甲基化特異性PCR（MS-PCR）

DNA在亞硫酸氫鹽作用后,，DNA CpG若無(wú)甲基化,，則序列中的C改變?yōu)閁，若有甲基化則保持不變,，因此從理論上講,，用不同的引物做PCR，即可檢測(cè)出這種差異,，從而確定基因有無(wú)CpG島甲基化,。因此根據(jù)目的基因修飾前后的改變，就可以相應(yīng)設(shè)計(jì)M和U引物,，有時(shí)我們需要設(shè)計(jì)兩輪引物,。

這種方法靈敏度高，無(wú)需特殊儀器,，因此經(jīng)濟(jì)實(shí)用,，是目前應(yīng)用**為***的檢測(cè)方法,。不過(guò)也存在一定的局限性，預(yù)先需要知道待測(cè)片段的DNA序列,，引物的設(shè)計(jì)非常重要,。另外，亞硫酸氫鹽處理也十分關(guān)鍵,，若處理不完全則可能導(dǎo)致假陽(yáng)性的出現(xiàn),。 DNA甲基化是生物界神奇的“帽子”。遼寧RIP-seq技術(shù)服務(wù)口碑推薦

    將待測(cè)DNA經(jīng)過(guò)亞硫酸鹽處理,，通過(guò)PCR擴(kuò)增過(guò)程引入T7啟動(dòng)子序列,，經(jīng)T7DNA聚合酶的體外轉(zhuǎn)錄過(guò)程得到各樣本RNA產(chǎn)物，經(jīng)堿基特異性酶切處理,，得到RNA小片段,，并用飛行質(zhì)譜檢測(cè)每個(gè)片段的分子量，***EpiTYPER程序完成數(shù)據(jù)的自動(dòng)化處理并報(bào)告每個(gè)檢測(cè)片段的甲基化程度,。技術(shù)優(yōu)勢(shì)·檢測(cè)片段長(zhǎng)：擴(kuò)增片段長(zhǎng)度可達(dá)500bp·高靈敏度：可發(fā)現(xiàn)低至5%甲基化水平,，樣本起始量低至10ng?！ぶ貜?fù)性好：變異系數(shù)CV≤5%,。·高性價(jià)比：用384孔板進(jìn)行PCR反應(yīng),，一個(gè)擴(kuò)增產(chǎn)物可以進(jìn)行多重CpG位點(diǎn)分析,，無(wú)需后續(xù)驗(yàn)證，可直接用于文章發(fā)表,。服務(wù)內(nèi)容1.根據(jù)客戶提供的序列信息進(jìn)行預(yù)評(píng)估,；2.進(jìn)行樣本DNA的分離、純化,、質(zhì)檢及亞硫酸鹽修飾,。3.使用特殊設(shè)計(jì)的一對(duì)引物擴(kuò)增樣本，得到帶有T7RNA聚合酶啟動(dòng)子序列的擴(kuò)增產(chǎn)物,。4.在體外轉(zhuǎn)錄體系中,，利用T7RNA聚合酶，將擴(kuò)增產(chǎn)物轉(zhuǎn)錄為RN**斷,。5.利用RNaseA能夠特異性識(shí)別并切割RNA中U3’端的特性,，將RN**斷切割成攜帶有CpG位點(diǎn)的小片斷。6.使用sequenom®MassArray飛行質(zhì)譜分析系統(tǒng)檢測(cè)產(chǎn)物,。由于同一片斷中，只有CpG和CpA之間16Da的分子量差別,，即質(zhì)譜圖中兩者峰的差距,。 江蘇MeDIP-Seq技術(shù)服務(wù)經(jīng)驗(yàn)豐富不同的芯片平臺(tái),，各自的實(shí)驗(yàn)過(guò)程也是不一樣的。

    cfDNABS-Seq送樣要求一,、送樣類型分離好的血漿二,、保存方式分離后的血漿，用ml離心管分裝,，例如：1ml/管,；放-20℃冰箱中保存（短暫保存，1-2周）,；放-80℃冰箱中長(zhǎng)期保存(1年以內(nèi)),；保存期間不能凍融。三,、運(yùn)輸條件干冰運(yùn)輸：順豐陸運(yùn)（3-4天時(shí)間）,，夏季10-15公斤干冰；秋冬季10公斤干冰四,、抽血要求1,、使用Streck**管（不建議使用普通的EDTA-鈉抗凝管），采集10ml外周靜脈血（客戶沒(méi)有Streck**管,，公司配送）,；2、室溫或者放置4℃冰箱中半小時(shí)以上,，不超過(guò)8小時(shí),，進(jìn)行血漿分離步驟五、血漿分離步驟1,、4℃條件下以1600g離心10min,，離心后將上清（血漿）分裝到2、4℃條件下以16000g離心10min去除殘余細(xì)胞,，將上清移入新的離心管中,，每管分裝1ml;3、血漿樣本存放于-80℃冰箱中保存;使用干冰運(yùn)輸,提取之前不能凍融,。備注1：血漿分離在4℃條件進(jìn)行,，如果客戶沒(méi)有冷凍離心機(jī)，也可以在室溫條件下進(jìn)行,；備注2：離心后取血漿上清,，避免吸取白細(xì)胞；通常10ml全血可以獲得4-5ml血漿,。

發(fā)育基因的表觀突變是養(yǎng)殖歐洲鱸魚(yú)開(kāi)始馴化的基礎(chǔ)

Epimutations in developmental

genes underlie the onset of domestication in farmed European sea bass. Mol Biol Evol. 2019 May 30 (IF= 14.797)

本研究通過(guò)RRBS測(cè)序,，比較了早期馴化的

(n=12)與野生的(n=12)

歐洲鱸魚(yú)在馴化過(guò)程中DNA甲基化變化，發(fā)現(xiàn)早期馴化的鱸魚(yú)與野生的沒(méi)有遺傳差異,，但在不同胚胎起源的組織中發(fā)生DNA甲基化變化,。這些甲基化突變與經(jīng)過(guò)25年選擇性育種后的胞嘧啶至胸腺嘧啶多態(tài)性***重疊,，表觀突變基因與正選擇基因一致。結(jié)果表明馴化初始階的表觀變異是一個(gè)重要事件,。 在哺乳動(dòng)物中CpG以兩種形式存在,。

熒光定量法（Methylight）

這種技術(shù)是在MSP技術(shù)上發(fā)展起來(lái)的，在MSP擴(kuò)增過(guò)程中利用熒光染料進(jìn)行定量,。TaqMan? 探針?lè)ǖ膽?yīng)用使得該技術(shù)具有更高的精確性,。其原理與SNP檢測(cè)類似，針對(duì)亞硫酸氫鹽處理之后的DN**段,，在甲基化位點(diǎn)上會(huì)存在單堿基的差異,，根據(jù)這種差異進(jìn)行探針設(shè)計(jì)，隨后進(jìn)行實(shí)時(shí)定量PCR,，就能夠檢測(cè)甲基化的差異,。這種方法**的優(yōu)勢(shì)在于其高敏感性和較高通量，且無(wú)需在PCR后電泳,、雜交等操作,，減少了污染和操作誤差。但是TaqMan? 探針訂購(gòu)費(fèi)用較高,，適用于少數(shù)位點(diǎn)大量樣本篩選,。 通過(guò)甲基化數(shù)據(jù)與耐藥基因Panel數(shù)據(jù)聯(lián)合分析。遼寧RIP-seq技術(shù)服務(wù)口碑推薦

焦磷酸測(cè)序能提供基于序列測(cè)定的SNP檢測(cè),、等位基因頻率分析和甲基化檢測(cè),。遼寧RIP-seq技術(shù)服務(wù)口碑推薦

GOS2基因靶向甲基化測(cè)序確定了一種快速?gòu)?fù)發(fā)、常規(guī)致死的腎上腺皮質(zhì)*亞型

Targeted Assessment of G0S2

Methylation Identifies a Rapidly Recurrent, Routinely Fatal Molecular Subtype

of Adrenocortical Carcinoma. Clin Cancer Res. 2019; 25(11):3276-3288.

(IF= 10.199)

研究者分析了ACC-TCGA數(shù)據(jù),，在114例腎上腺皮質(zhì)**的**隊(duì)列中鑒定了一個(gè)在CIMP高ACC中***被高甲基化并沉默的基因G0S2,，并通過(guò)高通量BSP得到驗(yàn)證。G0S2基因CpG島高甲基化**預(yù)測(cè)不良臨床后果,，是ACC快速?gòu)?fù)發(fā)或致死的標(biāo)志,。評(píng)估G0S2甲基化對(duì)臨床決策是直接可行的，并有助于對(duì)侵襲性ACC進(jìn)行有效輔助***,。 遼寧RIP-seq技術(shù)服務(wù)口碑推薦