微生物定植對(duì)腸道免疫和代謝相關(guān)基因DNA甲基化的影響——團(tuán)隊(duì)成員發(fā)表

Early microbial colonization

affects DNA methylation of genes related to intestinal immunity and metabolism

in preterm pigs. DNA Res. 2018 Jan 19. (IF= 5.415)

我們以早產(chǎn)幼豬為模型,，采用RRBS測(cè)序,，比較正常(CON,

n=7) 和口服*** (AB, n=7)早產(chǎn)豬的腸道DNA甲基化差異，發(fā)現(xiàn)***減少了細(xì)菌密度及多樣性,，同時(shí)改變了DNA甲基化水平,。其中與先天免疫應(yīng)答、吞噬,、內(nèi)皮穩(wěn)態(tài)和組織代謝等相關(guān)基因的DNA甲基化和表達(dá)存在***的差異,。這種有賴腸道菌群的表觀遺傳修飾參與調(diào)控腸道免疫及營(yíng)養(yǎng)代謝等，可能對(duì)早產(chǎn)兒的短期和長(zhǎng)期的腸道健康至關(guān)重要,。 芯片數(shù)據(jù)如何與二代,、三代數(shù)據(jù)整合。cfDNA甲基化技術(shù)服務(wù)服務(wù)

    全基因組甲基化測(cè)序（WholeGenomeBisulfiteSequencing,WGBS）是將重亞硫酸鹽Bisulfite處理和高通量測(cè)序技術(shù)相結(jié)合,，對(duì)有參考基因組進(jìn)行全基因組范圍的單堿基分辨率的甲基化測(cè)序,，是DNA甲基化檢測(cè)的“金標(biāo)準(zhǔn)”。WGBS滿足全基因組DNA甲基化圖譜及疾病關(guān)聯(lián)分析,、基因調(diào)控分析,、疾病的甲基化標(biāo)志物篩選等探索性課題的研究,。技術(shù)優(yōu)勢(shì)DNA甲基化檢測(cè)**有力的工具單堿基分辨率，檢測(cè)每個(gè)C堿基的甲基化狀態(tài)全基因組范圍,，**限度地獲得甲基化信息適合所有有參考基因組的物種適合各種類型的樣本樣本要求：基因組DNA:>=3ug,；樣品濃度>30ng/ul；無(wú)RNA和蛋白污染建庫(kù)測(cè)序：測(cè)序策略：IlluminaHiSeq,PE150,；測(cè)序深度：>=30X信息分析基于全基因組范圍的甲基化分析,，數(shù)據(jù)質(zhì)控，5mCCalling,，5mC在基因組,、染色體、功能元件上的分布,，多樣本甲基化差異聚類,，差異甲基化DMR鑒定及相關(guān)基因的功能分析，結(jié)合項(xiàng)目背景和科學(xué)問(wèn)題的數(shù)據(jù)亮點(diǎn)挖掘,。 cfDNA甲基化技術(shù)服務(wù)服務(wù)羥甲基化DNA免疫沉淀測(cè)序是通過(guò)5hmC特異性抗體富集結(jié)合高通量測(cè)序技術(shù),。

    N6-甲基脫氧腺苷(6mA)是原核生物和真核生物的DNA修飾類型之一，在細(xì)菌,、藻類及植物基因組中***存在，在DNA錯(cuò)配修復(fù),、染色體分離和毒力調(diào)節(jié)中發(fā)揮作用,。6mA免疫沉淀測(cè)序(6mA-IPSeq)通過(guò)特異性抗體富集6mA甲基化的DN**段，然后結(jié)合高通量測(cè)序技術(shù)在全基因組水平上以較小的數(shù)據(jù)量,，快速,、高效地尋找6mA甲基化區(qū)域。技術(shù)優(yōu)勢(shì)全基因組范圍鑒定6mA甲基化修飾區(qū)域技術(shù)方法適合所有物種(一般推薦藻類及植物)科學(xué)方案設(shè)計(jì)從項(xiàng)目背景了解,、協(xié)助方案設(shè)計(jì),、實(shí)驗(yàn)材料選取、建庫(kù)測(cè)序,，到數(shù)據(jù)分析每個(gè)項(xiàng)目有特定的科學(xué)問(wèn)題,；需要專業(yè)、有價(jià)值的建議,；科學(xué),、縝密的設(shè)計(jì)及時(shí)高效的溝通；以保障高質(zhì)量研究成果樣本要求：基因組DNA:>=3ug,；樣品濃度>50ng/ul,；無(wú)RNA和蛋白污染建庫(kù)測(cè)序：測(cè)序策略：IlluminaHiSeq,PE150。

    焦磷酸測(cè)序(Pyrosequencing)隨著技術(shù)的不斷改進(jìn),，現(xiàn)在認(rèn)為焦磷酸測(cè)序技術(shù)（Pyrosequencing）是甲基化檢測(cè)新的金標(biāo)準(zhǔn),。焦磷酸測(cè)序作為一種新的序列分析技術(shù),，能夠快速地檢測(cè)甲基化的頻率，對(duì)樣品中的甲基化位點(diǎn)進(jìn)行定性及定量檢測(cè),，為甲基化研究提供了新的途徑,。在序列延伸過(guò)程中，根據(jù)C和T的摻入量來(lái)定量確定單個(gè)位點(diǎn)的C-T比例,。因此,，不同位點(diǎn)的甲基化變異就能被準(zhǔn)確檢測(cè)，并給出精確的甲基化程度的數(shù)據(jù),。QIAGEN公司在焦磷酸測(cè)序的應(yīng)用上具有明顯的優(yōu)勢(shì),，目前提供三種焦磷酸測(cè)序儀器，通量由低到高,，適合不同的應(yīng)用,。PyroMarkQ24的強(qiáng)項(xiàng)在于可對(duì)多達(dá)24個(gè)樣品進(jìn)行焦磷酸測(cè)序。需要大樣品量的應(yīng)用更適合在PyroMarkQ96ID上進(jìn)行,。在考慮到處理成百上千個(gè)樣品所需的大量試劑時(shí),，運(yùn)行通量**化可能會(huì)使實(shí)驗(yàn)成本變得很高。而PyroMarkQ96MD裝有一臺(tái)高度靈敏的光檢測(cè)攝像頭,，可以在減少試劑量的情況下對(duì)少量的DNA模板進(jìn)行準(zhǔn)確測(cè)序,。這些不同平臺(tái)的推出，對(duì)于我們實(shí)際研究提供了更有效的檢測(cè)手段,。 高通量BSP測(cè)序結(jié)果多種展示形式,。

    **預(yù)防和***的一個(gè)手段是通過(guò)去甲基化恢復(fù)某些關(guān)鍵的抑*基因或DNA修復(fù)基因的活性，目前研究**多的是DNMTs***劑,，它通過(guò)***DNMT活性以逆轉(zhuǎn)異常的DNA甲基化,。**個(gè)表型修飾藥物為5-azacytidine及其類似物5-aza-2'-deoxycytidine（5-aza-CdR），這類藥物已經(jīng)美國(guó)FDA批準(zhǔn)用于白血病前骨髓增生異常綜合征的***,。5-aza-CdR是胞嘧啶的類似物,，在DNA復(fù)制過(guò)程中可以摻入到DNA鏈中，一方面它可以降低DNA接收甲基的能力,，另一方面它***DNMT活性,，導(dǎo)致DNA甲基化水平的降低。體外和體內(nèi)試驗(yàn)均表明,，5-aza-CdR具有降低超甲基化的抑*基因甲基化水平從而*****的能力,，臨床表明應(yīng)用5-aza-CdR可提高部分IV期小細(xì)胞肺*患者生存率，但該藥也存在著不可忽視的毒副作用（如特異性不強(qiáng),，不能針對(duì)某一特定抑*基因進(jìn)行靶向***,；高劑量的5-aza-CdR可能誘發(fā)**的轉(zhuǎn)移），因此其在臨床上的應(yīng)用受到了很大限制,。也有研究表明,，低劑量的As2O3可起到***肝*的目的,。 850K芯片為半金標(biāo)準(zhǔn)，價(jià)格低,，分析簡(jiǎn)單,，較為適合EWAS類型的課題。cfDNA甲基化技術(shù)服務(wù)服務(wù)

WGBS和RRBS都是金標(biāo)準(zhǔn)技術(shù), CNS發(fā)表文章都很多,，廣發(fā)被接受,。cfDNA甲基化技術(shù)服務(wù)服務(wù)

血清甲基化用于乳腺*轉(zhuǎn)移早期篩查

Methylation patterns in serum

DNA for early identification of disseminated breast cancer. Genome

Med. 2017;22;9(1):115. (IF=

8.898)

本課題通過(guò)RRBS甲基化測(cè)序篩選組織(n=31)樣本, 確定了18個(gè)乳腺*特異性甲基化位點(diǎn)，選擇其中6個(gè)位點(diǎn)在大樣本量血清樣本(n=110)中得到進(jìn)一步驗(yàn)證; 并通過(guò)更大量血清樣本(n=1344), **終篩選出血清EFC#93甲基化位點(diǎn)為早期診斷和***轉(zhuǎn)移性乳腺*Biomarker,。 cfDNA甲基化技術(shù)服務(wù)服務(wù)