甲基化-焦磷酸測(cè)序（升級(jí)版）之前的儀器是Q96，也就是說(shuō)同時(shí)可以上96個(gè)反應(yīng),，但是有效讀長(zhǎng)只有50bp左右（50bp之后開(kāi)始衰減,，后面的序列只能作為參考）；升級(jí)版的Q48,，也就是48孔,，每次上48個(gè)反應(yīng),，但有效長(zhǎng)度可以到100bp左右，而且之前很多不能測(cè)過(guò)去的特殊結(jié)構(gòu),，現(xiàn)在大部分也能測(cè)了,。甲基化--------焦磷酸測(cè)序的優(yōu)勢(shì)。樣品要求·樣品類型細(xì)胞,、新鮮組織或DNA樣品·樣品量細(xì)胞樣品請(qǐng)?zhí)峁┲辽?×106個(gè)細(xì)胞,，組織樣品請(qǐng)?zhí)峁┲辽?00mg的組織塊或切片，DNA樣品請(qǐng)?zhí)峁?μg以上的DNA·樣品質(zhì)量基因組DNA無(wú)明顯降解,，主帶清晰,，大于23Kb，無(wú)明顯彌散,。OD260/280值在～,，濃度≥50ng/μl·樣品保存細(xì)胞樣品或新鮮組織塊（切成～50mg的小塊）可液氮凍存后，-80℃保存,。DNA樣品可溶于乙醇或超純水中,，-80℃保存。樣品保存期間避免反復(fù)凍融·樣品運(yùn)輸樣品置于ml凍存管中,，封口膜封好。 6mA在細(xì)菌,、藻類及動(dòng)植物基因組中存在,。山東Chip-seq技術(shù)服務(wù)專業(yè)服務(wù)

    焦磷酸測(cè)序(Pyrosequencing)隨著技術(shù)的不斷改進(jìn)，現(xiàn)在認(rèn)為焦磷酸測(cè)序技術(shù)（Pyrosequencing）是甲基化檢測(cè)新的金標(biāo)準(zhǔn),。焦磷酸測(cè)序作為一種新的序列分析技術(shù),，能夠快速地檢測(cè)甲基化的頻率，對(duì)樣品中的甲基化位點(diǎn)進(jìn)行定性及定量檢測(cè),，為甲基化研究提供了新的途徑,。在序列延伸過(guò)程中，根據(jù)C和T的摻入量來(lái)定量確定單個(gè)位點(diǎn)的C-T比例,。因此,，不同位點(diǎn)的甲基化變異就能被準(zhǔn)確檢測(cè)，并給出精確的甲基化程度的數(shù)據(jù),。QIAGEN公司在焦磷酸測(cè)序的應(yīng)用上具有明顯的優(yōu)勢(shì),，目前提供三種焦磷酸測(cè)序儀器，通量由低到高,，適合不同的應(yīng)用,。PyroMarkQ24的強(qiáng)項(xiàng)在于可對(duì)多達(dá)24個(gè)樣品進(jìn)行焦磷酸測(cè)序。需要大樣品量的應(yīng)用更適合在PyroMarkQ96ID上進(jìn)行,。在考慮到處理成百上千個(gè)樣品所需的大量試劑時(shí),，運(yùn)行通量**化可能會(huì)使實(shí)驗(yàn)成本變得很高,。而PyroMarkQ96MD裝有一臺(tái)高度靈敏的光檢測(cè)攝像頭，可以在減少試劑量的情況下對(duì)少量的DNA模板進(jìn)行準(zhǔn)確測(cè)序,。這些不同平臺(tái)的推出,，對(duì)于我們實(shí)際研究提供了更有效的檢測(cè)手段。 廣東MeDIP-Seq技術(shù)服務(wù)服務(wù)羥甲基化DNA免疫沉淀測(cè)序是通過(guò)5hmC特異性抗體富集結(jié)合高通量測(cè)序技術(shù),。

    cfDNABS-Seq送樣要求一,、送樣類型分離好的血漿二、保存方式分離后的血漿,，用ml離心管分裝,，例如：1ml/管；放-20℃冰箱中保存（短暫保存,，1-2周）,；放-80℃冰箱中長(zhǎng)期保存(1年以內(nèi))；保存期間不能凍融,。三,、運(yùn)輸條件干冰運(yùn)輸：順豐陸運(yùn)（3-4天時(shí)間），夏季10-15公斤干冰,；秋冬季10公斤干冰,。四、抽血要求1,、使用Streck**管（不建議使用普通的EDTA-鈉抗凝管）,，采集10ml外周靜脈血（客戶沒(méi)有Streck**管，公司配送）,；2,、室溫或者放置4℃冰箱中半小時(shí)以上，不超過(guò)8小時(shí),，進(jìn)行血漿分離步驟,。五、血漿分離步驟1,、4℃條件下以1600g離心10min,，離心后將上清（血漿）分裝到2、4℃條件下以16000g離心10min去除殘余細(xì)胞,，將上清移入新的離心管中,，每管分裝1ml;3、血漿樣本存放于-80℃冰箱中保存;使用干冰運(yùn)輸,提取之前不能凍融,。備注1：血漿分離在4℃條件進(jìn)行,，如果客戶沒(méi)有冷凍離心機(jī)，也可以在室溫條件下進(jìn)行,；備注2：離心后取血漿上清,，避免吸取白細(xì)胞,；通常10ml全血可以獲得4-5ml血漿。

相比之下,，VeraCode GoldenGate甲基化分析技術(shù)更適合中通量的篩選及驗(yàn)證研究,，它以以矩陣微珠芯片(Sentrix Array Matrix(SAM)）形式分析48至384個(gè)用戶指定的CpG位點(diǎn)。首先,，將亞硫酸氫鹽處理的基因組DNA 與分析oligo混合,，oligo與未甲基化位點(diǎn)的U互補(bǔ)，或者與甲基化位點(diǎn)的C互補(bǔ),。雜交之后,，引物延伸，并連接上位點(diǎn)特異的oligo來(lái)產(chǎn)生通用 PCR的模板,。***,，用標(biāo)記的PCR引物生成可檢測(cè)的產(chǎn)物。據(jù)Illumina的產(chǎn)品**介紹,，其產(chǎn)品的**優(yōu)勢(shì)在于單個(gè)CpG位點(diǎn)的分辨率,。其它分析將甲基化定位在一段區(qū)域，而通過(guò)Illumina分析,，你能精確測(cè)定某個(gè)CpG位點(diǎn)的甲基化水平,。5mc是表觀遺傳重要的一種修飾，存在于植物,、動(dòng)物等真核生物基因組中,，被譽(yù)為“第五堿基”。

    亞硫酸鹽結(jié)合測(cè)序是DNA甲基化檢測(cè)的“金標(biāo)準(zhǔn)”方案,。除了全基因組甲基化測(cè)序等研究手段，對(duì)于目標(biāo)基因/位點(diǎn)檢測(cè)或者轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)應(yīng)用研究來(lái)說(shuō),，需要靈活的靶向甲基化測(cè)序方案,。BSP(BisulfiteSequencingPCR)結(jié)合高通量測(cè)序的TargetBisulfiteSequencing滿足幾個(gè)到上百個(gè)基因/位點(diǎn)的驗(yàn)證需求,具有高通量、低成本的優(yōu)勢(shì),***用于臨床大樣本多位點(diǎn)的甲基化biomarker篩選及高水平文章甲基化驗(yàn)證環(huán)節(jié),。微生物定植對(duì)腸道免疫和代謝相關(guān)基因DNA甲基化的影響——團(tuán)隊(duì)成員發(fā)表.(IF=)我們以早產(chǎn)幼豬為模型,，利用RRBS測(cè)序比較正常(n=7)和口服***(n=7)的腸道DNA甲基化差異，發(fā)現(xiàn)與先天免疫應(yīng)答,、吞噬和代謝等相關(guān)基因的DNA甲基化和表達(dá)存在***的差異,，并通過(guò)高通量BSP測(cè)序?qū)GFL7、LBP8,、PTPRE差異甲基化基因進(jìn)行了驗(yàn)證,。 基于高通量測(cè)序平臺(tái)的甲基化圖譜分析。四川Chip-seq技術(shù)服務(wù)活動(dòng)

提供樣本DNA完整性質(zhì)檢結(jié)果,。山東Chip-seq技術(shù)服務(wù)專業(yè)服務(wù)

DNA甲基化對(duì)基因表達(dá)調(diào)控起著動(dòng)態(tài)的重要作用,。 借助MethylationEPIC BeadChip,，研究人員可以基于單核苷酸分辨率定量檢測(cè)基因組中的850,000多個(gè)甲基化位點(diǎn)。包括FFPE在內(nèi)的多重樣本可以并行分析,，以便在每樣本比較低成本的情況下實(shí)現(xiàn)高通量功能,。依托業(yè)界**的Infinium實(shí)驗(yàn)分析方法，MethylationEPIC BeadChip是全表觀基因組關(guān)聯(lián)研究(EWAS)的理想之選,。它提供了由**精選的***的覆蓋范圍,，囊括99%的RefSeq基因，95%的CpG島,，高覆蓋度的增強(qiáng)子區(qū)域和其他內(nèi)容類別,。由于超過(guò)90%的Infinium HumanMethylation450K位點(diǎn)內(nèi)容都涵蓋在內(nèi)，因此新一代MethylationEPIC試劑盒對(duì)這些位點(diǎn)也完全支持,。山東Chip-seq技術(shù)服務(wù)專業(yè)服務(wù)