聯(lián)合亞硫酸氫鈉的限制性內(nèi)切酶分析法（COBRA）

這種方法是將亞硫酸氫鹽處理與酶切相結(jié)合來進(jìn)行甲基化檢測,。DNA樣本經(jīng)亞硫酸氫鹽處理后,，利用PCR擴(kuò)增,。擴(kuò)增產(chǎn)物純化后用限制性內(nèi)切酶（BstUI）消化,。若其識別序列中的C發(fā)生完全甲基化(5mCG5mCG)，則 PCR擴(kuò)增后保留為CGCG,，BstU I能夠識別并進(jìn)行切割,；若待測序列中，C未發(fā)生甲基化,，則PCR后轉(zhuǎn)變?yōu)門GTG,，BstUI識別位點(diǎn)丟失，不能進(jìn)行切割,。這樣酶切產(chǎn)物再經(jīng)電泳分離,、探針雜交、掃描定量后即可計(jì)算出原樣本中甲基化的比例,。

這種方法**的優(yōu)點(diǎn)就是相對簡單,，可進(jìn)行快速定量，且需要的樣本量少,。然而,，它的局限性也十分明顯，只能獲得特殊酶切位點(diǎn)的甲基化情況,，且陰性結(jié)果并不能排除樣品DNA中存在甲基化的可能,。 甲基化驗(yàn)證方案是TBS。北京MeDIP-Seq技術(shù)服務(wù)專業(yè)服務(wù)

    cfDNABS-Seq送樣要求一,、送樣類型分離好的血漿二,、保存方式分離后的血漿，用ml離心管分裝，例如：1ml/管,；放-20℃冰箱中保存（短暫保存,，1-2周）；放-80℃冰箱中長期保存(1年以內(nèi)),；保存期間不能凍融,。三,、運(yùn)輸條件干冰運(yùn)輸：順豐陸運(yùn)（3-4天時間）,，夏季10-15公斤干冰；秋冬季10公斤干冰四,、抽血要求1,、使用Streck**管（不建議使用普通的EDTA-鈉抗凝管），采集10ml外周靜脈血（客戶沒有Streck**管,，公司配送）,；2、室溫或者放置4℃冰箱中半小時以上,，不超過8小時,，進(jìn)行血漿分離步驟五、血漿分離步驟1,、4℃條件下以1600g離心10min,，離心后將上清（血漿）分裝到2、4℃條件下以16000g離心10min去除殘余細(xì)胞,，將上清移入新的離心管中,，每管分裝1ml;3、血漿樣本存放于-80℃冰箱中保存;使用干冰運(yùn)輸,提取之前不能凍融,。備注1：血漿分離在4℃條件進(jìn)行,，如果客戶沒有冷凍離心機(jī)，也可以在室溫條件下進(jìn)行,；備注2：離心后取血漿上清,，避免吸取白細(xì)胞；通常10ml全血可以獲得4-5ml血漿,。 北京MeDIP-Seq技術(shù)服務(wù)專業(yè)服務(wù)在正常組織里, 70%到90%散在的CpG是被甲基修飾的,。

    焦磷酸測序（Pyrosequencing）技術(shù)服務(wù)基于QIAGEN公司的PyroMarkQ96ID平臺，能提供基于序列測定的SNP檢測,、等位基因頻率分析和甲基化檢測,，雜合子缺失及細(xì)菌和病毒分型等技術(shù)服務(wù)。樣品要求·樣品類型細(xì)胞,、新鮮組織或DNA樣品·樣品量細(xì)胞樣品請?zhí)峁┲辽?×106個細(xì)胞,，組織樣品請?zhí)峁┲辽?00mg的組織塊或切片，DNA樣品請?zhí)峁?μg以上的DNA·樣品質(zhì)量基因組DNA無明顯降解，主帶清晰,，大于23Kb,，無明顯彌散。OD260/280值在～,，濃度≥50ng/μl·樣品保存細(xì)胞樣品或新鮮組織塊（切成～50mg的小塊）可液氮凍存后,，-80℃保存。DNA樣品可溶于乙醇或超純水中,，-80℃保存,。樣品保存期間避免反復(fù)凍融·樣品運(yùn)輸樣品置于ml凍存管中，封口膜封好,，干冰運(yùn)輸,。

血清甲基化用于乳腺*轉(zhuǎn)移早期篩查

Methylation patterns in serum

DNA for early identification of disseminated breast cancer. Genome

Med. 2017;22;9(1):115. (IF=

8.898)

本課題通過RRBS甲基化測序篩選組織(n=31)樣本, 確定了18個乳腺*特異性甲基化位點(diǎn)，選擇其中6個位點(diǎn)在大樣本量血清樣本(n=110)中得到進(jìn)一步驗(yàn)證; 并通過更大量血清樣本(n=1344), **終篩選出血清EFC#93甲基化位點(diǎn)為早期診斷和***轉(zhuǎn)移性乳腺*Biomarker,。 提供樣本DNA完整性質(zhì)檢結(jié)果,。

    重亞硫酸鹽處理結(jié)合測序是目前檢測甲基化的金標(biāo)準(zhǔn),。除了全基因組甲基化測序技術(shù)等研究手段,，對于大樣本量甲基化研究來說，更需要靈活,、有針對性的技術(shù)方案,。NGS-BSP方法適合幾個到幾十個基因或者位點(diǎn)進(jìn)行大樣本甲基化測序或者驗(yàn)證項(xiàng)目，具有更快速的實(shí)驗(yàn)周期及低成本優(yōu)勢,。技術(shù)優(yōu)勢高效靈活的目標(biāo)區(qū)域甲基化檢測的工具BSP和高通量測序完美結(jié)合,，單堿基分辨率適合幾個到幾十個位點(diǎn)的大樣本驗(yàn)證項(xiàng)目適合所有動物樣本、周期快,、檢測位點(diǎn)靈活,、性價比高科學(xué)方案設(shè)計(jì)從項(xiàng)目背景了解、協(xié)助方案設(shè)計(jì),、實(shí)驗(yàn)材料選取,、建庫測序，到數(shù)據(jù)分析每個項(xiàng)目有特定的科學(xué)問題,；需要專業(yè),、有價值的建議；科學(xué),、縝密的設(shè)計(jì)及時高效的溝通,；以保障高質(zhì)量研究成果樣本要求：基因組DNA:>=1ug(20個區(qū)域/位點(diǎn))；樣品濃度>30ng/ul,；無RNA和蛋白污染建庫測序：測序策略：IlluminaHiSeq,PE150,；測序深度：>,。 DNA甲基化多發(fā)生在CpG二核苷酸中的胞嘧啶的5位碳原子。RIP-seq技術(shù)服務(wù)活動

云生物提供測序服務(wù),。北京MeDIP-Seq技術(shù)服務(wù)專業(yè)服務(wù)

    ATAC-seq（AssayforTransposase-AccessibleChromatinwithhighthroughputsequencing）是使用高通量測序?qū)n5轉(zhuǎn)座酶可接近的核染色質(zhì)區(qū)域進(jìn)行測序分析的一種研究技術(shù),；該技術(shù)由美國斯坦福大學(xué)的研究人員開發(fā)，2013年***發(fā)表在NatureMethods（Buenrostroetal.,2013）,。通過轉(zhuǎn)座酶對特定時空下開放的核染色質(zhì)區(qū)域進(jìn)行切割,，獲得在該時空下基因組中所有活躍轉(zhuǎn)錄的調(diào)控序列。應(yīng)用領(lǐng)域,，通常并不單獨(dú)使用,。作為檢測表觀遺傳-染色質(zhì)開放狀態(tài)現(xiàn)象的方式，與樣本基因表達(dá)譜緊密相連,，從靶標(biāo)基因的表觀狀態(tài)關(guān)聯(lián)到表達(dá)水平,，具有強(qiáng)大的數(shù)據(jù)挖掘作用。2.通過關(guān)聯(lián)基因組,、外顯子，染色質(zhì)免疫共沉淀（組蛋白修飾或轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合）測序信息,，形成：表觀調(diào)控-基因組-基因表達(dá)的完整調(diào)控鏈,。 北京MeDIP-Seq技術(shù)服務(wù)專業(yè)服務(wù)