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西安10X Chromium X單細胞測序技術支持

來源: 發(fā)布時間:2022-08-31

單細胞獲得困難,,不同組織要求不盡相同難以搞定,?烈冰2000+項目消化經(jīng)驗,,100+組織類型解離protocol,,精心設計不同組織實驗的解離、細胞懸浮實驗體系,,確保單細胞的獲得,。凍存樣本無法實驗,珍貴樣本無法使用,?烈冰采用國際認可的凍存組織復蘇技術以及死細胞過濾技術,,確保凍存組織使用。珍貴樣本,,細胞數(shù)量太少,,消化背景雜無法做單細胞,?采用國際認可的10XGenomics,BDRhapsody雙平臺模式,,根據(jù)樣本實際情況和用戶需求提供客觀有效的實驗方案,細胞量少,,背景雜也能做單細胞。單細胞RNA分類精度不足,,部分細胞無法細分,?烈冰同時采用單細胞蛋白質(zhì)組與單細胞轉(zhuǎn)錄組測序技術,真正做到從上游到下游的全流程檢測,,確保超高的細胞分類精度,。烈冰測序服務已助力300余篇國際期刊研究文章發(fā)表。西安10X Chromium X單細胞測序技術支持

針對單細胞測序的細胞上樣數(shù),,為什么不建議捕獲到的細胞數(shù)量越高越好,?一味地追求高數(shù)量的細胞捕獲可能會存在一些問題。例如在上機細胞懸液濃度固定時,,如果目標細胞捕獲數(shù)增加到8000甚至10000,,上樣細胞懸液體積勢必增加,在細胞懸液質(zhì)量不是很理想(細胞活性5%,、結(jié)團率均>5%)的情況下,,引入的背景信號會增加,分析結(jié)果不理想的直接體現(xiàn)包括:cell,、non-cell無法有效區(qū)分和Fractionreadsincells偏低,。當cell和non-cell無法有效區(qū)分時,會使得數(shù)據(jù)出現(xiàn)假陽性和假陰性結(jié)果,!當目標細胞捕獲數(shù)很大時,,多細胞率會增加,數(shù)據(jù)分析時,,此部分“cell”表現(xiàn)為基因檢測數(shù)和UMI檢測數(shù)是正常cell的N倍(N是一個GEM包裹的細胞數(shù)),,導致所有細胞的統(tǒng)計數(shù)據(jù)(單個細胞基因檢測中位數(shù)、單個細胞UMI檢測中位數(shù))虛高,。此部分“cell”雖然可以通過設置數(shù)據(jù)分析閾值進行過濾,但是容易會有此類數(shù)據(jù)的殘留和正常高基因檢測細胞的人為去除,!天津10X Genomics單細胞測序多組學測序豐富的測序和數(shù)據(jù)分析經(jīng)驗,,烈冰配套全程個性化、定制化地數(shù)據(jù)分析服務,。

FluidigmC1平臺作為應用于單細胞測序(SingleCellRNASequencing)領域的商業(yè)化分選技術,,基于富魯達(Fluidigm®)的微流控技術,大約在幾個小時中可以捕獲96個左右的細胞,,進行各類的Single-Cell測序建庫,。當然,,通量還是比較小。但不可否認的是,,現(xiàn)在很多非RNA類SingleCell測序,,仍然在采用這樣的技術,如SingleCellDNA-Seq,,SingleCellATAC-Seq等,,都是采用此技術進行單細胞分選后再分別用不同試劑盒建庫。所以可以說,,至少在10X和BD,,或者其他企業(yè)推出有效的SingleDNA測序技術之前,C1仍然會是市場上的重要組成部分,。

單細胞RNA-seq,、RNA-seq和逆轉(zhuǎn)錄qPCR(RT-qPCR)都采用一個共同過程,即分離RNA并將其轉(zhuǎn)化為cDNA進行分析,。不過,,每種分析在開展方式和獲得的數(shù)據(jù)上有所不同。RNA-seq和RT-qPCR都是先從大量細胞中分離RNA,,然后將其轉(zhuǎn)化為cDNA,。RNA-seq是使用cDNA來構建新一代測序文庫,從而測定整個轉(zhuǎn)錄組的基因表達,。RT-qPCR則是從cDNA中擴增特定靶點,,并通過熒光測定表達水平。RT-qPCR限于已知靶點,,而RNA-seq可實現(xiàn)無偏倚的全轉(zhuǎn)錄組基因表達分析,。然而,這兩者只能提供細胞群體內(nèi)基因表達的平均情況,。單細胞RNA-seq則在分離RNA之前將單細胞分離到微孔或單個微反應容器中,。然后用細胞特異性的條形碼標記RNA,確保來自每個細胞的cDNA可以追溯到起源細胞,。與RNA-seq相似,,帶有條形碼的cDNA也被用于構建新一代測序文庫,從而能夠?qū)γ總€細胞的整個轉(zhuǎn)錄組進行基因表達測定,。烈冰生物為您提供一站式全流程高通量測序服務,。

相對于Smart-Seq技術在細胞數(shù)量上的問題,10X平臺普遍提供的細胞數(shù)量都在1000-20000不等的測序細胞量,,這個量級的測序細胞量已經(jīng)可以說能夠完全覆蓋絕大部分組織的SingleCell群體類型,。因此,這兩種技術對于基于基因表達進行準確細胞分型上,無論是從細胞數(shù)量上來說還是表達檢測可靠性來說,,都會更實用,。同時依托RandomCellLabel技術,使得其對于NovaSeq,、HiSeqXTen,、Hiseq4000等設備存在的Indexhooping現(xiàn)象,相對于Smart-Seq數(shù)據(jù)來說,,影響幾乎可以忽略不計(10XGenomics官方網(wǎng)站曾給出hooping測試結(jié)果,,顯示無影響。單個細胞的基因結(jié)構和基因表達狀態(tài),,并鑒定細胞的類型,。長春10X Chromium X單細胞測序

全線搭建10X Genomics Chromium X單細胞實驗測序平臺。西安10X Chromium X單細胞測序技術支持

10X Genomics單細胞轉(zhuǎn)錄組測序是利用單細胞水平上的高通量測序分析基因表達譜的技術,,也是目前國內(nèi)和國際上公認的單細胞測序大規(guī)模實驗平臺技術,,該平臺基于動態(tài)微流控原理,突破傳統(tǒng)高通量測序的局限性,,組織解離后,,單個樣本一次上機能捕獲500-20000個細胞, 基于每個細胞分別建庫測序,,獲得單個細胞的基因結(jié)構和基因表達狀態(tài),,并鑒定細胞的類型,可以在不同樣本間從細胞類型的組成和豐度角度進行比較,,反映細胞間的異質(zhì)性,,提供足夠靈活的定制測定法以滿足多種實驗需要,并有效縮短實驗是時間和降低測序成本,。西安10X Chromium X單細胞測序技術支持

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