三種五味子科葉綠體基因組編碼113個(gè)獨(dú)特基因,，包括79個(gè)蛋白質(zhì)編碼基因，30個(gè)tRNA基因和4個(gè)rRNA基因,。其中,，4個(gè)蛋白質(zhì)編碼基因，4個(gè)rRNA基因和5個(gè)tRNA基因在IR區(qū)域中重復(fù),；18個(gè)基因含有內(nèi)含子,，clpP和ycf3含有兩個(gè)內(nèi)含子；rps12中存在反式剪接,，其中5'末端位于LSC區(qū)域中,，并且重復(fù)的3'末端位于IR區(qū)域中；matK基因trnK-UUU內(nèi)部,。SSR是葉綠體基因組中經(jīng)常觀察到的1-6bp重復(fù)類型,，可用于基因組多態(tài)性以及物種的群體遺傳學(xué)研究。研究人員鑒定到**豐富的SSR是A或T單核苷酸重復(fù)序列,，分別占南五味子,、五味子和八角茴香總SSR的約％，％和69％,，而G或C重復(fù)罕見(jiàn),。此外，南五味子,、五味子和八角茴香SSR的大多數(shù)SSR位于LSC區(qū)域,，其次是SSC區(qū)域和IR區(qū)域。 云生物小基因組測(cè)序可進(jìn)行測(cè)序組裝,。青海系統(tǒng)進(jìn)化小基因組測(cè)序售后分析

1.測(cè)序數(shù)據(jù)概況

(1) 原始測(cè)序數(shù)據(jù)說(shuō)明

(2) 測(cè)序數(shù)據(jù)質(zhì)控及統(tǒng)計(jì)

(3) 三代測(cè)序數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì)

2.基因組組裝

3. 基因組組分分析

(1) 編碼基因分析

(2) ORFs掃描及跨膜結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)

(3) 非編碼RNA分析

4. 基因功能注釋

 基因組圈圖

高級(jí)分析：

比較基因組分析

1.SNP檢測(cè)與注釋

2.Indel檢測(cè)與注釋

3.SV檢測(cè)

4.基因組共線性分析

5.線粒體與葉綠體基因組片段交流分析

6.共有和特有基因分析

7.系統(tǒng)進(jìn)化分析,、選擇壓力分析

定制化生信分析

1.密碼子偏好性分析

2.長(zhǎng)重復(fù)序列Long repeat分析

3.簡(jiǎn)單重復(fù)序列SSR分析

4.基因表達(dá)量及表達(dá)差異分析（可由客戶提供RNAseq） 廣東地理譜系遺傳小基因組測(cè)序售后分析小基因組測(cè)序DNA質(zhì)檢需要多久？

基因組組裝：首先,，利用ABySS v2.0.2初步組裝Illumina測(cè)序數(shù)據(jù),，然后利用blasR比對(duì)Pacbio三代數(shù)據(jù)，根據(jù)比對(duì)結(jié)果對(duì)單分子測(cè)序數(shù)據(jù)進(jìn)行一次矯正與糾錯(cuò),，目的在于減少單分子長(zhǎng)序列中單堿基,、插入缺失的錯(cuò)誤；***利用糾正過(guò)的單分子測(cè)序數(shù)據(jù)與二代數(shù)據(jù)進(jìn)行混合組裝，使用的軟件是SPAdes-3.10.1,；挑選覆蓋深度足夠高且組裝長(zhǎng)度較長(zhǎng)的序列作為候選序列,，比對(duì)NT庫(kù)確認(rèn)；***再次利用Illumina數(shù)據(jù)進(jìn)行校驗(yàn),，得到**終的組裝結(jié)果,。基因組組分分析：通過(guò)多種方法對(duì)編碼基因,、非編碼RNA等進(jìn)行預(yù)測(cè)，獲取測(cè)序樣本基因組的組成情況,。

    Swiss-Prot是一個(gè)精選的蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫(kù),，它努力提供一個(gè)高水平的注釋（例如一個(gè)蛋白質(zhì)功能、其域結(jié)構(gòu),、翻譯后修飾,、變異等的描述），一個(gè)比較低水平的冗余及與其他數(shù)據(jù)庫(kù)的高水平的整合,。數(shù)據(jù)庫(kù)的***進(jìn)展包括：在模式生物的數(shù)目和范圍上的一個(gè)增長(zhǎng),；兩個(gè)附加的數(shù)據(jù)庫(kù)的交叉引用；多種新的文檔文件和TrEMBL的創(chuàng)建,，對(duì)Swiss-Prot的一個(gè)計(jì)算機(jī)注釋的補(bǔ)充,。這個(gè)補(bǔ)充以類Swiss-Prot的格式，由來(lái)源于EMBL核酸序列數(shù)據(jù)庫(kù)中的所有編碼序列（codingsequences,，CDS）翻譯的條目組成,，而把已經(jīng)包含在Swiss-Prot中的CDS除外。詳見(jiàn),。其中eggNOG,、GO、KEGG數(shù)據(jù)庫(kù)都把功能按不同等級(jí)進(jìn)行分類,，通過(guò)功能注釋,，可根據(jù)數(shù)據(jù)庫(kù)的分類信息對(duì)樣品的基因功能進(jìn)行歸類。 云生物提供SSR分類統(tǒng)計(jì)分析,。

采樣步驟

1. 建議取樣,，植物綠色組織部分（葉片等）。

2. 取樣前建議光照6h 以上,，使樣本中合成大量葉綠體,，再進(jìn)行取樣。建議5g 以上綠色組織樣本（葉片等）,，可多采集一些留做備份樣本,。

3. 取樣后，樣本用錫箔紙包裹（或凍存管盛放），迅速過(guò)液氮速凍,，轉(zhuǎn)移至-80℃冰箱內(nèi)凍存,。

4. 干冰運(yùn)輸。干冰用量建議以3kg/day 計(jì)算,。一般建議10kg 起,。

植物線粒體樣本采集操作指南：

采樣步驟

1. 建議取樣：推薦植物愈傷組織

無(wú)法培養(yǎng)愈傷組織的，可采用白化苗（葉綠體含量極低的組織）

2. 愈傷組織取樣5g 以上樣本,；

3. 無(wú)法培養(yǎng)愈傷組織的植株,，可進(jìn)行暗培養(yǎng)，建議取樣前植株避光培養(yǎng)一周,，獲得白化苗,，取白化苗組織5g 以上（葉片等），可多采集一些留做備份樣本,。

4. 取樣后,，樣本用錫箔紙包裹（或凍存管盛放），迅速過(guò)液氮速凍,，轉(zhuǎn)移至-80℃冰箱內(nèi)凍存,。

5. 干冰運(yùn)輸。干冰用量建議以3kg/day 計(jì)算,。一般建議10kg 起,。

小基因組測(cè)序高級(jí)分析包括哪些？湖北細(xì)胞質(zhì)遺傳小基因組測(cè)序報(bào)價(jià)

云生物提供比較基因組共線性分析,。青海系統(tǒng)進(jìn)化小基因組測(cè)序售后分析

    物種進(jìn)化分析：系統(tǒng)發(fā)生樹(shù)（英文：phylogenetictree或evolutionarytree）被認(rèn)為具有共同祖先的各物種間演化關(guān)系的樹(shù),，它用來(lái)表示系統(tǒng)發(fā)生研究的結(jié)果，用它描述物種之間的進(jìn)化關(guān)系,。構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)生樹(shù)的方法有：基于樣品與參考基因組的群體SNP矩陣構(gòu)建進(jìn)化樹(shù)：對(duì)于每一個(gè)樣本,，按照相同順序?qū)⑺蠸NP相連，獲得相同長(zhǎng)度的fasta格式的序列（其中一個(gè)為參考序列）,，作為輸入文件用于進(jìn)化樹(shù)構(gòu)建,。基于Core基因構(gòu)建進(jìn)化樹(shù)：對(duì)Core-Pan分析的結(jié)果中鑒定出來(lái)的單拷貝Core基因結(jié)果,，利用了MUSCLE,。當(dāng)樣本個(gè)數(shù)大于3時(shí)，采用ML法（MaximumLikelihood比較大似然法）構(gòu)建進(jìn)化樹(shù),，使用軟件是PhyML（）,，并用bayes校正；當(dāng)樣本個(gè)數(shù)不超過(guò)3時(shí),，采用NJ法（Neighbor-Joining鄰接法）構(gòu)建進(jìn)化樹(shù),，使用軟件是TreeBeST；bootstrap為100。 青海系統(tǒng)進(jìn)化小基因組測(cè)序售后分析