葉綠體多態(tài)基因組SSR的開發(fā)和驗證：葉綠體基因組具有古老的遺傳模式,，對進(jìn)化過程具有獨特見解,，cpSSR基因座通常分布在整個非編碼區(qū)域，其序列變異高于編碼區(qū),，cpSSR標(biāo)記可用于揭示群體遺傳變異和系統(tǒng)地理學(xué)模式,。在Oresitrophe和Mukdenia***鑒定出242個候選多態(tài)性gSSR。篩選后獲得126個多態(tài)性gSSR,，兩個屬之間的標(biāo)準(zhǔn)偏差范圍為,。為了研究SSR的可轉(zhuǎn)移性，研究人員選擇了12對候選polySSRs引物和6個群體,，用于,。計算兩個物種的遺傳多樣性參數(shù),。結(jié)果顯示，多態(tài)性信息含量范圍為,，等位基因數(shù)量范圍為2-11,，觀察到的雜合性和預(yù)期雜合度分別為。在K=2時,，根據(jù)不同的物種將所有六個群體分成兩個群集,。此外，對于K=3,，4個,，其中HBQL，TJLX和BJCP分配到一個群集中,，HNYD分成第二群集,。通過結(jié)構(gòu)分析檢測到的Mukdeniarossii和Oresitropherupifraga中基因庫的成員概率和地理分布：K=2（a）和K=3（b）。每個垂直條**一個個體（N=47）,，種群由東北到中國的收集地點排列,。 云生物提供泛基因組共有特有基因統(tǒng)計。陜西葉綠體小基因組測序銷售

    編碼基因分析：基因是控制生物性狀的遺傳單位,，即一段具有遺傳效應(yīng)的功能性DN**段,。它通過指導(dǎo)蛋白質(zhì)的合成來表達(dá)自己所攜帶的遺傳信息，從而控制生物個體的性狀表現(xiàn),，特有基因的存在導(dǎo)致個體有特殊的功能。研究基因是研究生物個體的首要目標(biāo),。我們采用同源比對預(yù)測和Denovo預(yù)測相結(jié)合的方法對樣本基因組進(jìn)行基因預(yù)測,。我們利用參考基因組的蛋白序列來進(jìn)行同源比對預(yù)測，先把蛋白序列快速比對到樣本基因組序列,，過濾不好的比對結(jié)果,，去冗余，然后運行Genewise做精確比對,。AUGUSTUS軟件可對線粒體/葉綠體基因組進(jìn)行Denovo基因預(yù)測,。***對基因集進(jìn)行校正、整合,，得到樣品基因組編碼基因,。 重慶生信分析小基因組測序活動云生物提供葉綠體/線粒體基因組全圖。

    南五味子含有17個正向重復(fù)序列,，16個回文重復(fù)序列和25個串聯(lián)重復(fù)序列,。五味子包含30個正向重復(fù)序列，13個回文重復(fù)和25個串聯(lián)重復(fù),。而八角茴香含有8個正向重復(fù)序列,，21個回文重復(fù)和32個串聯(lián)重復(fù),。長度為30-40bp的重復(fù)**常見的（平均％），切位于非編碼區(qū)的重復(fù)比例高于編碼區(qū),。采用mVISTA和DnaSP程序分析葉綠體基因組水平的總體序列同一性,，并檢測五味子科葉綠體基因組中的不同區(qū)域。結(jié)果表明,，葉綠體基因組存在高度的共線性和基因順序保守性,，同時非編碼區(qū)域的差異比編碼區(qū)域更高,。IR的擴增和收縮導(dǎo)致各種植物譜系之間的基因組大小變化，可用于研究植物譜系的系統(tǒng)發(fā)育分類和基因組進(jìn)化,。與其他植物葉綠體譜系相比,，五味子科中的IR具有10kb的收縮。IRa/SSC邊界延伸到y(tǒng)cf1,，導(dǎo)致三種Schisandraceae葉綠體基因組中的存在ycf1假基因,。

    使用IlluminaHiseq測序平臺對樣品進(jìn)行測序，產(chǎn)生的原始數(shù)據(jù)（RawData）存在一定比例低質(zhì)量數(shù)據(jù),，為了使得后續(xù)分析的結(jié)果更加準(zhǔn)確可靠,，會對原始的測序數(shù)據(jù)進(jìn)行如下處理：1)去除reads中的adapter序列；2)剪切前去除5’端含有非AGCT的堿基,；3)修剪測序質(zhì)量較低的reads末端(測序質(zhì)量值小于Q20),；4)去除含N的比例達(dá)到10%的reads；5)舍棄去adapter及質(zhì)量修剪后長度小于50bp的小片段,。PacBioSequel平臺測序數(shù)據(jù)以bam格式保存，可以轉(zhuǎn)化成fasta或fastq序列格式。PacBioSequel平臺原始測序數(shù)據(jù)中存在接頭序列,、低質(zhì)量序列,、測序錯誤序列等,，為了得到更精確的組裝結(jié)果，需要對原始的測序數(shù)據(jù)進(jìn)行如下處理：1.過濾掉長度小于100bp的Polymerasereads,；2.過濾掉質(zhì)量小于reads,；3.從Polymerasereads中提取Subreads，過濾掉adapter序列,；4.過濾掉長度小于500bp的Subreads,。 小基因組測序的主要特點有很多。

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    內(nèi)共生起源學(xué)說認(rèn)為，線粒體和葉綠體分別起源于原始真核細(xì)胞內(nèi)共生的能進(jìn)行有氧呼吸的細(xì)菌和進(jìn)行光能自養(yǎng)的藍(lán)細(xì)菌,。該學(xué)說認(rèn)為真核細(xì)胞的祖先是一種體積巨大,、不需氧的、具有吞噬能力的細(xì)胞.通過糖酵解獲取能量,。而線粒體的祖先是是一種革蘭氏陰性菌,，可以利用體內(nèi)三竣酸循環(huán)的酶系和電子傳遞鏈在有氧條件下將糖酵解產(chǎn)生的**酸進(jìn)一步分解，釋放更高的能量,。這種細(xì)菌被原始真核細(xì)胞吞噬以后,，有可能在長期互利共生中演化形成了現(xiàn)在的線粒體。與此類似,，葉綠體的祖先推測是原核生物的藍(lán)細(xì)菌,，即藍(lán)藻。它被原始真核細(xì)胞攝入后,，在共生關(guān)系中，逐漸演化為葉綠體,。由于長期的互利共生,，需氧細(xì)菌和藍(lán)細(xì)菌逐漸失去了原有的一些特征，關(guān)閉,、丟失或向宿主細(xì)胞核中轉(zhuǎn)移了一些基因,，形成了線粒體和葉綠體的半自主性。 陜西葉綠體小基因組測序銷售