全基因組甲基化測序(WholeGenomeBisulfiteSequencing,WGBS)是結(jié)合重亞硫酸鹽Bisulfite處理和高通量測序,，對有參考基因組進(jìn)行全基因組的單堿基分辨率的甲基化檢測“金標(biāo)準(zhǔn)”方案,，***用于人、哺乳動(dòng)物及農(nóng)林牧漁方向的高水平甲基化研究。WGBS滿足全基因組DNA甲基化圖譜及疾病關(guān)聯(lián)分析,、基因調(diào)控分析,、疾病的甲基化標(biāo)志物篩選等探索性課題的研究,。靈長類早期著床前胚胎發(fā)育中的DNA甲基化重編程研究——(團(tuán)隊(duì)成員發(fā)表).(IF=)靈長類胚胎發(fā)生的關(guān)鍵表觀遺傳調(diào)控需要DNA甲基化重編程,。我們首先建立了基于轉(zhuǎn)座酶的超微量WGBS測序技術(shù)，詳細(xì)研究了獼猴早期著床前胚胎7個(gè)階段(Sperm,、Oocytes,、Zygotes、2-cell,、8-cell,、Morula和ICM)的DNA甲基化動(dòng)態(tài)變化過程。******闡明了DNA甲基化動(dòng)力學(xué)的“盈與虧”階段特征,，并通過DNA甲基轉(zhuǎn)移酶功能缺失實(shí)驗(yàn)表明DNA甲基化影響早期猴胚胎發(fā)育,。 強(qiáng)化版RRBS技術(shù)及應(yīng)用是高性價(jià)比方案。上海RIP-seq技術(shù)服務(wù)服務(wù)

DNA甲基化作為表觀遺傳學(xué)研究的重要范疇,，已經(jīng)越來越受到研究者的關(guān)注,。近些年來，隨著DNA甲基化與組蛋白甲基化的聯(lián)合作用機(jī)制,、RNA干擾機(jī)制及去甲基化機(jī)制的發(fā)現(xiàn),，使得DNA甲基化研究受到***關(guān)注，從醫(yī)學(xué)領(lǐng)域擴(kuò)展到動(dòng)植物研究當(dāng)中,，同時(shí)在研究方法上也取得了很大的突破?，F(xiàn)在用于DNA甲基化檢測的方法大概有十多種，從應(yīng)用上來分,，大致可以分成兩類：全基因組甲基化分析及特異位點(diǎn)甲基化檢測,。下面,，我們就這兩大類檢測技術(shù)進(jìn)行分析比較,，以便于在實(shí)際的科研工作中進(jìn)行選擇,。上海RIP-seq技術(shù)服務(wù)服務(wù)焦磷酸測序技術(shù)服務(wù)基于QIAGEN公司的PyroMark Q96 ID平臺。

    cfDNABS-Seq送樣要求一,、送樣類型分離好的血漿二,、保存方式分離后的血漿，用ml離心管分裝,，例如：1ml/管,；放-20℃冰箱中保存（短暫保存，1-2周）,；放-80℃冰箱中長期保存(1年以內(nèi)),；保存期間不能凍融。三,、運(yùn)輸條件干冰運(yùn)輸：順豐陸運(yùn)（3-4天時(shí)間）,，夏季10-15公斤干冰；秋冬季10公斤干冰,。四,、抽血要求1、使用Streck**管（不建議使用普通的EDTA-鈉抗凝管）,，采集10ml外周靜脈血（客戶沒有Streck**管,，公司配送）；2,、室溫或者放置4℃冰箱中半小時(shí)以上,，不超過8小時(shí)，進(jìn)行血漿分離步驟,。五,、血漿分離步驟1、4℃條件下以1600g離心10min,，離心后將上清（血漿）分裝到2,、4℃條件下以16000g離心10min去除殘余細(xì)胞，將上清移入新的離心管中,，每管分裝1ml;3,、血漿樣本存放于-80℃冰箱中保存;使用干冰運(yùn)輸,提取之前不能凍融。備注1：血漿分離在4℃條件進(jìn)行,，如果客戶沒有冷凍離心機(jī),，也可以在室溫條件下進(jìn)行；備注2：離心后取血漿上清,，避免吸取白細(xì)胞,；通常10ml全血可以獲得4-5ml血漿,。

    DNA甲基化修飾類型。5mc是表觀遺傳**重要的一種修飾,，***存在于植物,、動(dòng)物等真核生物基因組中，被譽(yù)為“第五堿基”,；5hmc是***發(fā)現(xiàn)的一種修飾堿基,，成為哺乳動(dòng)物的“第六堿基”；6mA在細(xì)菌,、藻類及動(dòng)植物基因組中存在,。1992年，F(xiàn)rommeretal.將重亞硫酸鹽處理結(jié)合測序進(jìn)行DNA甲基化檢測,。從此,，BisulfiteSequencing（BS）成為金標(biāo)準(zhǔn)方案。其特點(diǎn)是：單堿基分辨率,；結(jié)合測序,。甲基化5mc檢測的金標(biāo)準(zhǔn)——BisulfiteSequencing。Wholegenomebisulfitesequencing,WGBS——DNA甲基化檢測**有力的工具,。ImprovedReduceRepresentationBisulfiteSequencing,強(qiáng)化RRBS——高性價(jià)比DNA甲基化檢測方案,。TargetedBisulfiteSequencing,高通量BSP——目標(biāo)位點(diǎn)/基因甲基化驗(yàn)證方案。 cfDNA,，cell free DNA,，就是血液中游離的自身DNA。

熒光定量法（Methylight）

這種技術(shù)是在MSP技術(shù)上發(fā)展起來的,，在MSP擴(kuò)增過程中利用熒光染料進(jìn)行定量,。TaqMan? 探針法的應(yīng)用使得該技術(shù)具有更高的精確性。其原理與SNP檢測類似,，針對亞硫酸氫鹽處理之后的DN**段,，在甲基化位點(diǎn)上會存在單堿基的差異，根據(jù)這種差異進(jìn)行探針設(shè)計(jì),，隨后進(jìn)行實(shí)時(shí)定量PCR,，就能夠檢測甲基化的差異。這種方法**的優(yōu)勢在于其高敏感性和較高通量,，且無需在PCR后電泳,、雜交等操作，減少了污染和操作誤差,。但是TaqMan? 探針訂購費(fèi)用較高,，適用于少數(shù)位點(diǎn)大量樣本篩選。 DNA異常甲基化與疾病的發(fā)生,、發(fā)展有著密切的聯(lián)系,。山東ATAC技術(shù)服務(wù)售后服務(wù)

ChIP-Seq 能實(shí)現(xiàn)真正的全基因組分析,。上海RIP-seq技術(shù)服務(wù)服務(wù)

    羥甲基化DNA免疫沉淀測序（HydroxymethylatedDNAImmunoprecipitationSequencing，hMeDIP-Seq）是通過5hmC特異性抗體富集羥甲基化的DN**段,，然后結(jié)合高通量測序技術(shù)在全基因組水平上以較小的數(shù)據(jù)量,，快速、高效地尋找羥甲基化區(qū)域,?？蓮V泛應(yīng)用于羥甲基化與疾病關(guān)系研究以及羥甲基化在胚胎發(fā)育過程中的研究。技術(shù)優(yōu)勢從項(xiàng)目背景了解,、協(xié)助方案設(shè)計(jì)、實(shí)驗(yàn)材料選取,、建庫測序,，到數(shù)據(jù)分析每個(gè)項(xiàng)目有特定的科學(xué)問題；需要專業(yè),、有價(jià)值的建議,；科學(xué)、縝密的設(shè)計(jì)及時(shí)高效的溝通,；以保障高質(zhì)量研究成果樣本要求：基因組DNA:>=3ug,；樣品濃度>50ng/ul；無RNA和蛋白污染建庫測序：測序策略：IlluminaHiSeq,PE150;測序深度：20-30Mreads信息分析基于全基因組范圍的羥甲基化分析,，數(shù)據(jù)質(zhì)控,，Peak鋒Calling，Peak鋒在基因組,、染色體,、功能元件上的分布，多樣本羥甲基化差異聚類,，差異羥甲基化DMR鑒定及相關(guān)基因的功能分析,，結(jié)合項(xiàng)目背景和科學(xué)問題的數(shù)據(jù)亮點(diǎn)挖掘。 上海RIP-seq技術(shù)服務(wù)服務(wù)