三種五味子科葉綠體基因組編碼113個(gè)獨(dú)特基因,,包括79個(gè)蛋白質(zhì)編碼基因,30個(gè)tRNA基因和4個(gè)rRNA基因,。其中,,4個(gè)蛋白質(zhì)編碼基因,4個(gè)rRNA基因和5個(gè)tRNA基因在IR區(qū)域中重復(fù),;18個(gè)基因含有內(nèi)含子,,clpP和ycf3含有兩個(gè)內(nèi)含子;rps12中存在反式剪接,,其中5'末端位于LSC區(qū)域中,,并且重復(fù)的3'末端位于IR區(qū)域中;matK基因trnK-UUU內(nèi)部,。SSR是葉綠體基因組中經(jīng)常觀察到的1-6bp重復(fù)類型,,可用于基因組多態(tài)性以及物種的群體遺傳學(xué)研究。研究人員鑒定到**豐富的SSR是A或T單核苷酸重復(fù)序列,,分別占南五味子,、五味子和八角茴香總SSR的約%,%和69%,,而G或C重復(fù)罕見(jiàn),。此外,南五味子,、五味子和八角茴香SSR的大多數(shù)SSR位于LSC區(qū)域,,其次是SSC區(qū)域和IR區(qū)域。 云生物小基因組測(cè)序可進(jìn)行測(cè)序組裝,。青海系統(tǒng)進(jìn)化小基因組測(cè)序售后分析
標(biāo)準(zhǔn)分析:1.測(cè)序數(shù)據(jù)概況
(1) 原始測(cè)序數(shù)據(jù)說(shuō)明
(2) 測(cè)序數(shù)據(jù)質(zhì)控及統(tǒng)計(jì)
(3) 三代測(cè)序數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì)
2.基因組組裝
3. 基因組組分分析
(1) 編碼基因分析
(2) ORFs掃描及跨膜結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)
(3) 非編碼RNA分析
4. 基因功能注釋
基因組圈圖
高級(jí)分析:
比較基因組分析
1.SNP檢測(cè)與注釋
2.Indel檢測(cè)與注釋
3.SV檢測(cè)
4.基因組共線性分析
5.線粒體與葉綠體基因組片段交流分析
6.共有和特有基因分析
7.系統(tǒng)進(jìn)化分析,、選擇壓力分析
定制化生信分析
1.密碼子偏好性分析
2.長(zhǎng)重復(fù)序列Long repeat分析
3.簡(jiǎn)單重復(fù)序列SSR分析
4.基因表達(dá)量及表達(dá)差異分析(可由客戶提供RNAseq) 廣東地理譜系遺傳小基因組測(cè)序售后分析小基因組測(cè)序DNA質(zhì)檢需要多久?
基因組組裝:首先,,利用ABySS v2.0.2初步組裝Illumina測(cè)序數(shù)據(jù),,然后利用blasR比對(duì)Pacbio三代數(shù)據(jù),根據(jù)比對(duì)結(jié)果對(duì)單分子測(cè)序數(shù)據(jù)進(jìn)行一次矯正與糾錯(cuò),,目的在于減少單分子長(zhǎng)序列中單堿基,、插入缺失的錯(cuò)誤;***利用糾正過(guò)的單分子測(cè)序數(shù)據(jù)與二代數(shù)據(jù)進(jìn)行混合組裝,使用的軟件是SPAdes-3.10.1,;挑選覆蓋深度足夠高且組裝長(zhǎng)度較長(zhǎng)的序列作為候選序列,,比對(duì)NT庫(kù)確認(rèn);***再次利用Illumina數(shù)據(jù)進(jìn)行校驗(yàn),,得到**終的組裝結(jié)果,。基因組組分分析:通過(guò)多種方法對(duì)編碼基因,、非編碼RNA等進(jìn)行預(yù)測(cè),獲取測(cè)序樣本基因組的組成情況,。
Swiss-Prot是一個(gè)精選的蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫(kù),,它努力提供一個(gè)高水平的注釋(例如一個(gè)蛋白質(zhì)功能、其域結(jié)構(gòu),、翻譯后修飾,、變異等的描述),一個(gè)比較低水平的冗余及與其他數(shù)據(jù)庫(kù)的高水平的整合,。數(shù)據(jù)庫(kù)的***進(jìn)展包括:在模式生物的數(shù)目和范圍上的一個(gè)增長(zhǎng),;兩個(gè)附加的數(shù)據(jù)庫(kù)的交叉引用;多種新的文檔文件和TrEMBL的創(chuàng)建,,對(duì)Swiss-Prot的一個(gè)計(jì)算機(jī)注釋的補(bǔ)充,。這個(gè)補(bǔ)充以類Swiss-Prot的格式,由來(lái)源于EMBL核酸序列數(shù)據(jù)庫(kù)中的所有編碼序列(codingsequences,,CDS)翻譯的條目組成,,而把已經(jīng)包含在Swiss-Prot中的CDS除外。詳見(jiàn),。其中eggNOG,、GO、KEGG數(shù)據(jù)庫(kù)都把功能按不同等級(jí)進(jìn)行分類,,通過(guò)功能注釋,,可根據(jù)數(shù)據(jù)庫(kù)的分類信息對(duì)樣品的基因功能進(jìn)行歸類。 云生物提供SSR分類統(tǒng)計(jì)分析,。
植物葉綠體樣本采集操作指南:采樣步驟
1. 建議取樣,,植物綠色組織部分(葉片等)。
2. 取樣前建議光照6h 以上,,使樣本中合成大量葉綠體,,再進(jìn)行取樣。建議5g 以上綠色組織樣本(葉片等),,可多采集一些留做備份樣本,。
3. 取樣后,樣本用錫箔紙包裹(或凍存管盛放),迅速過(guò)液氮速凍,,轉(zhuǎn)移至-80℃冰箱內(nèi)凍存,。
4. 干冰運(yùn)輸。干冰用量建議以3kg/day 計(jì)算,。一般建議10kg 起,。
植物線粒體樣本采集操作指南:
采樣步驟
1. 建議取樣:推薦植物愈傷組織
無(wú)法培養(yǎng)愈傷組織的,可采用白化苗(葉綠體含量極低的組織)
2. 愈傷組織取樣5g 以上樣本,;
3. 無(wú)法培養(yǎng)愈傷組織的植株,,可進(jìn)行暗培養(yǎng),建議取樣前植株避光培養(yǎng)一周,,獲得白化苗,,取白化苗組織5g 以上(葉片等),可多采集一些留做備份樣本,。
4. 取樣后,,樣本用錫箔紙包裹(或凍存管盛放),迅速過(guò)液氮速凍,,轉(zhuǎn)移至-80℃冰箱內(nèi)凍存,。
5. 干冰運(yùn)輸。干冰用量建議以3kg/day 計(jì)算,。一般建議10kg 起,。
小基因組測(cè)序高級(jí)分析包括哪些?湖北細(xì)胞質(zhì)遺傳小基因組測(cè)序報(bào)價(jià)
云生物提供比較基因組共線性分析,。青海系統(tǒng)進(jìn)化小基因組測(cè)序售后分析
物種進(jìn)化分析:系統(tǒng)發(fā)生樹(shù)(英文:phylogenetictree或evolutionarytree)被認(rèn)為具有共同祖先的各物種間演化關(guān)系的樹(shù),,它用來(lái)表示系統(tǒng)發(fā)生研究的結(jié)果,用它描述物種之間的進(jìn)化關(guān)系,。構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)生樹(shù)的方法有:基于樣品與參考基因組的群體SNP矩陣構(gòu)建進(jìn)化樹(shù):對(duì)于每一個(gè)樣本,,按照相同順序?qū)⑺蠸NP相連,獲得相同長(zhǎng)度的fasta格式的序列(其中一個(gè)為參考序列),,作為輸入文件用于進(jìn)化樹(shù)構(gòu)建,。基于Core基因構(gòu)建進(jìn)化樹(shù):對(duì)Core-Pan分析的結(jié)果中鑒定出來(lái)的單拷貝Core基因結(jié)果,,利用了MUSCLE,。當(dāng)樣本個(gè)數(shù)大于3時(shí),采用ML法(MaximumLikelihood比較大似然法)構(gòu)建進(jìn)化樹(shù),,使用軟件是PhyML(),,并用bayes校正;當(dāng)樣本個(gè)數(shù)不超過(guò)3時(shí),,采用NJ法(Neighbor-Joining鄰接法)構(gòu)建進(jìn)化樹(shù),,使用軟件是TreeBeST;bootstrap為100。 青海系統(tǒng)進(jìn)化小基因組測(cè)序售后分析