Real-time PCR相對定量中的標準曲線法如何進行:主要是相對定量標準品的制作,,一般有三種方法:1、比較復雜的方法:質(zhì)粒,,采用Biotnt提供內(nèi)參基因的特異性Real-time PCRmRNA引物,,對目的基因進行Real-time PCR實驗,得到PCR擴增產(chǎn)物,;PCR擴增產(chǎn)物轉(zhuǎn)入質(zhì)粒中,,得到相對定量的標準品;2,、一般采用的方法1:比較強的CDNA模板,,3、一般采用的方法:PCR擴增產(chǎn)物,,如果在方法2中找不到比較強的CDNA模板,,則選用PCR產(chǎn)物作為相對定量的標準品也是可以的;需要注意的事項是:PCR產(chǎn)物濃度很高,,而Real-time PCR的產(chǎn)物片段比較短,,容易在稀釋的過程中造成PCR污染,要注意操作,。所謂實時熒光定量PCR技術,,是指在PCR反應體系中加入熒光基團。深圳分子生物學RT-PCR檢測技術服務
Real-time PCR鏈反應:嵌套聚合酶鏈反應:通過減少DNA非特異性擴增的背景,,提高DNA擴增的特異性,。兩組引物用于兩個連續(xù)的PCR,。在個反應中,一對引物用于產(chǎn)生DNA產(chǎn)物,,除了預期的靶之外,,該產(chǎn)物可能仍然由非特異性擴增的DN段組成。然后用一組引物將產(chǎn)物用于第二次聚合酶鏈反應,,所述引物的結合位點完全或部分不同于次反應中使用的每個引物,,并且位于其中的3’。嵌套式PCR在特異性擴增長DN段方面通常比傳統(tǒng)PCR更成功,,但它需要更詳細的目標序列知識,。重疊延伸聚合酶鏈反應或者通過重疊延伸拼接(SOEing):一種用于將兩個或多個含有互補序列的DN段拼接在一起的基因工程技術。它用于連接含有基因,、調(diào)節(jié)序列或突變的DN段,;這項技術可以創(chuàng)造特定的長DNA構建體。它還可以將缺失,、插入或點突變引入DNA序列,。分子生物學數(shù)字PCR在嵌套聚合酶鏈反應中,除了預期的靶之外,,該產(chǎn)物可能仍然由非特異性擴增的DN段組成,。
Real-time PCR反應:多重連接依賴探針擴增(MLPA):允許用單個引物對擴增多個靶標,,從而避免多重PCR的分辨率限制,。多重聚合酶鏈反應:由單個PCR混合物中的多個引物組組成,,以產(chǎn)生對不同DNA序列特異的不同大小的擴增子。通過同時靶向多個基因,,可以從單次測試中獲得額外的信息,,否則將需要幾次試劑和更多時間來執(zhí)行,。每個引物組的退火溫度必須優(yōu)化,,以在單個反應中正確工作,并符合擴增子尺寸,。也就是說,,當通過凝膠電泳可視化時,,它們的堿基對長度應該足夠不同以形成不同的條帶,。
為了便于對所檢測樣本進行比較,,在real-timeQ-PCR反應的指數(shù)期,首先需設定一定熒光信號的域值,,一般這個域值(threshold)是以PCR反應的前15個循環(huán)的熒光信號作為熒光本底信號(baseline),,熒光域值的缺省設置是3~15個循環(huán)的熒光信號的標準偏差的10倍,。如果檢測到熒光信號超過域值被認為是真正的信號,,它可用于定義樣本的域值循環(huán)數(shù)(Ct),。Ct值的含義是:每個反應管內(nèi)的熒光信號達到設定的域值時所經(jīng)歷的循環(huán)數(shù)。研究表明,,每個模板的Ct值與該模板的起始拷貝數(shù)的對數(shù)存在線性關系,,起始拷貝數(shù)越多,Ct值越小,。利用已知起始拷貝數(shù)的標準品可作出標準曲線,,因此只要獲得未知樣品的Ct值,即可從標準曲線上計算出該樣品的起始拷貝數(shù),?;谔结樀幕瘜W法,Real-time PCR應用一個或多個熒光標記的寡核苷酸探針檢測PCR擴增產(chǎn)物,。
Real-time PCR式反應準備:10×擴增緩沖液,、4種dNTP混合物(終濃度)、引物(終濃度),、模板DNA,、TaqDNA聚合酶、Mg2+(終濃度),、補加雙蒸水等,。其中dNTP、引物,、模板DNA,、TaqDNA聚合酶以及Mg2+的加量(或濃度)可根據(jù)實驗調(diào)整,以上表格只提供大致參考值,。PCR反應五要素:參加PCR反應的物質(zhì)主要有五種即:引物(PCR引物為DN段,,細胞內(nèi)DNA復制的引物為一段RNA鏈)、酶,、dNTP,、模板和緩沖液(其中需要Mg2+)。引物有多種設計方法,,由PCR在實驗中的目的決定,,但基本原則相同,。Real-time PCR包括病原微生物或病毒含量的檢測。深圳分子生物學RT-PCR檢測技術服務
因為Real-time PCR的檢測靈敏度比較高,,所以相應的對引物設計的要求就很高,。深圳分子生物學RT-PCR檢測技術服務
Real-time PCR實驗常用的RNA酶抑制劑:1.焦磷酸二乙酯(DEPC):是一種強烈但不徹底的RNA酶抑制劑。它通過和RNA酶的活性基團組氨酸的咪唑環(huán)結合使蛋白質(zhì)變性,,從而抑制酶的活性,。2.異硫氰酸胍:目前被認為是較有效的RNA酶抑制劑,,它在裂解組織的同時也使RNA酶失活,。它既可破壞細胞結構使核酸從蛋白中解離出來,又對RNA酶有強烈的變性作用,。3.氧釩核糖核苷復合物:由氧化釩離子和核苷形成的復合物,,它和RNA酶結合形成過渡態(tài)類物質(zhì),幾乎能完全抑制RNA酶的活性,。4.RNA酶的蛋白抑制劑(RNasin):從大鼠肝或人胎盤中提取得來的酸性糖蛋白,。RNasin是RNA酶的一種非競爭性抑制劑,可以和多種RNA酶結合,,使其失活,。5.其它:SDS、尿素,、硅藻土等對RNA酶也有一定抑制作用,。深圳分子生物學RT-PCR檢測技術服務
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