①二代測(cè)序一般多久出結(jié)果,?
二代測(cè)序(Next-GenerationSequencing,NGS)出結(jié)果的時(shí)間會(huì)受到多種因素的影響,,一般在數(shù)天到數(shù)周不等,。
1、樣本類型和質(zhì)量
不同的樣本類型處理時(shí)間不同,。例如,,血液樣本相對(duì)容易處理,提取DNA的過程比較常規(guī),。如果是組織樣本,,可能需要先進(jìn)行樣本的解離等復(fù)雜操作。如果樣本質(zhì)量高,,DNA提取和文庫構(gòu)建等前期工作會(huì)比較順利,,能加快整體進(jìn)程。但如果樣本量少或者DNA有降解等質(zhì)量問題,,可能需要重新提取樣本或者進(jìn)行DNA修復(fù)等操作,,這會(huì)**延長(zhǎng)時(shí)間。例如,,對(duì)于新鮮血液樣本,,DNA提取可能在1-2天內(nèi)完成,;而對(duì)于一些福爾馬林固定石蠟包埋(FFPE)組織樣本,可能需要3-5天來完成高質(zhì)量DNA的提取和后續(xù)的優(yōu)化處理,。
二代測(cè)序包括全基因組測(cè)序和全外顯子測(cè)序,。上海二代測(cè)序提供
二代測(cè)序技術(shù)在不同人群中的準(zhǔn)確性有何差異③
孕婦及胎兒
優(yōu)勢(shì):無創(chuàng)產(chǎn)前篩查(NIPT)是二代測(cè)序技術(shù)用于孕期胎兒常見染色體非整倍體篩查的應(yīng)用,對(duì)于唐氏綜合征,、18-三體綜合征,、13-三體綜合征等染色體異常疾病的檢測(cè)準(zhǔn)確率分別能達(dá)到95%、85%,、75%以上,,明顯高于傳統(tǒng)血清學(xué)篩查。
局限性:孕婦外周血中胎兒游離DNA來源于胎盤滋養(yǎng)細(xì)胞,,可能與胎兒實(shí)際情況不一致,,導(dǎo)致假陽性。母親若合并免疫疾病,、凝血功能障礙等,,會(huì)使外周血中游離DNA含量過高,掩蓋胎兒來源的游離DNA,,造成假陰性510. 山西嘉安健達(dá)二代測(cè)序公司二代測(cè)序又可以稱之為什么,?
二代測(cè)序——實(shí)驗(yàn)流程類問題
二代測(cè)序的實(shí)驗(yàn)流程包括哪些步驟:首先是樣本準(zhǔn)備,提取高質(zhì)量的DNA或RNA,,并進(jìn)行片段化處理,;然后進(jìn)行文庫構(gòu)建,在片段兩端連接特定接頭,;接著進(jìn)行文庫質(zhì)量檢測(cè)和定量,,合格的文庫上機(jī)測(cè)序;***對(duì)測(cè)序得到的原始數(shù)據(jù)進(jìn)行生物信息學(xué)分析,,包括數(shù)據(jù)過濾,、比對(duì)、變異檢測(cè)等,。文庫構(gòu)建的關(guān)鍵步驟和注意事項(xiàng)有哪些:關(guān)鍵步驟包括DNA片段化的程度控制,、接頭連接的效率和特異性、文庫的純化和定量等,。需要注意避免樣本的污染,,確保片段化的均勻性,優(yōu)化接頭連接反應(yīng)條件,,以及準(zhǔn)確地進(jìn)行文庫定量,,以保證文庫的質(zhì)量和測(cè)序結(jié)果的準(zhǔn)確性。
二代測(cè)序的建庫步驟③
三,、末端修復(fù)和加A尾(以DNA文庫為例)
末端修復(fù):經(jīng)過片段化后的DNA末端可能是不平齊的,,有5'-突出端或3'-突出端,。末端修復(fù)反應(yīng)可以利用T4DNA聚合酶、Klenow片段等酶,,將這些末端補(bǔ)平,,使其成為平末端。T4DNA聚合酶具有5'→3'聚合酶活性和3'→5'外切酶活性,,在合適的反應(yīng)緩沖液和dNTP(脫氧核糖核苷三磷酸)存在下,,可以將突出的末端補(bǔ)平。
加A尾:在末端修復(fù)后的平末端DNA分子的3'-末端加上一個(gè)A堿基,。這一步是為了后續(xù)連接帶有T-突出端的接頭做準(zhǔn)備,一般使用Klenow片段(3'→5'外切酶活性缺失)在dATP存在下進(jìn)行加A反應(yīng),,這樣可以使DNA片段能夠高效地與帶有T-突出端的測(cè)序接頭連接,。 二代測(cè)序是基于PCR和基因芯片發(fā)展而來的DNA測(cè)序技術(shù)。
二代測(cè)序的建庫步驟①
一,、樣本準(zhǔn)備
樣本采集:根據(jù)研究目的采**適的樣本,,如血液,、組織、細(xì)胞等。例如,,在**研究中,可能會(huì)采集**組織和對(duì)應(yīng)的正常組織,。對(duì)于血液樣本,,一般采用靜脈穿刺采集外周血,收集在含有抗凝劑(如EDTA)的**管中,,以防止血液凝固,。組織樣本則需要在合適的條件下盡快處理,以保持核酸的完整性,。如果是新鮮組織,,可將其置于液氮中速凍,然后保存在-80℃冰箱中,。
核酸提?。簭臉颖局刑崛「哔|(zhì)量的DNA或RNA。對(duì)于DNA提取,,常用的方法有酚-氯仿抽提法和商業(yè)化的DNA提取試劑盒,。酚-氯仿抽提法是利用酚和氯仿使蛋白質(zhì)變性,離心后使DNA處于水相,,從而實(shí)現(xiàn)分離,。試劑盒則是基于吸附柱的原理,DNA在特定的緩沖液條件下吸附在硅膠膜上,,經(jīng)過洗滌和洗脫步驟得到純凈的DNA,。RNA提取過程中,,需要特別注意防止RNA酶的污染,因?yàn)镽NA酶***存在且很穩(wěn)定,,容易降解RNA,。一般會(huì)使用含有RNA酶抑制劑的試劑,如焦碳酸二乙酯(DEPC)處理水來配制試劑,,并且操作過程要在無RNA酶的環(huán)境中進(jìn)行,,如使用無RNA酶的***頭和離心管。常用的RNA提取方法是Trizol法,,Trizol試劑可以同時(shí)破碎細(xì)胞并使RNA與蛋白質(zhì)和DNA分離,,然后通過氯仿抽提、異丙醇沉淀等步驟得到RNA,。 二代測(cè)序需要多久才能完成,?上海哪里有二代測(cè)序
RNA測(cè)序也是二代測(cè)序。上海二代測(cè)序提供
二代測(cè)序——RNA甲基化的概念,、作用和檢測(cè)方法
RNA 甲基化概念及位置:RNA 甲基化是在 RNA 分子上添加甲基基團(tuán),,其中 N6 - 甲基腺苷(m6A)是最常見的一種 RNA 甲基化修飾形式,它主要發(fā)生在 mRNA(信使 RNA)的腺嘌呤(A)殘基上,。
作用
1,、影響 RNA 的穩(wěn)定性:m6A 修飾可以影響 mRNA 的穩(wěn)定性。例如,,一些帶有 m6A 修飾的 mRNA 更容易被降解,,從而調(diào)控基因表達(dá)的時(shí)間和水平。2,、調(diào)節(jié) RNA 的剪接和翻譯:m6A 修飾還能夠調(diào)節(jié) mRNA 的剪接過程,,影響不同轉(zhuǎn)錄本的生成。同時(shí),,它也可以在翻譯水平上發(fā)揮作用,,影響蛋白質(zhì)合成的效率。
檢測(cè)方法
甲基化 RNA 免疫沉淀測(cè)序(MeRIP - Seq):這種方法主要是利用特異性識(shí)別 m6A 修飾的抗體,,對(duì) RNA 進(jìn)行免疫沉淀富集,,然后通過高通量測(cè)序來鑒定 m6A 修飾的位點(diǎn)和水平。 上海二代測(cè)序提供
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