二代測序技術(NGS)
原理:通過構建DNA文庫,,在測序平臺上對文庫中的大量DNA片段進行大規(guī)模并行測序,能夠同時獲得數以百萬計的DNA序列信息,。
準確性方面:
全基因組檢測準確性高:在全基因組測序或者外顯子組測序中,,能夠***地檢測基因序列的變化,,包括單核苷酸變異(SNV)、插入/缺失(Indel),、拷貝數變異(CNV)等多種突變類型,。其檢測SNV的準確性可以達到99%以上,對于Indel和CNV的檢測準確性也能達到90%-95%左右,。
數據分析復雜影響準確性理解:由于NGS產生的數據量巨大,,數據分析過程復雜。如果數據分析流程不完善或者對數據解讀有誤,,可能會導致結果偏差,。例如,在低質量數據過濾,、比對參考基因組以及變異注釋等環(huán)節(jié)都可能出現錯誤,。 二代測序可以邊合成邊測序嗎?蘇州嘉安健達二代測序提供
二代測序—全外顯子測序的應用領域醫(yī)學領域:1,、疾病診斷:用于診斷各種遺傳性疾病,,包括單基因遺傳病(如囊性纖維化,、杜氏肌營養(yǎng)不良等)和復雜疾?。ㄈ?*、心血管疾病等),。在**研究中,,通過對**組織和正常組織進行全外顯子測序,可以發(fā)現腫瘤細胞中的體細胞突變,,這些突變可能是導致**發(fā)生,、發(fā)展的關鍵因素,有助于醫(yī)生制定個性化的治療方案,。2,、藥物研發(fā):幫助研究人員了解藥物靶點的基因變異情況。例如,,如果發(fā)現某些患者的藥物靶點基因外顯子區(qū)域存在突變,,可能會影響藥物的療效,從而可以針對性地開發(fā)新的藥物或者調整藥物的使用劑量和方式,。遺傳學研究:用于研究人類群體的遺傳多樣性,,通過對不同人群的外顯子測序,可以發(fā)現不同人群之間的基因差異,,這些差異可能與人群的適應性,、易感性等有關。還可以用于追蹤基因的進化歷程,了解基因在進化過程中的變化情況,。山東嘉安健達二代測序公司二代測序需要分析嗎,?
轉錄組測序的主要測序對象包括以下幾類(上):
信使RNA(mRNA)
mRNA是編碼蛋白質的轉錄本,在轉錄組測序中,,可通過對mRNA的測序和分析,,了解基因的表達水平、可變剪接情況以及基因結構變異等,,從而揭示基因在特定細胞或組織中的功能和調控機制,。
非編碼RNA
核糖體RNA(rRNA):雖然rRNA在細胞中的含量豐富,但在轉錄組測序中,,通常會在前期實驗中通過特定的方法將其去除,,以減少其對其他RNA測序的干擾。不過在某些特殊研究中,,如對rRNA的轉錄調控機制或其與其他分子的相互作用研究時,,也可能會專門針對rRNA進行測序。
轉運RNA(tRNA):tRNA在蛋白質合成過程中起著重要的轉運氨基酸的作用,。轉錄組測序可以對tRNA的轉錄水平,、修飾情況以及與其他RNA或蛋白質的相互作用進行研究,以深入了解其在基因表達調控中的功能,。
微小 RNA(miRNA):miRNA 是一類長度較短的非編碼 RNA,,通常通過與 mRNA 的互補配對結合,抑制 mRNA 的翻譯或促使其降解,,從而調控基因表達,。轉錄組測序可以發(fā)現新的 miRNA,研究其在不同生理和病理狀態(tài)下的表達變化以及作用靶點等,。
WES測序應用領域
遺傳性疾病的診斷和研究:適用于具有遺傳病家族史,、發(fā)育遲緩、智力障礙,、自閉癥,、先天性畸形等癥狀的患者,以及經過相應疾病panel檢測結果為陰性,、需要更大范圍尋找可能遺傳病因的患者等,。可以發(fā)現與遺傳病相關的基因突變和變異,,為遺傳病的診斷、分型和研究提供依據,。
**研究與個性化醫(yī)療:可用于檢測腫瘤細胞中的體細胞突變,,幫助了解**的發(fā)***展機制,尋找潛在的***靶點,為**的精細***和個性化醫(yī)療提供指導,。例如,,通過對**患者的**組織和外周血進行WES測序,對比分析腫瘤細胞中的基因突變情況,,制定個性化的***方案,。
藥物基因組學研究:確定患者的基因突變和變異,預測患者對藥物的反應和療效,,為藥物基因組學研究提供數據支持,,從而實現個體化藥物***。
生殖健康與遺傳咨詢:對有生育需求的夫婦或家族中有遺傳病患者的人群進行WES測序,,可幫助了解自身的基因突變情況,,評估生育風險,為遺傳咨詢和生育決策提供依據 二代測序包括全基因組測序和全外顯子測序,。
什么是chip-seq,?
Chip-seq即染色質免疫共沉淀測序(ChromatinImmunoprecipitationSequencing),是一種結合染色質免疫共沉淀(ChIP)技術與高通量測序(NGS)的分子生物學技術,,可在全基因組范圍內檢測與組蛋白,、轉錄因子等相互作用的DNA區(qū)段。以下是具體介紹:
技術原理
染色質固定:使用甲醛等試劑交聯(lián)細胞內的蛋白質和DNA,,使蛋白-DNA相互作用的復合物固定,,從而保留它們在體內的結合狀態(tài)。
染色質片段化:采用超聲波或酶切的方法將染色質剪切成適合測序的小片段,,通常片段大小在200-500bp范圍內,。免疫共沉淀:利用特異性抗體富集與目標蛋白結合的DNA片段,通過抗體與目標蛋白的特異性結合,,將蛋白-DNA復合物沉淀下來,。
交聯(lián)逆轉與DNA提取:通過加熱或化學方法逆轉蛋白-DNA交聯(lián),,使DNA與蛋白質分離,,然后提取并純化DNA。
文庫構建與高通量測序:對純化的DNA片段進行測序文庫制備,,在DNA片段兩端連接特定的寡核苷酸接頭,,隨后在高通量測序平臺上進行測序。
數據分析:包括序列比對,,將測序讀段映射到參考基因組,;峰值調用,識別蛋白質結合的富集區(qū)域,;功能注釋,,分析峰的位置和功能等,。 NGS測序是二代測序嗎?云南嘉安健達二代測序檢測
二代測序的優(yōu)勢是高靈敏度,。蘇州嘉安健達二代測序提供
二代測序——轉錄組測序的實驗流程(下)測序根據研究需求和預算選擇合適的測序平臺,,如Illumina測序平臺。它的測序原理主要是邊合成邊測序(SBS),。在測序過程中,,dNTP(脫氧核糖核苷三磷酸)帶有不同顏色的熒光標記,當新的dNTP加入到正在合成的DNA鏈時,,通過檢測熒光信號來確定堿基類型,,從而讀取cDN**段的序列。測序深度(覆蓋度)也是一個重要參數,,一般來說,,測序深度越高,檢測到的低表達轉錄本的概率就越大,,但成本也會相應增加,。數據分析數據質量控制是第一步,要去除低質量的reads(如含有較多不確定堿基“N”的reads)和接頭序列,。然后將高質量的reads比對到參考基因組或轉錄組上,,常用的比對軟件有TopHat、STAR等,。在確定了reads的位置后,,就可以計算轉錄本的表達量,常用的方法有RPKM(ReadsPerKilobaseofexonmodelperMillionmappedreads),、FPKM(FragmentsPerKilobaseofexonmodelperMillionmappedfragments)等,。此外,還可以進行差異表達分析,,找出在不同樣本條件下(如疾病組和健康組)表達量有***差異的轉錄本,,用于后續(xù)的功能注釋和通路分析,了解這些轉錄本可能參與的生物學過程和信號通路,。蘇州嘉安健達二代測序提供