Chip-Seq 是指通過染色質(zhì)免疫共沉淀技術(shù)（ChIP）特異性地富集目的蛋白結(jié)合的DN**段,，并對其進行純化和文庫構(gòu)建,；然后對富集得到的DN**段進行高通量測序,，通過將獲得的數(shù)百萬條序列標(biāo)簽精確定位到基因組上,，從而獲得全基因組范圍內(nèi)與組蛋白,、轉(zhuǎn)錄因子等互作的 DNA 區(qū)段信息,，是目前在全基因組水平研究蛋白結(jié)合靶DNA序列的重要手段,，為轉(zhuǎn)錄因子,、組蛋白修飾,、核小體定位等表觀遺傳學(xué)的研究提供有效方法,。

應(yīng)用領(lǐng)域

1、確定組蛋白修飾的位置及其與基因表達的關(guān)系,。

2,、完成對轉(zhuǎn)錄因子及其它蛋白在基因組上結(jié)合位點的精細定位。

3,、研究特定的核小體或組蛋白的分布,。 云生物提供測序服務(wù),。北京WGBS技術(shù)服務(wù)

    雖然焦磷酸測序可以進行單個位點甲基化程度的精確定量，但是目前來看,，測序的片段長度還比較短,，只有一百多bp，其中有效長度約為60bp,。以上是對幾種常用的特異位點甲基化檢測方法進行了介紹及比較,，還有一些檢測技術(shù)是在常用的檢測手段上進行優(yōu)化或者將不同的方法進行結(jié)合應(yīng)用，比如以MSP方法為基礎(chǔ),，發(fā)展了SMART-MSP技術(shù),，該技術(shù)利用定量技術(shù)對MSP擴增過程進行檢測，同時后續(xù)結(jié)合HRM技術(shù)來分析甲基化差異,。此外,，利用質(zhì)譜平臺進行甲基化檢測的有MALDI-TOF技術(shù)，可以對甲基化進行精確檢測并能進行高通量篩選,。從對這些技術(shù)的比較分析來看,，沒中檢測技術(shù)都有各自的優(yōu)點，并也存在一定的局限性,，研究者可以根據(jù)自己的實際研究情況進行選擇,。在特異甲基化位點檢測上，能夠提供BSP,、HRM及焦磷酸測序三種技術(shù)的完整的檢測服務(wù)，具有豐富的經(jīng)驗,，幫助客戶加速甲基化研究進程,。 廣東單細胞測序技術(shù)服務(wù)口碑推薦基于高通量測序平臺的甲基化圖譜分析。

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    將待測DNA經(jīng)過亞硫酸鹽處理,，通過PCR擴增過程引入T7啟動子序列,，經(jīng)T7DNA聚合酶的體外轉(zhuǎn)錄過程得到各樣本RNA產(chǎn)物，經(jīng)堿基特異性酶切處理,，得到RNA小片段,，并用飛行質(zhì)譜檢測每個片段的分子量，***EpiTYPER程序完成數(shù)據(jù)的自動化處理并報告每個檢測片段的甲基化程度,。技術(shù)優(yōu)勢·檢測片段長：擴增片段長度可達500bp·高靈敏度：可發(fā)現(xiàn)低至5%甲基化水平,，樣本起始量低至10ng?！ぶ貜?fù)性好：變異系數(shù)CV≤5%,。·高性價比：用384孔板進行PCR反應(yīng),，一個擴增產(chǎn)物可以進行多重CpG位點分析,，無需后續(xù)驗證,，可直接用于文章發(fā)表。服務(wù)內(nèi)容1.根據(jù)客戶提供的序列信息進行預(yù)評估,；2.進行樣本DNA的分離,、純化、質(zhì)檢及亞硫酸鹽修飾,。3.使用特殊設(shè)計的一對引物擴增樣本,，得到帶有T7RNA聚合酶啟動子序列的擴增產(chǎn)物。4.在體外轉(zhuǎn)錄體系中,，利用T7RNA聚合酶,，將擴增產(chǎn)物轉(zhuǎn)錄為RN**斷。5.利用RNaseA能夠特異性識別并切割RNA中U3’端的特性,，將RN**斷切割成攜帶有CpG位點的小片斷,。6.使用sequenom®MassArray飛行質(zhì)譜分析系統(tǒng)檢測產(chǎn)物。由于同一片斷中,，只有CpG和CpA之間16Da的分子量差別,，即質(zhì)譜圖中兩者峰的差距。 甲基化驗證是甲基化研究必不可少的一環(huán),。

GOS2基因靶向甲基化測序確定了一種快速復(fù)發(fā),、常規(guī)致死的腎上腺皮質(zhì)*亞型

Targeted Assessment of G0S2

Methylation Identifies a Rapidly Recurrent, Routinely Fatal Molecular Subtype

of Adrenocortical Carcinoma. Clin Cancer Res. 2019; 25(11):3276-3288.

(IF= 10.199)

研究者分析了ACC-TCGA數(shù)據(jù)，在114例腎上腺皮質(zhì)**的**隊列中鑒定了一個在CIMP高ACC中***被高甲基化并沉默的基因G0S2,，并通過高通量BSP得到驗證,。G0S2基因CpG島高甲基化**預(yù)測不良臨床后果，是ACC快速復(fù)發(fā)或致死的標(biāo)志,。評估G0S2甲基化對臨床決策是直接可行的,，并有助于對侵襲性ACC進行有效輔助***。 DNA甲基化多發(fā)生在CpG二核苷酸中的胞嘧啶的5位碳原子,。遼寧焦磷酸測序技術(shù)服務(wù)售后服務(wù)

DNA甲基化作為表觀遺傳學(xué)研究的重要范疇,。北京WGBS技術(shù)服務(wù)

    cfDNABS-Seq送樣要求一、送樣類型分離好的血漿二,、保存方式分離后的血漿,，用ml離心管分裝，例如：1ml/管,；放-20℃冰箱中保存（短暫保存,，1-2周）；放-80℃冰箱中長期保存(1年以內(nèi)),；保存期間不能凍融,。三、運輸條件干冰運輸：順豐陸運（3-4天時間）,，夏季10-15公斤干冰,；秋冬季10公斤干冰四,、抽血要求1、使用Streck**管（不建議使用普通的EDTA-鈉抗凝管）,，采集10ml外周靜脈血（客戶沒有Streck**管,，公司配送）；2,、室溫或者放置4℃冰箱中半小時以上,，不超過8小時，進行血漿分離步驟五,、血漿分離步驟1,、4℃條件下以1600g離心10min，離心后將上清（血漿）分裝到2,、4℃條件下以16000g離心10min去除殘余細胞,，將上清移入新的離心管中，每管分裝1ml;3,、血漿樣本存放于-80℃冰箱中保存;使用干冰運輸,提取之前不能凍融,。備注1：血漿分離在4℃條件進行，如果客戶沒有冷凍離心機,，也可以在室溫條件下進行,；備注2：離心后取血漿上清，避免吸取白細胞,；通常10ml全血可以獲得4-5ml血漿,。 北京WGBS技術(shù)服務(wù)