Agilent平臺因為MeDIP技術(shù)本身的特點，都不能到達單堿基的分辨率,，而Illumina的Infinium和GoldenGate檢測技術(shù)卻做得到,。Illumina的Infinium甲基化檢測技術(shù)來源與前期的SNP檢測，采用的是單堿基延伸的原理,。分析利用兩個位點特異的探針檢測這些序列差異的位點,，一個探針是為甲基化位點(M磁珠類型)設(shè)計的，而另一個是為未甲基化位點(U磁珠類型)設(shè)計的,。探針的單堿基延伸摻入了一個標記的ddNTP,，它隨后被熒光試劑染色。通過計算甲基化與未甲基化位點的熒光信號比例,，可確定檢測位點的甲基化水平,。Illumina公司早期推出的InfiniumHumanMethylation27BeadChip芯片覆蓋27,578個CpG位點。這款芯片在醫(yī)學領(lǐng)域有***的應(yīng)用,，除了和**相關(guān)的甲基化篩選之外,，也能用于其他疾病相關(guān)甲基化檢測。因此對這款產(chǎn)品,，研究者給予了很高的評價,，目前此產(chǎn)品已停產(chǎn)，取而代之的是InfiniumHumanMethylation450BeadChip芯片,。它以單堿基分辨率覆蓋了基因組中超過45萬個甲基化位點,，實現(xiàn)了基因區(qū)域和CpG島的***覆蓋,。此外，還包括CpG島之外的CpG位點,，在人類干細胞中鑒定出的非CpG甲基化位點,，以及**和正常組織中差異表達的甲基化位點等等。它的高覆蓋度,、高通量以及低價格,。 N6-甲基脫氧腺苷是原核生物和真核生物的DNA修飾類型之一。上海焦磷酸測序技術(shù)服務(wù)口碑推薦

industryTemplate陜西WGBS技術(shù)服務(wù)共同合作甲基化驗證方案是TBS,。

甲基化敏感性高分辨率熔解曲線分析(MS-HRM)

通過熔解曲線分析可以將單堿基序列的差異轉(zhuǎn)變成熔解曲線的差異,，因此DNA樣本經(jīng)過亞硫酸氫鹽處理后，甲基化與未甲基化DNA會存在序列差異,，這種差異可通過熔解曲線分析來發(fā)現(xiàn),。使用該方法進行甲基化分析*需一對引物，相對簡單,，不過這種方法對儀器的要求頗高,，需要帶HRM模塊的熒光定量PCR儀，并且在進行實時定量PCR過程中,，需要使用飽和的熒光染料,。利用MS-HRM技術(shù)進行甲基化檢測只能對檢測片段整體甲基化情況進行分析，并不能明確每個CpG位點的甲基化狀態(tài),。因此這種技術(shù)適用于大量樣本的檢測,，篩選出感興趣的CPG位點，然后利用其他方法進行單個位點的精確檢測及甲基化程度的精確定量,。

    6mAIP-Seq送樣要求一、送樣類型基因組DNA,、動植物組織(包含藻類等)二,、保存方式基因組DNA、動植物組織(包含藻類)：放-20℃冰箱中保存,，或者放-80℃冰箱中長期保存(1年以內(nèi)),；保存期間避免反復(fù)凍融。三,、運輸條件1,、基因組DNA：冰袋或者干冰運輸；2,、植物組織(包含藻類)：干冰運輸,，順豐陸運（3-4天時間），夏季10-15公斤干冰,；秋冬季10公斤干冰,；四、樣本量要求1、基因組DNA：不少于6ug1）提供樣本DNA完整性質(zhì)檢結(jié)果,，例如瓊脂糖凝膠電泳或者Agilent2100電泳等,；2）提取基因組DNA，要加RNA酶,，去除RNA污染;3）提取基因組DNA,，溶到TE或者elutionbuffer,避免溶解到純水；樣本體積不超過100ul;4）提供Qubit檢測濃度,，基于OD值的檢測方法,，例如NanoDrop,會嚴重高估濃度。2,、植物組織(包含藻類)：1g以上;植物組織,，不同組織，送樣量不同植物組織：從植物體上,，取下新鮮組織,，用清水將材料表面的灰塵或泥土沖洗干凈，吸干,；取不少于1g葉片等組織,，對于果實等含糖很高的組織，送樣前需要咨詢技術(shù)人員,。3,、動物組織：30mg以上用預(yù)冷的1×PBS溶液洗掉組織表面殘留的血液；取不少于30mg（1/2綠豆大?。┙M織塊,，放置-20℃冰箱中保存，或者放-80℃冰箱中長期保存(1年以內(nèi)),。 RRBS開發(fā)的初衷就是為人和哺乳動物,，提供全基因組范圍的、高性價比的甲基化檢測金標準方案,。

聯(lián)合亞硫酸氫鈉的限制性內(nèi)切酶分析法（COBRA）

這種方法是將亞硫酸氫鹽處理與酶切相結(jié)合來進行甲基化檢測,。DNA樣本經(jīng)亞硫酸氫鹽處理后，利用PCR擴增,。擴增產(chǎn)物純化后用限制性內(nèi)切酶（BstUI）消化,。若其識別序列中的C發(fā)生完全甲基化(5mCG5mCG)，則 PCR擴增后保留為CGCG,，BstU I能夠識別并進行切割,；若待測序列中，C未發(fā)生甲基化,，則PCR后轉(zhuǎn)變?yōu)門GTG,，BstUI識別位點丟失,，不能進行切割。這樣酶切產(chǎn)物再經(jīng)電泳分離,、探針雜交,、掃描定量后即可計算出原樣本中甲基化的比例。

這種方法**的優(yōu)點就是相對簡單,，可進行快速定量,，且需要的樣本量少。然而,，它的局限性也十分明顯,，只能獲得特殊酶切位點的甲基化情況，且陰性結(jié)果并不能排除樣品DNA中存在甲基化的可能,。 羥甲基化DNA免疫沉淀測序是通過5hmC特異性抗體富集結(jié)合高通量測序技術(shù),。山東單細胞測序技術(shù)服務(wù)專業(yè)服務(wù)

焦磷酸測序能提供雜合子缺失及細菌和病毒分型等技術(shù)服務(wù)。上海焦磷酸測序技術(shù)服務(wù)口碑推薦

    甲基化是表觀修飾的重要部分,，DNA甲基化可以引起DNA構(gòu)象,、穩(wěn)定性及DNA與蛋白質(zhì)相互作用方式的改變，從而影響基因表達,。DNA鏈中含有很多CpG結(jié)構(gòu),，雙鏈DNACpG中的胞嘧啶五位碳原子通常容易被甲基化，基因組中60~90%的CpG都被甲基化,，未甲基化的CpG成簇出現(xiàn)在基因啟動子**序列或者轉(zhuǎn)錄起始位點,。DNA甲基化轉(zhuǎn)移酶可以催化CpG的甲基化反應(yīng)。DNA甲基化轉(zhuǎn)移酶有兩種,，Dnmt1是一種持續(xù)性甲基化轉(zhuǎn)移酶,，作用于只有一條鏈甲基化的DNA雙鏈，使其完全甲基化,，參與DNA復(fù)制過程中新合成鏈的甲基化修飾,；Dnmt3a/Dnmt3b是一種從頭甲基化轉(zhuǎn)移酶，可以在CpG上產(chǎn)生新的甲基化修飾,，首先半甲基化,，繼而全甲基化,，該甲基化轉(zhuǎn)移酶可能參與細胞生長分化的調(diào)控,，在**基因甲基化中起到重要作用。近年來CRISPR/Cas9技術(shù)得到快速發(fā)展,，在基因切割活性失活的dCas9的5’端融合一個Dnmt3a,，能夠通過dCas9介導(dǎo)特定位點的甲基化修飾，調(diào)控相關(guān)基因的表達,。 上海焦磷酸測序技術(shù)服務(wù)口碑推薦