Hepatic

stellate cell transdifferentiation involves genome-wide remodeling of the DNA

methylation landscape. J Hepatol. 2016;64(3):661-73. (IF= 14.911)

肝星狀細(xì)胞(HSC)是導(dǎo)致肝纖維化發(fā)生和進(jìn)展的關(guān)鍵細(xì)胞類(lèi)型,。DNA羥甲基化與轉(zhuǎn)錄***有關(guān)，其模式在人類(lèi)疾病中經(jīng)常發(fā)生改變。研究者采用簡(jiǎn)化基因組氧化-亞硫酸鹽測(cè)序(RRBS/oxRRBS)檢測(cè)靜止和******狀態(tài)的大鼠HSC細(xì)胞的5mC和5hmC水平，證實(shí)了5mC和5hmC在肝纖維化和HSC轉(zhuǎn)分化過(guò)程中的整體變化，表明DNA甲基化/羥甲基化是HSC***的關(guān)鍵步驟,，可能會(huì)為支持纖維生成的分子事件帶來(lái)新的見(jiàn)解，并可能為疾病進(jìn)展提供生物標(biāo)志物以及潛在的新藥物靶點(diǎn)。 在正常組織里, 70%到90%散在的CpG是被甲基修飾的,。陜西MeDIP-Seq技術(shù)服務(wù)服務(wù)

    6mAIP-Seq送樣要求一,、送樣類(lèi)型基因組DNA、動(dòng)植物組織(包含藻類(lèi)等)二,、保存方式基因組DNA,、動(dòng)植物組織(包含藻類(lèi))：放-20℃冰箱中保存，或者放-80℃冰箱中長(zhǎng)期保存(1年以?xún)?nèi)),；保存期間避免反復(fù)凍融,。三、運(yùn)輸條件1,、基因組DNA：冰袋或者干冰運(yùn)輸,；2、植物組織(包含藻類(lèi))：干冰運(yùn)輸,，順豐陸運(yùn)（3-4天時(shí)間）,，夏季10-15公斤干冰；秋冬季10公斤干冰,；四,、樣本量要求1、基因組DNA：不少于6ug1）提供樣本DNA完整性質(zhì)檢結(jié)果,，例如瓊脂糖凝膠電泳或者Agilent2100電泳等,；2）提取基因組DNA，要加RNA酶,，去除RNA污染;3）提取基因組DNA,，溶到TE或者elutionbuffer,避免溶解到純水；樣本體積不超過(guò)100ul;4）提供Qubit檢測(cè)濃度,，基于OD值的檢測(cè)方法,，例如NanoDrop,會(huì)嚴(yán)重高估濃度。2,、植物組織(包含藻類(lèi))：1g以上;植物組織,，不同組織，送樣量不同植物組織：從植物體上,，取下新鮮組織,，用清水將材料表面的灰塵或泥土沖洗干凈，吸干,；取不少于1g葉片等組織,，對(duì)于果實(shí)等含糖很高的組織，送樣前需要咨詢(xún)技術(shù)人員,。3,、動(dòng)物組織：30mg以上用預(yù)冷的1×PBS溶液洗掉組織表面殘留的血液；取不少于30mg（1/2綠豆大?。┙M織塊,，放置-20℃冰箱中保存,，或者放-80℃冰箱中長(zhǎng)期保存(1年以?xún)?nèi))。 陜西MeDIP-Seq技術(shù)服務(wù)服務(wù)細(xì)胞,、全血,、組織樣本干冰運(yùn)輸。

    重亞硫酸鹽處理結(jié)合測(cè)序是目前檢測(cè)甲基化的金標(biāo)準(zhǔn),。除了全基因組甲基化測(cè)序技術(shù)等研究手段,，對(duì)于大樣本量甲基化研究來(lái)說(shuō)，更需要靈活,、有針對(duì)性的技術(shù)方案,。NGS-BSP方法適合幾個(gè)到幾十個(gè)基因或者位點(diǎn)進(jìn)行大樣本甲基化測(cè)序或者驗(yàn)證項(xiàng)目，具有更快速的實(shí)驗(yàn)周期及低成本優(yōu)勢(shì),。技術(shù)優(yōu)勢(shì)高效靈活的目標(biāo)區(qū)域甲基化檢測(cè)的工具BSP和高通量測(cè)序完美結(jié)合,，單堿基分辨率適合幾個(gè)到幾十個(gè)位點(diǎn)的大樣本驗(yàn)證項(xiàng)目適合所有動(dòng)物樣本、周期快,、檢測(cè)位點(diǎn)靈活,、性?xún)r(jià)比高科學(xué)方案設(shè)計(jì)從項(xiàng)目背景了解、協(xié)助方案設(shè)計(jì),、實(shí)驗(yàn)材料選取,、建庫(kù)測(cè)序，到數(shù)據(jù)分析每個(gè)項(xiàng)目有特定的科學(xué)問(wèn)題,；需要專(zhuān)業(yè),、有價(jià)值的建議；科學(xué),、縝密的設(shè)計(jì)及時(shí)高效的溝通,；以保障高質(zhì)量研究成果樣本要求：基因組DNA:>=1ug(20個(gè)區(qū)域/位點(diǎn))；樣品濃度>30ng/ul,；無(wú)RNA和蛋白污染建庫(kù)測(cè)序：測(cè)序策略：IlluminaHiSeq,PE150,；測(cè)序深度：>。

    ATAC-seq（AssayforTransposase-AccessibleChromatinwithhighthroughputsequencing）是使用高通量測(cè)序?qū)n5轉(zhuǎn)座酶可接近的核染色質(zhì)區(qū)域進(jìn)行測(cè)序分析的一種研究技術(shù),；該技術(shù)由美國(guó)斯坦福大學(xué)的研究人員開(kāi)發(fā)，2013年***發(fā)表在NatureMethods（Buenrostroetal.,2013）,。通過(guò)轉(zhuǎn)座酶對(duì)特定時(shí)空下開(kāi)放的核染色質(zhì)區(qū)域進(jìn)行切割,，獲得在該時(shí)空下基因組中所有活躍轉(zhuǎn)錄的調(diào)控序列。應(yīng)用領(lǐng)域,，通常并不單獨(dú)使用,。作為檢測(cè)表觀遺傳-染色質(zhì)開(kāi)放狀態(tài)現(xiàn)象的方式，與樣本基因表達(dá)譜緊密相連,，從靶標(biāo)基因的表觀狀態(tài)關(guān)聯(lián)到表達(dá)水平,，具有強(qiáng)大的數(shù)據(jù)挖掘作用,。2.通過(guò)關(guān)聯(lián)基因組、外顯子,，染色質(zhì)免疫共沉淀（組蛋白修飾或轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合）測(cè)序信息,，形成：表觀調(diào)控-基因組-基因表達(dá)的完整調(diào)控鏈。 ATAC-seq實(shí)驗(yàn)過(guò)程短,，從實(shí)驗(yàn)到分析可達(dá)2周,。

發(fā)育基因的表觀突變是養(yǎng)殖歐洲鱸魚(yú)開(kāi)始馴化的基礎(chǔ)

Epimutations in developmental

genes underlie the onset of domestication in farmed European sea bass. Mol Biol Evol. 2019 May 30 (IF= 14.797)

本研究通過(guò)RRBS測(cè)序，比較了早期馴化的

(n=12)與野生的(n=12)

歐洲鱸魚(yú)在馴化過(guò)程中DNA甲基化變化,，發(fā)現(xiàn)早期馴化的鱸魚(yú)與野生的沒(méi)有遺傳差異,，但在不同胚胎起源的組織中發(fā)生DNA甲基化變化。這些甲基化突變與經(jīng)過(guò)25年選擇性育種后的胞嘧啶至胸腺嘧啶多態(tài)性***重疊,，表觀突變基因與正選擇基因一致,。結(jié)果表明馴化初始階的表觀變異是一個(gè)重要事件。 云生物提供測(cè)序服務(wù),。陜西MeDIP-Seq技術(shù)服務(wù)服務(wù)

FFPE樣本只需要室溫運(yùn)輸,。陜西MeDIP-Seq技術(shù)服務(wù)服務(wù)

    全基因組甲基化測(cè)序(WholeGenomeBisulfiteSequencing,WGBS)是結(jié)合重亞硫酸鹽Bisulfite處理和高通量測(cè)序，對(duì)有參考基因組進(jìn)行全基因組的單堿基分辨率的甲基化檢測(cè)“金標(biāo)準(zhǔn)”方案,，***用于人,、哺乳動(dòng)物及農(nóng)林牧漁方向的高水平甲基化研究。WGBS滿(mǎn)足全基因組DNA甲基化圖譜及疾病關(guān)聯(lián)分析,、基因調(diào)控分析,、疾病的甲基化標(biāo)志物篩選等探索性課題的研究。靈長(zhǎng)類(lèi)早期著床前胚胎發(fā)育中的DNA甲基化重編程研究——(團(tuán)隊(duì)成員發(fā)表).(IF=)靈長(zhǎng)類(lèi)胚胎發(fā)生的關(guān)鍵表觀遺傳調(diào)控需要DNA甲基化重編程,。我們首先建立了基于轉(zhuǎn)座酶的超微量WGBS測(cè)序技術(shù),，詳細(xì)研究了獼猴早期著床前胚胎7個(gè)階段(Sperm、Oocytes,、Zygotes,、2-cell、8-cell,、Morula和ICM)的DNA甲基化動(dòng)態(tài)變化過(guò)程,。******闡明了DNA甲基化動(dòng)力學(xué)的“盈與虧”階段特征，并通過(guò)DNA甲基轉(zhuǎn)移酶功能缺失實(shí)驗(yàn)表明DNA甲基化影響早期猴胚胎發(fā)育,。 陜西MeDIP-Seq技術(shù)服務(wù)服務(wù)