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天津10X Genomics單細胞測序數(shù)據(jù)分析可視化

來源: 發(fā)布時間:2022-08-16

SingleCellSequencing技術,,即利用優(yōu)化后的高通量測序技術(NGS,NextGenerationSequencing)分析每一個單個細胞的序列信息,,從而更高分辨率地揭示細胞間的細胞差異以及其在微環(huán)境中的功能情況,。那么問題來了,,如何獲得單個細胞?如果無法獲得單個細胞這一切都是不成立的,;如何獲得大批量的單個細胞,?單個組織細胞群體通常在百萬級別以上,如果被檢測的測序細胞數(shù)量過小精確度不足,;如何低成本地獲得大批量單個細胞,?單細胞測序成本非常高,尤其是需要測2000~3000個以上的細胞的時候,,如果單個細胞的分選成本也很高,,技術根本無法普及。所以,,正因為這些問題的存在使得高通量測序在單個細胞測序應用中的普及度一直不足,,直到幾個突破性技術的誕生。烈冰科技成立10余年,,為科研學者提供專注的測序數(shù)據(jù)分析服務,。天津10X Genomics單細胞測序數(shù)據(jù)分析可視化

多樣本數(shù)據(jù)合并:FractionofReadsKept:合并樣本時,各樣本根據(jù)MappedBarcodedReadsperCell數(shù)量計算出來的數(shù)據(jù)利用率,。如果各樣本間該參數(shù)值相差很大,,需要進行Downsample處理,以數(shù)據(jù)量少的樣本為基準將不同樣本中細胞測序深度標化到同一水平,,從而避免因測序深度差異導致的基因檢測數(shù)量,、基因表達水平的差異。烈冰科技自主研發(fā)的單細胞云平臺致力于幫助每一位客戶定制化分析數(shù)據(jù),,深度解讀數(shù)據(jù)分析結果,,深入挖掘其背后的生物學意義;從操作便捷,、結果可視化,、分析可追溯、系統(tǒng)穩(wěn)定等方面助力單細胞研究,,加速科研進程,!蘇州10X單細胞測序服務機構烈冰實驗室包含從樣本處理到測序下機的全套實驗平臺。

相對于Smart-Seq技術在細胞數(shù)量上的問題,,10X平臺普遍提供的細胞數(shù)量都在1000-20000不等的測序細胞量,,這個量級的測序細胞量已經(jīng)可以說能夠完全覆蓋絕大部分組織的SingleCell群體類型。因此,,這兩種技術對于基于基因表達進行準確細胞分型上,,無論是從細胞數(shù)量上來說還是表達檢測可靠性來說,都會更實用。同時依托RandomCellLabel技術,,使得其對于NovaSeq,、HiSeqXTen、Hiseq4000等設備存在的Indexhooping現(xiàn)象,,相對于Smart-Seq數(shù)據(jù)來說,,影響幾乎可以忽略不計(10XGenomics官方網(wǎng)站曾給出hooping測試結果,顯示無影響,。

細胞計數(shù)和活力評估在評估樣本質(zhì)量時,,需要在細胞清洗和過濾之后測定細胞活力,這一點至關重要,。測定細胞活力有許多種方法,,烈冰多年單細胞測序經(jīng)驗發(fā)現(xiàn)臺盼藍法在鑒定活細胞與死細胞的比例時效果很好。細胞計數(shù)的準確性以及目標回收量和實際回收量之間的一致性,,取決于我們了解樣本中有多少個細胞,。一旦過濾和清洗完成,可采用細胞計數(shù)設備(如血球計數(shù)器或自動細胞計數(shù)儀)進行定量,。這些設備不但能提供準確的細胞計數(shù),,還能計算出向微流體芯片上樣適量細胞所需的細胞懸液體積。豐富的測序和數(shù)據(jù)分析經(jīng)驗,,烈冰配套全程個性化,、定制化地數(shù)據(jù)分析服務。

10X Genomics單細胞轉錄組測序是利用單細胞水平上的高通量測序分析基因表達譜的技術,,也是目前國內(nèi)和國際上公認的單細胞測序大規(guī)模實驗平臺技術,,該平臺基于動態(tài)微流控原理,突破傳統(tǒng)高通量測序的局限性,,組織解離后,,單個樣本一次上機能捕獲500-20000個細胞, 基于每個細胞分別建庫測序,,獲得單個細胞的基因結構和基因表達狀態(tài),,并鑒定細胞的類型,可以在不同樣本間從細胞類型的組成和豐度角度進行比較,,反映細胞間的異質(zhì)性,,提供足夠靈活的定制測定法以滿足多種實驗需要,并有效縮短實驗是時間和降低測序成本,。搭建多種測序數(shù)據(jù)的生物信息分析平臺,,5000+項目檢驗,,真實可信賴,。武漢10X Chromium X單細胞測序

烈冰一站式單細胞測序服務:立足科學研究,解碼生命本質(zhì)。天津10X Genomics單細胞測序數(shù)據(jù)分析可視化

單細胞多組學帶來的突破不但改進了實驗過程,,還幫助科學家在健康和疾病研究的關鍵領域取得新進展,。那些過去從轉錄平均值或單項參數(shù)讀取中無法獲得的新發(fā)現(xiàn)正在改變我們對疾病的認識。從鑒定新的細胞類型和狀態(tài),,到揭開疾病用藥應答和耐藥的潛在機制,,單細胞測序正在推動突破性的研究,有望改變生物學和醫(yī)療,。無論是無法解釋的疾病,,還是人體或自然界中尚未探索的系統(tǒng),曾經(jīng)模糊的東西正變得越來越清晰,。隨著我們邁向科學的未來,,我們手頭的工具就像伽利略的望遠鏡一樣能夠提高焦距和放大倍數(shù),而定義科學未來的知識新深度是十年前的人們所無法想象的,。天津10X Genomics單細胞測序數(shù)據(jù)分析可視化

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