空間轉(zhuǎn)錄組測序的數(shù)據(jù)分析基本分為三個(gè)階段：1.數(shù)據(jù)的預(yù)處理部分,；2.Spot點(diǎn)陣的分群與定義,；3.Spot分群的功能與生物學(xué)價(jià)值,。每一個(gè)部分都不可或缺,，其結(jié)果都對后續(xù)的分析結(jié)果有重要影響,。由于空間轉(zhuǎn)錄組的序列結(jié)構(gòu)與單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序的左端序列結(jié)構(gòu)是非常接近的,，都是Cellbarcode/SpotBarcode+UMI+捕獲區(qū)域這樣的設(shè)計(jì),。右端普遍為捕獲的RNA序列,。因此采用單細(xì)胞的原始數(shù)據(jù)過濾策略即可,，左端可以考慮切下捕獲區(qū)域前的序列區(qū)域作為后續(xù)分析用的序列以減少分析負(fù)荷,。隨后，采用10X官方的Spatialranger的策略進(jìn)行后續(xù)分析,，解析出位于空間位置中的有效的Spot表達(dá)矩陣,。單細(xì)胞多組學(xué)數(shù)據(jù)整合的一大挑戰(zhàn)在于不同組學(xué)的特征空間存在差異。廈門BD單細(xì)胞多組學(xué)服務(wù)機(jī)構(gòu)

細(xì)胞中基因的表達(dá)是嚴(yán)格按照時(shí)間和空間順序發(fā)生,，因此細(xì)胞類型和基因表達(dá)具有時(shí)間特異性和空間特異性,。時(shí)間特異性可以通過收集不同時(shí)間點(diǎn)的樣本進(jìn)行單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序來分析,。但是單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序（scRNA-Seq）在單細(xì)胞懸液制備的過程中破壞了細(xì)胞的空間結(jié)構(gòu)，無法給出固態(tài)異質(zhì)化組織中細(xì)胞空間排布信息,。而空間轉(zhuǎn)錄組可以解決這個(gè)問題,，其以點(diǎn)陣形式記錄組織切片細(xì)胞的空間信息，在保留組織形態(tài)結(jié)構(gòu)的基礎(chǔ)上,，獲得細(xì)胞/基因的空間表達(dá)特異性,。北京BD Rhapsody單細(xì)胞多組學(xué)技術(shù)支持烈冰測序服務(wù)已助力300余篇國際主流期刊研究文章發(fā)表。

基于橋式PCR技術(shù)的簇生成可以將模版鏈迅速擴(kuò)增成千上萬倍,，保證過程中足夠的測序深度,。測序時(shí)使用特殊標(biāo)記的dNTP：1）堿基上通過敏感鍵修飾上不同的熒光基團(tuán)，用于區(qū)分ATCG,；2）3端使用疊氮基團(tuán)封閉,，保證一次循環(huán)只上一個(gè)dNTP。每一輪循環(huán)結(jié)束時(shí),，會(huì)通過高速熒光顯微鏡記錄熒光圖像,，再通入試劑除去熒光基團(tuán)和疊氮基團(tuán)，開啟下一循環(huán),。通過分析讀取同一位點(diǎn)的熒光,，實(shí)時(shí)獲取模版鏈的堿基序列。由于過程中使用的化學(xué)反應(yīng)并不可控,，隨著循環(huán)數(shù)的增大會(huì)出現(xiàn)不同步的情況,，因此Illumina的讀長只能限制在200bp左右,。

冰凍切片的空間轉(zhuǎn)錄組測序在RNA捕獲,、文庫構(gòu)建方面，需要將組織切片貼合在帶有mRNA結(jié)合捕獲探針的載玻片上,，通過甲醛固定,、H&E染色得到組織切片的形態(tài)結(jié)構(gòu)。再進(jìn)行透化處理,，使細(xì)胞中的mRNA釋放,，并結(jié)合到芯片相鄰的捕獲探針上。將捕獲的mRNA反轉(zhuǎn)錄合成cDNA并構(gòu)建測序文庫進(jìn)行上機(jī)測序,，從而獲取基因表達(dá)信息,。總體來說,，空間轉(zhuǎn)錄組的實(shí)驗(yàn)流程包括：組織凍存-OCT包埋-冷凍切片-固定染色-組織透化-cDNA合成及建庫-上機(jī)測序,，而需要客戶進(jìn)行樣本準(zhǔn)備的步驟相對簡單：組織凍存與OCT包埋。為了能深入分析和理解細(xì)胞狀態(tài)和命運(yùn)決定的機(jī)制, 將單細(xì)胞各組學(xué)技術(shù)結(jié)合在一起的單細(xì)胞多組學(xué)技術(shù)產(chǎn)生,。

相對于Smart-Seq技術(shù)在細(xì)胞數(shù)量上的問題,，10X平臺(tái)普遍提供的細(xì)胞數(shù)量都在1000-20000不等的測序細(xì)胞量,，這個(gè)量級的測序細(xì)胞量已經(jīng)可以說能夠完全覆蓋絕大部分組織的Single Cell群體類型。因此,，這兩種技術(shù)對于基于基因表達(dá)進(jìn)行準(zhǔn)確細(xì)胞分型上,，無論是從細(xì)胞數(shù)量上來說還是表達(dá)檢測可靠性來說，都會(huì)更實(shí)用,。同時(shí)依托Random Cell Label技術(shù),，使得其對于NovaSeq、HiSeq X Ten,、Hiseq 4000等設(shè)備存在的Index hooping現(xiàn)象,，相對于Smart-Seq數(shù)據(jù)來說，影響幾乎可以忽略不計(jì)（10X Genomics官方網(wǎng)站曾給出hooping測試結(jié)果,，顯示無影響,。單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組技術(shù)在多個(gè)研究領(lǐng)域都發(fā)揮了重要的推進(jìn)作用，揭示了組織中微量的細(xì)胞類型和基因表達(dá)特征,。合肥BD Rhapsody單細(xì)胞多組學(xué)數(shù)據(jù)分析可視化

深度的單細(xì)胞測序數(shù)據(jù)解讀助力生物健康醫(yī)療時(shí)代,。廈門BD單細(xì)胞多組學(xué)服務(wù)機(jī)構(gòu)

高通量測序技術(shù)（High-throughputsequencing）又稱“下一代”測序技術(shù)（“Next-generation”sequencing），以能一次并行對幾十萬到幾百萬條DNA分子進(jìn)行序列測定和一般讀長較短等為標(biāo)志,。高通量測序技術(shù)是對傳統(tǒng)測序一次顛覆性的改變,，一次對幾十萬到幾百萬條DNA分子進(jìn)行序列測定，因此在有些文獻(xiàn)中稱其為下一代測序技術(shù)(nextgenerationsequencing)足見其劃時(shí)代的改變,，同時(shí)高通量測序使得對一個(gè)物種的轉(zhuǎn)錄組和基因組進(jìn)行細(xì)致全貌的分析成為可能,，所以又被稱為深度測序(deepsequencing)。而烈冰科技具有專業(yè)生物背景和十二年科研服務(wù)經(jīng)驗(yàn),，已助力Nature,，immunity等在內(nèi)的300+篇CNS文章發(fā)表。廈門BD單細(xì)胞多組學(xué)服務(wù)機(jī)構(gòu)

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