宏基因組二代測序,，你了解多少,？

宏基因組二代測序（mNGS）是一項覆蓋病原譜廣且高通量的檢測技術(shù),，已在臨床領(lǐng)域得到了廣泛的應(yīng)用。對于血液病患者,，病原mNGS通過對樣本快速高通量測序,，可以獲得更準(zhǔn)確、相對無偏倚的病原信息,，對病原診斷起到積極的作用,，尤其對傳統(tǒng)微生物學(xué)檢測未覆蓋到或檢測周期較長、陽性率較低的病原可提高檢出率,。對于臨床相關(guān)樣本應(yīng)首先完善傳統(tǒng)微生物學(xué)檢測,，病理、無菌標(biāo)本培養(yǎng)仍然是診斷的金標(biāo)準(zhǔn),，病原mNGS是對傳統(tǒng)微生物學(xué)檢測的有力補(bǔ)充和延展而非替代,。病原mNGS的報告解讀應(yīng)充分評估檢出微生物的致病性、流行病學(xué),、生物信息學(xué)信息,，同時在結(jié)合患者臨床特征的基礎(chǔ)上進(jìn)行綜合判斷。 一代,、二代,、三代測序的區(qū)別是什么？陜西哪里有二代測序技術(shù)

二代測序—全外顯子測序的原理是什么,？

全外顯子測序主要是利用序列捕獲技術(shù),，將基因組 DNA 中的外顯子區(qū)域富集起來，然后通過高通量測序技術(shù)（如第二代測序技術(shù) Illumina 測序平臺）對富集后的外顯子 DN**段進(jìn)行測序,。其大致步驟包括 DNA 提取,、片段化、文庫構(gòu)建,、外顯子捕獲,、測序和數(shù)據(jù)分析等,。例如,，在文庫構(gòu)建過程中，將提取的基因組 DN**段化后，在片段兩端連接上特定的接頭序列,，這些接頭序列可以用于后續(xù)的擴(kuò)增和測序反應(yīng),。然后通過與外顯子區(qū)域互補(bǔ)的寡核苷酸探針，將外顯子片段從全基因組 DNA 文庫中 “捕獲” 出來,，經(jīng)過清洗去除未結(jié)合的 DN**段后,，對捕獲的外顯子文庫進(jìn)行大規(guī)模的平行測序。 南京二代測序二代測序廣泛應(yīng)用于基因組學(xué)研究,。

關(guān)于二代測序的簡介：

二代測序技術(shù)(Next-Generation Seguencing,NGS)也稱為高通量測序技術(shù),，是一種能夠同時對數(shù)百萬甚至數(shù)十億個 DNA片段進(jìn)行測序的方法。與傳統(tǒng)的桑格測序相比二代測序技術(shù)具有高通量,、高準(zhǔn)確性,、高靈敏度和低成本等優(yōu)勢。

二代測序技術(shù)在大幅提高了測序速度的同時,，大幅度的降低了測序成本,，保持了高準(zhǔn)確性，以前完成一個人類基因組的測序需要3年時間,，而使用二代測序技術(shù)則需要1周,，但其序列讀長方面比起一代測序技術(shù)則要短很多，大多只100bp-150bp,。

二代測序——轉(zhuǎn)錄組測序的背景和基本原理

1,、背景：在基因表達(dá)過程中，DNA 轉(zhuǎn)錄為 RNA,，轉(zhuǎn)錄后的 RNA 會經(jīng)過一系列加工,，包括剪接等過程形成成熟的 mRNA，然后進(jìn)行翻譯產(chǎn)生蛋白質(zhì),。轉(zhuǎn)錄組測序可以讓我們在全基因組范圍內(nèi)研究基因的表達(dá)情況,，相比于傳統(tǒng)的基因表達(dá)研究方法（如芯片技術(shù)），它具有更高的分辨率和更廣的檢測范圍,。

2,、原理：首先從樣本（如細(xì)胞、組織）中提取總 RNA,，然后將 RNA 反轉(zhuǎn)錄為 cDNA（互補(bǔ) DNA）,。這些 cDNA 會構(gòu)建測序文庫，在文庫中加入特定的接頭序列,，以便后續(xù)在測序平臺上進(jìn)行測序,。測序過程中，測序儀會讀取 cDN**段的堿基序列信息,。通過生物信息學(xué)分析,，將這些短序列（reads）比對到參考基因組或進(jìn)行從頭組裝（如果沒有參考基因組）,，從而確定轉(zhuǎn)錄本的序列和表達(dá)量。 二代測序通量大,，可以產(chǎn)生上G的reads.

二代測序不同應(yīng)用場景下的速度有多快,？

病原微生物檢測：一般來說，二代測序用于檢測病原微生物時,，能夠在幾個小時到一天左右出結(jié)果,。比如在快速檢測血液中的病原微生物時，通?？梢栽趲讉€小時內(nèi)獲得檢測結(jié)果,，相比傳統(tǒng)的血液培養(yǎng)方法，時間大幅縮短,，傳統(tǒng)血液培養(yǎng)一般需要幾天到一周的時間 ,。

全基因組測序：如果是對人類全基因組進(jìn)行測序，以目前的技術(shù)水平,，使用二代測序技術(shù)完成一個人的全基因組測序,，一般需要 1-2 天左右的時間。而在十幾年前,，人類全基因組測序計劃***完成時,，耗費(fèi)了大量的時間和精力，相比之下二代測序技術(shù)的速度提升***,。

轉(zhuǎn)錄組測序：轉(zhuǎn)錄組測序的時間相對較短,，一般幾個小時內(nèi)可以完成對大量 RNA 分子的測序和初步數(shù)據(jù)分析，進(jìn)而快速了解基因在特定條件下的表達(dá)情況8. 二代和三代測序的區(qū)別,？北京哪里有二代測序檢測

二代測序可以檢測基因嗎,？陜西哪里有二代測序技術(shù)

二代測序的建庫步驟①

一、樣本準(zhǔn)備

樣本采集：根據(jù)研究目的采**適的樣本,，如血液,、組織、細(xì)胞等,。例如,，在**研究中，可能會采集**組織和對應(yīng)的正常組織,。對于血液樣本,，一般采用靜脈穿刺采集外周血，收集在含有抗凝劑（如EDTA）的**管中,，以防止血液凝固,。組織樣本則需要在合適的條件下盡快處理，以保持核酸的完整性,。如果是新鮮組織,，可將其置于液氮中速凍,，然后保存在-80℃冰箱中。

核酸提?。簭臉颖局刑崛「哔|(zhì)量的DNA或RNA。對于DNA提取,，常用的方法有酚-氯仿抽提法和商業(yè)化的DNA提取試劑盒,。酚-氯仿抽提法是利用酚和氯仿使蛋白質(zhì)變性，離心后使DNA處于水相,，從而實(shí)現(xiàn)分離,。試劑盒則是基于吸附柱的原理，DNA在特定的緩沖液條件下吸附在硅膠膜上,，經(jīng)過洗滌和洗脫步驟得到純凈的DNA,。RNA提取過程中，需要特別注意防止RNA酶的污染,，因?yàn)镽NA酶***存在且很穩(wěn)定,，容易降解RNA。一般會使用含有RNA酶抑制劑的試劑,，如焦碳酸二乙酯（DEPC）處理水來配制試劑,，并且操作過程要在無RNA酶的環(huán)境中進(jìn)行，如使用無RNA酶的***頭和離心管,。常用的RNA提取方法是Trizol法,，Trizol試劑可以同時破碎細(xì)胞并使RNA與蛋白質(zhì)和DNA分離，然后通過氯仿抽提,、異丙醇沉淀等步驟得到RNA,。 陜西哪里有二代測序技術(shù)

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