針對單細(xì)胞測序的細(xì)胞數(shù)量判斷環(huán)節(jié):主要是對細(xì)胞數(shù)量,、基因表達(dá)量,、測序質(zhì)量進(jìn)行整體描述,。過濾標(biāo)準(zhǔn):由于細(xì)胞破碎后游離RNA會釋放到環(huán)境或孔中,并且測序中也會存在一些死細(xì)胞,,導(dǎo)致數(shù)據(jù)存在background值,。因此,,我們需要設(shè)定一定的標(biāo)準(zhǔn)來過濾掉假細(xì)胞或死細(xì)胞,。以10×Genomics為例,,細(xì)胞數(shù)量判斷主要通過分析UMICounts-Barcode曲線斜率拐點(diǎn),,當(dāng)存在多個(gè)斜率拐點(diǎn)的時(shí)候,,結(jié)合預(yù)期UMI=500時(shí)的細(xì)胞數(shù)量進(jìn)行過濾,。當(dāng)斜率拐點(diǎn)低于UMI=500的時(shí)候,選擇UMI=500作為細(xì)胞的判斷的標(biāo)準(zhǔn),;否則,,選擇和預(yù)期細(xì)胞數(shù)量接近的拐點(diǎn)作為細(xì)胞判斷的位置。這樣我們能夠有效獲得真實(shí)的并且在基因數(shù)量上可以分析的數(shù)據(jù),。烈冰生物為您提供多平臺一站式全流程單細(xì)胞測序服務(wù),。青島單細(xì)胞測序技術(shù)支持
單細(xì)胞測序?qū)嶒?yàn)再樣本細(xì)胞上機(jī)分選簽,需要對細(xì)胞數(shù)量,、細(xì)胞活性進(jìn)準(zhǔn)判斷,,這對SingleCell分選標(biāo)記、建庫,、下機(jī)數(shù)據(jù)的質(zhì)量都具有著決定性的作用,。如若細(xì)胞計(jì)數(shù)偏高,將會影響建庫的成功率,;計(jì)數(shù)偏低,,則會提高雙細(xì)胞的比例;而細(xì)胞活率過低,,就會使測序數(shù)據(jù)的利用率大打折扣,,因此把好單細(xì)胞懸液質(zhì)量這一關(guān)尤為重要。而在鋪板過程中,,由于不同操作人員手法具有不可避免的差異,,不同的液體流速將直接影響單細(xì)胞的入孔效果。因此烈冰生物BDRhapsody單細(xì)胞分選平臺配套了專門定制的電動移液器,,其具有PrimeTreat,、CellLoad、BeadLoad,、Wash,、Lysis、Retrieval多種操作模式,,來對應(yīng)各種不同的操作,。通過已經(jīng)設(shè)定的程序來控制液體的流速,大幅度降低人為操作習(xí)慣帶來的差異,,保證實(shí)驗(yàn)操作的一致性,。上海高通量測序單細(xì)胞測序服務(wù)機(jī)構(gòu)烈冰科技已建立了多種國際和國內(nèi)主流的高通量測序?qū)嶒?yàn)平臺。
樣本制備后的保存為了盡可能地減少轉(zhuǎn)錄組的變化,,在對細(xì)胞進(jìn)行清洗和計(jì)數(shù)后,,單細(xì)胞懸液應(yīng)當(dāng)保存于冰上,,直至用于后續(xù)的上機(jī)和文庫制備步驟。在理想狀況下,,一旦制備好樣本,,應(yīng)當(dāng)在3min鐘內(nèi)將其用于下游步驟。然而,,您還有必要了解各類細(xì)胞的不同性質(zhì),,因?yàn)檫@可能會影響細(xì)胞應(yīng)在冰上保存的時(shí)間,以及它們在制備后多久便應(yīng)當(dāng)被盡快使用,。例如,,有些細(xì)胞(如PBMC)如果在冰上放置一段時(shí)間,它們就開始形成團(tuán)塊,。這些團(tuán)塊很難解離,,增加了堵塞的風(fēng)險(xiǎn),而且每個(gè)團(tuán)塊被當(dāng)成單細(xì)胞計(jì)數(shù),,又降低了細(xì)胞計(jì)數(shù)的準(zhǔn)確性,。此外,有些細(xì)胞更加粘稠,,形成團(tuán)塊的速度更快,。對于這些細(xì)胞,必須盡量減少制備和使用之間的時(shí)間差
單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序是在單細(xì)胞水平上高通量測序分析基因表達(dá)譜的技術(shù),,突破傳統(tǒng)高通量測序的局限性,,組織解離后,單個(gè)樣本一次上機(jī)能捕獲500-20000個(gè)細(xì)胞,,基于每個(gè)細(xì)胞分別建庫測序,,獲得單個(gè)細(xì)胞的基因結(jié)構(gòu)和基因表達(dá)狀態(tài),并鑒定細(xì)胞的類型,,可以在不同樣本間從細(xì)胞類型的組成和豐度角度進(jìn)行比較,,反映細(xì)胞間的異質(zhì)性。而2021年橫空出世的10XGenomicsChromiumX平臺實(shí)現(xiàn)了單塊chip上的百萬級別通量的細(xì)胞捕獲,,系統(tǒng)實(shí)現(xiàn)16個(gè)通道同時(shí)運(yùn)行,,每個(gè)通道可捕獲2000-20000個(gè)細(xì)胞(不混樣),并支持原ChromiumController體統(tǒng)外的多種細(xì)胞捕獲百萬級別通量實(shí)驗(yàn),,可準(zhǔn)確鑒別稀有細(xì)胞類型和適配大規(guī)模單細(xì)胞研究,。單細(xì)胞測序平臺,烈冰提供高性價(jià)比服務(wù)方案,。
細(xì)胞計(jì)數(shù)和活力評估在評估樣本質(zhì)量時(shí),,需要在細(xì)胞清洗和過濾之后測定細(xì)胞活力,這一點(diǎn)至關(guān)重要,。測定細(xì)胞活力有許多種方法,,烈冰多年單細(xì)胞測序經(jīng)驗(yàn)發(fā)現(xiàn)臺盼藍(lán)法在鑒定活細(xì)胞與死細(xì)胞的比例時(shí)效果很好,。細(xì)胞計(jì)數(shù)的準(zhǔn)確性以及目標(biāo)回收量和實(shí)際回收量之間的一致性,取決于我們了解樣本中有多少個(gè)細(xì)胞,。一旦過濾和清洗完成,,可采用細(xì)胞計(jì)數(shù)設(shè)備(如血球計(jì)數(shù)器或自動細(xì)胞計(jì)數(shù)儀)進(jìn)行定量。這些設(shè)備不但能提供準(zhǔn)確的細(xì)胞計(jì)數(shù),,還能計(jì)算出向微流體芯片上樣適量細(xì)胞所需的細(xì)胞懸液體積,。烈冰開展了單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組,、單細(xì)胞多組學(xué)以及空間轉(zhuǎn)錄組等多種產(chǎn)品在內(nèi)的全套科研解決方案,。吉林10X單細(xì)胞測序服務(wù)公司
高通量測序技術(shù)是對傳統(tǒng)測序一次顛覆性的改變,一次對幾十萬到幾百萬條核酸序列進(jìn)行測定,。青島單細(xì)胞測序技術(shù)支持
單細(xì)胞多組學(xué)帶來的突破不但改進(jìn)了實(shí)驗(yàn)過程,,還幫助科學(xué)家在健康和疾病研究的關(guān)鍵領(lǐng)域取得新進(jìn)展。那些過去從轉(zhuǎn)錄平均值或單項(xiàng)參數(shù)讀取中無法獲得的新發(fā)現(xiàn)正在改變我們對疾病的認(rèn)識,。從鑒定新的細(xì)胞類型和狀態(tài),,到揭開疾病用藥應(yīng)答和耐藥的潛在機(jī)制,單細(xì)胞測序正在推動突破性的研究,,有望改變生物學(xué)和醫(yī)療,。無論是無法解釋的疾病,還是人體或自然界中尚未探索的系統(tǒng),,曾經(jīng)模糊的東西正變得越來越清晰,。隨著我們邁向科學(xué)的未來,我們手頭的工具就像伽利略的望遠(yuǎn)鏡一樣能夠提高焦距和放大倍數(shù),,而定義科學(xué)未來的知識新深度是十年前的人們所無法想象的,。青島單細(xì)胞測序技術(shù)支持
上海烈冰生物醫(yī)藥科技有限公司是一家生物科技、醫(yī)藥科技,、信息科技,、計(jì)算機(jī)科技領(lǐng)域內(nèi)的技術(shù)開發(fā)、技術(shù)服務(wù),、技術(shù)轉(zhuǎn)讓,、技術(shù)咨詢,市場營銷策劃,,市場信息咨詢與調(diào)查(不得從事社會調(diào)查,、社會調(diào)研、民意調(diào)查,、民意測驗(yàn)),,從事貨物及技術(shù)的進(jìn)出口業(yè)務(wù),計(jì)算機(jī),、軟件及耗材(除??兀?,軟件開發(fā)【依法須經(jīng)批準(zhǔn)的項(xiàng)目,經(jīng)相關(guān)部門批準(zhǔn)后方可開展經(jīng)營活動】的公司,,是一家集研發(fā),、設(shè)計(jì)、生產(chǎn)和銷售為一體的專業(yè)化公司,。公司自創(chuàng)立以來,,投身于單細(xì)胞測序,生物大數(shù)據(jù)云分析平臺,,空間轉(zhuǎn)錄組測序,,單細(xì)胞多組學(xué)測序,是醫(yī)藥健康的主力軍,。烈冰生物繼續(xù)堅(jiān)定不移地走高質(zhì)量發(fā)展道路,,既要實(shí)現(xiàn)基本面穩(wěn)定增長,又要聚焦關(guān)鍵領(lǐng)域,,實(shí)現(xiàn)轉(zhuǎn)型再突破,。烈冰生物創(chuàng)始人陳岱,始終關(guān)注客戶,,創(chuàng)新科技,,竭誠為客戶提供良好的服務(wù)。