10xGenomics空間轉(zhuǎn)錄組用于文庫(kù)構(gòu)建的每張載玻片上有四個(gè)捕獲區(qū)域,，每個(gè)捕獲區(qū)域的大小為6.5x6.5mm,，包含5000個(gè)被條形碼標(biāo)記的點(diǎn)（barcodedspots），每個(gè)點(diǎn)的直徑為55μm,，點(diǎn)和點(diǎn)之間中心的距離為100μm,，并且每個(gè)點(diǎn)都有一個(gè)barcode序列。組織切片的細(xì)胞中會(huì)釋放出mRNA,，遷移到每個(gè)spot的mRNA會(huì)被標(biāo)記上相應(yīng)的barcode序列,，然后進(jìn)行文庫(kù)構(gòu)建并進(jìn)行測(cè)序。根據(jù)數(shù)據(jù)的條形碼信息對(duì)數(shù)據(jù)進(jìn)行分析,，以確定哪些數(shù)據(jù)來(lái)自哪個(gè)位置,，從而實(shí)現(xiàn)空間基因表達(dá)的可視化。測(cè)序的革新讓科學(xué)研究從個(gè)體基因差異逐漸轉(zhuǎn)為個(gè)體細(xì)胞的基因差異,。烈冰科技空間轉(zhuǎn)錄組多組學(xué)測(cè)序

為同時(shí)獲得空間表達(dá)和組織學(xué)背景信息,，該方案首先將FFPE組織切片置于Visium基因芯片上進(jìn)行組織學(xué)染色和成像，然后利用切片下方Visium基因芯片上的探針進(jìn)行表達(dá)定量,。由于FFPE樣本通常存在RNA高度降解的問(wèn)題,，針對(duì)FFPE樣本的Visium空間基因表達(dá)解決方案無(wú)法像新鮮凍存組織樣本一樣利用完整mRNA具有的poly（dA）序列進(jìn)行mRNA捕獲。該方案采用針對(duì)編碼基因的成對(duì)RNA模板連接探針（RTL）與mRNA雜交,。左側(cè)探針（LHS）具有部分Read 2序列,，右側(cè)探針（RHS）具有合成的poly(A)序列。左右探針與mRNA雜交后彼此連接,，而mRNA被RNase降解,。組織透化后，被連接的成對(duì)探針與芯片上包含空間Barcode,、UMI和poly(dT）序列的引物序列捕獲,，并且空間Barcode和UMI序列被延伸到成對(duì)探針序列上,。攜帶空間Barcode的探針序列用于進(jìn)行測(cè)序文庫(kù)構(gòu)建和測(cè)序。測(cè)序序列上的空間Barcode用于將測(cè)序序列定位到組織切片圖像上,，UMI用于基因表達(dá)定量,。溫州scRNA空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析可視化助力探索生命時(shí)空多維度的動(dòng)態(tài)變化的生物學(xué)信息；助力生命健康醫(yī)療大時(shí)代,！

冰凍切片的空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序在RNA捕獲,、文庫(kù)構(gòu)建方面，需要將組織切片貼合在帶有mRNA結(jié)合捕獲探針的載玻片上,，通過(guò)甲醛固定,、H&E染色得到組織切片的形態(tài)結(jié)構(gòu)。再進(jìn)行透化處理,，使細(xì)胞中的mRNA釋放,，并結(jié)合到芯片相鄰的捕獲探針上。將捕獲的mRNA反轉(zhuǎn)錄合成cDNA并構(gòu)建測(cè)序文庫(kù)進(jìn)行上機(jī)測(cè)序,，從而獲取基因表達(dá)信息,。總體來(lái)說(shuō),，空間轉(zhuǎn)錄組的實(shí)驗(yàn)流程包括：組織凍存-OCT包埋-冷凍切片-固定染色-組織透化-cDNA合成及建庫(kù)-上機(jī)測(cè)序，而需要客戶進(jìn)行樣本準(zhǔn)備的步驟相對(duì)簡(jiǎn)單：組織凍存與OCT包埋,。

烈冰提供空間轉(zhuǎn)錄組全流程服務(wù),，包括樣本包埋,、貼片、選片,、HE染色、拍照成像,、組織透化,、建庫(kù)測(cè)序以及后續(xù)的FISH驗(yàn)證等各個(gè)步驟，為您提供無(wú)憂服務(wù),。烈冰搭建了以萊卡CM1950冷凍切片機(jī)、尼康多熒光通路全自動(dòng)掃描顯微鏡,、3Dhistech-midi數(shù)字掃描儀為基礎(chǔ)的先進(jìn)實(shí)驗(yàn)平臺(tái)，并制定嚴(yán)格規(guī)范的實(shí)驗(yàn)室SOP,，經(jīng)過(guò)大量的切片,、貼片實(shí)操演練,，對(duì)不同類型組織的切片厚度,、溫度進(jìn)行優(yōu)化,，確保獲得更好質(zhì)量的冷凍切片。利用NovelBrain云分析平臺(tái),，搭建0代碼需求的空間轉(zhuǎn)錄組分析流程，準(zhǔn)確快速解析空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù),。取同一樣本組織的相鄰區(qū)域進(jìn)行單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序,，通過(guò)單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)和空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的整合分析，判定空間區(qū)域內(nèi)的細(xì)胞類別,，精確解析組織空間內(nèi)的異質(zhì)化信息?？臻g轉(zhuǎn)錄組測(cè)序,，上海烈冰生物科技很靠譜,。

10XGenomics和Drop-Seq的技術(shù)原理。是利用十字交叉的通道,，從橫向孔道中逐一輸入凝膠微珠，縱向孔道輸入細(xì)胞,，凝膠微珠與細(xì)胞碰撞后會(huì)吸附在凝膠微珠上,，并通過(guò)微流控技術(shù),，將之輸入到油相孔道中。這時(shí)候,，就形成了一個(gè)個(gè)油滴后輸出并收集在EP管中,。每一個(gè)油滴中會(huì)落入一個(gè)細(xì)胞以及一個(gè)凝膠微珠,，那么在每一個(gè)凝膠微珠中上長(zhǎng)滿了不同的CellBarcode和UMIBarcode連接形成的序列，再加上一端PolyT的抓手,，構(gòu)成我們的捕獲凝膠微珠,。而這個(gè)凝膠微珠抓手就會(huì)使用oligodT抓住mRNA構(gòu)建文庫(kù)，進(jìn)而完成細(xì)胞中RNA的捕獲過(guò)程,。烈冰引進(jìn)國(guó)際主流空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序平臺(tái)，提供保留組織內(nèi)部精細(xì)區(qū)域的空間信息的轉(zhuǎn)錄組測(cè)序,。廣州烈冰空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)支持

烈冰科技成立10余年，為科研學(xué)者提供專注的測(cè)序數(shù)據(jù)分析服務(wù),。烈冰科技空間轉(zhuǎn)錄組多組學(xué)測(cè)序

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