrain生物信息數(shù)據(jù)分析平臺,。武漢高通量測序單細胞測序多組學測序

10XGenomics是一種基于drop的微流控技術(shù)，液體在配套芯片中的微管道中流動,，因此細胞直徑會受到芯片中微管道直徑的限制,，微流體通道的直徑約為50~60um，因此捕獲細胞的直徑不能超過40um,。當細胞直徑過大時,，容易出現(xiàn)管道堵塞，造成GEM生成失敗,，對于神經(jīng)科學研究和心血管疾病研究的老師而言,，準備采用單細胞技術(shù)用于課題研究的時候，往往會遇到一個尷尬的問題,，就是目標細胞,，例如神經(jīng)元細胞、成熟心肌細胞由于體積過大,，不適用于10X單細胞技術(shù),。其中神經(jīng)元細胞的直徑很大，直接超過了芯片中管道的直徑,，雖然心肌細胞直徑低于50um,，但是成熟心肌細胞的長度很長，有可能堵塞通道造成實驗失敗，這也是為什么現(xiàn)在很多已發(fā)表的心臟單細胞文章,，主要研究方向是心臟發(fā)育的原因了,，主要還是因為未發(fā)育成熟的心肌細胞比較小，不會出現(xiàn)堵塞管道的風險,。因此可以考慮組織解離后過40um濾網(wǎng),，過濾掉大細胞，避免出現(xiàn)管道堵塞,、實驗失敗的風險,。此種方案的缺點是大細胞被過濾掉，丟失相關(guān)細胞數(shù)據(jù),；另外組織解離獲得高質(zhì)量細胞懸液以后,，繼續(xù)做細胞裂解抽細胞核，開展細胞核測序,。具體可訪問烈冰官網(wǎng)給我們留言,，烈小冰將安排專業(yè)技術(shù)為您詳細解答。武漢高通量測序單細胞測序多組學測序

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