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南京烈冰單細胞多組學(xué)平臺

來源: 發(fā)布時間:2022-09-08

隨著單細胞轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)(scRNA-Seq)的蓬勃發(fā)展,,其在在胚胎發(fā)育,,腫瘤細胞異質(zhì)性,,免疫細胞轉(zhuǎn)化等多方面屢建奇功,但是由于細胞形態(tài)的不同和單細胞制備中細胞敏感性的差異等因素影響,,scRNA-Seq在數(shù)據(jù)分析時可能會出現(xiàn)細胞類型占比失真,,個別細胞類型丟失等情況。為了克服單細胞測序技術(shù)的局限性,,單細胞核轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)(snRNA-Seq)應(yīng)運而生,,snRNA-Seq可利用凍存組織直接制備單細胞核進行轉(zhuǎn)錄組測序,不僅克服了細胞形態(tài)差異致使的細胞捕獲差異,,還克服了單細胞測序必須使用新鮮樣本的多個局限性,。分子檢測型單細胞多組學(xué)測序技術(shù)大多數(shù)以轉(zhuǎn)錄 組測序為重點。南京烈冰單細胞多組學(xué)平臺

烈冰科技自主研發(fā)的單細胞云平臺致力于幫助每一位客戶定制化分析數(shù)據(jù),,深入解讀數(shù)據(jù)分析結(jié)果,,深入挖掘其背后的生物學(xué)意義;從操作便捷,、結(jié)果可視化,、分析可追溯、系統(tǒng)穩(wěn)定等方面助力單細胞研究,,加速科研進程,!此外,烈冰生信團隊根據(jù)豐富的實戰(zhàn)經(jīng)驗為用戶量身打造了一款單細胞測序結(jié)果解讀的神兵利器——單細胞瀏覽器(SingleCellBrowser),,不僅可以將海量復(fù)雜的結(jié)果文件可視化,,還可以實現(xiàn)分析結(jié)果的三維立體化的展示呈現(xiàn)。專業(yè)的生信代碼交給專業(yè)的烈冰,專業(yè)的生物學(xué)意義交給專業(yè)的您,!青島BD Rhapsody單細胞多組學(xué)平臺烈冰生物為您提供一站式全流程高通量測序服務(wù),。

烈冰生物生信分析團隊緊追國際前沿、整合添加多項國際期刊認可的空轉(zhuǎn)分析工具,,構(gòu)建一套完整的數(shù)據(jù)分析流程,;精心研發(fā)空轉(zhuǎn)結(jié)果瀏覽器,可同步展示空間轉(zhuǎn)錄組與單細胞測序分析結(jié)果,,詳細深入地解析空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù),。完成從Rawdata(原始數(shù)據(jù))到Spot-Gene的具有定位信息的表達矩陣的過程后,,就進入了空轉(zhuǎn)的第二步,,去進行Spot的Cluster的過程,熟悉單細胞測序的研究者知道,,Cluster在單細胞測序中往往表示為細胞的類型,,也就是說能聚在一起采用算法分為一個群體細胞是一個Celltype(當(dāng)然分情況也會有不同)。而在空轉(zhuǎn)中,,也正是由于前面提到了細胞的非單一性,,導(dǎo)致了這里的分群并不是單純的同一細胞類型,而應(yīng)該認為是具有相同細胞組成的點陣區(qū)域,,或者說是近似的組織結(jié)構(gòu)區(qū)域,。

烈冰生信團隊傾情研發(fā)的NovelBrain®生信大數(shù)據(jù)分析平臺,可實現(xiàn)零代碼操作,、簡單方便:單細胞瀏覽器的操作簡單,,不需要命令行操作。簡單拖拽,、設(shè)置參數(shù)即可運行,,即使生信0基礎(chǔ)用戶也可以運用自如;可視化展示海量結(jié)果文件:可視化展示Cluster的基因數(shù),,UMI數(shù)量,、線粒體RNA占比信息;以及不同Cluster對應(yīng)的細胞數(shù)量,、基因表達量,、RNA表達量、樣本細胞分布,、線粒體RNA表達量等,;3D立體展示,文章動圖先人一步:單細胞瀏覽器針對t-SNE圖,、UMAP圖和pseudotime結(jié)果進行三維立體展示,,更加直觀立體的觀察細胞分布和聚類情況。未來,單細胞多組學(xué)測序技術(shù)的策略會繼續(xù)向轉(zhuǎn)錄組結(jié)合其他多個組學(xué)的三組學(xué)甚至四組學(xué)方向發(fā)展,。

烈冰與國內(nèi)高校,、研究所、醫(yī)院和藥企單位開展深度合作,,服務(wù)于600+臨床與研究機構(gòu),,1000+客戶和5000+重要科研項目,助力并聯(lián)合發(fā)表300+篇CNS等國際學(xué)術(shù)期刊(不完全統(tǒng)計),,在單細胞領(lǐng)域,,烈冰助力用戶發(fā)表單細胞文獻30+篇,總IF>300+,,IF>10+以上文章占比65%以上,,包含Immunity、NatureCellBiology,、NaturePlants,、AdvancedScience等生物領(lǐng)域國際主流學(xué)術(shù)期刊,已發(fā)表文章研究領(lǐng)域涵蓋包括COVID-19研究,、疾病發(fā)生轉(zhuǎn)移機制,,免疫研究、腦神經(jīng),、白血病,、胚胎發(fā)育、糖尿病,、退行性疾病和植物領(lǐng)域研究等,。單細胞多組學(xué)技術(shù)可在同一細胞中捕獲分析兩種以上的組學(xué)信息,包括轉(zhuǎn)錄組、基因組,、表觀基因組,、蛋白組等。蘇州烈冰科技單細胞多組學(xué)服務(wù)機構(gòu)

首先 出現(xiàn)的單細胞多組學(xué)方法就是將轉(zhuǎn)錄組與其他組學(xué)技術(shù)結(jié)合,。南京烈冰單細胞多組學(xué)平臺

烈冰生信團隊傾情研發(fā)的NovelBrain®生信大數(shù)據(jù)分析平臺,,針對龐大的單細胞測序數(shù)據(jù),能夠?qū)崿F(xiàn)細胞類型鑒定的快,、精,、準(zhǔn):一鍵導(dǎo)入genelist構(gòu)建個性化基因列表;輕松一點即可展示Marker基因的Featureplot,;任意修改Cluster的顏色和名稱助力高效鑒定細胞類型,;一鍵獲得t-SNE圖、Heatmap和Violin圖:輕松獲得并下載基因表達的t-SNE圖,、Heatmap,、Violin圖,還可以通過調(diào)節(jié)寬、高和系數(shù)比例來調(diào)節(jié)美觀,。平臺上線300+task自主分析工具,、50+pipeline工作流模板,幫助烈冰生信分析團隊和自主分析用戶實現(xiàn)分析工具和模板的快速調(diào)用和一站式全流程自動化分析,,節(jié)省您的工作時間并提升整體工作效率,。南京烈冰單細胞多組學(xué)平臺

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