circRNA轉(zhuǎn)錄組學(xué)成環(huán)機(jī)制：circRNA環(huán)化方式分為內(nèi)含子環(huán)化和外顯子環(huán)化,。目前主流的成環(huán)機(jī)制可歸類為：依賴于剪切體的索尾插接環(huán)化,。在mRNA前體上，通過連續(xù)的組裝小核核糖體蛋白從而催化外顯子下游的5′供體的位點(diǎn)連接到上游的3′受體的位點(diǎn),，索尾插接形成環(huán)化，然后通過剪切形成circRNA。順式作用元件促進(jìn)circRNA形成,。部分circRNA外顯子兩側(cè)的內(nèi)含子中含有反向互補(bǔ)序列,，首先在剪切位點(diǎn)上并排形成RNA雙鏈體,，再通過可變剪切形成帶內(nèi)含子和不帶內(nèi)含子兩種不同的circRNA?；蛘咄怙@子內(nèi)部以及兩側(cè)的內(nèi)含子可以競爭進(jìn)行RNA配對,，然后通過可變剪切形成不同類型的circRNA。轉(zhuǎn)錄組學(xué)測序可以同時(shí)測到mRNA,、lncRNA,、micRNA以及circRNA么？北京SmalIRNA轉(zhuǎn)錄組學(xué)分析鑒定

轉(zhuǎn)錄組學(xué)應(yīng)用于胃腸瘤轉(zhuǎn)移機(jī)制研究：circRNA是一種非編碼RNA,，可以多種方式參與生物學(xué)功能,，如細(xì)胞增殖、細(xì)胞周期,、侵襲和轉(zhuǎn)移等,。近年來研究發(fā)現(xiàn)，環(huán)狀RNA可以通過海綿吸附微小RNA和RNA結(jié)合蛋白參與轉(zhuǎn)錄后調(diào)控,，從而影響瘤耐藥過程中的DNA修復(fù),、凋亡、增殖,、細(xì)胞轉(zhuǎn)運(yùn),，以及介導(dǎo)瘤耐藥的細(xì)胞內(nèi)酶，進(jìn)而在瘤耐藥中發(fā)揮重要調(diào)節(jié)作用,。有研究證實(shí)通過干擾環(huán)狀RNA的表達(dá),，可以提高瘤對藥物的敏感性，提示環(huán)狀RNA可能為抗瘤藥物耐藥性的研究提供新的靶點(diǎn),。武漢單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)主要技術(shù)轉(zhuǎn)錄組學(xué)能準(zhǔn)確地識(shí)別可變剪切位點(diǎn)及cSNP,，UTR區(qū)域。

全轉(zhuǎn)錄組測序?yàn)槭裁葱枰獦?gòu)建兩個(gè)文庫,？全轉(zhuǎn)錄組測序需要構(gòu)建2個(gè)測序文庫,，一個(gè)小RNA文庫和一個(gè)去除核糖體RNA的鏈特異性文庫，然后分別上機(jī)測序,。小RNA長度較短,，一般小于50nt，采用測序策略為50SE。其他三類RNA序列一般大于200,，通常在1000以上,，可達(dá)幾萬，通過片段化構(gòu)建150PE測序文庫,。然后小RNA文庫可以獲得miRNA序列信息,，去核糖體的鏈特異性文庫可以獲得mRNA、lncRNA和circRNA的序列信息,。轉(zhuǎn)錄組學(xué)即特定細(xì)胞在某一功能狀態(tài)下轉(zhuǎn)錄出來的所有RNA的總和,，包括mRNA和非編碼RNA。

轉(zhuǎn)錄組是特定發(fā)育階段或生理?xiàng)l件下細(xì)胞內(nèi)的完整轉(zhuǎn)錄信息的匯合,，表示了基因表達(dá)的中間狀態(tài),。轉(zhuǎn)錄組測序可以對所有轉(zhuǎn)錄物進(jìn)行分類、確定基因的轉(zhuǎn)錄結(jié)構(gòu),、量化轉(zhuǎn)錄物的表達(dá)水平,。蛋白質(zhì)是生命功能的直接執(zhí)行者，蛋白組是一種細(xì)胞乃至一種生物所表達(dá)的全部蛋白質(zhì),。整合轉(zhuǎn)錄組學(xué)和蛋白質(zhì)組學(xué)的表達(dá)數(shù)據(jù)對生物樣本進(jìn)行研究,，可以從整體上解釋生物學(xué)問題，探究生物體生理和疾病機(jī)理等,。轉(zhuǎn)錄組學(xué)應(yīng)用于胃腸瘤發(fā)生機(jī)制研究：利用轉(zhuǎn)錄組學(xué)可檢測瘤細(xì)胞惡化過程中的RNA（編碼RNA及非編碼RNA）的變化,，有助于更好地理解胃腸瘤的發(fā)生機(jī)制。轉(zhuǎn)錄組學(xué)測序樣品純度要求,，電泳檢測28S:18S至少大于1.8,。

轉(zhuǎn)錄組學(xué)，基因組學(xué),，蛋白質(zhì)組學(xué)的區(qū)別：蛋白組學(xué)針對的是全體蛋白,，組要以2D-Gel和質(zhì)譜為主,，分為top-down和bottom-up分析方法,。理念和基因組類似，將蛋白用特定的物料化學(xué)手段分解成小肽段,，在通過質(zhì)量反推蛋白序列,，之后進(jìn)行搜索，標(biāo)識(shí)已知未知的蛋白序列,。轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究的是某個(gè)時(shí)間點(diǎn)的mRNA總和,，可以用芯片，也可以用測序,。芯片是用已知的基因探針,，測序則有可能發(fā)現(xiàn)新的mRNA。基因組學(xué)研究的主要是基因組DNA,，使用方法目前以二代測序?yàn)橹?，將基因組拆成小片段后再用生物信息學(xué)算法進(jìn)行迭代組裝。當(dāng)然這只是第1步,，隨后還有繁瑣的基因注釋等數(shù)據(jù)分析工作,。轉(zhuǎn)錄學(xué)組測序能夠提供更普遍的檢測范圍。武漢全長轉(zhuǎn)錄學(xué)組領(lǐng)域

普通轉(zhuǎn)錄組測序主要適用于不同的生長階段或者發(fā)育過程,。北京SmalIRNA轉(zhuǎn)錄組學(xué)分析鑒定

轉(zhuǎn)錄組學(xué)（Transcriptome）廣義上指某一生理?xiàng)l件下,，細(xì)胞內(nèi)所有轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物的匯合，包括信使RNA(mRNA),、核糖體RNA(rRNA),、轉(zhuǎn)運(yùn)RNA(tRNA)及非編碼RNA(ncRNA)；狹義上指所有mRNA的匯合,。轉(zhuǎn)錄組具有很強(qiáng)的時(shí)間和空間特性,，是基因功能及結(jié)構(gòu)研究的基礎(chǔ)和出發(fā)點(diǎn)，掌握了生物個(gè)體基因轉(zhuǎn)錄水平的變化,，可深入了解其生命活動(dòng)特征和調(diào)控機(jī)制,。通過新一代高通量測序，能夠全方面快速地獲得某一物種特定組織在某一狀態(tài)下的幾乎所有轉(zhuǎn)錄本的基因序列信息,。北京SmalIRNA轉(zhuǎn)錄組學(xué)分析鑒定

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