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合肥scRNA單細胞多組學多組學測序

來源: 發(fā)布時間:2022-09-03

烈冰科技于2010年誕生之初便立足于高通量測序行業(yè),,為科研學者提供專注的測序數(shù)據(jù)分析服務,,先后經(jīng)歷基因芯片時代、基因測序,、轉(zhuǎn)錄組測序時代...在科技日新月異的洪流中始終獨占鰲頭,。2018年以來,,單細胞測序進入發(fā)展的快車道,烈冰作為國內(nèi)首批引進單細胞實驗雙平臺的公司,,依托自主研發(fā)的NovelBrain®生物大數(shù)據(jù)分析平臺,,為用戶提供一站式全流程的單細胞測序服務和解決方案。4年的單細胞技術(shù)的積累,,烈冰已具備大鼠,、小鼠、斑馬魚,、猴,、裸鼴鼠、水稻,、擬南芥等10+物種,,皮膚、腦,、胰腺,、脂肪、心臟,、花序等50+組織類型,,100+細胞類型,1000+靶標基因,,10000+樣本處理經(jīng)驗,。單細胞多組學測序主要包含細胞分離、文庫構(gòu)建,、高通量測序和生物信息學分析等步驟,。合肥scRNA單細胞多組學多組學測序

單細胞測序?qū)嶒炘贅颖炯毎蠙C分選簽,需要對細胞數(shù)量,、細胞活性進行準確判斷,,這對SingleCell分選標記、建庫,、下機數(shù)據(jù)的質(zhì)量都具有著決定性的作用,。如若細胞計數(shù)偏高,,將會影響建庫的成功率;計數(shù)偏低,,則會顯著提高雙細胞的比例,;而細胞活率過低,就會使測序數(shù)據(jù)的利用率大打折扣,,因此把好單細胞懸液質(zhì)量這一關(guān)尤為重要,。而在鋪板過程中,由于不同操作人員手法具有不可避免的差異,,不同的液體流速將直接影響單細胞的入孔效果,。因此烈冰生物BDRhapsody單細胞分選平臺配套了專門定制的電動移液器,,其具有PrimeTreat,、CellLoad、BeadLoad,、Wash,、Lysis、Retrieval多種操作模式,,來對應各種不同的操作,。通過已經(jīng)設(shè)定的程序來控制液體的流速,大幅度降低人為操作習慣帶來的差異,,保證實驗操作的一致性,。寧波烈冰生物單細胞多組學服務機構(gòu)烈冰專精單細胞多組學測序領(lǐng)域。

高通量測序技術(shù)(High-throughputsequencing)又稱“下一代”測序技術(shù)(“Next-generation”sequencing),,以能一次并行對幾十萬到幾百萬條DNA分子進行序列測定和一般讀長較短等為標志,。高通量測序技術(shù)是對傳統(tǒng)測序一次顛覆性的改變,一次對幾十萬到幾百萬條DNA分子進行序列測定,,因此在有些文獻中稱其為下一代測序技術(shù)(nextgenerationsequencing)足見其劃時代的改變,,同時高通量測序使得對一個物種的轉(zhuǎn)錄組和基因組進行細致全貌的分析成為可能,所以又被稱為深度測序(deepsequencing),。而烈冰科技具有專業(yè)生物背景和十二年科研服務經(jīng)驗,,已助力Nature,immunity等在內(nèi)的300+篇CNS文章發(fā)表,。

單細胞多組學測序主要包含細胞分離,、文庫構(gòu)建、高通量測序和生物信息學分析等步驟.因此,單細胞多組學測序技術(shù)的發(fā)展也為相關(guān)算法的開發(fā)帶來了機遇和挑戰(zhàn),。利用多模態(tài)計算方法不僅可以更好地進行細胞分群和譜系追蹤,還可以推斷基因表達調(diào)控網(wǎng)絡和解析細胞在組織中的空間位置等信息,。多組學的聯(lián)合分析需要解決的計算問題是如何將大量單細胞產(chǎn)生的多種不同的組學數(shù)據(jù)進行有效地生成、識別,、整合與分析,并且降低數(shù)據(jù)背景噪音和樣本間的批次差異.目前,單細胞多組學的生物信息分析方法仍有待發(fā)展,面臨著諸多問題與挑戰(zhàn),。單細胞多組學的研究對生物標志物的發(fā)現(xiàn),,細胞分化發(fā)育研究等均有重要意義。

當蜂巢孔內(nèi)同時落入細胞和磁珠后,,接下去可以往BDCartridge板中加入細胞裂解液對細胞進行裂解,,使細胞內(nèi)的RNA與磁珠上的標簽進行結(jié)合,完成每個細胞內(nèi)RNA的捕獲和標記,。這時,,再將捕獲了RNA的磁珠進行回收,待所有質(zhì)控結(jié)果確認通過后就可以進行后續(xù)的RNA反轉(zhuǎn)錄,、cDNA第二鏈合成等實驗操作,。而BDCartridge板則需要再進行一次成像,獲得磁珠收集后的掃描圖,,判斷磁珠是否已經(jīng)被有效收集,。根據(jù)每一步的質(zhì)控結(jié)果,烈冰科技(NovelBio)單細胞測序?qū)嶒瀳F隊會根據(jù)單細胞分選的實驗結(jié)果生成實驗總結(jié)報告,,判斷每一步驟是否通過質(zhì)控,,并得到捕獲的單細胞數(shù)量以及雙細胞比例,對整個實驗進行總結(jié)評估,。若所有過程通過質(zhì)控,,實驗樣本即可進行下一步實驗操作。,,從多組學的角度對單細胞進行綜合分析 將是未來單細胞技術(shù)的必由之路,。北京上海烈冰生物單細胞多組學測序

單細胞測序是高通量測序下的又一重大技術(shù)突破。合肥scRNA單細胞多組學多組學測序

BD的技術(shù)不再采用利用微流控孔道射出細胞和射出的磁珠碰撞的過程,,進行單細胞捕獲的技術(shù),,轉(zhuǎn)而采用CytoSeq特有的蜂窩板技術(shù)。該技術(shù)用20萬+的微孔(該數(shù)量級遠大于Input細胞數(shù)量),,保證單孔中的單細胞捕獲,。同時避免了10X中存在的概率碰撞影響捕獲效率的問題,采用微孔捕獲相對會有更好的捕獲效率(來自兩家企業(yè)商業(yè)宣傳資料比對),,保證Input細胞的高效使用,。對于Input細胞的量更少的情況,可以基于百萬級別的細胞總量開始進行前期處理以及后期捕獲操作,。而在細胞捕獲完成后,,進行細胞裂解后,同樣的也進行細胞中RNApolyA序列的抓取工作,。合肥scRNA單細胞多組學多組學測序

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