微生物定植對腸道免疫和代謝相關(guān)基因DNA甲基化的影響——團(tuán)隊(duì)成員發(fā)表

Early microbial colonization

affects DNA methylation of genes related to intestinal immunity and metabolism

in preterm pigs. DNA Res. 2018 Jan 19. (IF= 5.415)

我們以早產(chǎn)幼豬為模型,，采用RRBS測序,，比較正常(CON,

n=7) 和口服*** (AB, n=7)早產(chǎn)豬的腸道DNA甲基化差異，發(fā)現(xiàn)***減少了細(xì)菌密度及多樣性,，同時改變了DNA甲基化水平,。其中與先天免疫應(yīng)答、吞噬,、內(nèi)皮穩(wěn)態(tài)和組織代謝等相關(guān)基因的DNA甲基化和表達(dá)存在***的差異,。這種有賴腸道菌群的表觀遺傳修飾參與調(diào)控腸道免疫及營養(yǎng)代謝等，可能對早產(chǎn)兒的短期和長期的腸道健康至關(guān)重要,。 6mA在細(xì)菌,、藻類及動植物基因組中存在,。遼寧850K芯片技術(shù)服務(wù)服務(wù)

    全基因組甲基化測序(WholeGenomeBisulfiteSequencing,WGBS)是結(jié)合重亞硫酸鹽Bisulfite處理和高通量測序,，對有參考基因組進(jìn)行全基因組的單堿基分辨率的甲基化檢測“金標(biāo)準(zhǔn)”方案,，***用于人、哺乳動物及農(nóng)林牧漁方向的高水平甲基化研究,。WGBS滿足全基因組DNA甲基化圖譜及疾病關(guān)聯(lián)分析,、基因調(diào)控分析,、疾病的甲基化標(biāo)志物篩選等探索性課題的研究。靈長類早期著床前胚胎發(fā)育中的DNA甲基化重編程研究——(團(tuán)隊(duì)成員發(fā)表).(IF=)靈長類胚胎發(fā)生的關(guān)鍵表觀遺傳調(diào)控需要DNA甲基化重編程。我們首先建立了基于轉(zhuǎn)座酶的超微量WGBS測序技術(shù),，詳細(xì)研究了獼猴早期著床前胚胎7個階段(Sperm,、Oocytes、Zygotes,、2-cell、8-cell,、Morula和ICM)的DNA甲基化動態(tài)變化過程,。******闡明了DNA甲基化動力學(xué)的“盈與虧”階段特征，并通過DNA甲基轉(zhuǎn)移酶功能缺失實(shí)驗(yàn)表明DNA甲基化影響早期猴胚胎發(fā)育,。 上海技術(shù)服務(wù)專業(yè)服務(wù)RRBS用于人,、哺乳動物及魚類方向的高水平甲基化研究,。

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    雖然焦磷酸測序可以進(jìn)行單個位點(diǎn)甲基化程度的精確定量，但是目前來看,，測序的片段長度還比較短，只有一百多bp,，其中有效長度約為60bp,。以上是對幾種常用的特異位點(diǎn)甲基化檢測方法進(jìn)行了介紹及比較，還有一些檢測技術(shù)是在常用的檢測手段上進(jìn)行優(yōu)化或者將不同的方法進(jìn)行結(jié)合應(yīng)用,，比如以MSP方法為基礎(chǔ),，發(fā)展了SMART-MSP技術(shù)，該技術(shù)利用定量技術(shù)對MSP擴(kuò)增過程進(jìn)行檢測,，同時后續(xù)結(jié)合HRM技術(shù)來分析甲基化差異,。此外，利用質(zhì)譜平臺進(jìn)行甲基化檢測的有MALDI-TOF技術(shù),，可以對甲基化進(jìn)行精確檢測并能進(jìn)行高通量篩選,。從對這些技術(shù)的比較分析來看,，沒中檢測技術(shù)都有各自的優(yōu)點(diǎn)，并也存在一定的局限性,，研究者可以根據(jù)自己的實(shí)際研究情況進(jìn)行選擇。在特異甲基化位點(diǎn)檢測上,，能夠提供BSP、HRM及焦磷酸測序三種技術(shù)的完整的檢測服務(wù)，具有豐富的經(jīng)驗(yàn),，幫助客戶加速甲基化研究進(jìn)程,。 在哺乳動物中CpG以兩種形式存在,。

    焦磷酸測序(Pyrosequencing)隨著技術(shù)的不斷改進(jìn),，現(xiàn)在認(rèn)為焦磷酸測序技術(shù)（Pyrosequencing）是甲基化檢測新的金標(biāo)準(zhǔn),。焦磷酸測序作為一種新的序列分析技術(shù),，能夠快速地檢測甲基化的頻率,，對樣品中的甲基化位點(diǎn)進(jìn)行定性及定量檢測，為甲基化研究提供了新的途徑,。在序列延伸過程中,，根據(jù)C和T的摻入量來定量確定單個位點(diǎn)的C-T比例,。因此,，不同位點(diǎn)的甲基化變異就能被準(zhǔn)確檢測,，并給出精確的甲基化程度的數(shù)據(jù),。QIAGEN公司在焦磷酸測序的應(yīng)用上具有明顯的優(yōu)勢,，目前提供三種焦磷酸測序儀器,，通量由低到高,，適合不同的應(yīng)用。PyroMarkQ24的強(qiáng)項(xiàng)在于可對多達(dá)24個樣品進(jìn)行焦磷酸測序。需要大樣品量的應(yīng)用更適合在PyroMarkQ96ID上進(jìn)行,。在考慮到處理成百上千個樣品所需的大量試劑時,，運(yùn)行通量**化可能會使實(shí)驗(yàn)成本變得很高,。而PyroMarkQ96MD裝有一臺高度靈敏的光檢測攝像頭，可以在減少試劑量的情況下對少量的DNA模板進(jìn)行準(zhǔn)確測序,。這些不同平臺的推出,，對于我們實(shí)際研究提供了更有效的檢測手段,。 人類基因組有約56M的CpG位點(diǎn),，CpG島約3萬個,。上海技術(shù)服務(wù)專業(yè)服務(wù)

5hmc是發(fā)現(xiàn)的一種修飾堿基,，成為哺乳動物的“第六堿基”,。遼寧850K芯片技術(shù)服務(wù)服務(wù)

    全基因組甲基化測序（WholeGenomeBisulfiteSequencing,WGBS）是將重亞硫酸鹽Bisulfite處理和高通量測序技術(shù)相結(jié)合,，對有參考基因組進(jìn)行全基因組范圍的單堿基分辨率的甲基化測序,，是DNA甲基化檢測的“金標(biāo)準(zhǔn)”。WGBS滿足全基因組DNA甲基化圖譜及疾病關(guān)聯(lián)分析,、基因調(diào)控分析,、疾病的甲基化標(biāo)志物篩選等探索性課題的研究。技術(shù)優(yōu)勢DNA甲基化檢測**有力的工具單堿基分辨率,，檢測每個C堿基的甲基化狀態(tài)全基因組范圍,，**限度地獲得甲基化信息適合所有有參考基因組的物種適合各種類型的樣本樣本要求：基因組DNA:>=3ug；樣品濃度>30ng/ul,；無RNA和蛋白污染建庫測序：測序策略：IlluminaHiSeq,PE150,；測序深度：>=30X信息分析基于全基因組范圍的甲基化分析，數(shù)據(jù)質(zhì)控,，5mCCalling,，5mC在基因組,、染色體、功能元件上的分布,，多樣本甲基化差異聚類,，差異甲基化DMR鑒定及相關(guān)基因的功能分析，結(jié)合項(xiàng)目背景和科學(xué)問題的數(shù)據(jù)亮點(diǎn)挖掘,。 遼寧850K芯片技術(shù)服務(wù)服務(wù)