DNA羥甲基化(5hmC)是被認(rèn)為是哺乳動物基因組上的第六堿基。Bisulfite-Seq并不能區(qū)分甲基化(5mC)和羥甲基化(5hmC),，實(shí)際上是5mC和5hmC兩種修飾的混合信號，而通過氧化亞硫酸鹽測序(oxidativebisulfitesequencing,oxBS-Seq)，先將5hmC氧化為甲?；揎?5fC)，進(jìn)而被亞硫酸鹽轉(zhuǎn)換為堿基U,，實(shí)現(xiàn)DNA甲基化的精細(xì)檢測,。而同時(shí)對樣本進(jìn)行BS-Seq和oxBS-Seq測序則可實(shí)現(xiàn)對5hmC全基因組，單堿基分辨率的檢測,，是羥甲基化檢測的金標(biāo)準(zhǔn)方案,。(12):1730-1741.(IF=)作者利用全基因組氧化-亞硫酸鹽測序(WGBS/oxWGBS)得到了肝臟和肺以及配對**組織的全基因組DNA甲基化和羥甲基化圖譜。在活躍的基因中,，5hmC在CpGIslandshore中呈***富集狀態(tài),，而在CpGIsland中則呈稀缺狀態(tài)。對啟動子,、基因體和轉(zhuǎn)錄終止區(qū)域的羥甲基化分析,，羥甲基化與基因表達(dá)有很強(qiáng)的正相關(guān)，這表明5hmC是活躍基因的標(biāo)記,，并且可以在由DNA去甲基化調(diào)節(jié)的基因表達(dá)中發(fā)揮作用,。 cfDNA，cell free DNA,，就是血液中游離的自身DNA,。上海WGBS技術(shù)服務(wù)售后服務(wù)

    甲基化-焦磷酸測序（升級版）之前的儀器是Q96，也就是說同時(shí)可以上96個(gè)反應(yīng),，但是有效讀長只有50bp左右（50bp之后開始衰減,，后面的序列只能作為參考）；升級版的Q48,，也就是48孔,，每次上48個(gè)反應(yīng)，但有效長度可以到100bp左右,，而且之前很多不能測過去的特殊結(jié)構(gòu),，現(xiàn)在大部分也能測了。甲基化--------焦磷酸測序的優(yōu)勢,。樣品要求·樣品類型細(xì)胞,、新鮮組織或DNA樣品·樣品量細(xì)胞樣品請?zhí)峁┲辽?×106個(gè)細(xì)胞,，組織樣品請?zhí)峁┲辽?00mg的組織塊或切片，DNA樣品請?zhí)峁?μg以上的DNA·樣品質(zhì)量基因組DNA無明顯降解,，主帶清晰,，大于23Kb，無明顯彌散,。OD260/280值在～,，濃度≥50ng/μl·樣品保存細(xì)胞樣品或新鮮組織塊（切成～50mg的小塊）可液氮凍存后，-80℃保存,。DNA樣品可溶于乙醇或超純水中,，-80℃保存。樣品保存期間避免反復(fù)凍融·樣品運(yùn)輸樣品置于ml凍存管中,，封口膜封好,。 浙江MeDIP-Seq技術(shù)服務(wù)售后分析芯片平臺作為目前比較成熟的篩選工具。

    芯片平臺作為目前比較成熟的篩選工具,，已經(jīng)在很多領(lǐng)域有了相應(yīng)的應(yīng)用,。多家芯片公司在DNA甲基化這塊兒有了相應(yīng)的產(chǎn)品提供，其中應(yīng)用**為***的就Agilent平臺和Illumina平臺,，相應(yīng)的產(chǎn)品包括AgilentHumanCpGIslandMicroarrayKit,，InfiniumHumanMethylation27BeadChip和InfiniumHumanMethylation450KBeadChip。另外RocheNimbleGen和Affymetrix也有相應(yīng)的芯片推出,，但是NimbleGen的芯片今年下半年已經(jīng)停產(chǎn),。不同的芯片平臺，各自的實(shí)驗(yàn)過程也是不一樣的,。安捷倫前期采用的甲基化DNA免疫共沉淀（MeDIP）技術(shù),。將基因組DNA分成兩份，一份用來做MeDIP,，另一份作為對照,。兩個(gè)樣品都標(biāo)記熒光(富集的樣品用Cy5標(biāo)記，對照用Cy3標(biāo)記),，然后與芯片雜交,。芯片上每個(gè)探針的Cy5/Cy3強(qiáng)度比例顯示出該區(qū)域的甲基化程度。

    焦磷酸測序（Pyrosequencing）技術(shù)服務(wù)基于QIAGEN公司的PyroMarkQ96ID平臺,，能提供基于序列測定的SNP檢測,、等位基因頻率分析和甲基化檢測，雜合子缺失及細(xì)菌和病毒分型等技術(shù)服務(wù),。樣品要求·樣品類型細(xì)胞,、新鮮組織或DNA樣品·樣品量細(xì)胞樣品請?zhí)峁┲辽?×106個(gè)細(xì)胞,，組織樣品請?zhí)峁┲辽?00mg的組織塊或切片,，DNA樣品請?zhí)峁?μg以上的DNA·樣品質(zhì)量基因組DNA無明顯降解,，主帶清晰，大于23Kb,，無明顯彌散,。OD260/280值在～，濃度≥50ng/μl·樣品保存細(xì)胞樣品或新鮮組織塊（切成～50mg的小塊）可液氮凍存后,，-80℃保存,。DNA樣品可溶于乙醇或超純水中，-80℃保存,。樣品保存期間避免反復(fù)凍融·樣品運(yùn)輸樣品置于ml凍存管中,，封口膜封好，干冰運(yùn)輸,。 甲基化驗(yàn)證方案是TBS,。

DNA甲基化作為表觀遺傳學(xué)研究的重要范疇，已經(jīng)越來越受到研究者的關(guān)注,。近些年來,，隨著DNA甲基化與組蛋白甲基化的聯(lián)合作用機(jī)制、RNA干擾機(jī)制及去甲基化機(jī)制的發(fā)現(xiàn),，使得DNA甲基化研究受到***關(guān)注,，從醫(yī)學(xué)領(lǐng)域擴(kuò)展到動植物研究當(dāng)中，同時(shí)在研究方法上也取得了很大的突破?，F(xiàn)在用于DNA甲基化檢測的方法大概有十多種,，從應(yīng)用上來分，大致可以分成兩類：全基因組甲基化分析及特異位點(diǎn)甲基化檢測,。下面,，我們就這兩大類檢測技術(shù)進(jìn)行分析比較，以便于在實(shí)際的科研工作中進(jìn)行選擇,。羥甲基化DNA免疫沉淀測序是通過5hmC特異性抗體富集結(jié)合高通量測序技術(shù),。遼寧焦磷酸測序技術(shù)服務(wù)方案

5hmc是發(fā)現(xiàn)的一種修飾堿基，成為哺乳動物的“第六堿基”,。上海WGBS技術(shù)服務(wù)售后服務(wù)

GOS2基因靶向甲基化測序確定了一種快速復(fù)發(fā),、常規(guī)致死的腎上腺皮質(zhì)*亞型

Targeted Assessment of G0S2

Methylation Identifies a Rapidly Recurrent, Routinely Fatal Molecular Subtype

of Adrenocortical Carcinoma. Clin Cancer Res. 2019; 25(11):3276-3288.

(IF= 10.199)

研究者分析了ACC-TCGA數(shù)據(jù)，在114例腎上腺皮質(zhì)**的**隊(duì)列中鑒定了一個(gè)在CIMP高ACC中***被高甲基化并沉默的基因G0S2,，并通過高通量BSP得到驗(yàn)證,。G0S2基因CpG島高甲基化**預(yù)測不良臨床后果，是ACC快速復(fù)發(fā)或致死的標(biāo)志,。評估G0S2甲基化對臨床決策是直接可行的,，并有助于對侵襲性ACC進(jìn)行有效輔助***。 上海WGBS技術(shù)服務(wù)售后服務(wù)