cfDNABS-Seq送樣要求一,、送樣類型分離好的血漿二,、保存方式分離后的血漿,，用ml離心管分裝，例如：1ml/管,；放-20℃冰箱中保存（短暫保存,，1-2周）,；放-80℃冰箱中長期保存(1年以內(nèi)),；保存期間不能凍融,。三、運輸條件干冰運輸：順豐陸運（3-4天時間）,，夏季10-15公斤干冰,；秋冬季10公斤干冰四、抽血要求1,、使用Streck**管（不建議使用普通的EDTA-鈉抗凝管）,，采集10ml外周靜脈血（客戶沒有Streck**管，公司配送）,；2、室溫或者放置4℃冰箱中半小時以上,，不超過8小時,，進行血漿分離步驟五、血漿分離步驟1,、4℃條件下以1600g離心10min,，離心后將上清（血漿）分裝到2、4℃條件下以16000g離心10min去除殘余細(xì)胞,，將上清移入新的離心管中,，每管分裝1ml;3、血漿樣本存放于-80℃冰箱中保存;使用干冰運輸,提取之前不能凍融,。備注1：血漿分離在4℃條件進行,，如果客戶沒有冷凍離心機,，也可以在室溫條件下進行；備注2：離心后取血漿上清,，避免吸取白細(xì)胞,；通常10ml全血可以獲得4-5ml血漿。 人類基因組有約56M的CpG位點,，CpG島約3萬個,。四川技術(shù)服務(wù)專業(yè)服務(wù)

技術(shù)優(yōu)勢

1、ChIP-Seq 能實現(xiàn)真正的全基因組分析,。目前所能獲得的芯片上固定的探針只能**全基因組部分序列,，所獲得的雜交信息具有偏向性。

2,、對于結(jié)合位點分析,，ChIP-Seq 通過尋找“峰”，結(jié)合分辨率可精確到10~30 bp,，而芯片上探針由于長度所限,，無法精確定位，即使目前比較高水平的商業(yè)芯片都無法提供可與ChIP-Seq 媲美的分辨率,。

3,、是所需樣本數(shù)量。ChIP-chip 需要多達4~5 μg?的起始樣本,，在雜交之前需要進行LM-PCR,，但可能導(dǎo)致背景增高，競爭性擴增等導(dǎo)致假陽性,。而ChIP-Seq *需要納克級起始材料,，如SOLiD 起始材料可低至20ng。 山東850K芯片技術(shù)服務(wù)服務(wù)RRBS用于人,、哺乳動物及魚類方向的高水平甲基化研究,。

    Agilent平臺因為MeDIP技術(shù)本身的特點，都不能到達單堿基的分辨率,，而Illumina的Infinium和GoldenGate檢測技術(shù)卻做得到,。Illumina的Infinium甲基化檢測技術(shù)來源與前期的SNP檢測，采用的是單堿基延伸的原理,。分析利用兩個位點特異的探針檢測這些序列差異的位點,，一個探針是為甲基化位點(M磁珠類型)設(shè)計的，而另一個是為未甲基化位點(U磁珠類型)設(shè)計的,。探針的單堿基延伸摻入了一個標(biāo)記的ddNTP,，它隨后被熒光試劑染色。通過計算甲基化與未甲基化位點的熒光信號比例，可確定檢測位點的甲基化水平,。Illumina公司早期推出的InfiniumHumanMethylation27BeadChip芯片覆蓋27,578個CpG位點,。這款芯片在醫(yī)學(xué)領(lǐng)域有***的應(yīng)用，除了和**相關(guān)的甲基化篩選之外,，也能用于其他疾病相關(guān)甲基化檢測,。因此對這款產(chǎn)品，研究者給予了很高的評價,，目前此產(chǎn)品已停產(chǎn),，取而代之的是InfiniumHumanMethylation450BeadChip芯片。它以單堿基分辨率覆蓋了基因組中超過45萬個甲基化位點,，實現(xiàn)了基因區(qū)域和CpG島的***覆蓋,。此外，還包括CpG島之外的CpG位點,，在人類干細(xì)胞中鑒定出的非CpG甲基化位點,，以及**和正常組織中差異表達的甲基化位點等等。它的高覆蓋度,、高通量以及低價格,。

Hepatic

stellate cell transdifferentiation involves genome-wide remodeling of the DNA

methylation landscape. J Hepatol. 2016;64(3):661-73. (IF= 14.911)

肝星狀細(xì)胞(HSC)是導(dǎo)致肝纖維化發(fā)生和進展的關(guān)鍵細(xì)胞類型。DNA羥甲基化與轉(zhuǎn)錄***有關(guān),，其模式在人類疾病中經(jīng)常發(fā)生改變,。研究者采用簡化基因組氧化-亞硫酸鹽測序(RRBS/oxRRBS)檢測靜止和******狀態(tài)的大鼠HSC細(xì)胞的5mC和5hmC水平，證實了5mC和5hmC在肝纖維化和HSC轉(zhuǎn)分化過程中的整體變化,，表明DNA甲基化/羥甲基化是HSC***的關(guān)鍵步驟,，可能會為支持纖維生成的分子事件帶來新的見解，并可能為疾病進展提供生物標(biāo)志物以及潛在的新藥物靶點,。 全基因組甲基化測序是將重亞硫酸鹽Bisulfite處理和高通量測序技術(shù)相結(jié)合,。

    全基因組甲基化測序(WholeGenomeBisulfiteSequencing,WGBS)是結(jié)合重亞硫酸鹽Bisulfite處理和高通量測序，對有參考基因組進行全基因組的單堿基分辨率的甲基化檢測“金標(biāo)準(zhǔn)”方案,，***用于人,、哺乳動物及農(nóng)林牧漁方向的高水平甲基化研究。WGBS滿足全基因組DNA甲基化圖譜及疾病關(guān)聯(lián)分析,、基因調(diào)控分析,、疾病的甲基化標(biāo)志物篩選等探索性課題的研究。靈長類早期著床前胚胎發(fā)育中的DNA甲基化重編程研究——(團隊成員發(fā)表).(IF=)靈長類胚胎發(fā)生的關(guān)鍵表觀遺傳調(diào)控需要DNA甲基化重編程,。我們首先建立了基于轉(zhuǎn)座酶的超微量WGBS測序技術(shù)，詳細(xì)研究了獼猴早期著床前胚胎7個階段(Sperm,、Oocytes,、Zygotes、2-cell,、8-cell,、Morula和ICM)的DNA甲基化動態(tài)變化過程,。******闡明了DNA甲基化動力學(xué)的“盈與虧”階段特征，并通過DNA甲基轉(zhuǎn)移酶功能缺失實驗表明DNA甲基化影響早期猴胚胎發(fā)育,。 cfDNA,，cell free DNA，就是血液中游離的自身DNA,。四川技術(shù)服務(wù)專業(yè)服務(wù)

WGBS和RRBS都是金標(biāo)準(zhǔn)技術(shù), CNS發(fā)表文章都很多,，廣發(fā)被接受。四川技術(shù)服務(wù)專業(yè)服務(wù)

    WGBS送樣要求一,、送樣類型基因組DNA,、細(xì)胞、全血,、動植物組織,、FFPE二、保存方式1,、基因組DNA,、細(xì)胞、全血,、動植物組織：放-20℃冰箱中保存,，或者放-80℃冰箱中長期保存(1年以內(nèi))；保存期間避免反復(fù)凍融,。2,、FFPE樣本：室溫保存三、運輸條件1,、基因組DNA：冰袋或者干冰運輸,；2、細(xì)胞,、全血,、組織樣本：干冰運輸，順豐陸運（3-4天時間）,，夏季10-15公斤干冰,；秋冬季10公斤干冰；3,、FFPE樣本：室溫運輸,。四、樣本量要求1,、基因組DNA：常規(guī)WGBS,，不少于2ug；微量WGBS，20ng1）提供樣本DNA完整性質(zhì)檢結(jié)果,，例如瓊脂糖凝膠電泳或者Agilent2100電泳等,；2）提取基因組DNA，要加RNA酶,，去除RNA污染,；3）提取基因組DNA，溶到TE或者elutionbuffer,避免溶解到純水,；樣本體積不超過100ul;4）提供Qubit檢測濃度,，基于OD值的檢測方法，例如NanoDrop,會嚴(yán)重高估濃度,。2,、細(xì)胞樣本：常規(guī)WGBS，不少于5x10*6個細(xì)胞,；微量WGBS,，5000個細(xì)胞1）收集貼壁或者懸浮細(xì)胞、使用預(yù)冷的1×PBS,，洗滌2次,，600g離心5分鐘；2）***一次離心后,，盡量去除上清PBS,，保留細(xì)胞沉淀;3、全血樣本：2-5ml外周血使用普通EDTA抗凝管,，避免使用肝素抗凝管,。4、動植物組織：動物組織,，30mg以上;植物組織,，不同組織。 四川技術(shù)服務(wù)專業(yè)服務(wù)