PCA主成分分析測序技術(shù)的發(fā)展使得現(xiàn)在能夠從宏觀角度分析基因表達，但是也在一定程度上增加了數(shù)據(jù)分析難度。許多基因之間可能存在相關(guān)性,，如果分別對每個基因進行分析，分析往往是孤立的,，盲目減少指標會損失很多有用的信息。PCA(PrincipalComponentAnalysis),，即主成分分析方法,，是一種使用*****的數(shù)據(jù)降維算法。一般可應(yīng)用的研究方向有：一組基因在多個分組中的差異情況,，多個基因在該樣本中的差異情況?；驹鞵CA的主要思想是將n維特征映射到k維上,，這k維是全新的正交特征也被稱為主成分，是在原有n維特征的基礎(chǔ)上重新構(gòu)造出來的k維特征,。PCA的工作就是從原始的空間中順序地找一組相互正交的坐標軸,，新的坐標軸的選擇與數(shù)據(jù)本身是密切相關(guān)的。其中,，**個新坐標軸選擇是原始數(shù)據(jù)中方差**的方向,，第二個新坐標軸選取是與**個坐標軸正交的平面中使得方差**的，第三個軸是與第1,，2個軸正交的平面中方差**的,。依次類推，可以得到n個這樣的坐標軸,。通過這種方式獲得的新的坐標軸,，我們發(fā)現(xiàn)，大部分方差都包含在前面k個坐標軸中,，后面的坐標軸所含的方差幾乎為0,。于是，我們可以忽略余下的坐標軸，只保留前面k個含有絕大部分方差的坐標軸,。事實上,。 云生物數(shù)據(jù)分析需要多久？廣東成果發(fā)表指導數(shù)據(jù)科學歡迎咨詢

數(shù)據(jù)要求：RNA-seq和ChIP-seq等數(shù)據(jù),。應(yīng)用示例：文獻1：Genomic landscape and evolution of metastatic chromophobe renal cell carcinoma.（于2017年6月發(fā)表在JCI Insight.,，影響因子6.041）。本文對轉(zhuǎn)移性腎嫌色細胞*進行了系統(tǒng)的基因組研究,，文中繪制基因流覽圖對整個基因組數(shù)據(jù)進行了可視化,。轉(zhuǎn)移性腎嫌色細胞*的基因組景觀和演化。 云南組學實驗數(shù)據(jù)科學方案文稿投稿2個月online 發(fā)表,。

    CNV(拷貝數(shù)變異分析)：CNV（copy-numbervariant）是指拷貝數(shù)目變異,，也稱拷貝數(shù)目多態(tài)性（copy-numberpolymorphism，CNP）,，是一個大小介于1kb至3MB的DN**段的變異,，在人類及動植物基因組中***分布，主要表現(xiàn)為亞顯微水平的缺失或重復,。CNV是近年來基因組學的研究熱點,，是許多人類疾病（如**,、遺傳性疾病,、心血管疾病等）發(fā)***展的重要分子機制之一。CNV的分析多見于易于發(fā)生染色體結(jié)構(gòu)變異的**研究中,，也可用于復雜的神經(jīng)精神疾病的病因?qū)W研究,，如智力障礙、帕金森病和孤獨癥等,，也可用于其他疾病的易感性分析,，如銀屑病、克羅恩病和一些自身免疫系統(tǒng)疾病,。CNV研究既可用于單個的病例分析,，找到遺傳高度異質(zhì)性的個體致病的遺傳學基礎(chǔ)，如智力低下的病因診斷,；也可用于大量的病例一對照分析,，患病群體的常見CNV變異研究，還可用于**家系的研究,，如疾病相關(guān)新發(fā)CNV的研究,。基本原理目前主流的CNV檢驗方法有RNA-seq和SNPArray，已有研究表明使用轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析到的CNV情況和,。CNV分析的**步為篩選somaticCNVs,。對正常人來說，基因組應(yīng)該是二倍體的,，所以凡是測到非2倍體的地方都是CNV,。但是CNV本身就是人群遺傳物質(zhì)多樣性的體現(xiàn)，所以對**樣本來說,。

    cancersubtype**亞型分析：**的傳統(tǒng)分型被***使用,，但是有些分類與生存預后并沒有明顯的關(guān)系，因此需要研究人員開發(fā)有效的分類器對疾病進行針對性指導***,。通過對分子譜與臨床信息的綜合性研究,，重新定義**亞型，并對新定**分型進行分析,，明確各亞型的發(fā)病機制和預后情況的差異,。基本原理：使用SNFCC+與HC和NMF算法進行分子分型,，然后進行分型之間的比較,。CancerSubtypes包含以下5種計算方法對基因組數(shù)據(jù)進行**分子分型鑒定：術(shù)語解讀：SNFCC+：相似網(wǎng)絡(luò)融合加一致聚類(Similaritynetworkfusionplusconsensusclustering)HC：層次聚類(Hierarchicalclustering)NMF：非負矩陣分解(Non-negativematrixfactorization)DEG：差異表達基因數(shù)據(jù)要求：芯片數(shù)據(jù)。 云生物深度理解科研需求,、強大分析處理能力,。

三角坐標統(tǒng)計圖是采用數(shù)字坐標形式來表現(xiàn)三項要素的數(shù)字信息圖像。三角形坐標圖常用百分數(shù)（%）來表示某項要素與整體的結(jié)構(gòu)比例,。三條邊分別表示三個不同分量,，三個頂點可以看作是三個原點。三角圖可以展示某特定值在一個整體中不同類型的分布,。在生物信息中三角圖可以方便地展示3種不同疾病或者3個不同分組之間某個指標的相關(guān)性。

數(shù)據(jù)要求

多個樣本的三個變量值,，或者多個基因在三個不同分組中的數(shù)據(jù)值,，可以是突變頻率數(shù)據(jù)、基因表達數(shù)據(jù),、甲基化數(shù)據(jù)等,。 微生物多樣性分析桌面軟件。廣東生物/藥物信息學分析數(shù)據(jù)科學服務(wù)

數(shù)據(jù)庫建設(shè),、公共數(shù)據(jù)庫挖掘,。廣東成果發(fā)表指導數(shù)據(jù)科學歡迎咨詢

sankey

桑基圖（sankey）是一種數(shù)據(jù)流圖,，每條邊**一條數(shù)據(jù)流,，寬度**數(shù)據(jù)流的大小。一套數(shù)據(jù)集可能有多重屬性，每層屬性之間有交叉,，就可以用這種圖來展示,。一般應(yīng)用場景：分組與基因為多對多關(guān)系，展示高頻突變基因所處的分組,；miRNA和靶基因的關(guān)系,；人群按性別、年齡,、家族史等特征分組,，展示不同分組得**的規(guī)律。

數(shù)據(jù)要求：

多個分組及其關(guān)系,，包括且不限于基因表達,、突變。

下游分析：

1.   補充展示部分的已有相關(guān)研究

2.   解釋展示部分對研究課題的意義 廣東成果發(fā)表指導數(shù)據(jù)科學歡迎咨詢